在击败哈迪斯后埃洛伊继续踏上拯救世界的道路，不断探索遗迹寻找盖亚副本的下落以启动地球化系统。
再次返回子午线城后，埃洛伊发现消灭哈迪斯的长矛竟然是一个信号传输装置，因此也就代表哈迪斯并未彻底被消灭。于是埃洛伊需要一边调查塞伦斯的阴谋，一边寻找盖亚的下落。
一筹莫展之际塞伦斯主动联系了埃洛伊，并将她引到了一个旧时代设施之中。在设施中中埃洛伊见到了被囚禁的哈迪斯，得知塞伦斯在此对哈迪斯进行了拷问，目的是为了其中的旧人类知识。彻底将哈迪斯消灭后，埃洛伊深入此设施成功找到了盖亚的副本。
埃洛伊还未来得及庆祝，就在设施中被一伙不速之客袭击。不速之客中有一名叫做【贝塔】的女子与埃洛伊长相完全相同，并且同样拥有艾丽莎贝特的权限，由此埃洛伊判断出贝塔也是艾丽莎贝特的克隆人。
由于神秘人被一种特殊的防护罩保护，导致埃洛伊的攻击完全无法对其造成伤害。无奈之下埃洛伊只能破坏设施逃脱。虽然逃离设施的过程中身受重伤，但好在成功拿到了盖亚副本，在控制了一个大坩埚设施后，将其作为基地成功启动了盖亚副本。
通过盖亚埃洛伊得知在设施中袭击她的神秘人很可能是致远天顶的成员，只是不知道出于什么原因他们又从天狼星系返回了地球。而之前激活哈迪斯的神秘信号，也同样出自致远天顶人之手。
同时为了能够成功启动地球化系统并吸收赫菲斯托斯停止制造机械兽，我们还需要找到至少三个子功能【以太】、【得墨忒耳】和【波塞冬】，于是埃洛伊再次踏上探索遗迹的旅途。
在探索遗迹的过程中我们找到了逃出致远天顶人控制的贝塔，并成功将其救出带回基地。通过贝塔我们了解到了大量有关致远天顶人的情报，得知致远天顶人成功掌握了某种基因技术得以长生不老，此时的致远天顶成员与一千年前逃离地球的仍然是同一批人。
在成功找到三个子功能后，盖亚的强度足以容纳赫菲斯托斯，于是埃洛伊和伙伴们来到双子大坩埚试图控制赫菲斯托斯。
但在将赫菲斯托斯成功吸收后，致远天顶人突然出现并抢走了盖亚和贝塔。危难关头其中一名致远天顶人【蒂尔达】突然叛变将埃洛伊救出。
再次醒来后的埃洛伊与蒂尔达交谈，双方为了覆灭致远天顶暂时达成了合作。由于之前埃洛伊见到塞伦斯的手下拥有可以瓦解致远天顶防护罩的武器，因此找到并成功劝说塞伦斯再次合作。
一切准备就绪后众人前往致远天顶基地对其展开突袭，在基地中埃洛伊发现有一个名叫【涅墨西斯】的神秘信号正在追寻着致远天顶人的足迹前往地球。随后通过蒂尔达得知，涅墨西斯是致远天顶人试图将意识数字化失败后的产物，在失控后由于对致远天顶的恨意摧毁了天狼星系的殖民地并试图消灭所有致远天顶人。
而蒂尔达计划在地球找到盖亚和所有子功能后，放弃地球前往一个随机星系躲避追杀。为了保护地球埃洛伊理所当然的拒绝了她的计划，将蒂尔达击败成功拿回盖亚。
至此西之绝境的剧情就已经全部结束，埃洛伊成功解决了致远天顶的威胁并能够重新启动地球化系统，但众人仍将面临更加严峻的考验。
