撒馬爾罕地理位置
公元前329年，馬其頓軍翻過興都庫什山，鐵騎踏入了阿姆河南岸的巴克特利亞平原，攻佔巴克特拉和阿爾諾斯之後渡過阿姆河，直取當時已經是粟特帝國國際化都市的撒馬爾罕，雖然城中居民拼死抵抗，但城市仍被攻佔。
亞歷山大大帝去世後，帝國四分五裂。 公元前3世紀到公園前2世紀，撒馬爾罕地區又在塞琉古王國、巴克特利亞王國、大月氏人的統治之下。公元1世紀到公元2世紀，撒馬爾罕地區又被崛起的貴霜帝國羈縻統治，這是一個崇信佛教的帝國，所以此時的撒馬爾罕也是一片佛國。在公元5世紀，嚈噠人也就是史學上所稱的白匈奴人，控制了撒馬爾罕。
在撒馬爾罕絡繹不絕的商隊
公元8世紀，阿拔斯王朝崛起，當阿拔斯王朝處於極盛時期，撒馬爾罕也被納入版圖之內，伊斯蘭教開始代替佛教及其他宗教在這裡蔓延，到9世紀時，一個阿拉伯政權薩曼王朝定都布哈拉，成為了撒馬爾罕的主人。
在花剌子模崛起後，撒馬爾罕又成為花剌子模的首都，但花剌子模的輝煌沒有持續太久。當成吉思汗攻打撒馬爾罕之時，僅僅包圍八天後就破城。在撒馬爾罕陷落之後，成吉思汗下令屠城。和伊斯蘭教長有關係的五萬人可留在城內。其他不出城的格殺勿論。並下令把十萬康里人處死，其他人用二十萬第納爾贖金免死。
在十四世紀時，隨著伊利汗國代表的蒙古的勢力在波斯地區逐漸衰退，西察合臺的駙馬帖木兒趁亂崛起，撒馬爾罕於十四世紀時為帖木兒帝國國都，這裡也是帖木兒陵墓的遺址古爾-埃米爾陵所在地。雖然帖木兒在很多地區燒殺搶掠，但對於河中地區，卻是大力建設，這使得撒馬爾罕在這一時期得到了長足的發展。
古爾—艾米爾陵墓
帖木兒帝國分裂後，在16世紀初，來自鹹海北岸、錫爾河中下游的烏茲別克突厥遊牧部落南下，趕走了帖木兒王朝的末裔，建立了布哈拉汗國，控制了撒馬爾罕。17世紀後，布哈拉汗國衰落，並陷入四分五裂，河中地區重新長期成為伊朗薩非王朝、阿夫沙爾王朝等波斯封建王朝的衛星國。
而由於中亞遊牧的衰落，傳統陸地貿易路線被海洋貿易取代，撒馬爾罕作為貿易中心的地位也發生了動搖。
19世紀末期，隨著西方列強在中亞殖民擴張，俄國通過數次俄伊戰爭打敗了波斯（可以在維多利亞3的大博弈中體驗該內容），傀儡了布哈拉，公元1868年，撒馬爾罕併入沙俄。
城市夜景
十月革命之後的俄國內戰中，中亞地區紛紛獨立，但蘇俄隨即以鎮壓白軍的名義重新控制了這些地區。公元1924--1930年，撒馬爾罕曾為烏茲別克行政中心。公元1991年蘇聯解體。撒馬爾罕現為烏茲別克斯坦第二大城，撒馬爾罕州首府。