1.前文明纪元（五万两千多年前）：
核心人物：Mei，Kevin（凯文·卡斯兰娜），Hua（符华）
其余登场人物：樱，玲（侵蚀律者），Himeko（炎之律者）
第三次崩坏在长空市爆发，Mei作为科学家，Kevin作为士兵加入逐火之蛾。为了对抗崩坏，在Mei的研究下，将崩坏兽的基因注入人体，诞生了一批融合战士，包括Kevin，Hua，樱。Himeko本来是Hua的队长，教他战斗，最后觉醒为炎之律者，被Kevin击败。Mei将被击败的律者的核心做了一把一把的神之键武器。第十律者“千人律者”被做成了一千把神之键，且会根据使用者的特性变形（轩辕剑，太虚之握，若水）。融合战士樱的妹妹玲觉醒为了第十二律者侵蚀律者，被Mei封印到了黑匣子里。在与第十四律者终焉律者的战斗中，融合战士相继牺牲，Mei在死之前将自己和Kevin的基因结合造出了一个婴儿，Kevin和Hua活了下来决定把战胜崩坏的希望留到下一个纪元沉睡到了5万年后后的下一个纪元。
详见：漫画外传《神之键秘话》
游戏内主线剧情第十二章 光与影的彼岸
2.500年前（1453年-1496年）
核心人物：奥拓，卡莲·卡斯兰娜，八重樱，绯狱丸（侵蚀律者），赤鸢（符华）
其余登场人物：埃莉诺·沙尼亚特，太虚七剑，李素裳
这个500年是一个比较宽泛的时间，我们把它限定在1453年（卡莲出生）到1496年（天穹峰事件）之内。奥拓是天命第一家族阿波卡利斯家族的继承人，卡莲是天命的骑士家族卡斯兰娜家族的女儿，奥拓和卡莲一起长大。1470年，崩坏以黑死病形式在欧洲蔓延，奥拓奉命研制解药，并救了患者埃莉诺（后被奥拓赐姓沙尼亚特成为女武神）。1475年，天命大军东征神州明帝国，卡莲与天命大军被赤鸢仙人在钦察草原击败。1476年，赤鸢仙人被七个徒弟在太虚山联手杀死。同年，卡莲与天命决裂并带着装有上个纪元侵蚀律者的黑匣子来到神州找赤鸢仙人没有找到并继续往东到了日本八重村遇见了八重樱。装有侵蚀律者的黑匣子破损，感染了八重樱，卡莲不得已杀死了八重樱。此后，卡莲被抓回天命处决。20年后的1496年，奥托为了救卡莲将卡莲的肉身装进棺材带到了神州寻找赤鸢仙人。同年，赤鸢仙人在天穹峰上收到重伤，失去了绝大部分力量和不死之身。为了保护神州，和天命主教奥托达成交易，成为其麾下的女武神，改名符华。
详见：漫画《樱花追忆篇》《紫鸳篇》《恩返篇》
漫画外传《绯樱篇》
视觉小说《神州折剑录》
3.第一次崩坏（1952年-1955年）
核心人物：瓦 尔 特·乔伊斯，爱因斯坦，特斯拉
其余登场人物：奥拓，蕾安娜，普朗克，爱迪生，薛定谔，约阿希姆，符华
1952年1月1日，第一次崩坏在柏林爆发，瓦 尔 特·乔伊斯被认定为第一律者。在被研究天命三年之后，于1955年被安排到了爱因斯坦和特斯拉所在的帝国研究院42研究室，作为实验助手也与古文字专家埃里阿斯·诺基安维塔宁成为同事（约阿希姆的父亲），跟随爱因斯坦和特斯拉寻找魂钢。在此之间，瓦 尔 特拒绝了奥拓成为下一任天命主教的请求，结识了当时天命最强女武神蕾安娜（黑渊白花持有者）
，还结识了天命北美支部的普朗克（爱因斯坦、薛定谔的老师），爱迪生（天命北美支部的负责人），薛定谔，在英国也与符华有过一面之缘。在1955年，爱迪生在纽约的月光王座（崩坏能转换器）实验出现了暴走，瓦 尔 特一行人被卷入事件，薛定谔被崩坏侵蚀逐渐量子化。奥拓准备趁乱借蕾安娜的身体杀死瓦尔 特觉醒了第一律者的能力打败了奥拓，但因为蕾安娜的反抗失败。最后天命向纽约发射了崩坏裂变弹，准备消灭所有人。蕾安娜、瓦 尔 特和爱迪生以自己的牺牲为代价保护了纽约不被摧毁。
经此一役，瓦 尔 特牺牲，他死之前将律者核心传承了给了约阿希姆；天命最强女武神蕾安娜牺牲，她用魂钢打造的身体被奥拓拿来使用；爱迪生牺牲，天命北美支部与天命彻底决裂，爱因斯坦，特斯拉，普朗克等人以瓦 尔 特的名义建立逆熵，对抗天命，约阿希姆改名瓦 尔 特杨担任逆熵盟主，并以瓦 尔 特的外表公开于世（瓦 尔 特·杨是在第二次崩坏之后才以真面目示人）。薛定谔逐渐量子化调入量子之海。
详见：视觉小说《逆熵》
4.第二次崩坏（2000年）
核心人物：西琳，瓦 尔 特·杨（约阿希姆），齐格飞，塞西莉亚·沙尼亚特
其余登场人物：奥拓，德丽莎，雪狼小队（程立雪，时雨绮罗，莎乐美·乔卡南，莎布·尼古拉斯，帕特里克·海史密斯）
2000年2月1日，西伯利亚巴别塔实验室的实验题之一西琳觉醒为第二律者空之律者，德丽莎、齐格飞和雪狼小队众女武神与西琳交战，后西琳被瓦 尔 特·杨打败躲到月球。西琳在月球得到了4块律者宝石，实力大增。这边瓦 尔 特·杨和齐格飞乘坐阿拉哈托（reburn动画里的那个机器人）前往月球，其余女武神在地球备战。最后西琳回到地球，先后跟塞西莉亚、德丽莎、西琳、符华、程立雪等人交战，最后被觉醒后的齐格飞打败。塞西莉亚用黑渊白花的能力救活了奄奄一息的齐格飞。
奥拓再次向西伯利亚发射崩坏裂变弹（第一次崩坏里熟悉的剧情）准备消灭连同空之律者、齐格飞在内的所有人，最后塞西莉亚解放了沙尼亚特圣血中和了裂变弹的崩坏能，牺牲自己拯救了所有人。经此一役，天命女武神塞西莉亚阵亡，雪狼小队包括程立雪全部牺牲，齐格飞和德丽莎活了下来。逆熵这边盟主瓦 尔 特·杨存活。值得一提的是，布洛妮娅的父母是俄罗斯军官是可可利亚的上级，也是在第二次崩坏的时候身亡。
详见：漫画《第二次崩坏》
游戏内主线剧情第十一章 直到深海的尽头
4.5.第二次崩坏后（2000年-2016年）
核心人物：齐格飞，K423，布洛妮娅，幽兰黛尔
其他人物：奥拓，拉格纳·罗德布洛克，丽塔，无量塔姬子，可可利亚
第二次崩坏后的这段时期奠定了很多主线角色的背景和命运。
2009年，齐格飞叛出天命，在德丽莎的帮助下带着K423逃了出去，并赋予了K423琪亚娜·卡斯兰娜的名字。同年，德丽莎拒绝了S级女武神的称号，申请调离天命总部，前往极东支部，成立圣芙蕾雅学园。齐格飞与琪亚娜一起生活2年之后离开了她，琪亚娜后就读于长空市认识了雷电芽衣。
2010年，少女比安卡（幽兰黛尔）在第二次崩坏中幸存，在法国的孤儿院中，比安卡深受前来作为义务志愿者的天命女武神拉格纳的影响，决定成为一名女武神。同年拉格纳所在女武神冲锋队全军覆没，队长拉格纳·罗德布洛克牺牲，唯一的幸存者无量塔姬子为了完成老师兼队长拉格纳的遗志，在第二年来到了圣芙蕾雅学院担任老师。值得一提的是拉格纳在一次在咖啡厅穿女仆装做兼职的时候救下了即将被崩坏兽攻击的丽塔，直接影响了丽塔之后进入天命成为女武神和完美主义的女仆精神。
2012年1月，布洛妮娅被可可利亚捕获，进入可可利亚孤儿院。同年3月，布洛妮娅救下了被绑架的希儿。2013年8月，布洛妮娅被杏欺负以至腿部受伤。希儿里人格觉醒报复了杏。在此之后，希儿在X-10实验后量子化进入了量子之海。布洛妮娅同样接受实验，脑部与双腿被侵蚀，觉醒了重装小兔19C。
2014年2月，第三次崩坏在日本长空市，雷电芽衣觉醒为第三律者。在此之后被天命控制，雷电芽衣、琪亚娜、布洛妮娅一同进入圣芙蕾雅学院成为女武神。
详见
游戏内外传剧情永世回忆
漫画外传《绀海篇》
视觉小说《幽兰黛尔》
5.当前时间线（2016年7月-）
核心人物：琪亚娜·卡斯兰娜（K423），雷电芽衣，布洛妮娅·扎伊切克，希儿·芙乐爱，无量塔姬子，德丽莎·阿波卡利斯，符华
其他登场人物：奥拓，丽塔，幽兰黛尔，可可利亚，杏·玛尔
2016年7月，距第三次崩坏爆发2年5个月16天，《崩坏3rd》游戏剧情开始，琪亚娜在月光王座号着舰。详见：
漫画《逃离长空篇》《逆熵入侵篇》《月影篇》
游戏内主线剧情