1.前文明紀元（五萬兩千多年前）：
核心人物：Mei，Kevin（凱文·卡斯蘭娜），Hua（符華）
其餘登場人物：櫻，玲（侵蝕律者），Himeko（炎之律者）
第三次崩壞在長空市爆發，Mei作為科學家，Kevin作為士兵加入逐火之蛾。為了對抗崩壞，在Mei的研究下，將崩壞獸的基因注入人體，誕生了一批融合戰士，包括Kevin，Hua，櫻。Himeko本來是Hua的隊長，教他戰鬥，最後覺醒為炎之律者，被Kevin擊敗。Mei將被擊敗的律者的核心做了一把一把的神之鍵武器。第十律者“千人律者”被做成了一千把神之鍵，且會根據使用者的特性變形（軒轅劍，太虛之握，若水）。融合戰士櫻的妹妹玲覺醒為了第十二律者侵蝕律者，被Mei封印到了黑匣子裡。在與第十四律者終焉律者的戰鬥中，融合戰士相繼犧牲，Mei在死之前將自己和Kevin的基因結合造出了一個嬰兒，Kevin和Hua活了下來決定把戰勝崩壞的希望留到下一個紀元沉睡到了5萬年後後的下一個紀元。
詳見：漫畫外傳《神之鍵秘話》
遊戲內主線劇情第十二章 光與影的彼岸
2.500年前（1453年-1496年）
核心人物：奧拓，卡蓮·卡斯蘭娜，八重櫻，緋獄丸（侵蝕律者），赤鳶（符華）
其餘登場人物：埃莉諾·沙尼亞特，太虛七劍，李素裳
這個500年是一個比較寬泛的時間，我們把它限定在1453年（卡蓮出生）到1496年（天穹峰事件）之內。奧拓是天命第一家族阿波卡利斯家族的繼承人，卡蓮是天命的騎士家族卡斯蘭娜家族的女兒，奧拓和卡蓮一起長大。1470年，崩壞以黑死病形式在歐洲蔓延，奧拓奉命研製解藥，並救了患者埃莉諾（後被奧拓賜姓沙尼亞特成為女武神）。1475年，天命大軍東征神州明帝國，卡蓮與天命大軍被赤鳶仙人在欽察草原擊敗。1476年，赤鳶仙人被七個徒弟在太虛山聯手殺死。同年，卡蓮與天命決裂並帶著裝有上個紀元侵蝕律者的黑匣子來到神州找赤鳶仙人沒有找到並繼續往東到了日本八重村遇見了八重櫻。裝有侵蝕律者的黑匣子破損，感染了八重櫻，卡蓮不得已殺死了八重櫻。此後，卡蓮被抓回天命處決。20年後的1496年，奧托為了救卡蓮將卡蓮的肉身裝進棺材帶到了神州尋找赤鳶仙人。同年，赤鳶仙人在天穹峰上收到重傷，失去了絕大部分力量和不死之身。為了保護神州，和天命主教奧托達成交易，成為其麾下的女武神，改名符華。
詳見：漫畫《櫻花追憶篇》《紫鴛篇》《恩返篇》
漫畫外傳《緋櫻篇》
視覺小說《神州折劍錄》
3.第一次崩壞（1952年-1955年）
核心人物：瓦 爾 特·喬伊斯，愛因斯坦，特斯拉
其餘登場人物：奧拓，蕾安娜，普朗克，愛迪生，薛定諤，約阿希姆，符華
1952年1月1日，第一次崩壞在柏林爆發，瓦 爾 特·喬伊斯被認定為第一律者。在被研究天命三年之後，於1955年被安排到了愛因斯坦和特斯拉所在的帝國研究院42研究室，作為實驗助手也與古文字專家埃裡阿斯·諾基安維塔寧成為同事（約阿希姆的父親），跟隨愛因斯坦和特斯拉尋找魂鋼。在此之間，瓦 爾 特拒絕了奧拓成為下一任天命主教的請求，結識了當時天命最強女武神蕾安娜（黑淵白花持有者）
，還結識了天命北美支部的普朗克（愛因斯坦、薛定諤的老師），愛迪生（天命北美支部的負責人），薛定諤，在英國也與符華有過一面之緣。在1955年，愛迪生在紐約的月光王座（崩壞能轉換器）實驗出現了暴走，瓦 爾 特一行人被捲入事件，薛定諤被崩壞侵蝕逐漸量子化。奧拓準備趁亂借蕾安娜的身體殺死瓦爾 特覺醒了第一律者的能力打敗了奧拓，但因為蕾安娜的反抗失敗。最後天命向紐約發射了崩壞裂變彈，準備消滅所有人。蕾安娜、瓦 爾 特和愛迪生以自己的犧牲為代價保護了紐約不被摧毀。
經此一役，瓦 爾 特犧牲，他死之前將律者核心傳承了給了約阿希姆；天命最強女武神蕾安娜犧牲，她用魂鋼打造的身體被奧拓拿來使用；愛迪生犧牲，天命北美支部與天命徹底決裂，愛因斯坦，特斯拉，普朗克等人以瓦 爾 特的名義建立逆熵，對抗天命，約阿希姆改名瓦 爾 特楊擔任逆熵盟主，並以瓦 爾 特的外表公開於世（瓦 爾 特·楊是在第二次崩壞之後才以真面目示人）。薛定諤逐漸量子化調入量子之海。
詳見：視覺小說《逆熵》
4.第二次崩壞（2000年）
核心人物：西琳，瓦 爾 特·楊（約阿希姆），齊格飛，塞西莉亞·沙尼亞特
其餘登場人物：奧拓，德麗莎，雪狼小隊（程立雪，時雨綺羅，莎樂美·喬卡南，莎布·尼古拉斯，帕特里克·海史密斯）
2000年2月1日，西伯利亞巴別塔實驗室的實驗題之一西琳覺醒為第二律者空之律者，德麗莎、齊格飛和雪狼小隊眾女武神與西琳交戰，後西琳被瓦 爾 特·楊打敗躲到月球。西琳在月球得到了4塊律者寶石，實力大增。這邊瓦 爾 特·楊和齊格飛乘坐阿拉哈託（reburn動畫裡的那個機器人）前往月球，其餘女武神在地球備戰。最後西琳回到地球，先後跟塞西莉亞、德麗莎、西琳、符華、程立雪等人交戰，最後被覺醒後的齊格飛打敗。塞西莉亞用黑淵白花的能力救活了奄奄一息的齊格飛。
奧拓再次向西伯利亞發射崩壞裂變彈（第一次崩壞裡熟悉的劇情）準備消滅連同空之律者、齊格飛在內的所有人，最後塞西莉亞解放了沙尼亞特聖血中和了裂變彈的崩壞能，犧牲自己拯救了所有人。經此一役，天命女武神塞西莉亞陣亡，雪狼小隊包括程立雪全部犧牲，齊格飛和德麗莎活了下來。逆熵這邊盟主瓦 爾 特·楊存活。值得一提的是，布洛妮婭的父母是俄羅斯軍官是可可利亞的上級，也是在第二次崩壞的時候身亡。
詳見：漫畫《第二次崩壞》
遊戲內主線劇情第十一章 直到深海的盡頭
4.5.第二次崩壞後（2000年-2016年）
核心人物：齊格飛，K423，布洛妮婭，幽蘭黛爾
其他人物：奧拓，拉格納·羅德布洛克，麗塔，無量塔姬子，可可利亞
第二次崩壞後的這段時期奠定了很多主線角色的背景和命運。
2009年，齊格飛叛出天命，在德麗莎的幫助下帶著K423逃了出去，並賦予了K423琪亞娜·卡斯蘭娜的名字。同年，德麗莎拒絕了S級女武神的稱號，申請調離天命總部，前往極東支部，成立聖芙蕾雅學園。齊格飛與琪亞娜一起生活2年之後離開了她，琪亞娜後就讀於長空市認識了雷電芽衣。
2010年，少女比安卡（幽蘭黛爾）在第二次崩壞中倖存，在法國的孤兒院中，比安卡深受前來作為義務志願者的天命女武神拉格納的影響，決定成為一名女武神。同年拉格納所在女武神衝鋒隊全軍覆沒，隊長拉格納·羅德布洛克犧牲，唯一的倖存者無量塔姬子為了完成老師兼隊長拉格納的遺志，在第二年來到了聖芙蕾雅學院擔任老師。值得一提的是拉格納在一次在咖啡廳穿女僕裝做兼職的時候救下了即將被崩壞獸攻擊的麗塔，直接影響了麗塔之後進入天命成為女武神和完美主義的女僕精神。
2012年1月，布洛妮婭被可可利亞捕獲，進入可可利亞孤兒院。同年3月，布洛妮婭救下了被綁架的希兒。2013年8月，布洛妮婭被杏欺負以至腿部受傷。希兒里人格覺醒報復了杏。在此之後，希兒在X-10實驗後量子化進入了量子之海。布洛妮婭同樣接受實驗，腦部與雙腿被侵蝕，覺醒了重裝小兔19C。
2014年2月，第三次崩壞在日本長空市，雷電芽衣覺醒為第三律者。在此之後被天命控制，雷電芽衣、琪亞娜、布洛妮婭一同進入聖芙蕾雅學院成為女武神。
詳見
遊戲內外傳劇情永世回憶
漫畫外傳《紺海篇》
視覺小說《幽蘭黛爾》
5.當前時間線（2016年7月-）
核心人物：琪亞娜·卡斯蘭娜（K423），雷電芽衣，布洛妮婭·扎伊切克，希兒·芙樂愛，無量塔姬子，德麗莎·阿波卡利斯，符華
其他登場人物：奧拓，麗塔，幽蘭黛爾，可可利亞，杏·瑪爾
2016年7月，距第三次崩壞爆發2年5個月16天，《崩壞3rd》遊戲劇情開始，琪亞娜在月光王座號著艦。詳見：
漫畫《逃離長空篇》《逆熵入侵篇》《月影篇》
遊戲內主線劇情