上期提到，《刺客信条：兄弟会》达芬奇的失踪DLC最后，现代剧情的主角一行人已经获知了大神殿的位置。在《刺客信条：启示录》中，奥斯曼帝国的圣殿骑士也在企图寻找大神殿，结局时朱庇特也叫戴斯蒙德去找大神殿。
于是《刺客信条3》一开始，戴斯蒙德等人就用艾吉奥的金苹果进入了大神殿。
在大神殿里，戴斯蒙德使用Animus 3.0升级版，先后回溯了海尔森和康纳的记忆，以寻找大神殿钥匙的所在。
这期间，戴斯蒙德还前往世界各地寻找大神殿的能量源，在去拿最后一个能量源并营救他的父亲威廉·迈尔斯的过程中，戴斯蒙德杀死了他的老对头沃伦·韦迪克，以及另外一个圣殿骑士关键成员——丹尼尔·克洛斯。
古代剧情结尾，朱诺让康纳把大神殿钥匙藏在一个无人知晓的地方，然后康纳将钥匙埋进了康纳·达文波特（阿基里斯早夭的儿子，他也叫康纳）的墓里。戴斯蒙德由此找到了大神殿钥匙，进入大神殿密室见到了朱诺。
朱诺告诉戴斯蒙德，只要触摸这个“全球极光装置”就可以拯救世界。
此时密涅瓦出现阻止，她向戴斯蒙德说明了当年将朱诺囚禁在这里的原因和经过，并警告戴斯蒙德：一旦他触碰这个装置，一心想征服世界的朱诺就会重获自由。到那时，朱诺会将人类统统变为她的奴隶。
密涅瓦认为，与其释放出朱诺，还不如让世界毁灭重来。
而朱诺反驳道，如果听密涅瓦的，日冕物质抛射将会给地球生命带来浩劫。
届时，大地崩裂、爆焰腾空，全世界将燃烧殆尽。
灾难过后，戴斯蒙德会带领并鼓舞幸存的人们重建家园。
然而这还不是结束。戴斯蒙德死后，就会被当作英雄传颂，然后变成传说，最后变成“神”。
于是英雄留下的原本善意的话语，将成为刻板的教条，被不智的人误解、被心怀叵测的人恶意曲解，并以清除“异端”的名义残害他人。
愚昧的历史重现，黑暗再次降临，这样的世界真的会更好吗？
戴斯蒙德认为密涅瓦指出的这条路毫无希望，而只要能拯救世界，释放出朱诺也没关系，总会有人有办法来阻止朱诺的阴谋的。
做出决定后，戴斯蒙德让父亲和队友们走得越远越好。然后戴斯蒙德为了拯救世界而牺牲了自己，同时释放出了朱诺。
于是全球极光装置启动，极光将整个地球包裹，阻止了日冕物质抛射即将带来的毁灭。
“结束了，世界得救了，你已扮演好了你的角色，戴斯蒙德。但现在，现在该我扮演我的角色了。”朱诺获得自由后，和戴斯蒙德的尸体告别。
