本章節具體講述主權殖民地聯盟~殖民地聯合地球政府時期（《死亡空間3》中的暗線劇情），在這裡為了區別“主權殖民地聯盟”和“殖民地聯合地球政府”，故此就不單獨把兩者都納入“地球政府”概念中，而是分開進行敘述了。
主權殖民地聯盟武裝力量LOGO
到22世紀中葉（2146年），由聯合國（United Nations）發展而來的主權殖民地聯盟（Sovereign Colonies）正式成為了《死亡空間》世界觀中人類歷史上第一個聯合地球政府組織。
主權殖民地聯盟是一個類聯邦制的政體（在遊戲的大背景之下，由於沒有國家概念，就使用政體來代稱國家），聯盟是由8個完全享有平等權利的大洲部分按照自願結合的原則構成聯盟。這8個區塊分別是——斯堪的納維亞地區、北美地區、中美地區、南美地區、北亞地區、泛亞地區、泛歐洲區和非洲地區。看到這裡大家是不是很熟悉了，對，主權殖民地聯盟的“國體”非常類似蘇維埃社會主義共和國聯盟。
邁克爾·阿爾特曼
到殉道者時間線的2214年，正式進入了“《死亡空間》宇宙”主體作品的時間線。從這段時間線開始，所有關於《死亡空間》劇情的發展都能夠通過本體遊戲作品和大家能夠接觸到的衍生作品進行了解。
"For two hundred years, Unitology has sought the truth.
兩世紀以來，吾教一務求其道。
When Michael Altman spread his word, few people believed him.
當阿爾特曼一字一句的吐其遇，鮮有人信之。
The government tried to discredit him! And when that didn't work, they killed him and said it was an accident!
政府為一切之法欲敗壞我大先知之名，然則力盡。機關算盡的政府竟殺死了我們偉大的先知，且謊稱其死於意外！
But we also know he was telling the truth! For two centuries, we and our forefathers kept the faith and our belief in his words.
但我們知道先知所述一切，句句皆實！我們和我的祖先兩世紀以來堅信著偉大先知之所言。
Now finally we have proof - that we have been right all along.
如今鐵證如山，我們對於先知的信仰都是對的。
You've all seen the vidlogs by now, you all know what they found out there.
現錄像昭然若見，你們都明白了這個地方到底發生了什麼。
Here on this very planet, we found - Another Marker!"
如今，在這個星球上（指神盾7號），我們發現了另一枚神印。
Deakin Abbott（迪金·聖·約翰·艾伯特）統一教傳教士
到了23世紀初（2214年），主權殖民地聯盟發現了位於墨西哥地區尤卡坦半島“神印”撞擊坑內的黑色神印，挖掘科研隊除了邁克爾·阿爾特曼之外，全都因為黑色神印的影響而變得瘋狂，地球上的第一次屍變體爆發開始。
邁克爾·阿爾特曼是一名物理學家，他在北美地區的新聞發佈會上公開發布了關於神印的細節和相關鏡頭。在《殉道者》中，阿爾特曼是一名40歲左右、黑髮於鬢角、藍綠色眼睛的“智者”形象（其實“阿爾特曼”在古德語裡面也有智者的意思）。不過到了《死亡空間2》裡，阿爾特曼的雕像被弄成了一個禿頂造型，這簡直是對神的侮辱。
死亡空間2統一教教堂中的阿爾特曼形象
…someone has to shut him up. His public out cry about the Marker is more than a nuisance. This is a matter of security.
…總有人會讓他永遠閉嘴的，這傢伙天天在外面對著神印失智一樣的叫喚不光讓人覺得心煩，更重要的是這絕對是一個安全隱患。
—Eando Dukaj（伊恩多·杜克）
邁克爾·阿爾特曼和神印達成了所謂“協議”，並向公眾完全公開了神印的一切。
2215年，阿爾特曼死在了兩名聯盟政府特工——馬爾可夫和斯蒂文森的手上。不過這兩人並不是為了建立統一教好謀取利益的——而是主權殖民地聯盟政府安布羅斯·凱登將軍直接下令殺死的。
海上油田開採殆盡
同年，主權殖民地聯盟的星際拓展問題越來越嚴重。聯盟政府經濟因為能源和氣候問題正在衰退，能源的枯竭造成民眾需要的基礎生活物資大幅度上升，並且政府高壓管理導致底層民眾對聯盟的公信力大幅下降，“分裂分子（分離主義者）”的勢頭正在逐步發芽。
在這樣的環境之後，政府通過將阿爾特曼的死稍作渲染，被政府有意地塑造為了一名殉道者，而統一教則成為了《死亡空間》世界觀下人類歷史上最大的單一性宗教，以此來轉移民眾對政府的矛盾。在這期間，統一教的高層基本上都是聯盟政府的高官。
不過這一點真的想說一句——這真不是有意養蠱？ 其實按照殉道者裡的描述，是為了先普及有關神印的信息讓人們有個心理準備，隨後能夠通過這個方式推廣神印。因為當時人類正處於嚴重的資源和能源危機中，急需神印這種無限能源來緩解危機。
政府塑造的統一教非常成功的轉移了底層民眾的注意力，讓他們有了信仰，同時也為聯盟政府這個政權的存續延上了不少時間。
火星殖民地
2289年，聯盟政府位於火星的前線殖民地從局部暴亂到宣佈“武裝獨立”，讓舊政府徹底和分裂分子進入戰爭狀態。
2294年，經歷了5年戰爭的主權殖民地聯盟政府非但沒有重新獲取對火星前線殖民地的控制，反而在各次戰役中失敗。同時，聯盟政府在南門二比鄰星恆星星系阿斯佩拉成功地通過黑色神印逆向仿製出了紅色神印Marker 1A，這也是死亡空間小說作品《催化劑》的時間線。
雖然人類成功完成了星際探索，但是聯盟政府對能源的無止境渴求幾乎是到了一種瘋狂的程度。
在2294年到2299年期間，“阿斯佩拉行動（Operation Aspera）”成為了主權殖民地聯盟政府的首要科研目標。不過遺憾的是Marker 1A的逆向仿製工程基本上是失敗的，所複製出來的神印並沒有得到黑色神印的一些功能。在這段時間裡，聯盟政府將流放於阿斯佩拉的政治犯直接用於神印的生物實驗造成了阿斯佩拉上的屍變體爆發。
死亡空間3中三座聯盟政府製造的紅色神印
23世紀末，“分離主義者”的輿論勢力開始力壓聯盟政府，留給聯盟的時間不多了。星際之間的月球資源爭奪戰開始，聯盟政府位於月球寧靜海的海軍基地被分裂分子佔領。
瞭解這段背景故事之後，就是本體遊戲《死亡空間3》和漫畫作品《解放》中的暗線劇情了。
經解包《死亡空間3》整個遊戲後發現這段兩百年前的遊戲故事居然是有詳細的建模和劇情佈置的，換句話說就是《死亡空間3》中有主權殖民地聯盟200年前的遊戲劇情線。EA能把這段劇情給砍掉完全作為暗線劇情的確有點理解不能了。
在戰敗危機的壓力下，主權殖民地聯盟成功完成對剩下兩座黑色神印的逆向複製工程，這一批神印被視作聯盟政府挽回局面的唯一希望。
神盾7殖民地
進入24世紀（2300年左右），聯盟政府將Marker 2A和Marker 3A秘密運送到格利澤581G行星和神盾7號行星上進行研究，紅色神印被激活。研究人員發現激活後的紅色神印可以通過一些人類不能理解的方式重組DNA序列從而進一步的重組細胞微生物。在紅色神印的“催眠”和“誘導”之下，兩個殖民地的屍變體感染最終爆發了。研究人員在死亡之前，通過擴大神印所釋放出來的“死亡空間”力場而讓整個殖民星球進入休眠期。而這件事情也讓厄爾·賽拉諾博士成功接收到了於塔弗蘭提斯星球上血月所發出的能量信號。
紅色神印（Marker 3A）
在《死亡空間1》的第12章，我們可以通過遊玩二週目查看到一則關於聯盟政府使用逆向工程複製紅色神印相關文本。
RECOVERED FILE FRAGMENTS
文本日誌:恢復的文件片段
FROM DR. EANDO DUKAJ
來自：伊恩多·杜克博士
TO: GENERAL AMBROSE CAIDEN
致:安布羅斯.凱登將軍
(Restricted access - Maximum encryption)
(訪問受限，絕密級)
Altman's hasty expulsion from the project is unfortunate. His notes on the Black Marker appear incomplete and our findings this far have been inconclusive. What notes we have recovered appear to be written in a code of his devising. It will be weeks before we can decipher them. In the meantime, someone has to shut him up. His public outcry about the Marker is more than a nuisance. This is a matter of security.
阿爾特曼被驅逐出神印計劃是一件不幸的事，他對黑色神印的記錄似乎並不完整，目前為止我們針對其發現仍然沒有什麼頭緒。
阿爾特曼對神印的記錄很可能使用了他自己設計的代碼進行編譯的，對此，我們得要幾周時間才能破譯這段代碼。
…總有人會讓他永遠閉嘴的，這傢伙天天在外面對著神印失智一樣的叫喚不光讓人覺得心煩，更重要的是這絕對是一個安全隱患。
···
The continued financial infusion over the years has been appreciated and I'm pleased to share the results with you today.
我們（團隊）對多年以來針對神印計劃提供的經濟支持表示由衷感謝，我很高興今天可以和大家分享研究成果。
While some of our material fabrications are approximations of substances foreign to us, we have completed the internal workings of the device.
雖然製造神印的一些材料不是來源於我們認知宇宙中的已知元素，不過麻雀雖小、五臟俱全。
One obvious difference between our replica and the original is the reddish hue. I assure you this is purely a cosmetic difference not indicative of a flaw.
我們所複製出來的神印和原版神印的唯一區別就是“她”呈現出了鮮豔的紅色。不過我保證，他們之間的差異只會是紅和黑的區別。
The device, when activated, began to emit a highly complicated rhythmic pattern across a wide band of frequencies - from actual sound waves through the electromagnetic spectrum to alpha, delta, and theta brain waves. It seems mostly inert and harmless aside from some slight interference with communication equipment.
當激活神印後，“她”會在長波頻道上發出非常有節奏的信號。——這類複雜信號一從人類能夠感受到的聲波到肉眼看不見的電磁波，甚至是ALPHA(Α)、DELTA（Δ）、THETA（Θ）的腦電波。這類信號除了對通信設備造成的輕微干擾外，在我們看來這類信號似乎大多惰性且無害的。
We are proceeding with the final construction.
“她”最後的建設即將完成。
···
We've run into a disturbing but fascinating find. In re-creating the DNA instructions gleaned from the Black Marker, we've managed to create a recombinant microbial life form. It seemed dormant at first, even when placed in a bath of rich nutrients.
我們又有了一個不太好的發現，當紅色身影準備接受黑色神印儲存的DNA信號時，我們發現“她”可以重組一些微生物的生命形式，不過神印似乎一直處於休眠狀態，即使放在飽和析出溶液中也沒有發生啥事情。
Were it not for Dr. Clifton's poor hygiene, we might have deemed the attempt a failure. Fortunately for us, he had not fully decontaminated himself before working with the sample and managed to contaminate it with some dead skin cells. Suddenly, the microbes jumped into action! Recombination happened almost instantly and the sample began self-replicating and mutating before our eyes.
如果克利夫頓博士沒有那麼邋遢，我們可能會覺得這次實驗又失敗了。因禍得福，他在實驗的時候並沒有好好進行洗消，造成一些脫落的表皮細胞汙染了這個無菌的研究過程。
頃刻之間，死亡的表皮細胞居然重組了!這些細胞樣本在我們面前瘋狂的自我複製並且發生了突變。
···
More confounding results from our research: Today, as we moved what we're now calling the Red Marker, we had to pass by the cellular lab area. The scientists working at the time complained about interruptions in the necrotic flesh experiments. As is turns out, the field generated by the Marker creates a "dead space" around itself that forces the recombination effect into dormancy.
我們研究出來了一些很迷惑的玩意——今天在移動紅色神印的時候不得不讓神印通過當初那個死皮細胞的實驗室。正在工作的科學家們都在抱怨死皮細胞實驗被搬運神印所打斷了。不過實驗也證明了紅色神印可以在她的周圍創造一個能讓受到神印影響正在突變的細胞休眠的力場，這種力場我們稱之為“死亡空間”。
···
I apologize for the setback relayed in the last report. The macro-scale infection has been contained with a minimal loss of life. The newly recombinated doctors are now quarantined for further study.
我為上次報告中提到的一些小挫折表示道歉。大規模爆發已得到控制，死亡數量也控制到最低，這件事情之後重新組建的醫療團隊也已經隔離並且等待我們下一步的研究。
···
Many of the scientists have been complaining of headaches and we are all having difficulty sleeping for more than an hour at a time. We suspect a problem in the ventilation system. The maintenance team reported finding a build-up of some kind blocking the airways.
近段時間以來我們非常難以入睡，甚至是能好好的睡一個小時，很多科學家一直在抱怨自己頭疼的問題。
並且我們懷疑環控通風系統有問題，維修班組也在報告中提到有某種堆積物堵塞了通風管道。
···
The organic mass continues to expand and take over the complex. The recombinated nightmares now move freely through the corridors. My remaining crew is hastily constructing a transmitter for the Marker in an attempt to broaden the signal it is emanating. Dr. Foster said the idea came to him in a vision. Our hope is to use the signal to keep the unchecked infection from spreading to the landing area. There is little time remaining! You must send help as quickly as possible! Our lives are in your hands.
這些有機體持續擴大並且形成了一個聚合體，這怪物現在大搖大擺的在殖民地裡面到處“玩耍”。我和剩下的倖存者為神印創建了一個基站嘗試放大能讓突變有機體進入休眠的力場。
福斯特博士提到這個想法是在幻覺中得到的靈感，我們非常希望利用這個信號來阻止感染爆發蔓延到殖民地著陸區，我們沒多少時間了！請您儘快來救我們！我們存活與否都取決於您了！
2311年年初，主權殖民地聯盟通過托勒密陣列讓三個紅色神印以三角定位的方式確定了冰凍星球塔弗蘭提斯的黑色神印信號源。主權殖民地聯盟孤注一擲，派遣並組建了一隻精英遠征艦隊前往冰凍星球“塔弗蘭提斯”。
冰凍星球塔夫蘭提斯聯盟陸軍初始著陸區（初始機場）
這隻艦隊由指揮艦兼旗艦的羅阿諾克號、作為艦隊質量驅動中樞的新星號、格里列號、布魯斯洛夫號、黃蜂號和沙克爾頓號組成，其中新星號作為艦隊的質量驅動母艦承擔著為整個艦隊“開啟”衝擊點壓縮空間的任務。
此處引援主權殖民地聯盟武裝力量-信息通訊第20481號，聯盟陸軍“212哨位”日誌條目：
SCAF-ISC-20481 MD212 LOG ENTRIES: SFC LUMLEY
AUG 29, 2311: INITIAL DROP ZONE ESTABLISHED. CMS FRANKLIN AND CMS CROZIER EN ROUTE WITH EQUIPMENT AND PERSONNEL.
SEPT 03, 2311: DEPOT CONSTRUCTION UNDERWAY. SGT GEORGE COCHRAN AND 21ST ENGINEERING ESTABLISHING PIPELINE TO PRIMARY DIG SITE.
OCT 11, 2311: DEPOT COMPLETE. HEARING SOME WILD STORIES FROM PRIMARY DIG SITE.
OCT 13, 2311: STORMS PLAYING HELL WITH RESUPPLY. LOST CMS FRANKLIN TODAY TO HIGH WINDS. CREW PRESUMED DEAD.
OCT 15, 2311: CREW OF FRANKLIN RECOVERED. THEY JUST SHOWED UP ON OUR DOORSTEP. SOMETHING WRONG. BRINGING THEM IN UNTIL THEY CAN BE TRANSFERRED TO CMS GREELY FOR OBSERVATION.
OCT 16, 2311: TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF TURN IT OFF MAKE US WHOLE
主權殖民地聯盟武裝力量-信息通訊第20481號
聯盟陸軍“212哨位”日誌條目：拉姆利軍士長
2311年8月29日：首個登陸區已建立。聯盟海軍富蘭克林號和聯盟海軍克羅吉亞號已經帶著設備和人員在趕來的路上了。
2311年9月3號：倉庫正在建造中。喬治·科克蘭中士和21工程營的人也在建立通往主挖掘場的地鐵物流管道。
2311年10月11日：倉庫竣工。從主挖掘場傳出了一些怪異的傳聞。
2311年10月13日：猛烈的風暴導致我們的補給線難以維持。並且今天富蘭克林號也因為大風失事了。推測全體船員都已遇難。
2311年10月15日：發現了富蘭克林號的船員，他們就這樣突然出現在了基地大門口。肯定有哪裡不對勁。暫且先讓他們進來，之後再送到聯盟海軍格里列號上進行檢查。
2311年10月16日：關掉它！關掉它！關掉它！關掉它！關掉它！關掉它！關掉它！關掉它！關掉它！關掉它！關掉它！讓我們完整歸一吧！
2311年6月，主權殖民地聯盟武裝力量艦隊抵達冰凍星球塔弗蘭提斯。
2311年9月，新星號上的陸戰隊、陸軍部隊開始向冰凍進駐相關的工程師，並開始修建初始著陸區。博士塞拉諾也因此發現了當時外星人為了冰凍星球而建設的地底城市遠古文明。
外星城市
將軍馬哈德從艦隊總司令馬喬裡口中得知殖民地的軍隊和艦隊行動的真正目的啥為了尋找神印源以獲取其源源不斷的力量，與此同時新星號上的指揮官少校凱特爾就布魯斯諾夫上滿是懸浮雷一事對貝爾上尉提出了質疑。
2311年，初始著陸區建設完畢，新星號上的艦載機富蘭克林號和克羅吉亞號開始在星球上巡航，大批格里列號護衛艦上的科研人員和新星號上的海軍陸戰隊作戰部隊來到“冰凍星球”塔弗蘭提斯的星球地表並開始建設建築、補給站、中繼站等基礎設施設備。
聯盟陸軍塔夫蘭提斯大本營
第14工程旅開始組成深層挖掘小隊參與通往“外星遺蹟”的道路建設。
馬哈德將軍的第163“死神”特種部隊部隊正式進入軍營。
深層挖掘隊已出現因接觸神印而導致的幻象，半數以上人員聽到“關掉他”的聲音。列兵瓦力到達他所在的挖掘地點，大量冰凍狀態下的外星原住民浮現出來。
來自新星號上的MU90補給隊向“外星遺蹟”工作區域運輸大量工程、建設使用的備件。星球上除駐防部隊和科研人員之外，所有餘下的勞動力都前往“外星遺蹟”進行相關的建設工作。
塔弗蘭提斯星球殖民地因全員進行建設作業，導致其挖掘隊員出現了比神盾7事故中更為嚴重的影響事件。
艦隊司令馬喬裡下達命令將“外星遺蹟”挖掘出來的神印標本由富蘭克林號運輸到新星號上。伴隨著外星神印標本登陸飛船，新星號上的船員也開始出現精神被影響的狀況。
格里列號的勞拉博士針對“羅賽塔標本”的調查研究後發現這塊有機物實際上是外星人的屍骸，且大腦內儲存有大量關於這個星球以及神印的資料。於是將其冰凍後切片，而科學家們認為星球表面上所有的神印都是這些外星人所建造的。
羅塞塔
主要補給線修築完畢，一號設施的鑽頭組裝完成，但是出現了巨大的安全事故。而士兵仍然聽到“關掉他”的聲音，這些情況對整個神印的發掘計劃構成了極大的威脅。
在這之後，第二批文物進入新星號，軍士長弗萊斯接收了大量因超載運輸而損壞的飛行載具。
神印的所有秘密被公開，富蘭克林號駕駛員看到了來自他死去妻子的幻象。
聯盟海軍克羅吉亞號（富蘭克林號同級艦）穿梭機船艙
富蘭克林號失事，補給物資被毀，船員全體遇難。
軍需官拉姆利軍士長被神印影響，腦子充滿了“關掉他”的信息。
阿克曼抱怨食物供給問題，軍需官軍士長拉姆利失蹤。
柯克藍中士開始尋找拉姆利，但是中士的精神開始不正常。牆上出現了“讓我們一同歸一（Make Us Whole）”的文字。隨著文字的出現，拉姆利軍士長的RIG信號越來越近。
當柯克蘭一行人找到拉姆利的時候，來自艦隊補給的食品已經被破壞殆盡，柯克藍中士被神印控制。遭到神印影響的人開始食屍，拉姆利開始瘋狂殺人，塔弗蘭提斯地面感染事件爆發。
一些被冰凍起來的外星屍變體被當作標本送到各艘飛船，“塔弗蘭提斯”屍變體事件全面爆發。
馬哈德要求馬喬裡立刻停止一切關於神印的作業，而司令馬喬裡則是一個不折不扣的統一教徒，自然不吃這一套。馬哈德將軍讓特種部隊潛入羅阿諾克號，並以武力軟禁馬喬裡，整個艦隊指揮權轉移到馬哈德手中，而馬喬裡在不久後自殺。
失落艦隊（途中主體艦艇為聯盟海軍新星號）
至此，距離主權殖民地聯盟來到這個星球已經過了2年，2313年,將軍馬哈德告訴博士塞拉諾“已經沒有馬喬裡司令的支持，現在你只能靠我”。
在這之後，塞拉諾博士的研究開始有了驚人的進展。她發現控制這些屍變體的其實是那個猶如衛星一樣的巨型聚合物血月在控制著所有屍變體的行動。
主權殖民地聯盟軍開始和屍變體直接交手，主權殖民地聯盟議會以防萬一制定五號預案。相關信息我們可以從《死亡空間3》第14章節中的文本日誌“最終聯繫”裡瞭解到相關內容：
FROM: GOA Ambrose Caiden
來自：安布羅斯·凱登
TO: GEN Spencer Mahad
致：斯賓塞·馬哈德
SUBJECT: SCENARIO FIVE
五號預案
After receiving your reports on Dr. Serranos's latest discoveries and in light of recent activities at the marker test sites, it is the decision of the council to invoke scenario five. What we once thought would save us from extinction has only served to hasten it.
鑑於最近針對神印的相關研究以及在引援關於塞拉諾博士的最新報告之後，聯盟政府議會決定啟用五號預案——這個讓我們曾經覺得可以拯救我們的東西反而加速了我們的滅亡。
Everything about the markers - all research, all replicas, even the black marker - must be forever buried. All sites are to be shuttered. All involved planets are to be blacklisted. Everyone involved in the marker program, from Aspera to Aegis VII to Tau Volantis are to be executed.
無論是從阿斯佩拉、神盾7還是塔弗蘭提斯，這些關於神印一切的一切都必須完全摧毀——無論是研究資料、紅色神印還是黑色神印。所有參與神印實驗的星球、參與神印實驗的每個人都必須清理乾淨。
We realize this will effectively negate our ability to fight the war against the separatists. They will no doubt take power and form an Earth government in the vacuum we leave behind.
我們都知道這會讓我們與分裂分子之間的戰爭陷入被動局面，這幫人肯定會在權利真空期間推翻我們的政府並且建立一個新的政權。
But to save the future of mankind, this must come to pass. Should one person, ship or scrap of paper survive to make its way into their hands, the epidemic will begin anew and our sacrifice will have been for nothing. I know I can count on you to carry out these orders.
但我相信，為了全人類我們必須要完成這個使命。哪怕是一艘船、一個人甚至是一張紙沒有被毀掉並落入了這幫人的手中，我們做出的犧牲都會白費，災難將會捲土重來。所以你應該會明白我的意思。
It has been a pleasure working with you for these many years.
這些年與你共事感到非常榮幸。
Long live the colonies.
聯盟萬歲！
五號預案的核心就是聯盟軍隊的焦土戰略。所有關於神印的實驗計劃所得到的數據和神印必須全部摧毀，塔弗蘭提斯遠征部隊的行動必須完全“終止”。而聯盟政府通過逆向工程複製的神印和塔弗蘭提斯星球的遠征部隊都必須被掩埋，以此防止新建立的聯合地球政府攫取任何一絲關於聯盟政府研究的成果。
弗里曼解凍外星屍變體冰封后被殺害，阿麗莎博士將弗里曼列兵的屍體釘起來並且親眼見到了列兵的變異過程，博士發現列兵的變異和神印的影響脫不了干係。
塞拉諾博士發現外星生物有鰓，並且有如同魚鱗一樣的東西。結合地址勘測發現這個星球以前是一片汪洋大海——在一夜之間被全部冰封。此後，塞拉諾的的探索重點直指“外星遺蹟”。
外星遺蹟
第163特種部隊的士兵對列兵麥爾斯的侮辱，直接導致其潛入軍營將15名“死神”軍營士兵殺害，之後麥爾斯受到神印的影響。
塞拉諾博士遭遇由外星生物的卵孵化出的變異外星生物，一號設施深層鑽井、二號設施羅塞塔（Rosseta）均目擊到了大型蜘蛛類型的“雪怪”，這直接導致分佈在在兩個設施的工作人員以及士兵被殺害。
博士發現“遠古機器”後設立了營地，並對進入機器的門進行音頻破解。
深層挖掘小組由於營地駐紮位置不利造成全員被屠殺殆盡，遺蹟屍變體大規模爆發。而塞拉諾發現這座地底城市實際上是由外星人的身體鑄造的。
深層挖掘組成員全體瘋狂，他們在衣服上大量寫上神印字體和瘋狂塗鴉。並且滿口說到“讓我們一同歸一（Make Us Whole）”。塞拉諾緊急隔離了大量瘋狂的挖掘組成員，並且有大量外星文物、士兵屍體、古代生物、冰凍標本被送往了新星號。
新星號的指揮塔指揮官塔克·愛德華向艦橋指揮官凱特爾上尉瞭解關於“起源行動”（Cradle Operation）的計劃後遭到了拒絕，被運輸到新星號上的冰凍棺材其實是從深度挖掘區域被屠殺的士兵，這些士兵在被冰凍之前已經變異成屍變體。
新星號查爾斯中尉收到了來自於星球表面士兵緹姆傳輸的關於“外星機器”的圖像資料。 塞拉諾一行人對外星生物的語言、發音進行詳細研究，外星遺蹟的大門被破解打開。
外星生物的一具完美屍體被製做成標本，塞拉諾將標本送往羅賽塔進行切片研究。並且開始著手對外星生物的大腦資料進行提取來製作一個代號為“譯碼器（CODEX）”的節點譯碼器設備。
題外話：“CODEX”在作為英文名詞使用的時候譯為“法典”或“古抄本”，在遊戲中這個東西本質上是古代外星科技的一個複製品，被科學家作為了一個翻譯外星語言的譯碼器使用，所以這個單詞在遊戲中實際上有雙關之意。
在這之後，塔弗蘭提斯星球和軌道艦隊的感染擴散範圍越來越大。以防萬一，馬哈德將軍按照議會的要求實施五號預案。我們可以在《死亡空間3》第11章節中看到名叫致全軍備忘錄的文本：
SCAF-AHC 30904 FROM: GENERAL SPENCER MAHAD
主權殖民地聯盟30904號令，來自斯賓塞·馬哈德將軍
ATTENTION ALL HANDS: SCENARIO FIVE HAS BEEN DECLARED.
全體注意，五號預案已經實施。
ALL FLIGHTS ARE GROUNDED. DO NOT ATTEMPT TO CONTACT THE FLEET.
所有針對軌道艦隊的交通艇均已停飛，不要嘗試聯繫軌道艦隊。
REPORT TO YOUR SUPERIOR OFFICER FOR ORDERS.100% COMPLIANCE IS REQUIRED. THIS IS NOT A DRILL.
請向你的上級軍官報道，並且保證對本條命令完全遵守，這不是演習。
GOD SAVE THE COLONIES.
天佑聯盟。
同時在聯盟軍隊的五號預案實施視頻中也可以看到這段信息：
第10官方令/信息計劃部門/主權殖民地聯盟軍隊參謀部
If you're watching this film, it means despite our every precaution, containment has become a necessity.
如果你看到了這個，這意味著我們所有的預防措施已經失效，遏制成為了必然手短。
It is now up to us to make the ultimate sacrifice for the safety of the Sovereign Colonies we have sworn to protect.
雖然我不知道我們做的這一切究竟會怎麼樣，但現在我們必須誓做聯盟政府安全的殉道者。
We understand we cannot expect one hundred percent compliance.
我們理解這項命令不太可能會完全遵守。
Therefore the military arm of this final quarantine campaign will divide into three tiers of soldiers on sweep and cleanse duty.
為了防止這種情況的發生，負責本次行動的部隊將會分為三組：
The first crew disables all vehicles, the next takes census of those who obeyed the order and provides assistance to those who have not.
The last destroys all data, records and communication structures on Tau Volantis and in orbit.
第一組：破壞所有的載具。
第二組：幫助那些不願意成為人類利益犧牲的人做一些力所能及的事情。
第三組：徹底摧毀塔弗蘭提斯地面和艦隊軌道上的所有數據、日誌和通訊記錄。
At the end of these tasks, each group will consider their missions objectives complete, and proceed to self-terminate.
當以上這些任務目標都完成後，為自己送上最後一程。
God bless the sovereign colonies and may he has mercy on us all
願上天能夠原諒我們！天佑聯盟！
五號預案實施後，所有人開始執行該命令。而沙克爾頓號的指揮官拒絕執行五號計劃，並且用主炮朝布魯斯諾夫號開炮，之後布魯斯諾夫號發射了兩枚導彈直接命中沙克爾頓號導致其被擊毀。
2314年，貝克福特上尉將在一號設施研究的“譯碼器”送往羅塞塔，天不遂人願這架承載了塞拉諾博士希望的運輸機最終還是墜毀了。博士為不讓這一個血月連入龐大的神印網絡而讓列兵緹姆和列兵山姆去去找“譯碼器”。
2314年6月18日，博士為了防止最壞的情況發生，在外星遺蹟的各個地點留下操作提示的影像。在找到“譯碼器”的倆列兵由於墜毀飛機引起的鬆動導致山姆死於雪崩，馬哈德也在殺害緹姆後將“譯碼器”的所有資料抹除掉。在這之後，塞拉諾博士重傷而亡，外星遺蹟被掩埋。
最終，主權殖民地聯盟行動宣告失敗。
總體而言主權殖民地聯盟這種孤注一擲的作戰方法是失敗的，但無論是聯盟議會“玉碎”的做法還是賽拉諾博士想要直接殺死血月的做法思路都是正確的，無論是否出於焦土戰略，而時間同樣也證明了這為之後成立的聯合地球政府續了200年的命。
2314年，由此自白令海戰爭後成立了168年的舊地球政府——主權殖民地聯盟，徹底覆滅。