上期提到，《刺客教條：兄弟會》達芬奇的失蹤DLC最後，現代劇情的主角一行人已經獲知了大神殿的位置。在《刺客教條：啟示錄》中，奧斯曼帝國的聖殿騎士也在企圖尋找大神殿，結局時朱庇特也叫戴斯蒙德去找大神殿。
於是《刺客教條3》一開始，戴斯蒙德等人就用艾吉奧的金蘋果進入了大神殿。
在大神殿裡，戴斯蒙德使用Animus 3.0升級版，先後回溯了海爾森和康納的記憶，以尋找大神殿鑰匙的所在。
這期間，戴斯蒙德還前往世界各地尋找大神殿的能量源，在去拿最後一個能量源並營救他的父親威廉·邁爾斯的過程中，戴斯蒙德殺死了他的老對頭沃倫·韋迪克，以及另外一個聖殿騎士關鍵成員——丹尼爾·克洛斯。
古代劇情結尾，朱諾讓康納把大神殿鑰匙藏在一個無人知曉的地方，然後康納將鑰匙埋進了康納·達文波特（阿基里斯早夭的兒子，他也叫康納）的墓裡。戴斯蒙德由此找到了大神殿鑰匙，進入大神殿密室見到了朱諾。
朱諾告訴戴斯蒙德，只要觸摸這個“全球極光裝置”就可以拯救世界。
此時密涅瓦出現阻止，她向戴斯蒙德說明了當年將朱諾囚禁在這裡的原因和經過，並警告戴斯蒙德：一旦他觸碰這個裝置，一心想征服世界的朱諾就會重獲自由。到那時，朱諾會將人類統統變為她的奴隸。
密涅瓦認為，與其釋放出朱諾，還不如讓世界毀滅重來。
而朱諾反駁道，如果聽密涅瓦的，日冕物質拋射將會給地球生命帶來浩劫。
屆時，大地崩裂、爆焰騰空，全世界將燃燒殆盡。
災難過後，戴斯蒙德會帶領並鼓舞倖存的人們重建家園。
然而這還不是結束。戴斯蒙德死後，就會被當作英雄傳頌，然後變成傳說，最後變成“神”。
於是英雄留下的原本善意的話語，將成為刻板的教條，被不智的人誤解、被心懷叵測的人惡意曲解，並以清除“異端”的名義殘害他人。
愚昧的歷史重現，黑暗再次降臨，這樣的世界真的會更好嗎？
戴斯蒙德認為密涅瓦指出的這條路毫無希望，而只要能拯救世界，釋放出朱諾也沒關係，總會有人有辦法來阻止朱諾的陰謀的。
做出決定後，戴斯蒙德讓父親和隊友們走得越遠越好。然後戴斯蒙德為了拯救世界而犧牲了自己，同時釋放出了朱諾。
於是全球極光裝置啟動，極光將整個地球包裹，阻止了日冕物質拋射即將帶來的毀滅。
“結束了，世界得救了，你已扮演好了你的角色，戴斯蒙德。但現在，現在該我扮演我的角色了。”朱諾獲得自由後，和戴斯蒙德的屍體告別。
