在擊敗哈迪斯後埃洛伊繼續踏上拯救世界的道路，不斷探索遺蹟尋找蓋亞副本的下落以啟動地球化系統。
再次返回子午線城後，埃洛伊發現消滅哈迪斯的長矛竟然是一個信號傳輸裝置，因此也就代表哈迪斯並未徹底被消滅。於是埃洛伊需要一邊調查塞倫斯的陰謀，一邊尋找蓋亞的下落。
一籌莫展之際塞倫斯主動聯繫了埃洛伊，並將她引到了一箇舊時代設施之中。在設施中中埃洛伊見到了被囚禁的哈迪斯，得知塞倫斯在此對哈迪斯進行了拷問，目的是為了其中的舊人類知識。徹底將哈迪斯消滅後，埃洛伊深入此設施成功找到了蓋亞的副本。
埃洛伊還未來得及慶祝，就在設施中被一夥不速之客襲擊。不速之客中有一名叫做【貝塔】的女子與埃洛伊長相完全相同，並且同樣擁有艾麗莎貝特的權限，由此埃洛伊判斷出貝塔也是艾麗莎貝特的克隆人。
由於神秘人被一種特殊的防護罩保護，導致埃洛伊的攻擊完全無法對其造成傷害。無奈之下埃洛伊只能破壞設施逃脫。雖然逃離設施的過程中身受重傷，但好在成功拿到了蓋亞副本，在控制了一個大坩堝設施後，將其作為基地成功啟動了蓋亞副本。
通過蓋亞埃洛伊得知在設施中襲擊她的神秘人很可能是致遠天頂的成員，只是不知道出於什麼原因他們又從天狼星系返回了地球。而之前激活哈迪斯的神秘信號，也同樣出自致遠天頂人之手。
同時為了能夠成功啟動地球化系統並吸收赫菲斯托斯停止製造機械獸，我們還需要找到至少三個子功能【以太】、【得墨忒耳】和【波塞冬】，於是埃洛伊再次踏上探索遺蹟的旅途。
在探索遺蹟的過程中我們找到了逃出致遠天頂人控制的貝塔，併成功將其救出帶回基地。通過貝塔我們瞭解到了大量有關致遠天頂人的情報，得知致遠天頂人成功掌握了某種基因技術得以長生不老，此時的致遠天頂成員與一千年前逃離地球的仍然是同一批人。
在成功找到三個子功能後，蓋亞的強度足以容納赫菲斯托斯，於是埃洛伊和夥伴們來到雙子大坩堝試圖控制赫菲斯托斯。
但在將赫菲斯托斯成功吸收後，致遠天頂人突然出現並搶走了蓋亞和貝塔。危難關頭其中一名致遠天頂人【蒂爾達】突然叛變將埃洛伊救出。
再次醒來後的埃洛伊與蒂爾達交談，雙方為了覆滅致遠天頂暫時達成了合作。由於之前埃洛伊見到塞倫斯的手下擁有可以瓦解致遠天頂防護罩的武器，因此找到併成功勸說塞倫斯再次合作。
一切準備就緒後眾人前往致遠天頂基地對其展開突襲，在基地中埃洛伊發現有一個名叫【涅墨西斯】的神秘信號正在追尋著致遠天頂人的足跡前往地球。隨後通過蒂爾達得知，涅墨西斯是致遠天頂人試圖將意識數字化失敗後的產物，在失控後由於對致遠天頂的恨意摧毀了天狼星系的殖民地並試圖消滅所有致遠天頂人。
而蒂爾達計劃在地球找到蓋亞和所有子功能後，放棄地球前往一個隨機星系躲避追殺。為了保護地球埃洛伊理所當然的拒絕了她的計劃，將蒂爾達擊敗成功拿回蓋亞。
至此西域禁地的劇情就已經全部結束，埃洛伊成功解決了致遠天頂的威脅並能夠重新啟動地球化系統，但眾人仍將面臨更加嚴峻的考驗。
