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你被徵召入伍。你將接受訓練，你將成為我們最頂尖的戰士。你將保護地球及其殖民地。
SPARTAN-II program最初被稱為Generation-II ORION / The ORION Project Generation Two / 第二代獵戶座計劃，是通過機械裝置與生物改造打造人類超級戰士的重大努力，也是該系列項目中首次試圖將先進外骨骼技術與個體的優秀體格相結合的嘗試。二期斯巴達項目的受試者接受了斯巴達各代項目中最廣泛且最具風險的身體改造。
歷史
從一開始斯巴達戰士就是最後的武器。我們為戰鬥而生，為戰爭而活。
—海軍一級軍士長約翰-117
背景
2506年，在最初的獵戶座項目中止後的幾年裡，UNSC難以維持小型特種部隊對抗反叛者的效力。隨著反叛活動愈演愈烈，UNSC也需要加大力度進行打擊，顯而易見的是：大規模軍事行動變得越來越有必要。
大約在2510年，ONI開始重新研究卡佛報告，卡佛的這則報告在好幾年前就警告過外殖民地存在強烈不穩定因素。這則報告正確地推導，不穩定因素將持續升級，除非採取激烈的軍事措施，否則將導致內外殖民地之間的大規模戰爭爆發。與此同時，年僅18歲的平民科學家凱瑟琳·哈爾西博士一直在獨自對卡佛報告進行分析，她獨立推導預測出未來將會發生的情況只會比卡佛提供的理論模型更為黑暗，UNSC對反叛者領導人的不作為行為將導致至少30年的戰爭和50億人的死亡；其中最致命的是：這場大規模戰爭持續時間難以預測，甚至可能導致人類文明的崩潰。哈爾西向ONI第三處的邁克爾·斯坦福斯中將說明了自己的研究結果，這才發現ONI也得出了相同的結論。為了防止可預見的大規模戰爭，哈爾西同意加入ONI麾下，特別是由斯坦福斯領導的第三處下屬特殊項目部門，以創造解決方案。
起始階段
作為對抗正在整個人類星域肆虐的大反叛的最佳解決方案，UNSC於2511年啟動了第二代獵戶座項目。該項目設想了數個發展目標：第一個目標是計劃建設一支由幼年時期就開始培養的精銳士兵部隊，並避免重大軍事傷亡的發生；第二個目標是儘量減少平民傷亡，避免內戰戰火擴散；第三個目標是大幅降低常規平定手段的成本。
哈爾西博士的相關建議詳細說明了第二期獵戶座項目在許多不同方面與先前第一期項目的根本性改變。首要差異也是最具爭議的部分，就是受試者本身，他們需要擁有人類中最好的基因，且必須符合一定的年齡限制，還必須擁有優越的體格和心理素質，這些受試者必須被灌輸軍事價值觀和對戰爭的理解。使用如此見不得人的手段創造超級戰士意味著該項目必須以最高機密形式進行。
雖然傳統防彈衣已經普及了好幾個世紀，但第二期獵戶座項目的第二個根本性改變是將受試者與一種新型的動力外骨骼設備相結合，該設備旨在協助保護使用者的安全，並提供一種對抗敵人的強大手段。但這種新型裝甲的缺點是它需要受試者經過身體改造才能有效駕馭，也就是說這些受試者得先成為實驗小白鼠，成功後才能成為真正的超級戰士。
儘管面臨巨大風險，手段也極具爭議，ONI高層最終還是批准了哈爾西的計劃。因為ONI明白一個道理：這個項目若是成功，將會挽救的生命遠遠凌駕於這微不足道的風險和道德。UNSC最初為該項目撥款了足夠實驗300名受試者的資金，但後來將資金削減到了一半。2517年，通過從外殖民地疫苗接種計劃中收集的DNA，項目已經確定了150名合適的候選人，但UNSC再次削減了項目預算，僅能實施一半的人數。最終，ONI綁架了75名兒童作為受試者，年齡均在6歲左右，男女皆有。為了保證項目的機密性，ONI使用快速克隆體在現實生活中取代了這些孩子的存在，但由於快速克隆體技術並不完善，這些克隆體最終都在不久後因各種原因病逝。
哈爾西在向ONI的其他成員說明有關該項目的信息時，使用克隆技術也被ONI認為是該項目中最具爭議的決定之一。值得一提的是，哈爾西計劃使用克隆人的行為直接引起了ONI總指揮瑪格麗特·帕蘭戈斯基上將的憤怒。事後，她對哈爾西進行了審訊，並要求瞭解哈爾西使用克隆人的理由。帕蘭戈斯基認為克隆人並不是必要的選擇，只是哈爾西出於個人和道德原因的故意而為，只是為了給受試者的家庭一個不必要的交代，從而減輕自己的負罪感。
哈爾西對該項目的名字“第二期獵戶座項目”並不滿意；於是，出於個人偏好，她決定不再使用“獵戶座”這個名字，這樣就可以在那些控制該項目預算的政治和軍事官僚心中將該項目與原先獵戶座項目的失敗拉開距離。為了向先前獵戶座項目的付出努力表示敬意，她選擇將該項目稱為二期斯巴達計劃，保留了“二期”這個世代名。事實上，她還考慮了其他幾個“好戰”的名字，包括近衛軍、蘭茨克內希特、不朽者、義勇兵、泰坦、阿爾戈、奧德修斯、奧林匹斯、祖魯、克洛諾斯、普羅米修斯、戰甲、復仇女神、代達羅斯、大力神、維京人和海伯利安。
訓練階段
將受試者綁架併為其使用鎮靜劑後，他們被帶到了致遠星，在這裡，他們在軍士長富蘭克林·門德斯和人工智慧德雅的指導下展開訓練，後者也在該項目中擔任哈爾西的助手。為了讓他們與曾經的平民生活徹底隔絕，他們將不再以曾經的姓名命名，而是以由名字和數字組成的代號相稱，姓氏將被徹底拋棄，被逐漸遺忘。斯巴達學員們主要駐紮在致遠星艦隊司令部軍事綜合設施，在最初幾年的訓練中，他們經歷了重重困難：被置於逼迫自己將能力發揮到極致的情境和訓練中。除了艱苦的軍事訓練外，他們還需要接受包括數學、科學、歷史、閱讀、寫作和軍事戰術在內的高水平文化教育。
儘管門德斯軍士長的訓練方法很嚴格，甚至有些殘忍，但他總是向斯巴達戰士們強調紀律、榮譽和尊重的重要性。他教斯巴達戰士如何殺死敵人，但同時也教導他們什麼是對什麼是錯。在此期間，以約翰-117為代表的孩子們得到了長足的發展。門德斯對他們的訓練持續到了2525年，年僅14歲的他們迎來了重生之路中最艱難的部分：生物改造程序，這個過程殺死了75位兒童中的30人，並致使另外12名兒童殘廢，淘汰出項目，轉而加入ONI在內的各單位服役。最終，只有33人成功完成了身體改造，其中2人在數週後自殺。
人類星盟戰爭
人類星盟戰爭的爆發標誌著該項目的實質性目標發生改變；最初用於對抗反叛者的斯巴達戰士現在被迫與更加強大的敵人——星盟展開戰鬥。新的威脅加速了斯巴達訓練進入最後階段：雷神之錘項目。裝備了雷神之錘護甲後，斯巴達戰士成為了對抗星盟的最重要手段之一。在對抗星盟的持續作戰中，該項目的成果——二期斯巴達戰士在面對各種威脅的情況下證明了自己的價值、驗證了天才科學家凱瑟琳·哈爾西博士的思想前瞻性、不負ONI及其UNSC眾望。正是斯巴達戰士的存在，無數人的生命免遭星盟生靈塗炭。
2547年，ONI向公眾公開了二期斯巴達項目和斯巴達戰士的存在，極大地提高了UNSC士氣。斯巴達戰士的戰鬥能力絲毫不讓星盟，甚至讓星盟都為之一顫，包括聖西姆和桑赫利人在內的星盟種族以“惡魔”來稱呼這些超級戰士。
隨著傷亡的持續擴大，斯巴達戰士的數量也不可避免地遭到損失。由於斯巴達戰士的戰績是UNSC最有效的宣傳手段，ONI第二處發佈了第930號指令：任何斯巴達戰士陣亡的情況都將被列為“行動中失蹤”（MIA）或“行動中受傷”（WIA），從而維持斯巴達永遠不死的假象。2552年8月27日，隸屬海軍特種作戰部的28位二期斯巴達戰士中的25位（除灰隊外）都被召回了致遠星，接受旨在結束戰爭的“紅旗行動”命令。他們計劃劫持一艘星盟旗艦，找到星盟的首都世界，並劫持一位星盟最高領導人，迫使星盟停火。為此，UNSC特別配備了人工智慧科塔娜，搭載在約翰-117的雷神之錘護甲內，作為這次行動的黑客兼技術專家。
然而，該計劃隨著星盟入侵致遠星而被迫取消。在隨後的災難性潰敗中，大多數二期斯巴達戰士戰隕致遠星，只有少數倖存者於ONI城堡基地避難。約翰-117和琳達-058成功搭乘UNSC秋風之墩號撤出了戰鬥，但由於琳達於伽馬空間站的戰鬥中受了重傷，只能被暫時冷凍。隨後，約翰隨秋風參與了04光環之戰，並最終為了阻止洪魔而摧毀了環帶。
在04光環之戰後，倖存者們返回了致遠星，並得以與剩下的斯巴達戰士會合。倖存者們隨後展開了初次反擊行動，摧毀了星盟艦隊的集結地，暫時阻止了星盟入侵地球的計劃。隨後，斯巴達戰士們將繼續在地球之戰、05光環之戰、奧星之戰和方舟之戰中發揮重要作用。最終，約翰-117在神風烈士提爾'瓦達姆的協助下擊敗了星盟並結束了戰爭。但由於意外被困於UNSC航向黎明號的殘骸，漂泊於深空之中。
戰後衝突
已知有16名斯巴達戰士在戰爭中倖存下來：約翰-117、弗雷德-104、凱莉-087、琳達-058、內奧米-010、傑-006、阿德里亞娜-111、邁克爾-120、里昂-011、羅伯特-025、奧古斯特-099、蘭道爾-037、奧托-031、維克托-101、瑪格麗特-053和羅馬-143。還有殘疾的淘汰者，他們中的一些人也在戰爭結束後倖存下來，如穆薩-096和瑟琳-019。
紅隊的早期成員：道格拉斯-042、傑羅姆-092和愛麗絲-130，在戰爭的大部分時間裡都處於低溫休眠狀態，直到戰爭結束近六年後的2559年才被喚醒。灰隊在2552年末執行了陽戟行動，炸燬一個桑赫利殖民地後，一直在太空中漂流，保持低溫休眠狀態，直到2558年年中，一名桑赫利指揮官羅吉卡‘卡桑才喚醒了他們。
在於2553年被轉移到高度機密的ONI麾下K5小隊後，內奧米-010截止至2558年仍然在繼續執行高度機密行動。蘭德爾-037自2532年起在行動中失蹤，並於2546年被ONI退伍，最終成為了塞德拉殖民地衛隊的上校，在2556年犧牲了自己炸燬光環碎片。
戰後至少有三名歐米茄隊成員倖存下來，但他們目前的狀況尚不清楚。同時，斯巴達作戰部也得到了組件，一些二期斯巴達戰士參與了對新生四期斯巴達戰士的訓練。
2557年，在失蹤近五年後，約翰-117重新與UNSC無盡號在安魂星取得聯繫，並化解了宣教士對地球的襲擊。事後，約翰與藍隊重聚，不久後再次與宣教士對抗；再次擊敗普羅米修斯後，這支隊伍繼續在戰場上執行多項機密作戰行動。同年，黑隊部署於03光環，但遭宣教士殺害，致使目前已知的現役斯巴達戰士的人數減少到了8人。
2558年9月1日，灰隊被從低溫休眠中喚醒，在卡羅星陷入了兩個派系的鬥爭之中。最終，灰隊與桑赫利勢力聯合起來，摧毀了基拉哈尼酋長赫卡柏所控制的容納數十萬沙奎伊人的地下先行者設施，並連帶消滅了赫卡柏派系和當地的兩個桑赫利派系，羅吉卡也放棄了對人類的仇恨。灰隊在迴歸UNSC後面臨著一個抉擇，加入ONI下屬的聯合種族特別打擊小組，繼續像以前一樣在聯合佔領區執行縱深行動。作為交換，他們將獲得神風烈士本人的赦免。最終，灰隊不情願地接下了ONI的安排。
2558年10月，藍隊擅離職守試圖去獨自阻止科塔娜及其造物聯盟的崛起，但一系列的行動最終沒能取得成效。
2559年2月，在太空漂流了28年後，UNSC火靈號抵達了方舟。紅隊也隨之甦醒了過來，試圖與當地的UNSC取得聯繫，並與當地的流放者爆發了戰鬥。
截至2559年4月，共有14名現役斯巴達戰士活躍，其中只有藍色和紅隊已知仍然隸屬於海軍特種作戰部，而灰隊和內奧米-010則繼續在ONI的授權下行動。歐米茄隊的狀態仍然未知。
2559年10月，藍隊在致遠星執行了沃爾夫行動，從城堡基地的廢墟中取回了哈爾西的資產，而這是擊敗科塔娜的關鍵。
2559年12月，托馬斯·拉斯基艦長將藍隊的其他成員重新部署到一個獨立的行動中，並另外將約翰-117和武器部署到澤塔環帶對抗科塔娜。但無盡號在途中遭到流放者伏擊，約翰-117被拋入太空。2560年5月，獲救後的約翰-117重返戰場，並在澤塔環帶之戰中發揮了重要作用。
個人
死？你不知道嗎？斯巴達永遠不死。
—庫爾特-051致佛羅'曼塔魁
媒體宣傳
為了鼓舞士氣，ONI於2547年公佈了二期斯巴達項目，但截至2558年，超級戰士計劃中的那些黑暗成分仍不為人所知。殖民地管理局於2547年發佈的關於斯巴達戰士的宣傳資料中指出，超級戰士是“從UNSC星域的各個角落招募的”，“他們個個都是有著數十年實戰經驗的老兵戰士”，而故意忽略了項目中有爭議性的部分。至少關於約翰-117，也就是在戰爭最後幾個月中被塑造為傳奇人物的士官長，得到了UNSC為其精心編造且鼓舞人心的個人傳記，以向公眾隱瞞他的真實身份，這份“個人傳記”包括有數位自稱與約翰認識或與他有過交往的人物對其的評價。
截止至2553年，UNSC軍方普遍有關於斯巴達戰士在六歲時遭綁架，被快速克隆體取而代之的流言。帕蘭戈斯基上將計劃在2553年初向UEG國防委員會公佈關於二期斯巴達項目的機密內容，但截至2555年，軍方仍未得到任何有關該項目的機密事實。截至2558年，這些機密信息仍尚不為公眾所知，但一些四期斯巴達戰士通過某種途徑已經發覺了其中的端倪。在2558年的某個時候，記者本傑明·吉拉德向公眾揭露了該項目的起源，並將自己的發現上傳到公共網絡，同時向UEG參議院的武裝部隊委員會提交了一份證詞。這個行為加劇了公眾對ONI和斯巴達戰士日益增加的不信任。
上文提到，為了讓他們與曾經的平民生活徹底隔絕，他們不再以曾經的姓名命名，而是以由名字和數字組成的代號相稱，姓氏被徹底拋棄。斯巴達戰士的全名已從所有軍事記錄中刪除，只有哈爾西博士秘密持有的檔案中記載有全部斯巴達戰士的全名；不幸的是，致遠星淪陷後，相關記錄均被銷燬，只有帕蘭戈斯基本人持有這份檔案的副本。在軍隊內部和公眾中，斯巴達戰士的身份只能通過服役編號來判斷；只有極少數人才知曉他們的真正姓名。
心理狀態
雖然許多局外人認為斯巴達戰士是全心全意為國效力，但二期斯巴達戰士仍然保有自己的想法；從計劃早期開始，哈爾西博士一直堅持通過“說服和適應”將孩子們塑造成合格的士兵，而沒有選擇ONI同事提出的洗腦做法；她認為，為了打造真正高效的戰士，斯巴達們必須能夠正確理解並接受自己所肩負的使命的意義。因此，斯巴達戰士對自己作為兵器的角色和肩負的使命有著深刻的理解。他們中的大多數人對自己遭綁架和改造的經歷並不懷恨，而是開始接受自己作為斯巴達的生活，這既是隻能由他們完成的任務，也是他們與生俱來的使命。
二期斯巴達戰士的訓練十分強調盡忠職守，不惜一切代價取得勝利，這是大多數現役斯巴達戰士的價值觀。只要還有一項任務沒有完成，他們就會忽視對個人健康狀況的擔憂；且在戰鬥情況下接到終止行動的命令時，他們往往會為之表現出沮喪；正因為對完成任務的執著，斯巴達戰士們通常更喜歡在行星執行作戰，而不是在無法施展拳腳的宇宙飛船上。
因為從小到大共同成長，斯巴達戰士們彼此之間維持著強大的凝聚力和深厚的情誼。由於無法在公開場合下表露情緒，斯巴達之間通常使用微妙的肢體語言和神秘的手勢來表達自己的情緒。由於擁有無數獨特的內在習慣和通過簡單的手勢或陳述來傳達信號的行為，斯巴達群體之間的互動在很大程度上是外人無法理解的。只有極少數相關參與者，例如哈爾西博士和德雅，才知悉斯巴達戰士們所保守的那些秘密。由於對彼此身體語言的高度熟悉，斯巴達戰士們能夠在行動中發揮完美的協同作用，他們的團隊合作能力簡直稱得上是心有靈犀。雖然斯巴達戰士遭受著嚴格的軍事管控，通常很難與普通人類進行社交，但斯巴達們彼此之間卻相當合拍，在平常會習慣性地聚在一起，進行打牌、鍛鍊、閱讀或維護裝備等活動。
由於斯巴達戰士的聲譽和令人生畏的存在，大多數人對他們充滿敬畏，有時甚至是厭惡。很少有外人願意觸摸斯巴達戰士，進行如握手等肢體接觸。
組織
大多數二期斯巴達戰士隸屬於海軍特種作戰部，這是UNSC的一支特種作戰機構，與ONI第三處有著密切的聯繫。儘管戰後UNSC成立了新的斯巴達作戰部，但二期斯巴達隸屬海軍的情況沒有改變。
所有二期斯巴達戰士在完成訓練後都會晉升為二級軍士長，儘管許多人後來晉升到了更高的軍銜。尤其是約翰-117——斯巴達戰士的實際領導人物，在2526年晉升為了一級軍士長；而弗雷德-104在2552年晉升為了中尉。
二期斯巴達戰士在戰場上享有很大程度的作戰自主權，隊伍通常由3-5人組成，甚至會單獨作戰；團隊領導人通常會根據各個斯巴達戰士的個人才能選擇最適合當前任務的戰士，編入自己的隊伍。然而，隨著斯巴達戰士們在幾十年的時間裡分散在對抗星盟的各個戰場上，某些隊伍的組成幾乎固定了下來。二期斯巴達小隊會根據任務的具體情況被分配以顏色為基礎的隊伍名稱，藍隊、紅隊和綠隊是最常用的名字。在一些任務中，隊伍也可以分為更小的小分隊（名字用希臘字母表示），以更好地進行當下的任務。在斯巴達大家庭中，一些戰士自打訓練起彼此之間就非常合拍，也就是後來的黑隊和灰隊，在整個人類星盟戰爭直到現在，這兩支隊伍的成員一直沒有變動。
第二屆二期斯巴達戰士
2525年第一批斯巴達戰士完成訓練後，哈爾西博士開始策劃下一波受試者；但這時她遭遇了阻礙。符合計劃中年齡和基因限制要求的候選人太少，而她手頭的大部分資金也都用於雷神之錘護甲的維護和開發；幾乎已經無法繼續展開新的斯巴達實驗。到2531年，她的大部分資金都被UNSC轉移到了其他項目上，其中最值得注意的是處於絕密狀態的三期斯巴達項目，哈爾西最終放棄了第二屆斯巴達戰士的計劃。由於缺乏足夠的候選人，ONI也最終取消了該項目。
但到了2537年左右，已經有足夠的候選人可以繼續展開該項目。其中最著名的候選者之一，六歲的雅思敏·扎曼遭綁架，ONI繼續使用克隆人取而代之，但她後來在生物改造手術中死亡。最終倖存的候選人之一有尼科爾-458。另一名女孩——傑尼薩里·詹姆斯也被選為合適的候選者，但她的父親——前獵戶座項目成員詹姆斯·詹姆斯在ONI特工來綁架她時，開槍打死了ONI特工，隨後這家人為了避免UNSC找自己的麻煩而不斷地遷居……
裝備
雷神之錘項目
雷神之錘護甲項目是與該項目並行展開的，是人類中技術最先進的硬件設備。它可以為斯巴達戰士提供難以置信的防禦和力量。機載計算機系統可以為斯巴達提供基本戰術信息，包括敵我識別標記、運動探測器、武器相關信息以及身體狀態和能量護盾強度等讀數。後來的雷神之錘護甲還可以攜帶星艦級別的人工智慧，可以在戰場上為斯巴達戰士提供戰術數據。
配套神經接口
這種專為斯巴達戰士提供的神經接口被植入他們的頭骨中，可以為斯巴達和雷神之錘護甲提供神經連接。這套接口在配合雷神之錘護甲使用時，可以讓所搭載的星艦級別人工智慧監控斯巴達戰士和護甲的狀態。
設施
二期斯巴達項目於致遠星艦隊司令部軍事綜合體內的一座專用設施展開。而斯巴達戰士的大部分訓練都在建築群內的各種設施以及致遠星高地山脈周圍的荒野中進行，而文化教育則由德雅在致遠星海軍軍官學校授課。他們也在其他殖民地地點進行訓練，包括翡翠灣和火星的奇隆太空站。而生物改造則是在致遠星上空軌道的ONI醫療設施中進行的。
紫菀花計劃
……那些白大褂拿著針管和手術刀向你走來，用親切而嚴肅的聲音告訴你，這一切都是為了更光明的未來
—梅麗莎
Project: ASTER是一系列生化和生物力學改造程序的代號，適用於處於青春期時期的二期斯巴達新兵。該項目由ONI第三處在凱瑟琳·哈爾西博士的監督下實施。
歷史
關於人體的生化實驗和改造程序早在20世紀就已進入人類社會；這些實驗的收穫引起了人們的廣泛關注，希望藉此提高人類的力量和耐力。出於道德和倫理方面的考慮，相關的軍事實驗一直受到限制。然而，隨著技術的進步和科學家對人體的不斷了解，高科技的化學物質最終為人體改造的合理合法性鋪平了道路；人類的首個生物工程協議就是為了幫助人類適應長時間的太空航行和不同的行星環境，以及為隨後的星際戰爭而制定的。直到獵戶座項目使用生物改造取得了一定程度的成功，才最終為二期斯巴達項目奠定了基礎，這些用於協助培育精銳士兵的科技成果才得以鞏固。
在獵戶座項目中止五年後，UNSC開始對第二期獵戶座項目將要使用的改造程序進行研究。早期分析得出結論，下一代超級戰士必須具有“更具可塑性、更強健的DNA結構和修復酶”，這是在總結了獵戶座項目生物改造程序的缺陷而提出的針對性要求。帶著這些要求進行研究，最終得出能夠適應這些改造程序而不會產生嚴重副作用的最佳人選是尚未進入青春期的人類兒童。
為此，該項目將候選人群鎖定為青春期前兒童。但篩選過程將面臨的是整個殖民地人口的天文數字，經統計需要獲取的DNA樣本多達390億份。由於殖民地管理局在執行外殖民地疫苗接種計劃時秘密收集了所有外殖民地人口的DNA樣本，篩選工作得到了一定的緩解。
從2511年到2525年，隨著項目的持續展開，研究人員也一直在繼續對化學品進行精煉和改進，以降低生物改造的失敗率。後來的研究證明，用於該項目的改造程序中關於精神、腎上腺和神經的改造難度最大，伴隨著極大的風險。伊森里斯·傑洛米中將應其前學生哈爾西的要求，將改造程序的實驗用在了倭黑猩猩上，試圖降低手術失敗率並對其不斷改善。
在對改造程序進行的初步調查和研究中，出於風險和不完善性，有兩項擬議的改造程序最終被否決。第一是腎上腺反應增強，這項改造將增強自主神經系統，以更好地平衡身體對壓力的做出反應的交感神經和副交感神經功能。其次是記憶力和認知能力增強改造；由於可能造成精神崩潰和心理不穩定，這兩項改造程序最終被否決。
植入物
改造斯巴達戰士的過程分為兩個部分，手術程序和注射程序。外科手術風險高、強度大，需要特殊的醫療人才。它們的安全性和成效因受術者而異，也因外科醫生、手術條件和受術者狀態而異。化學改造也有其自身的風險，主要取決於受術者的遺傳基因造化，以及它們如何適應細胞和分子的變化，以及其他更為物理的身體組織生長。
- 枕骨下毛細血管迴路逆轉：能促進受術者的視網膜杆細胞和錐體細胞的血液流動，極大提高受術者視覺能力。風險：視網膜排異或脫落，以至於永久性失明。
- 以碳化陶瓷強化骨骼：將高強度材料移植到骨骼結構中，改變其易斷裂性。推薦劑量不超過骨骼總重量的3%，以免白細胞壞死。對青春期及青春期前兒童施術有特殊風險：骨骼爆發式生長可能造成不可挽回的粉碎性骨折。
- 甲狀腺催化劑植入手術：將含有人體生長荷爾蒙催化物的鉑金小球植入甲狀腺，以促使骨骼和肌肉組織的生長。風險：極少數受術者患上象皮病，性衝動受抑。
- 以注入物強化肌肉：將蛋白質複合體注入肌肉組織，以提高肌肉密度，並降低乳糖分解酶的恢復時間。風險：5%的受試者會產生致命的心臟膨腫症狀。
- 以超導纖維取代神經樹突：將神經細胞生物電傳導轉化方式變為反干擾電傳導方式。提升受術者反應能力達300%。證據顯示某些受術者有顯著的智力、記憶及創造力提升。風險：受術者易產生帕金森症及弗萊徹綜合徵。
改造程序
為了方便進行改造，受術者會在事前剃光頭髮。改造手術開始時，受術者身上會佈滿激光蝕刻出的開刀導向示意線。注射器會將麻醉藥通過手臂注射進體內，並進行全身麻醉，讓受術者進入無意識狀態。在受術者得到麻醉後，手術就正式開始了。
在枕骨下毛細血管迴路逆轉的過程中，神經外科醫生會在受術者的顱骨中切開一小片空間，露出大腦。隨後，神經外科醫生會執行一系列操作，重新排列左腦半球枕葉的毛細血管。血管的重新分佈會促進受術者視網膜視杆和視錐下方的血液流動。手術完成後，為接觸枕葉而開刀的部位會得到縫合修復，受術者的頭部會得到包紮。
在插入催化性甲狀腺植入物時，會在左側甲狀腺上開一個足夠大的切口，以便植入鉑顆粒；操作完成後，就會重新縫合傷口。生長激素會在體內得到釋放並逐漸發揮作用，刺激骨骼和肌肉組織的生長。
接著，受術者的全身都會進行肌肉增強注射，以幫助受術者扛過之前手術帶來的效果。如果受術者成功抗住瞭如上的手術效果，就會繼續展開手術的最後一個步驟。
由於上述操作會讓骨骼得到迅速生長，所以強化骨骼的改造程序必須安排在最後。這個操作需要直接暴露受術者的骨骼，去除一小層表層骨（不超過骨骼總重量的3%），然後覆上硬質合金陶瓷外殼。這個操作可能使用了一些生物化學手段，從而促進骨骼和金屬體的自然整合。操作完成後，骨骼與陶瓷層將會持續進行自然整合，同時受術者還要進行其他一些穩定改造效果和治療改造創傷的措施。
歷經完整的改造程序並倖存下來後，受術者需要進行一段漫長的恢復期。癒合過程需要持續數週至數月的時間，具體康復速率因人而異。每天，受術者都要進行拉伸、等張收縮等輕度鍛鍊，並食用五頓高蛋白食物。每次用餐完畢後，受術者都必須到醫務室接受一系列維生素和礦物質注射。
附帶效果
雖然受術者在手術過程中都處於無意識狀態，但他們可能會感受到劇痛。除了可能導致手術失敗的交叉化學併發症外，生物改造帶來的生理壓力還會導致心臟驟停。
每一種手術都會帶來一種特殊的劇痛。據說，以碳化陶瓷強化骨骼的感覺就像骨頭在斷裂，彷彿自己的骨骼是玻璃似的，能夠輕易破碎。甲狀腺植入和肌肉增強注射的感覺就像是自己的靜脈正在被注射凝固汽油彈；而另一些人感受到了搏動感，感覺靜脈就要撕裂皮膚爆出來。據說，肌肉密度增加的效果會讓受術者感覺整個身體都在燃燒，同時就好像有人把無數細碎的玻璃碴插入渾身。據說，以超導纖維取代神經樹突的感覺就像火焰沿著脊神經燃燒。
隨著受術者的大腦開始重新適應更快的反應速度和更強壯的肌肉，每個人因改造而產生的副作用也會有所不同。受術者可能會出現神經混亂，如摔倒、過度反射以及難以握持或抓住物體等問題。可能會經歷眼睛出血、間歇性頭痛和骨骼痠痛等症狀。
由於改造程序伴隨的風險性和危險性，許多14歲的受術者因身體產生排斥反應而喪生或淘汰。事後，死者的屍體沒有被埋葬或火化，而是被低溫保存，希望有一天有一天能夠將其起死回生（起死回生，復活，reviving）。80%以上的淘汰者在事後接受了實驗性康復計劃，他們都患有不同程度的疾病、傷殘和身體畸形。然而，這些康復計劃的最終結果目前仍然不得而知。為二期斯巴達項目執行的改造程序為日後三期斯巴達項目的一系列改進程序（菊花項目）鋪平了道路。
成效
哈爾西：他們比我們預期的更快、更強？
門德斯：可以這麼說。
—門德斯對從改造手術中恢復的斯巴達戰士的評價
那些成功得到身體改造的斯巴達戰士的表現讓人震撼不已；他們表現出的實力遠遠超出了預估。哈爾西懷疑這是由於對斯巴達戰士做的所有改造效果在共同作用之下產生的未知綜合效應；再加上斯巴達戰士自身的智慧、毫無破綻的團隊合作和對成功的不懈追求，這種作戰力是任何常規作戰人員都無法抵擋的。門德斯表示，在經過身體改造後，斯巴達只會隨著不斷適應而變得更強大。因此，斯巴達戰士的許多屬性都會隨著時間和適應而增加。
僅在改造手術後的幾個月，斯巴達戰士就能夠以超過55公里/小時或34.2英里/小時的速度奔跑，而凱莉-087的速度還能更快。後來在人類星盟戰爭中，凱莉-087在配備雷神之錘Mark V的情況下能達到最高62公里/小時或38.5英里/小時的時速。而在約翰-117為雷神之錘Mark V做測試的時候，他的奔跑時速甚至達到了105千米或65.2英里；但如此大的壓力造成了跟腱斷裂。
年僅14歲的斯巴達戰士，在沒有雷神之錘動力護甲的幫助下，能夠徒手舉起至少三倍於自己體重的重量。在致遠星鈦礦設施進行的訓練中，斯巴達戰士在從改造手術中恢復過來後，能夠完全壓制配備Mark I外骨骼的教官，速度之敏捷無法被外骨骼的自動瞄準系統鎖定，力量之大足以徒手拆卸重型戰鬥服。在訓練中，約翰-117僅一腳便將其中一名穿著外骨骼的教官踢出8米。
儘管硬質合金陶瓷骨已經使斯巴達戰士的骨骼“幾乎不可斷裂”，但實際上仍可通過極端的物理創傷而斷裂。例如，庫爾特-051在遭遇獵人盾牌的鈍擊後肋骨斷裂，奧托-031在從高處墜落後腳踝骨折，以及道格拉斯-042的左臂曾遭阿崔奧克斯扭斷。
他們的反應時間雖然無法準確測量，但估計約僅為20毫秒。斯巴達戰士的反應時間在戰鬥情況下或在人工智慧的協助下還能夠更快。正是因為幾乎不需要反應時間，以至於他們可以在緊張狀態下迅速思考，做出反應，評估周圍的情況，就像子彈時間一樣——凱莉-087將這一現象稱為“斯巴達時間”。斯巴達戰士在戰鬥中的運動軌跡幾乎不可能被其他人跟上，在一般人看來，斯巴達戰士的移動狀態就像是一陣風颳過，什麼都看不清。如此敏捷的機動性在某些場合甚至能瞬間躲避火力的攻擊。除此之外，斯巴達戰士也擁有敏銳的視力，相關的改造程序使其可以在黑暗中看清物體。
在配備雷神之錘動力護甲時，斯巴達的力量會得到顯著增強。在2535年的瓦礫星之戰中，阿德里亞娜-111在身穿Mark IV護甲的情況下，徒手舉起了一臺貓鼬號，將其作為鈍器砸死了幾個昂苟伊敵人。隨後，她將貓鼬號作為戰錘，將三個昂苟伊砸扁在地，粉碎為一攤血水，砸得貓鼬號的車輪彈飛，底盤扭曲，最後甚至直接砸斷裂了。在伊特蘭港之戰中，紅隊的三名成員（傑羅姆-092、愛麗絲-130和道格拉斯-042）在近距離戰鬥中擊敗了超過20人的桑赫利隱身步兵，自身毫髮無損。
配備雷神之錘護甲的蔻兒-141能夠單手格擋基拉哈尼酋長的錘擊（擋的是錘柄），並連續閃避重力錘的多次錘擊，並使用增強的機動性跳到空中，三拳兩腳打傷酋長；此外，她還能夠從厚厚的沼澤舉起載有ODST的SOEIV空降艙，並將其投擲至數十米外。在伽馬太空站的行動中，配備雷神之錘Mark V護甲的約翰-117在零重力情況下與一位桑赫利戰士展開了肉搏，並試圖控制敵人的武器，最終成功射殺了敵人。在04光環之戰中，約翰-117曾徒手翻轉翻倒的疣豬號，並徒手打碎桑赫利戰士的頭骨。
在初次反擊行動中，約翰-117曾在近距離戰鬥中與一名基拉哈尼敵人戰鬥，差點遭敵人勒死，最終通過巴西柔術和手榴彈成功地將其殺死。此外，琳達-058曾在單手抓住捆綁腿部的電纜的身體倒掛情況下單手進行瞄準狙擊，數次透過飛行中的妖姬戰鬥機整流罩的縫隙將裡面的飛行員狙殺。
地球之戰期間，在保衛哈瓦那太空電梯時，配備雷神之錘Mark VI護甲的弗雷德-104在近距離與一名基拉哈尼敵人戰鬥，用整個彈匣的火力精確命中了敵人的頸部。在隨後的奧星之戰中，威爾-043與一對獵人展開了肉搏戰，並在琳達-058使用狙擊步槍擊傷了獵人的軀體中段後，成功地將其體內的列勾盧蠕蟲組合體活活撕碎，殺死了其中一位獵人。在同一場戰鬥中，凱莉-087與三名桑赫利戰士進行了肉搏，其中一名桑赫利敵人的手腕遭掰斷，凱莉使用敵人的能量劍一次便將兩個敵人劈成兩半。
2553年，在突襲虔敬號的過程中，配備雷神之錘Mark VII的內奧米-010一記上勾拳便殺死了一名基拉哈尼敵人，並連帶折斷了敵人的脊椎。在高星行動中，弗雷德-104成功地將一臺入侵者哨兵壓倒在地，並在無人機開始移動時對其進行物理壓制。
2559年，在第二次方舟衝突中，傑羅姆-092獨自一人在矢志不渝號中擊敗了眾多的基拉哈尼和桑赫利敵人。在戰鬥中，他徒手拽住了一位基拉哈尼軍閥的頭部，將其摔倒在地，同時單手持霰彈槍向另一個基拉哈尼敵人開火。
逆向改造
目前已知有三名退出項目的前斯巴達戰士通過各種未知的方式擺脫了生物改造的增強。其中瑟琳-019和拉爾夫-103因手術而致殘。瑟琳被官方宣佈死亡，並被秘密編入ONI，ONI扭轉了生物改造對其造成的影響。她在40歲時身高有6英尺3英寸（191釐米），但這是由於生物改造的長期影響還是她自己的自然發育尚不清楚。拉爾夫因心理創傷和各種排斥反應而退出了項目；他沒有得到完全的改造，雖然身體機能不如改造成功的斯巴達戰士，但優於普通人。他被允許重返平民生活，並在20歲時加入海軍陸戰隊服役。
蘭道爾-037成功挺過了改造手術，一直在前線服役，直到2532年在作戰中失蹤。後來ONI於2546年發現失蹤的蘭道爾時，雙方達成了協議，ONI允許其作為平民繼續生活，但要對其進行逆向改造，收回UNSC的強化，且逆向過程非常痛苦。最終，蘭道爾如願以償變回了普通人，變得比其他斯巴達戰士矮小許多，還為此增添了更多疤痕。
爭議內容
- 根據《致遠星的淪陷》說辭，肌肉增強注射會降低乳糖分解酶的恢復時間。事實上，乳糖酶 / Lactase是一種催化乳糖分解的代謝酶。而另一種類似的分子，乳酸鹽 / lactate（乳酸 / lactic acid的共軛鹼），會在肌肉組織的無氧呼吸過程中積累，在長時間的運動後會引起疼痛。所以事實上，在新陳代謝過程中人體恢復的是乳酸（而不是乳糖）。因此，埃裡克·尼倫德可能是在寫作過程中將lactate中的“t”錯誤拼寫為了“s”，成為了Lactase，或者只是他對這方面不太瞭解。
瑣事
- SPARTAN-II的徽章與現實中美國總統的徽章非常相似。光環：致遠星限量版和傳奇版中就附贈一塊印有SPARTAN-II項目的布章。
- 該項目與1998年電影《士兵》中設定的亞當計劃非常類似。這兩部作品都講述了孩子們得到殘酷的訓練和灌輸軍事思想（在電影中，候選人均為嬰兒），成為堅忍無情的突擊部隊，部署去對抗人類反叛者。斯巴達戰士的服役編號也與電影中的戰士代號相呼應：名字後面跟著數字（電影的主角名叫託德-3465）。兩者之間關於訓練的某些方面也表現出相似之處；在電影中，孩子們被迫觀看狗群獵殺野豬，而在《光環：瑞曲之隕》中，德雅向斯巴達戰士們展示了狼群獵殺駝鹿的畫面。
單位信息
隸屬：UNSC海軍
- 海軍特種作戰部
類型：特種作戰部隊
規模：
- 一屆：改造前75人；改造後33+人
- 二屆：未知規模
參與：
- 大反叛
- 人類星盟戰爭
- 大分裂戰後衝突
指揮官：
- 庫爾特-051少校
- 弗雷德裡克-104中尉
- 約翰-117一級軍士長
- 傑羅姆-092二級軍士長
- 富蘭克林·門德斯二級軍士長
- 凱瑟琳·哈爾西博士