2012年，戴斯蒙德死亡後，Abstergo派人回收了戴斯蒙德的屍體，並加以研究，名為“17號樣本計劃”。
Abstergo還收集了戴斯蒙德的遺物，包括一些錄音和照片。
下圖是四人小隊在大神殿入口前的合照，這應該是戴斯蒙德生前的最後一張照片了。
對戴斯蒙德的祖先們進行研究後，在蒙特利爾的Abstergo娛樂公司（育碧開發刺客教條的主力工作室就在蒙特利爾）經過市場分析，認為阿泰爾、艾吉奧、康納的故事不適合做成遊戲，最終決定選用愛德華·肯威的記憶來製作第二款電子遊戲——《夢魘海盜》。（第一款是《解放》）
2013年，Abstergo娛樂公司聘請一名研究分析員來探索愛德華·肯威的記憶，表面上是為了做遊戲，實際上是為聖殿騎士尋找伊甸聖器和遺址。而這位名字、相貌都未知的研究分析員，就是《刺客教條4》現代劇情的主角了，下文稱“路人A”。
大多數Abstergo娛樂公司的僱員都不知道公司背後其實是由聖殿騎士操控，除了少數幾個公司管理人員，比如創意總監奧利佛·加奈爾（Olivier Garneau），以及17號樣本項目主管梅蘭妮·勒梅（Melanie Lemay）。
路人A剛入職，就稀裡糊塗地捲進刺客與聖殿騎士的鬥爭之中，在臥底約翰·斯坦迪什的指引下，為潛伏進公司的肖恩和瑞貝卡送情報。
不久後奧利佛去芝加哥參加會議，卻離奇失蹤，此後梅蘭妮接替了他的位置。第二年（2014），奧利佛死於芝加哥黑客——艾登·皮爾斯（Aiden Pearce）的槍下。《看門狗》的一個支線就是艾登去攔截奧利佛。
（另外，《刺客教條4》中能找到ctOS、Blume的相關彩蛋，《看門狗》中也能找到Abstergo的相關彩蛋，非常有趣的聯動。）
約翰·斯坦迪什（John Standish，1975 - 2013）表面上是Abstergo娛樂公司的的技術人員，暗中卻是刺客安插在公司的臥底。然而，他的真實身份是一名聖者，他企圖使朱諾重返人間，最後因陰謀敗露被Abstergo保安射殺。
朱諾自《刺客教條3》被戴斯蒙德從大神殿釋放出來後，棲身於全球數字網絡空間中。約翰本打算誘騙路人A讓朱諾附身，但是由於朱諾還比較虛弱，暫時無法寄宿在有機生物體上。約翰死後，朱諾復活的陰謀還在繼續……
通過《刺客教條4》現代劇情中的文檔，可瞭解到更多Animus項目的實驗體，這裡總結下關鍵的幾個，多數在前面都介紹過。
0號實驗體：艾琳·波特（沃倫·韋迪克早年的競爭對手，於實驗中意外身亡後，沃倫·韋迪克接手了她的項目）
1號實驗體：艾芙琳的後代
2號實驗體：沃倫·韋迪克（是的，拿自己做實驗，然後發現自己的祖先是殺害聖女貞德的劊子手）
4號實驗體：丹尼爾·克洛斯
16號實驗體：克萊·卡茨馬雷克
17號實驗體：戴斯蒙德·邁爾斯
電影版中的實驗體：卡勒姆·林奇以及其他刺客後代
