在桌台市门口会和妮莫再次对战。
Lv.8 新叶喵/呆火鳄/润水鸭 茂盛/猛火/激流
Lv.9 布拨 静电 太晶：电
打到第二只她突然不讲武德，直接太晶化。不过这只太晶化的布拨是太晶电，和它的属性一致，而且只会一招电击，所以前面告诉你一定要一个地面系的用途就凸显出来了。
战斗结束之后妮莫说因为你太强，总忘了你是刚接触宝可梦对战，所以才太晶化了(越是漂亮的女人越会骗人)。她说会帮你办太晶化的手续，并且送给你3个活力碎片表示歉意，然后带着你进入桌台市。
妮莫先去办手续了，可以在城市里逛一逛。
这里有餐厅和服装店。餐厅吃饭可以获得包括经验值上升、更容易获得蛋之类的效果，比较接近X/Y的O-Power系统。服装店可以买服装，不过注意本作只有眼镜、鞋子一类的配件，上下身的衣服只有四套可以换。
另外还有可以更改发型的理发店和药店。
往学园方向走可以看到两个戴头盔的家伙在强迫一个可爱的女孩子加入天星队。天星队是什么你不知道，你只知道眼前的女孩子需要帮忙。冲上去一言不合打了起来。
Lv.8 滋汁鼹 轻装
打倒手下A之后妮莫前来美人救英雄，两个手下看起来对她很害怕，毕竟是学生会长嘛。结果她直接走到你的面前：“要宝可梦对战的话，你的对手应该是本、姑、娘！……对吧！？”看起来她还带点病娇属性……
原来她是来给你太晶珠的，获得太晶珠之后就可以太晶化啦！
太晶化是本作的新对战系统，在战斗中可以改变自身的属性为某一单一属性，并且使自身所学习的该属性的招式获得属性一致加成(1.5倍伤害)。如果太晶化后的属性和宝可梦原本属性一致，那么属性一致加成获得进一步提升(2倍伤害)。太晶化后，即使收回也不会使太晶化的效果消失，太晶化只有在被打倒或者对战结束后才会消失。
一次对战仅可以使用一次太晶化，且战后需要在宝可梦中心处恢复太晶珠的能量才可以再次使用太晶化。
野生宝可梦的太晶属性和自己的某一属性一致，而野生太晶宝可梦和团体战中捕捉的宝可梦有其他属性的太晶化。在游戏后期会有改变太晶化属性的办法。
宝可梦的太晶化属性显示在宝可梦详情界面中。
旁边的手下B怯怯地问了一句“我是要被用来做太晶的测试吗？”，那当然就是这么回事啦！
(对战的时候可以注意一下后面的手下A，加油的动作和BGM莫名踩点)
Lv.9 猫鼬少 蹲守
战斗之后两人落荒而逃，而妮莫向你介绍天星队。原来他们是一群坏小子，出席率很低，还会成群结队飙车……额，就是一群暴走族嘛……
可爱的女孩子说自己叫牡丹，向两人致谢之后跑向了学院。这个伊布的包包还是挺不错的，希望出个周边。
跟着男孩子和妮莫往前跑就是学院啦，你的学院生活正式开始！
进入大楼，校长亲自来迎接。妮莫提到了在门口遇到天星队的事，校长大吃一惊，然后挨训了：“这种时候应该叫老师嘛”……说的也是呢……
妮莫领着你来到班级，见到了你的班主任，生物老师吉尼亚老师，还有你帧数很低的同班同学们。做完自我介绍之后，就可以探索学校了。
学校内移动需要走到房间门口，在弹出的地图菜单中选择其他地点，而不能直接跑过去。在右侧地图上显示有人的头像的话，代表这里可以和TA触发剧情。
在学校正门的大厅内可以触碰前台处的电脑屏幕到达其他地点，和前台对话可以上课，教一些宝可梦的常识，还会向你提问，如果故意答错对话会很有趣。
先到食堂，这里可以遇到派帕。派帕说他很擅长料理，正在研究让宝可梦恢复活力的料理，为此他需要找到传说中的秘传调味料。但是秘传调味料被称为宝主的强大宝可梦守护，希望我们帮他打败这些宝主取得秘传调味料，说着就把五个宝主所在的位置传到了你的地图上。
派帕为什么这么着急，不由分说地就让你帮忙呢？为什么想要研究让宝可梦恢复活力的料理呢？
主线任务：传说之路开启
出门接到了一个神秘的电话，电话里的人自称为仙后，想让我们帮TA打倒天星队。仙后到底是谁呢？TA为什么会想要打倒天星队呢？
挂了电话以后校长走了进来，提醒了一句“校内打电话时要小点声音哦”。你离开食堂之后，校长嘀咕了一句“天星队……”他和天星队有什么关系吗？
来到办公室，这里有一位头发超级长的黑皮大姐姐，在和妮莫说着什么，随后就出门了。
妮莫说她是首席，是妮莫所向往的目标，也是大家崇拜的对象。说着妮莫话题一转，她说希望你成为冠军级。冠军级似乎并不是冠军，而是一个称号，由联盟颁发，奖励给有职业级对战实力的训练家。成为冠军级的方法很简单，闯过8个道馆获得8枚徽章，然后通过冠军测验就可以啦！这个我们都熟得很了。
妮莫说她是通过寻宝成为冠军级的。寻宝是什么呢？
主线任务：冠军之路开启
和两个人聊完之后被校长叫去了办公室，校长打开电视，开始视频通话，于是我们终于见到了本作的博士：奥琳博士。
奥琳博士开门见山地问故勒顿/密勒顿是不是在你这里，在她的摆事实讲证据面前你只能诚实回答。她说这只宝可梦原本是她在管理，她的儿子派帕会有它的精灵球也是因为这个原因。她希望你继续帮忙照顾它，说完加了个微信，退出了会议。
刚刚出门，妮莫就领着你去了你的宿舍……诶是单人宿舍吗，有点失望呢……还以为可以和妮莫老婆一起……
不过宿舍条件确实不错，宿舍里还有微波炉和电磁炉，让国内的大学宿舍相形见绌。
带着满肚子的疑问，在床上睡一觉之后，开启你的学园生活。
数天后……
刚起床就被妮莫叫去了操场，操场上校长正在发表讲话。他希望大家把目标投向世界，于是寻宝活动正式开始，可以出校园啦！
不过校长提到，不可以去帕底亚巨坑。这又是为什么呢？
(此时可以回头去学校里上课，在一些地点还可以见到老师，和老师对话可以增加好感度)
在门口妮莫和你解释，原来寻宝并不是真的去找宝藏，而是要自由冒险，去探索这个世界，可以学到很多在学校里学不到的东西。
两个人并肩走着，妮莫说要把道馆的位置加到你的地图上，话音刚落，派帕就从后面跑了过来：“妮莫你不要偷跑！”
看着为了你应该去找宝主还是去打道馆而争执的两个人，你只想说：“你们不要为了抢我而吵架呀……”
此时电话响了起来，又是仙后，TA不由分说地把天星队的基地的位置加到了你的地图上。
主线任务：星尘之路开启
说着话，故勒顿/密勒顿自己跑了出来。在妮莫的提示下，你第一次骑上了神兽。
按下+键可以骑上神兽快速移动，按B键跳跃。和阿尔宙斯不同，在骑在神兽身上时依然可以捡起道具，或者和训练家和宝可梦对战。
之后两个人离开，在帕底亚的探索正式开启。
此时三条主线剧情均已开启。完成三条路线中的目标不仅可以推动主线故事，也有额外奖励：
冠军之路：击败道馆馆主，和以前一样可以让等级更高的宝可梦听话，另外也会在学园里增加新的科目可供学习。
传说之路：击败宝主。每击败一个宝主可以为故勒顿/密勒顿添加新的能力，初始状态的神兽只会跑，其他能力都需要击败宝主之后才能获得。
星辰之路：击败天星队基地的头目。击败之后可以解锁新的招式学习器的制作。星辰之路整体难度比另外两个要高，建议准备充足再考虑进行挑战。
按Y键打开地图，按住ZL缩放到最小，红圈是馆主，蓝圈是天星队头目，绿圈是宝主。
现在三条路线都可以去，不过比较建议按照等级顺序，先前往南2区挑战第一个道馆。