撒马尔罕地理位置
公元前329年，马其顿军翻过兴都库什山，铁骑踏入了阿姆河南岸的巴克特利亚平原，攻占巴克特拉和阿尔诺斯之后渡过阿姆河，直取当时已经是粟特帝国国际化都市的撒马尔罕，虽然城中居民拼死抵抗，但城市仍被攻占。
亚历山大大帝去世后，帝国四分五裂。 公元前3世纪到公园前2世纪，撒马尔罕地区又在塞琉古王国、巴克特利亚王国、大月氏人的统治之下。公元1世纪到公元2世纪，撒马尔罕地区又被崛起的贵霜帝国羁縻统治，这是一个崇信佛教的帝国，所以此时的撒马尔罕也是一片佛国。在公元5世纪，嚈哒人也就是史学上所称的白匈奴人，控制了撒马尔罕。
在撒马尔罕络绎不绝的商队
公元8世纪，阿拔斯王朝崛起，当阿拔斯王朝处于极盛时期，撒马尔罕也被纳入版图之内，伊斯兰教开始代替佛教及其他宗教在这里蔓延，到9世纪时，一个阿拉伯政权萨曼王朝定都布哈拉，成为了撒马尔罕的主人。
在花剌子模崛起后，撒马尔罕又成为花剌子模的首都，但花剌子模的辉煌没有持续太久。当成吉思汗攻打撒马尔罕之时，仅仅包围八天后就破城。在撒马尔罕陷落之后，成吉思汗下令屠城。和伊斯兰教长有关系的五万人可留在城内。其他不出城的格杀勿论。并下令把十万康里人处死，其他人用二十万第纳尔赎金免死。
在十四世纪时，随着伊利汗国代表的蒙古的势力在波斯地区逐渐衰退，西察合台的驸马帖木儿趁乱崛起，撒马尔罕于十四世纪时为帖木儿帝国国都，这里也是帖木儿陵墓的遗址古尔-埃米尔陵所在地。虽然帖木儿在很多地区烧杀抢掠，但对于河中地区，却是大力建设，这使得撒马尔罕在这一时期得到了长足的发展。
古尔—艾米尔陵墓
帖木儿帝国分裂后，在16世纪初，来自咸海北岸、锡尔河中下游的乌兹别克突厥游牧部落南下，赶走了帖木儿王朝的末裔，建立了布哈拉汗国，控制了撒马尔罕。17世纪后，布哈拉汗国衰落，并陷入四分五裂，河中地区重新长期成为伊朗萨非王朝、阿夫沙尔王朝等波斯封建王朝的卫星国。
而由于中亚游牧的衰落，传统陆地贸易路线被海洋贸易取代，撒马尔罕作为贸易中心的地位也发生了动摇。
19世纪末期，随着西方列强在中亚殖民扩张，俄国通过数次俄伊战争打败了波斯（可以在维多利亚3的大博弈中体验该内容），傀儡了布哈拉，公元1868年，撒马尔罕并入沙俄。
城市夜景
十月革命之后的俄国内战中，中亚地区纷纷独立，但苏俄随即以镇压白军的名义重新控制了这些地区。公元1924--1930年，撒马尔罕曾为乌兹别克行政中心。公元1991年苏联解体。撒马尔罕现为乌兹别克斯坦第二大城，撒马尔罕州首府。