在桌臺市門口會和妮莫再次對戰。
Lv.8 新葉喵/呆火鱷/潤水鴨 茂盛/猛火/激流
Lv.9 布撥 靜電 太晶：電
打到第二隻她突然不講武德，直接太晶化。不過這隻太晶化的布撥是太晶電，和它的屬性一致，而且只會一招電擊，所以前面告訴你一定要一個地面系的用途就凸顯出來了。
戰鬥結束之後妮莫說因為你太強，總忘了你是剛接觸寶可夢對戰，所以才太晶化了(越是漂亮的女人越會騙人)。她說會幫你辦太晶化的手續，並且送給你3個活力碎片表示歉意，然後帶著你進入桌臺市。
妮莫先去辦手續了，可以在城市裡逛一逛。
這裡有餐廳和服裝店。餐廳吃飯可以獲得包括經驗值上升、更容易獲得蛋之類的效果，比較接近X/Y的O-Power系統。服裝店可以買服裝，不過注意本作只有眼鏡、鞋子一類的配件，上下身的衣服只有四套可以換。
另外還有可以更改髮型的理髮店和藥店。
往學園方向走可以看到兩個戴頭盔的傢伙在強迫一個可愛的女孩子加入天星隊。天星隊是什麼你不知道，你只知道眼前的女孩子需要幫忙。衝上去一言不合打了起來。
Lv.8 滋汁鼴 輕裝
打倒手下A之後妮莫前來美人救英雄，兩個手下看起來對她很害怕，畢竟是學生會長嘛。結果她直接走到你的面前：“要寶可夢對戰的話，你的對手應該是本、姑、娘！……對吧！？”看起來她還帶點病嬌屬性……
原來她是來給你太晶珠的，獲得太晶珠之後就可以太晶化啦！
太晶化是本作的新對戰系統，在戰鬥中可以改變自身的屬性為某一單一屬性，並且使自身所學習的該屬性的招式獲得屬性一致加成(1.5倍傷害)。如果太晶化後的屬性和寶可夢原本屬性一致，那麼屬性一致加成獲得進一步提升(2倍傷害)。太晶化後，即使收回也不會使太晶化的效果消失，太晶化只有在被打倒或者對戰結束後才會消失。
一次對戰僅可以使用一次太晶化，且戰後需要在寶可夢中心處恢復太晶珠的能量才可以再次使用太晶化。
野生寶可夢的太晶屬性和自己的某一屬性一致，而野生太晶寶可夢和團體戰中捕捉的寶可夢有其他屬性的太晶化。在遊戲後期會有改變太晶化屬性的辦法。
寶可夢的太晶化屬性顯示在寶可夢詳情界面中。
旁邊的手下B怯怯地問了一句“我是要被用來做太晶的測試嗎？”，那當然就是這麼回事啦！
(對戰的時候可以注意一下後面的手下A，加油的動作和BGM莫名踩點)
Lv.9 貓鼬少 蹲守
戰鬥之後兩人落荒而逃，而妮莫向你介紹天星隊。原來他們是一群壞小子，出席率很低，還會成群結隊飆車……額，就是一群暴走族嘛……
可愛的女孩子說自己叫牡丹，向兩人致謝之後跑向了學院。這個伊布的包包還是挺不錯的，希望出個周邊。
跟著男孩子和妮莫往前跑就是學院啦，你的學院生活正式開始！
進入大樓，校長親自來迎接。妮莫提到了在門口遇到天星隊的事，校長大吃一驚，然後挨訓了：“這種時候應該叫老師嘛”……說的也是呢……
妮莫領著你來到班級，見到了你的班主任，生物老師吉尼亞老師，還有你幀數很低的同班同學們。做完自我介紹之後，就可以探索學校了。
學校內移動需要走到房間門口，在彈出的地圖菜單中選擇其他地點，而不能直接跑過去。在右側地圖上顯示有人的頭像的話，代表這裡可以和TA觸發劇情。
在學校正門的大廳內可以觸碰前臺處的電腦屏幕到達其他地點，和前臺對話可以上課，教一些寶可夢的常識，還會向你提問，如果故意答錯對話會很有趣。
先到食堂，這裡可以遇到派帕。派帕說他很擅長料理，正在研究讓寶可夢恢復活力的料理，為此他需要找到傳說中的秘傳調味料。但是秘傳調味料被稱為寶主的強大寶可夢守護，希望我們幫他打敗這些寶主取得秘傳調味料，說著就把五個寶主所在的位置傳到了你的地圖上。
派帕為什麼這麼著急，不由分說地就讓你幫忙呢？為什麼想要研究讓寶可夢恢復活力的料理呢？
主線任務：傳說之路開啟
出門接到了一個神秘的電話，電話裡的人自稱為仙后，想讓我們幫TA打倒天星隊。仙后到底是誰呢？TA為什麼會想要打倒天星隊呢？
掛了電話以後校長走了進來，提醒了一句“校內打電話時要小點聲音哦”。你離開食堂之後，校長嘀咕了一句“天星隊……”他和天星隊有什麼關係嗎？
來到辦公室，這裡有一位頭髮超級長的黑皮大姐姐，在和妮莫說著什麼，隨後就出門了。
妮莫說她是首席，是妮莫所向往的目標，也是大家崇拜的對象。說著妮莫話題一轉，她說希望你成為冠軍級。冠軍級似乎並不是冠軍，而是一個稱號，由聯盟頒發，獎勵給有職業級對戰實力的訓練家。成為冠軍級的方法很簡單，闖過8個道館獲得8枚徽章，然後通過冠軍測驗就可以啦！這個我們都熟得很了。
妮莫說她是通過尋寶成為冠軍級的。尋寶是什麼呢？
主線任務：冠軍之路開啟
和兩個人聊完之後被校長叫去了辦公室，校長打開電視，開始視頻通話，於是我們終於見到了本作的博士：奧琳博士。
奧琳博士開門見山地問故勒頓/密勒頓是不是在你這裡，在她的擺事實講證據面前你只能誠實回答。她說這隻寶可夢原本是她在管理，她的兒子派帕會有它的精靈球也是因為這個原因。她希望你繼續幫忙照顧它，說完加了個微信，退出了會議。
剛剛出門，妮莫就領著你去了你的宿舍……誒是單人宿舍嗎，有點失望呢……還以為可以和妮莫老婆一起……
不過宿舍條件確實不錯，宿舍裡還有微波爐和電磁爐，讓國內的大學宿舍相形見絀。
帶著滿肚子的疑問，在床上睡一覺之後，開啟你的學園生活。
數天後……
剛起床就被妮莫叫去了操場，操場上校長正在發表講話。他希望大家把目標投向世界，於是尋寶活動正式開始，可以出校園啦！
不過校長提到，不可以去帕底亞巨坑。這又是為什麼呢？
(此時可以回頭去學校裡上課，在一些地點還可以見到老師，和老師對話可以增加好感度)
在門口妮莫和你解釋，原來尋寶並不是真的去找寶藏，而是要自由冒險，去探索這個世界，可以學到很多在學校裡學不到的東西。
兩個人並肩走著，妮莫說要把道館的位置加到你的地圖上，話音剛落，派帕就從後面跑了過來：“妮莫你不要偷跑！”
看著為了你應該去找寶主還是去打道館而爭執的兩個人，你只想說：“你們不要為了搶我而吵架呀……”
此時電話響了起來，又是仙后，TA不由分說地把天星隊的基地的位置加到了你的地圖上。
主線任務：星塵之路開啟
說著話，故勒頓/密勒頓自己跑了出來。在妮莫的提示下，你第一次騎上了神獸。
按下+鍵可以騎上神獸快速移動，按B鍵跳躍。和阿爾宙斯不同，在騎在神獸身上時依然可以撿起道具，或者和訓練家和寶可夢對戰。
之後兩個人離開，在帕底亞的探索正式開啟。
此時三條主線劇情均已開啟。完成三條路線中的目標不僅可以推動主線故事，也有額外獎勵：
冠軍之路：擊敗道館館主，和以前一樣可以讓等級更高的寶可夢聽話，另外也會在學園裡增加新的科目可供學習。
傳說之路：擊敗寶主。每擊敗一個寶主可以為故勒頓/密勒頓添加新的能力，初始狀態的神獸只會跑，其他能力都需要擊敗寶主之後才能獲得。
星辰之路：擊敗天星隊基地的頭目。擊敗之後可以解鎖新的招式學習器的製作。星辰之路整體難度比另外兩個要高，建議準備充足再考慮進行挑戰。
按Y鍵打開地圖，按住ZL縮放到最小，紅圈是館主，藍圈是天星隊頭目，綠圈是寶主。
現在三條路線都可以去，不過比較建議按照等級順序，先前往南2區挑戰第一個道館。