人类滥用科技导致母星面临毁灭，便用宇宙之心作为方舟的核心制作出方舟跨越若干光年降落在富有能量但尚未开发的王者大陆，曾经的人类成为了王者大陆的神明。他们创造新人类，修建十二座奇迹，并用第一座奇迹：日之塔，将埋藏在王者大陆下的能量从地底运到上面，保护他们的居所：倒悬的城市，倒悬天。其中为首的神明给自己取名叫女娲。
在人类抵达王者大陆之前，这里曾经的居住者是拥有兽型体态的生物：魔种。到来的人类（如今的神明，也叫超智慧生命体），奴役他们做修建奇迹的劳动力。诸神还挑选了一部分新人类进行力量强化实验：改造成功的成为神职者；改造失败的沦为平民，被后世称为魔道家族。
随着诸神对能量的过度采集，能量发生异变，污染了劳动力们的生存空间，孙悟空带领着猪八戒、牛魔等魔种起义，不过失败了。但是污染依旧存在，女娲派后羿关闭受到污染的日之塔，但她的行为受到了以帝俊为首一些神明的反对，帝俊认为为了获得力量在所不惜。为了争夺话语权，神明之战爆发。
这场暗无天日的神明之战最后以帝俊战败而亡作为收场，神明们死伤殆尽，女娲奄奄一息，起源之地的辉煌不复存在。女娲恍惚间明白了创造与毁灭的轮回无法避免，究极力量终究不能为人所支配，她用最后的力气将方舟核心（就是宇宙之心）封印，将钥匙放在了十二座奇迹中，期待着将来会有能正确支配力量的人出现，众神陨落，象征着一个时代的终结。
转眼已是三千年，人类继续繁衍生息，创造了属于自己的文明，迎来了璀璨的英雄时代，当年的十二奇迹部分犹在，部分下落不明，昔日的神明时代几乎沦为传说。西方大陆某处，“堕世之神”帝俊因为曾经在方舟上偷偷保存了一小小块方舟核心，得以苏醒，但他只有意识不能移动，需要方舟核心来重塑机体。有一天渗透在土地里的长安城牡丹花的汁液带来了关于方舟核心封存地的线索，被帝俊选中的青年马可波罗，带着使命，踏上了东方大陆。
稷下学院的老夫子是曾经的神职者，见证过神明之战，如今他是稷下三贤者之首，大陆第一强者、王者大陆最智慧的**。文明不能再度毁灭，要比堕世之神先找到奇迹钥匙，阻止宇宙之力被错误使用。夫子将厚望寄托于受征召的英雄。
未来征程已然开启：
同伴与敌人，奇迹和命运，这一次，究极的力量能否找到它正确的方向？
王者大陆
【建木】
倒悬天：姜子牙、女娲、杨戬、哪吒、妲己、太乙真人、梦奇、盘古
女娲是造物主，王者大陆新人类之始。当年神明们把新创造的人类养在温室里，新人类不甘于没有自由，殊死搏斗，盘古看不下去了，拿起巨斧冲在最前面为人类开辟道路，他不断的战斗着，直到终于打破了温室的屏障，自此，人类得以自由，盘古则默默消隐了。梦奇的祖先是 穿梭在梦里的生灵，以噩梦为食，神明奴役魔种的时候放过了这个看起来没什么用的种族，把他们赶出了倒悬天。后来，小魔种梦奇活泼又大胆，跑去倒悬天吃噩梦，结果跑进了一个人的梦里，在梦里他看到了他们种族被制作出来的过程（梦奇一族不是原居民吗？这人怎么梦里有梦奇的制作过程？）。被梦奇称为主人的人在意识的最后一刻将铭文交给了梦奇，希望它可以将天书碎片（就是铭文？）交给合适的人。最后，他与机关巨人融为一体，在王者峡谷和苍狼同归于尽（也有猜测这个人就是梦奇本身）。
太乙真人，特级炼金术师，在倒悬天参与奇迹制作时被力量蛊惑，拿着奇迹钥匙跑了，为了躲避追踪顺便救人，把钥匙换在了濒死的哪吒心脏里，哪吒长大后力量过于强大被召唤到倒悬天，太乙不放心跟着去看，结果手痒炼金遭发现，关进牢里后被哪吒救走。当权者大怒，要罚陈塘关，哪吒暴走，被太乙救下来时已经死了，太乙用自己的心等价交换救回了哪吒，太乙则和炉子合二为一。杨戬被女娲派去杀姜子牙，因为女娲觉得姜子牙日渐强大，不好控制。但后来杨戬遇到了新生的哪吒，两人一拍即合，决定一起去干点自己认为正确的事。
姜子牙和老夫子本是一对挚友，因为一个提倡驱除魔种恢复上古人类辉煌，一个提倡万物和平共处，两人不得不分道扬镳。朝歌的纣王试图让人类和魔种和平共处，为姜子牙所不容，姜子牙做了个人偶去蛊惑失去爱人的纣王，妲己跑到纣王死去的爱人尸体旁，发现纣王把自己的心脏放在了爱人心脏里，同时他爱人发现纣王出轨妲己，愤愤捏碎自己尸体里的纣王心脏，正在战场作战的纣王卒。史书道纣王与魔种同流合污，谁又知历史真正面目。古都朝歌沉入地底，古老的知识长眠，小妲己有了自己的思想，任务完成要离开，但是她身体里容纳着关系未来的秘密，被困进了庄周梦里。
（奇迹：日之塔）孙悟空、牛魔王、猪八戒、嫦娥、后羿
日之塔坐落在北方的极寒之地。嫦娥的家族是当年人类进化改造的失败者，也就是魔道家族，他们因不甘心，怂恿魔种起义，被神职者们处决，后羿不忍心14岁的嫦娥死去射偏了本应百发百中的箭，嫦娥则觉醒力量消失在月光里。因为污染威胁生存，也因为被奴役太旧，孙悟空和牛魔、猪八戒，带领魔种们揭开了魔种起义的序幕。牛魔因为害怕神明的奇迹武器而出卖众人，神明用元气炮（也就是后来的东风祭坛）炸了起义者营地，孙悟空被抓，猪八戒独自杀上倒悬天，誓死寻找好友。后来污染越来越严重，女娲派后羿关闭日之塔，结果后羿想要占据日之塔的力量，日之塔被毁后力量到了后羿身上，神明早有准备杀了后羿。后羿后来不知道被谁挖出来又复活了，孙悟空也是不知道被谁呼唤又醒了。