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你被征召入伍。你将接受训练，你将成为我们最顶尖的战士。你将保护地球及其殖民地。
SPARTAN-II program最初被称为Generation-II ORION / The ORION Project Generation Two / 第二代猎户座计划，是通过机械装置与生物改造打造人类超级战士的重大努力，也是该系列项目中首次试图将先进外骨骼技术与个体的优秀体格相结合的尝试。二期斯巴达项目的受试者接受了斯巴达各代项目中最广泛且最具风险的身体改造。
历史
从一开始斯巴达战士就是最后的武器。我们为战斗而生，为战争而活。
—海军一级军士长约翰-117
背景
2506年，在最初的猎户座项目中止后的几年里，UNSC难以维持小型特种部队对抗反叛者的效力。随着反叛活动愈演愈烈，UNSC也需要加大力度进行打击，显而易见的是：大规模军事行动变得越来越有必要。
大约在2510年，ONI开始重新研究卡佛报告，卡佛的这则报告在好几年前就警告过外殖民地存在强烈不稳定因素。这则报告正确地推导，不稳定因素将持续升级，除非采取激烈的军事措施，否则将导致内外殖民地之间的大规模战争爆发。与此同时，年仅18岁的平民科学家凯瑟琳·哈尔西博士一直在独自对卡佛报告进行分析，她独立推导预测出未来将会发生的情况只会比卡佛提供的理论模型更为黑暗，UNSC对反叛者领导人的不作为行为将导致至少30年的战争和50亿人的死亡；其中最致命的是：这场大规模战争持续时间难以预测，甚至可能导致人类文明的崩溃。哈尔西向ONI第三处的迈克尔·斯坦福斯中将说明了自己的研究结果，这才发现ONI也得出了相同的结论。为了防止可预见的大规模战争，哈尔西同意加入ONI麾下，特别是由斯坦福斯领导的第三处下属特殊项目部门，以创造解决方案。
起始阶段
作为对抗正在整个人类星域肆虐的大反叛的最佳解决方案，UNSC于2511年启动了第二代猎户座项目。该项目设想了数个发展目标：第一个目标是计划建设一支由幼年时期就开始培养的精锐士兵部队，并避免重大军事伤亡的发生；第二个目标是尽量减少平民伤亡，避免内战战火扩散；第三个目标是大幅降低常规平定手段的成本。
哈尔西博士的相关建议详细说明了第二期猎户座项目在许多不同方面与先前第一期项目的根本性改变。首要差异也是最具争议的部分，就是受试者本身，他们需要拥有人类中最好的基因，且必须符合一定的年龄限制，还必须拥有优越的体格和心理素质，这些受试者必须被灌输军事价值观和对战争的理解。使用如此见不得人的手段创造超级战士意味着该项目必须以最高机密形式进行。
虽然传统防弹衣已经普及了好几个世纪，但第二期猎户座项目的第二个根本性改变是将受试者与一种新型的动力外骨骼设备相结合，该设备旨在协助保护使用者的安全，并提供一种对抗敌人的强大手段。但这种新型装甲的缺点是它需要受试者经过身体改造才能有效驾驭，也就是说这些受试者得先成为实验小白鼠，成功后才能成为真正的超级战士。
尽管面临巨大风险，手段也极具争议，ONI高层最终还是批准了哈尔西的计划。因为ONI明白一个道理：这个项目若是成功，将会挽救的生命远远凌驾于这微不足道的风险和道德。UNSC最初为该项目拨款了足够实验300名受试者的资金，但后来将资金削减到了一半。2517年，通过从外殖民地疫苗接种计划中收集的DNA，项目已经确定了150名合适的候选人，但UNSC再次削减了项目预算，仅能实施一半的人数。最终，ONI绑架了75名儿童作为受试者，年龄均在6岁左右，男女皆有。为了保证项目的机密性，ONI使用快速克隆体在现实生活中取代了这些孩子的存在，但由于快速克隆体技术并不完善，这些克隆体最终都在不久后因各种原因病逝。
哈尔西在向ONI的其他成员说明有关该项目的信息时，使用克隆技术也被ONI认为是该项目中最具争议的决定之一。值得一提的是，哈尔西计划使用克隆人的行为直接引起了ONI总指挥玛格丽特·帕兰戈斯基上将的愤怒。事后，她对哈尔西进行了审讯，并要求了解哈尔西使用克隆人的理由。帕兰戈斯基认为克隆人并不是必要的选择，只是哈尔西出于个人和道德原因的故意而为，只是为了给受试者的家庭一个不必要的交代，从而减轻自己的负罪感。
哈尔西对该项目的名字“第二期猎户座项目”并不满意；于是，出于个人偏好，她决定不再使用“猎户座”这个名字，这样就可以在那些控制该项目预算的政治和军事官僚心中将该项目与原先猎户座项目的失败拉开距离。为了向先前猎户座项目的付出努力表示敬意，她选择将该项目称为二期斯巴达计划，保留了“二期”这个世代名。事实上，她还考虑了其他几个“好战”的名字，包括近卫军、兰茨克内希特、不朽者、义勇兵、泰坦、阿尔戈、奥德修斯、奥林匹斯、祖鲁、克洛诺斯、普罗米修斯、战甲、复仇女神、代达罗斯、大力神、维京人和海伯利安。
训练阶段
将受试者绑架并为其使用镇静剂后，他们被带到了致远星，在这里，他们在军士长富兰克林·门德斯和人工智慧德雅的指导下展开训练，后者也在该项目中担任哈尔西的助手。为了让他们与曾经的平民生活彻底隔绝，他们将不再以曾经的姓名命名，而是以由名字和数字组成的代号相称，姓氏将被彻底抛弃，被逐渐遗忘。斯巴达学员们主要驻扎在致远星舰队司令部军事综合设施，在最初几年的训练中，他们经历了重重困难：被置于逼迫自己将能力发挥到极致的情境和训练中。除了艰苦的军事训练外，他们还需要接受包括数学、科学、历史、阅读、写作和军事战术在内的高水平文化教育。
尽管门德斯军士长的训练方法很严格，甚至有些残忍，但他总是向斯巴达战士们强调纪律、荣誉和尊重的重要性。他教斯巴达战士如何杀死敌人，但同时也教导他们什么是对什么是错。在此期间，以约翰-117为代表的孩子们得到了长足的发展。门德斯对他们的训练持续到了2525年，年仅14岁的他们迎来了重生之路中最艰难的部分：生物改造程序，这个过程杀死了75位儿童中的30人，并致使另外12名儿童残废，淘汰出项目，转而加入ONI在内的各单位服役。最终，只有33人成功完成了身体改造，其中2人在数周后自杀。
人类星盟战争
人类星盟战争的爆发标志着该项目的实质性目标发生改变；最初用于对抗反叛者的斯巴达战士现在被迫与更加强大的敌人——星盟展开战斗。新的威胁加速了斯巴达训练进入最后阶段：雷神之锤项目。装备了雷神之锤护甲后，斯巴达战士成为了对抗星盟的最重要手段之一。在对抗星盟的持续作战中，该项目的成果——二期斯巴达战士在面对各种威胁的情况下证明了自己的价值、验证了天才科学家凯瑟琳·哈尔西博士的思想前瞻性、不负ONI及其UNSC众望。正是斯巴达战士的存在，无数人的生命免遭星盟生灵涂炭。
2547年，ONI向公众公开了二期斯巴达项目和斯巴达战士的存在，极大地提高了UNSC士气。斯巴达战士的战斗能力丝毫不让星盟，甚至让星盟都为之一颤，包括圣西姆和桑赫利人在内的星盟种族以“恶魔”来称呼这些超级战士。
随着伤亡的持续扩大，斯巴达战士的数量也不可避免地遭到损失。由于斯巴达战士的战绩是UNSC最有效的宣传手段，ONI第二处发布了第930号指令：任何斯巴达战士阵亡的情况都将被列为“行动中失踪”（MIA）或“行动中受伤”（WIA），从而维持斯巴达永远不死的假象。2552年8月27日，隶属海军特种作战部的28位二期斯巴达战士中的25位（除灰队外）都被召回了致远星，接受旨在结束战争的“红旗行动”命令。他们计划劫持一艘星盟旗舰，找到星盟的首都世界，并劫持一位星盟最高领导人，迫使星盟停火。为此，UNSC特别配备了人工智慧科塔娜，搭载在约翰-117的雷神之锤护甲内，作为这次行动的黑客兼技术专家。
然而，该计划随着星盟入侵致远星而被迫取消。在随后的灾难性溃败中，大多数二期斯巴达战士战陨致远星，只有少数幸存者于ONI城堡基地避难。约翰-117和琳达-058成功搭乘UNSC秋风之墩号撤出了战斗，但由于琳达于伽马空间站的战斗中受了重伤，只能被暂时冷冻。随后，约翰随秋风参与了04光环之战，并最终为了阻止洪魔而摧毁了环带。
在04光环之战后，幸存者们返回了致远星，并得以与剩下的斯巴达战士会合。幸存者们随后展开了初次反击行动，摧毁了星盟舰队的集结地，暂时阻止了星盟入侵地球的计划。随后，斯巴达战士们将继续在地球之战、05光环之战、奥星之战和方舟之战中发挥重要作用。最终，约翰-117在神风烈士提尔'瓦达姆的协助下击败了星盟并结束了战争。但由于意外被困于UNSC航向黎明号的残骸，漂泊于深空之中。
战后冲突
已知有16名斯巴达战士在战争中幸存下来：约翰-117、弗雷德-104、凯莉-087、琳达-058、内奥米-010、杰-006、阿德里亚娜-111、迈克尔-120、里昂-011、罗伯特-025、奥古斯特-099、兰道尔-037、奥托-031、维克托-101、玛格丽特-053和罗马-143。还有残疾的淘汰者，他们中的一些人也在战争结束后幸存下来，如穆萨-096和瑟琳-019。
红队的早期成员：道格拉斯-042、杰罗姆-092和爱丽丝-130，在战争的大部分时间里都处于低温休眠状态，直到战争结束近六年后的2559年才被唤醒。灰队在2552年末执行了阳戟行动，炸毁一个桑赫利殖民地后，一直在太空中漂流，保持低温休眠状态，直到2558年年中，一名桑赫利指挥官罗吉卡‘卡桑才唤醒了他们。
在于2553年被转移到高度机密的ONI麾下K5小队后，内奥米-010截止至2558年仍然在继续执行高度机密行动。兰德尔-037自2532年起在行动中失踪，并于2546年被ONI退伍，最终成为了塞德拉殖民地卫队的上校，在2556年牺牲了自己炸毁光环碎片。
战后至少有三名欧米茄队成员幸存下来，但他们目前的状况尚不清楚。同时，斯巴达作战部也得到了组件，一些二期斯巴达战士参与了对新生四期斯巴达战士的训练。
2557年，在失踪近五年后，约翰-117重新与UNSC无尽号在安魂星取得联系，并化解了宣教士对地球的袭击。事后，约翰与蓝队重聚，不久后再次与宣教士对抗；再次击败普罗米修斯后，这支队伍继续在战场上执行多项机密作战行动。同年，黑队部署于03光环，但遭宣教士杀害，致使目前已知的现役斯巴达战士的人数减少到了8人。
2558年9月1日，灰队被从低温休眠中唤醒，在卡罗星陷入了两个派系的斗争之中。最终，灰队与桑赫利势力联合起来，摧毁了基拉哈尼酋长赫卡柏所控制的容纳数十万沙奎伊人的地下先行者设施，并连带消灭了赫卡柏派系和当地的两个桑赫利派系，罗吉卡也放弃了对人类的仇恨。灰队在回归UNSC后面临着一个抉择，加入ONI下属的联合种族特别打击小组，继续像以前一样在联合占领区执行纵深行动。作为交换，他们将获得神风烈士本人的赦免。最终，灰队不情愿地接下了ONI的安排。
2558年10月，蓝队擅离职守试图去独自阻止科塔娜及其造物联盟的崛起，但一系列的行动最终没能取得成效。
2559年2月，在太空漂流了28年后，UNSC火灵号抵达了方舟。红队也随之苏醒了过来，试图与当地的UNSC取得联系，并与当地的流放者爆发了战斗。
截至2559年4月，共有14名现役斯巴达战士活跃，其中只有蓝色和红队已知仍然隶属于海军特种作战部，而灰队和内奥米-010则继续在ONI的授权下行动。欧米茄队的状态仍然未知。
2559年10月，蓝队在致远星执行了沃尔夫行动，从城堡基地的废墟中取回了哈尔西的资产，而这是击败科塔娜的关键。
2559年12月，托马斯·拉斯基舰长将蓝队的其他成员重新部署到一个独立的行动中，并另外将约翰-117和武器部署到泽塔环带对抗科塔娜。但无尽号在途中遭到流放者伏击，约翰-117被抛入太空。2560年5月，获救后的约翰-117重返战场，并在泽塔环带之战中发挥了重要作用。
个人
死？你不知道吗？斯巴达永远不死。
—库尔特-051致佛罗'曼塔魁
媒体宣传
为了鼓舞士气，ONI于2547年公布了二期斯巴达项目，但截至2558年，超级战士计划中的那些黑暗成分仍不为人所知。殖民地管理局于2547年发布的关于斯巴达战士的宣传资料中指出，超级战士是“从UNSC星域的各个角落招募的”，“他们个个都是有着数十年实战经验的老兵战士”，而故意忽略了项目中有争议性的部分。至少关于约翰-117，也就是在战争最后几个月中被塑造为传奇人物的士官长，得到了UNSC为其精心编造且鼓舞人心的个人传记，以向公众隐瞒他的真实身份，这份“个人传记”包括有数位自称与约翰认识或与他有过交往的人物对其的评价。
截止至2553年，UNSC军方普遍有关于斯巴达战士在六岁时遭绑架，被快速克隆体取而代之的流言。帕兰戈斯基上将计划在2553年初向UEG国防委员会公布关于二期斯巴达项目的机密内容，但截至2555年，军方仍未得到任何有关该项目的机密事实。截至2558年，这些机密信息仍尚不为公众所知，但一些四期斯巴达战士通过某种途径已经发觉了其中的端倪。在2558年的某个时候，记者本杰明·吉拉德向公众揭露了该项目的起源，并将自己的发现上传到公共网络，同时向UEG参议院的武装部队委员会提交了一份证词。这个行为加剧了公众对ONI和斯巴达战士日益增加的不信任。
上文提到，为了让他们与曾经的平民生活彻底隔绝，他们不再以曾经的姓名命名，而是以由名字和数字组成的代号相称，姓氏被彻底抛弃。斯巴达战士的全名已从所有军事记录中删除，只有哈尔西博士秘密持有的档案中记载有全部斯巴达战士的全名；不幸的是，致远星沦陷后，相关记录均被销毁，只有帕兰戈斯基本人持有这份档案的副本。在军队内部和公众中，斯巴达战士的身份只能通过服役编号来判断；只有极少数人才知晓他们的真正姓名。
心理状态
虽然许多局外人认为斯巴达战士是全心全意为国效力，但二期斯巴达战士仍然保有自己的想法；从计划早期开始，哈尔西博士一直坚持通过“说服和适应”将孩子们塑造成合格的士兵，而没有选择ONI同事提出的洗脑做法；她认为，为了打造真正高效的战士，斯巴达们必须能够正确理解并接受自己所肩负的使命的意义。因此，斯巴达战士对自己作为兵器的角色和肩负的使命有着深刻的理解。他们中的大多数人对自己遭绑架和改造的经历并不怀恨，而是开始接受自己作为斯巴达的生活，这既是只能由他们完成的任务，也是他们与生俱来的使命。
二期斯巴达战士的训练十分强调尽忠职守，不惜一切代价取得胜利，这是大多数现役斯巴达战士的价值观。只要还有一项任务没有完成，他们就会忽视对个人健康状况的担忧；且在战斗情况下接到终止行动的命令时，他们往往会为之表现出沮丧；正因为对完成任务的执着，斯巴达战士们通常更喜欢在行星执行作战，而不是在无法施展拳脚的宇宙飞船上。
因为从小到大共同成长，斯巴达战士们彼此之间维持着强大的凝聚力和深厚的情谊。由于无法在公开场合下表露情绪，斯巴达之间通常使用微妙的肢体语言和神秘的手势来表达自己的情绪。由于拥有无数独特的内在习惯和通过简单的手势或陈述来传达信号的行为，斯巴达群体之间的互动在很大程度上是外人无法理解的。只有极少数相关参与者，例如哈尔西博士和德雅，才知悉斯巴达战士们所保守的那些秘密。由于对彼此身体语言的高度熟悉，斯巴达战士们能够在行动中发挥完美的协同作用，他们的团队合作能力简直称得上是心有灵犀。虽然斯巴达战士遭受着严格的军事管控，通常很难与普通人类进行社交，但斯巴达们彼此之间却相当合拍，在平常会习惯性地聚在一起，进行打牌、锻炼、阅读或维护装备等活动。
由于斯巴达战士的声誉和令人生畏的存在，大多数人对他们充满敬畏，有时甚至是厌恶。很少有外人愿意触摸斯巴达战士，进行如握手等肢体接触。
组织
大多数二期斯巴达战士隶属于海军特种作战部，这是UNSC的一支特种作战机构，与ONI第三处有着密切的联系。尽管战后UNSC成立了新的斯巴达作战部，但二期斯巴达隶属海军的情况没有改变。
所有二期斯巴达战士在完成训练后都会晋升为二级军士长，尽管许多人后来晋升到了更高的军衔。尤其是约翰-117——斯巴达战士的实际领导人物，在2526年晋升为了一级军士长；而弗雷德-104在2552年晋升为了中尉。
二期斯巴达战士在战场上享有很大程度的作战自主权，队伍通常由3-5人组成，甚至会单独作战；团队领导人通常会根据各个斯巴达战士的个人才能选择最适合当前任务的战士，编入自己的队伍。然而，随着斯巴达战士们在几十年的时间里分散在对抗星盟的各个战场上，某些队伍的组成几乎固定了下来。二期斯巴达小队会根据任务的具体情况被分配以颜色为基础的队伍名称，蓝队、红队和绿队是最常用的名字。在一些任务中，队伍也可以分为更小的小分队（名字用希腊字母表示），以更好地进行当下的任务。在斯巴达大家庭中，一些战士自打训练起彼此之间就非常合拍，也就是后来的黑队和灰队，在整个人类星盟战争直到现在，这两支队伍的成员一直没有变动。
第二届二期斯巴达战士
2525年第一批斯巴达战士完成训练后，哈尔西博士开始策划下一波受试者；但这时她遭遇了阻碍。符合计划中年龄和基因限制要求的候选人太少，而她手头的大部分资金也都用于雷神之锤护甲的维护和开发；几乎已经无法继续展开新的斯巴达实验。到2531年，她的大部分资金都被UNSC转移到了其他项目上，其中最值得注意的是处于绝密状态的三期斯巴达项目，哈尔西最终放弃了第二届斯巴达战士的计划。由于缺乏足够的候选人，ONI也最终取消了该项目。
但到了2537年左右，已经有足够的候选人可以继续展开该项目。其中最著名的候选者之一，六岁的雅思敏·扎曼遭绑架，ONI继续使用克隆人取而代之，但她后来在生物改造手术中死亡。最终幸存的候选人之一有尼科尔-458。另一名女孩——杰尼萨里·詹姆斯也被选为合适的候选者，但她的父亲——前猎户座项目成员詹姆斯·詹姆斯在ONI特工来绑架她时，开枪打死了ONI特工，随后这家人为了避免UNSC找自己的麻烦而不断地迁居……
装备
雷神之锤项目
雷神之锤护甲项目是与该项目并行展开的，是人类中技术最先进的硬件设备。它可以为斯巴达战士提供难以置信的防御和力量。机载计算机系统可以为斯巴达提供基本战术信息，包括敌我识别标记、运动探测器、武器相关信息以及身体状态和能量护盾强度等读数。后来的雷神之锤护甲还可以携带星舰级别的人工智慧，可以在战场上为斯巴达战士提供战术数据。
配套神经接口
这种专为斯巴达战士提供的神经接口被植入他们的头骨中，可以为斯巴达和雷神之锤护甲提供神经连接。这套接口在配合雷神之锤护甲使用时，可以让所搭载的星舰级别人工智慧监控斯巴达战士和护甲的状态。
设施
二期斯巴达项目于致远星舰队司令部军事综合体内的一座专用设施展开。而斯巴达战士的大部分训练都在建筑群内的各种设施以及致远星高地山脉周围的荒野中进行，而文化教育则由德雅在致远星海军军官学校授课。他们也在其他殖民地地点进行训练，包括翡翠湾和火星的奇隆太空站。而生物改造则是在致远星上空轨道的ONI医疗设施中进行的。
紫菀花计划
……那些白大褂拿着针管和手术刀向你走来，用亲切而严肃的声音告诉你，这一切都是为了更光明的未来
—梅丽莎
Project: ASTER是一系列生化和生物力学改造程序的代号，适用于处于青春期时期的二期斯巴达新兵。该项目由ONI第三处在凯瑟琳·哈尔西博士的监督下实施。
历史
关于人体的生化实验和改造程序早在20世纪就已进入人类社会；这些实验的收获引起了人们的广泛关注，希望借此提高人类的力量和耐力。出于道德和伦理方面的考虑，相关的军事实验一直受到限制。然而，随着技术的进步和科学家对人体的不断了解，高科技的化学物质最终为人体改造的合理合法性铺平了道路；人类的首个生物工程协议就是为了帮助人类适应长时间的太空航行和不同的行星环境，以及为随后的星际战争而制定的。直到猎户座项目使用生物改造取得了一定程度的成功，才最终为二期斯巴达项目奠定了基础，这些用于协助培育精锐士兵的科技成果才得以巩固。
在猎户座项目中止五年后，UNSC开始对第二期猎户座项目将要使用的改造程序进行研究。早期分析得出结论，下一代超级战士必须具有“更具可塑性、更强健的DNA结构和修复酶”，这是在总结了猎户座项目生物改造程序的缺陷而提出的针对性要求。带着这些要求进行研究，最终得出能够适应这些改造程序而不会产生严重副作用的最佳人选是尚未进入青春期的人类儿童。
为此，该项目将候选人群锁定为青春期前儿童。但筛选过程将面临的是整个殖民地人口的天文数字，经统计需要获取的DNA样本多达390亿份。由于殖民地管理局在执行外殖民地疫苗接种计划时秘密收集了所有外殖民地人口的DNA样本，筛选工作得到了一定的缓解。
从2511年到2525年，随着项目的持续展开，研究人员也一直在继续对化学品进行精炼和改进，以降低生物改造的失败率。后来的研究证明，用于该项目的改造程序中关于精神、肾上腺和神经的改造难度最大，伴随着极大的风险。伊森里斯·杰洛米中将应其前学生哈尔西的要求，将改造程序的实验用在了倭黑猩猩上，试图降低手术失败率并对其不断改善。
在对改造程序进行的初步调查和研究中，出于风险和不完善性，有两项拟议的改造程序最终被否决。第一是肾上腺反应增强，这项改造将增强自主神经系统，以更好地平衡身体对压力的做出反应的交感神经和副交感神经功能。其次是记忆力和认知能力增强改造；由于可能造成精神崩溃和心理不稳定，这两项改造程序最终被否决。
植入物
改造斯巴达战士的过程分为两个部分，手术程序和注射程序。外科手术风险高、强度大，需要特殊的医疗人才。它们的安全性和成效因受术者而异，也因外科医生、手术条件和受术者状态而异。化学改造也有其自身的风险，主要取决于受术者的遗传基因造化，以及它们如何适应细胞和分子的变化，以及其他更为物理的身体组织生长。
- 枕骨下毛细血管回路逆转：能促进受术者的视网膜杆细胞和锥体细胞的血液流动，极大提高受术者视觉能力。风险：视网膜排异或脱落，以至于永久性失明。
- 以碳化陶瓷强化骨骼：将高强度材料移植到骨骼结构中，改变其易断裂性。推荐剂量不超过骨骼总重量的3%，以免白细胞坏死。对青春期及青春期前儿童施术有特殊风险：骨骼爆发式生长可能造成不可挽回的粉碎性骨折。
- 甲状腺催化剂植入手术：将含有人体生长荷尔蒙催化物的铂金小球植入甲状腺，以促使骨骼和肌肉组织的生长。风险：极少数受术者患上象皮病，性冲动受抑。
- 以注入物强化肌肉：将蛋白质复合体注入肌肉组织，以提高肌肉密度，并降低乳糖分解酶的恢复时间。风险：5%的受试者会产生致命的心脏膨肿症状。
- 以超导纤维取代神经树突：将神经细胞生物电传导转化方式变为反干扰电传导方式。提升受术者反应能力达300%。证据显示某些受术者有显著的智力、记忆及创造力提升。风险：受术者易产生帕金森症及弗莱彻综合征。
改造程序
为了方便进行改造，受术者会在事前剃光头发。改造手术开始时，受术者身上会布满激光蚀刻出的开刀导向示意线。注射器会将麻醉药通过手臂注射进体内，并进行全身麻醉，让受术者进入无意识状态。在受术者得到麻醉后，手术就正式开始了。
在枕骨下毛细血管回路逆转的过程中，神经外科医生会在受术者的颅骨中切开一小片空间，露出大脑。随后，神经外科医生会执行一系列操作，重新排列左脑半球枕叶的毛细血管。血管的重新分布会促进受术者视网膜视杆和视锥下方的血液流动。手术完成后，为接触枕叶而开刀的部位会得到缝合修复，受术者的头部会得到包扎。
在插入催化性甲状腺植入物时，会在左侧甲状腺上开一个足够大的切口，以便植入铂颗粒；操作完成后，就会重新缝合伤口。生长激素会在体内得到释放并逐渐发挥作用，刺激骨骼和肌肉组织的生长。
接着，受术者的全身都会进行肌肉增强注射，以帮助受术者扛过之前手术带来的效果。如果受术者成功抗住了如上的手术效果，就会继续展开手术的最后一个步骤。
由于上述操作会让骨骼得到迅速生长，所以强化骨骼的改造程序必须安排在最后。这个操作需要直接暴露受术者的骨骼，去除一小层表层骨（不超过骨骼总重量的3%），然后覆上硬质合金陶瓷外壳。这个操作可能使用了一些生物化学手段，从而促进骨骼和金属体的自然整合。操作完成后，骨骼与陶瓷层将会持续进行自然整合，同时受术者还要进行其他一些稳定改造效果和治疗改造创伤的措施。
历经完整的改造程序并幸存下来后，受术者需要进行一段漫长的恢复期。愈合过程需要持续数周至数月的时间，具体康复速率因人而异。每天，受术者都要进行拉伸、等张收缩等轻度锻炼，并食用五顿高蛋白食物。每次用餐完毕后，受术者都必须到医务室接受一系列维生素和矿物质注射。
附带效果
虽然受术者在手术过程中都处于无意识状态，但他们可能会感受到剧痛。除了可能导致手术失败的交叉化学并发症外，生物改造带来的生理压力还会导致心脏骤停。
每一种手术都会带来一种特殊的剧痛。据说，以碳化陶瓷强化骨骼的感觉就像骨头在断裂，仿佛自己的骨骼是玻璃似的，能够轻易破碎。甲状腺植入和肌肉增强注射的感觉就像是自己的静脉正在被注射凝固汽油弹；而另一些人感受到了搏动感，感觉静脉就要撕裂皮肤爆出来。据说，肌肉密度增加的效果会让受术者感觉整个身体都在燃烧，同时就好像有人把无数细碎的玻璃碴插入浑身。据说，以超导纤维取代神经树突的感觉就像火焰沿着脊神经燃烧。
随着受术者的大脑开始重新适应更快的反应速度和更强壮的肌肉，每个人因改造而产生的副作用也会有所不同。受术者可能会出现神经混乱，如摔倒、过度反射以及难以握持或抓住物体等问题。可能会经历眼睛出血、间歇性头痛和骨骼酸痛等症状。
由于改造程序伴随的风险性和危险性，许多14岁的受术者因身体产生排斥反应而丧生或淘汰。事后，死者的尸体没有被埋葬或火化，而是被低温保存，希望有一天有一天能够将其起死回生（起死回生，复活，reviving）。80%以上的淘汰者在事后接受了实验性康复计划，他们都患有不同程度的疾病、伤残和身体畸形。然而，这些康复计划的最终结果目前仍然不得而知。为二期斯巴达项目执行的改造程序为日后三期斯巴达项目的一系列改进程序（菊花项目）铺平了道路。
成效
哈尔西：他们比我们预期的更快、更强？
门德斯：可以这么说。
—门德斯对从改造手术中恢复的斯巴达战士的评价
那些成功得到身体改造的斯巴达战士的表现让人震撼不已；他们表现出的实力远远超出了预估。哈尔西怀疑这是由于对斯巴达战士做的所有改造效果在共同作用之下产生的未知综合效应；再加上斯巴达战士自身的智慧、毫无破绽的团队合作和对成功的不懈追求，这种作战力是任何常规作战人员都无法抵挡的。门德斯表示，在经过身体改造后，斯巴达只会随着不断适应而变得更强大。因此，斯巴达战士的许多属性都会随着时间和适应而增加。
仅在改造手术后的几个月，斯巴达战士就能够以超过55公里/小时或34.2英里/小时的速度奔跑，而凯莉-087的速度还能更快。后来在人类星盟战争中，凯莉-087在配备雷神之锤Mark V的情况下能达到最高62公里/小时或38.5英里/小时的时速。而在约翰-117为雷神之锤Mark V做测试的时候，他的奔跑时速甚至达到了105千米或65.2英里；但如此大的压力造成了跟腱断裂。
年仅14岁的斯巴达战士，在没有雷神之锤动力护甲的帮助下，能够徒手举起至少三倍于自己体重的重量。在致远星钛矿设施进行的训练中，斯巴达战士在从改造手术中恢复过来后，能够完全压制配备Mark I外骨骼的教官，速度之敏捷无法被外骨骼的自动瞄准系统锁定，力量之大足以徒手拆卸重型战斗服。在训练中，约翰-117仅一脚便将其中一名穿着外骨骼的教官踢出8米。
尽管硬质合金陶瓷骨已经使斯巴达战士的骨骼“几乎不可断裂”，但实际上仍可通过极端的物理创伤而断裂。例如，库尔特-051在遭遇猎人盾牌的钝击后肋骨断裂，奥托-031在从高处坠落后脚踝骨折，以及道格拉斯-042的左臂曾遭阿崔奥克斯扭断。
他们的反应时间虽然无法准确测量，但估计约仅为20毫秒。斯巴达战士的反应时间在战斗情况下或在人工智慧的协助下还能够更快。正是因为几乎不需要反应时间，以至于他们可以在紧张状态下迅速思考，做出反应，评估周围的情况，就像子弹时间一样——凯莉-087将这一现象称为“斯巴达时间”。斯巴达战士在战斗中的运动轨迹几乎不可能被其他人跟上，在一般人看来，斯巴达战士的移动状态就像是一阵风刮过，什么都看不清。如此敏捷的机动性在某些场合甚至能瞬间躲避火力的攻击。除此之外，斯巴达战士也拥有敏锐的视力，相关的改造程序使其可以在黑暗中看清物体。
在配备雷神之锤动力护甲时，斯巴达的力量会得到显著增强。在2535年的瓦砾星之战中，阿德里亚娜-111在身穿Mark IV护甲的情况下，徒手举起了一台猫鼬号，将其作为钝器砸死了几个昂苟伊敌人。随后，她将猫鼬号作为战锤，将三个昂苟伊砸扁在地，粉碎为一摊血水，砸得猫鼬号的车轮弹飞，底盘扭曲，最后甚至直接砸断裂了。在伊特兰港之战中，红队的三名成员（杰罗姆-092、爱丽丝-130和道格拉斯-042）在近距离战斗中击败了超过20人的桑赫利隐身步兵，自身毫发无损。
配备雷神之锤护甲的蔻儿-141能够单手格挡基拉哈尼酋长的锤击（挡的是锤柄），并连续闪避重力锤的多次锤击，并使用增强的机动性跳到空中，三拳两脚打伤酋长；此外，她还能够从厚厚的沼泽举起载有ODST的SOEIV空降舱，并将其投掷至数十米外。在伽马太空站的行动中，配备雷神之锤Mark V护甲的约翰-117在零重力情况下与一位桑赫利战士展开了肉搏，并试图控制敌人的武器，最终成功射杀了敌人。在04光环之战中，约翰-117曾徒手翻转翻倒的疣猪号，并徒手打碎桑赫利战士的头骨。
在初次反击行动中，约翰-117曾在近距离战斗中与一名基拉哈尼敌人战斗，差点遭敌人勒死，最终通过巴西柔术和手榴弹成功地将其杀死。此外，琳达-058曾在单手抓住捆绑腿部的电缆的身体倒挂情况下单手进行瞄准狙击，数次透过飞行中的妖姬战斗机整流罩的缝隙将里面的飞行员狙杀。
地球之战期间，在保卫哈瓦那太空电梯时，配备雷神之锤Mark VI护甲的弗雷德-104在近距离与一名基拉哈尼敌人战斗，用整个弹匣的火力精确命中了敌人的颈部。在随后的奥星之战中，威尔-043与一对猎人展开了肉搏战，并在琳达-058使用狙击步枪击伤了猎人的躯体中段后，成功地将其体内的列勾卢蠕虫组合体活活撕碎，杀死了其中一位猎人。在同一场战斗中，凯莉-087与三名桑赫利战士进行了肉搏，其中一名桑赫利敌人的手腕遭掰断，凯莉使用敌人的能量剑一次便将两个敌人劈成两半。
2553年，在突袭虔敬号的过程中，配备雷神之锤Mark VII的内奥米-010一记上勾拳便杀死了一名基拉哈尼敌人，并连带折断了敌人的脊椎。在高星行动中，弗雷德-104成功地将一台入侵者哨兵压倒在地，并在无人机开始移动时对其进行物理压制。
2559年，在第二次方舟冲突中，杰罗姆-092独自一人在矢志不渝号中击败了众多的基拉哈尼和桑赫利敌人。在战斗中，他徒手拽住了一位基拉哈尼军阀的头部，将其摔倒在地，同时单手持霰弹枪向另一个基拉哈尼敌人开火。
逆向改造
目前已知有三名退出项目的前斯巴达战士通过各种未知的方式摆脱了生物改造的增强。其中瑟琳-019和拉尔夫-103因手术而致残。瑟琳被官方宣布死亡，并被秘密编入ONI，ONI扭转了生物改造对其造成的影响。她在40岁时身高有6英尺3英寸（191厘米），但这是由于生物改造的长期影响还是她自己的自然发育尚不清楚。拉尔夫因心理创伤和各种排斥反应而退出了项目；他没有得到完全的改造，虽然身体机能不如改造成功的斯巴达战士，但优于普通人。他被允许重返平民生活，并在20岁时加入海军陆战队服役。
兰道尔-037成功挺过了改造手术，一直在前线服役，直到2532年在作战中失踪。后来ONI于2546年发现失踪的兰道尔时，双方达成了协议，ONI允许其作为平民继续生活，但要对其进行逆向改造，收回UNSC的强化，且逆向过程非常痛苦。最终，兰道尔如愿以偿变回了普通人，变得比其他斯巴达战士矮小许多，还为此增添了更多疤痕。
争议内容
- 根据《致远星的沦陷》说辞，肌肉增强注射会降低乳糖分解酶的恢复时间。事实上，乳糖酶 / Lactase是一种催化乳糖分解的代谢酶。而另一种类似的分子，乳酸盐 / lactate（乳酸 / lactic acid的共轭碱），会在肌肉组织的无氧呼吸过程中积累，在长时间的运动后会引起疼痛。所以事实上，在新陈代谢过程中人体恢复的是乳酸（而不是乳糖）。因此，埃里克·尼伦德可能是在写作过程中将lactate中的“t”错误拼写为了“s”，成为了Lactase，或者只是他对这方面不太了解。
琐事
- SPARTAN-II的徽章与现实中美国总统的徽章非常相似。光环：致远星限量版和传奇版中就附赠一块印有SPARTAN-II项目的布章。
- 该项目与1998年电影《士兵》中设定的亚当计划非常类似。这两部作品都讲述了孩子们得到残酷的训练和灌输军事思想（在电影中，候选人均为婴儿），成为坚忍无情的突击部队，部署去对抗人类反叛者。斯巴达战士的服役编号也与电影中的战士代号相呼应：名字后面跟着数字（电影的主角名叫托德-3465）。两者之间关于训练的某些方面也表现出相似之处；在电影中，孩子们被迫观看狗群猎杀野猪，而在《光环：瑞曲之陨》中，德雅向斯巴达战士们展示了狼群猎杀驼鹿的画面。
单位信息
隶属：UNSC海军
- 海军特种作战部
类型：特种作战部队
规模：
- 一届：改造前75人；改造后33+人
- 二届：未知规模
参与：
- 大反叛
- 人类星盟战争
- 大分裂战后冲突
指挥官：
- 库尔特-051少校
- 弗雷德里克-104中尉
- 约翰-117一级军士长
- 杰罗姆-092二级军士长
- 富兰克林·门德斯二级军士长
- 凯瑟琳·哈尔西博士