“如果你不嘗試著拯救一條生命，那你將拯救不了任何人。”
——里昂·S·肯尼迪（生化危機；惡化）
在非洲的神秘土地上，有一個古老的部落，名為迪拜亞。這個部落有一個奇特的傳統：每當新首領誕生，他必須生吃一種名為“太陽階梯”的劇毒植物。這種植物生長在部落的聖壇上，花瓣金黃，彷彿能觸及太陽。傳說中，只有最勇敢、最強大的人才能在劇毒中存活下來，成為部落的領袖。
19世紀，一位名叫亨利·特拉維斯的歐洲探險家來到了這片土地。他對迪拜亞部落的習俗充滿了好奇，尤其是那種神秘的“太陽階梯”植物。亨利決定深入研究，他記錄下了部落的儀式和“太陽階梯”的特性，並將這些記錄寫入了他的勘探總集《自然歷史調查》中。然而，這本書在歐洲學術界並未受到重視，反而被視為“冒險小說”。亨利的長兄購回了大部分書籍，但仍有部分流傳在外。
時間流逝，到了20世紀60年代，一位名叫奧斯維爾·E·斯賓塞的貴族偶然間翻閱到了《自然歷史調查》。他對書中描述的“太陽階梯”產生了濃厚的興趣，尤其是那種能讓人生還並獲得超乎常人力量的傳說。斯賓塞決定深入研究，他聯繫了兩位好友：愛德華·阿什福德和詹姆斯·馬庫斯博士。馬庫斯是一位傑出的病毒學家，他對“太陽階梯”中的潛在病毒充滿了好奇。
三人決定前往非洲，尋找“太陽階梯”的秘密。在武裝僱傭兵的幫助下，他們找到了迪拜亞部落的聖壇，併成功採集了“太陽階梯”的樣本。回到歐洲後，馬庫斯和阿什福德開始了緊張的研究。他們發現，“太陽階梯”中含有一種神秘的RNA病毒，能夠引發生物體的劇烈變異。然而，他們遇到了一個難題：從非洲帶回的“太陽階梯”花朵在歐洲的土壤中失去了特性，無法繼續提煉病毒。
就在研究陷入僵局時，阿什福德在採回的土壤附近發現了一隻死去的古代女王蟻。他從這隻螞蟻的細胞中發現了病毒的痕跡，這為他們的研究帶來了新的希望。經過進一步的實驗，他們終於成功提煉出了這種病毒，並將其命名為“始祖病毒”。
始祖病毒的發現讓斯賓塞、阿什福德和馬庫斯看到了無限的可能性。他們決定成立一家公司，專門研究這種病毒的潛力。1968年，安布雷拉聯合制藥公司成立了。表面上，這是一家普通的製藥公司，但實際上，它成為了始祖病毒及其衍生病毒的研究基地。
在斯賓塞的帶領下，馬庫斯回到了西非，並在斯賓塞的武裝僱傭兵的幫助下重新控制了“太陽階梯”祭壇。馬庫斯在提煉出始祖病毒的幾個樣本之後回到了歐洲，而布蘭登則負責在這裡建立非洲研究中心。這個研究所由馬庫斯的學生布蘭登負責管理，是安布雷拉公司第一個始祖病毒研究機構。
1976年，馬庫斯出任浣熊地區阿克雷研究所以及新建幹部培訓所的負責人，開始秘密研究新病毒。1977年，他和威廉·柏金、阿爾伯特·威斯克等人一起，在幹部養成所進行了大量的病毒實驗。馬庫斯在實驗中創造出了新的菌株，並決定將其與始祖病毒結合，形成了T病毒。
詹姆斯.馬庫斯（水蛭女王）
然而，馬庫斯的研究也引起了斯賓塞的警惕。1978年，斯賓塞派人監視馬庫斯的一舉一動，並發現了他在幹部養成所進行的人體實驗。同年，馬庫斯在實驗中遭遇了重大突破，但也被斯賓塞等人發現。在董事會議上，斯賓塞揭露了馬庫斯濫用職權的事實，導致他被取消了在阿克雷研究所的研究主任職務。
儘管馬庫斯拒絕公司的調任，但斯賓塞仍然決定關閉幹部養成所。在關閉前夜，馬庫斯在實驗室中被U.S.S.特種部隊開槍擊斃，但他的屍體被威斯克和威廉扔進了蓄水池。在長達十年的時間裡，馬庫斯體內的水蛭病毒使他處於生命體徵微弱的假死狀態，並逐漸恢復。
1998年，浣熊市發生了嚴重的T病毒洩露事件。這場災難的起因可以追溯到安布雷拉公司在阿克雷研究所的秘密實驗。5月11日，在詹姆斯·馬庫斯的破壞下，阿克雷研究所、幹部養成所以及地下研究所等地相繼發生病毒洩漏事故，工作人員和實驗生物相繼被感染。
7月22日，合眾國海軍特種部隊少尉比利·科恩因被指控在一次非洲執行任務過程中槍殺23人，而被軍事法庭判處死刑，經由阿克雷山區押送至Lexson基地執行。數小時後，押送車輛在阿克雷山區遭受不明怪物攻擊，押送人員死亡，比利·科恩下落不明。為了避免機密外洩，安布雷拉公司隱藏了情報，企圖私下解決此一事件。
比利.科恩（合眾國海軍特種部隊少尉）
7月23日，詹姆斯·馬庫斯的復仇計劃開始。當日20點，詹姆斯·馬庫斯指揮水蛭襲擊了安布雷拉途經阿克雷山區的列車。2小時後，浣熊市警局特殊部隊S.T.A.R.S.的布拉瓦小隊，乘坐直升機出動前往阿克雷山區進行調查。
S.T.A.R.S.（特別戰術和救援服務小組）
7月24日，S.T.A.R.S.的布拉瓦小隊失去聯絡已達24小時，阿爾伯特·威斯克以支援布拉瓦小隊為由，率領阿爾法小隊進入阿克雷山區，計劃通過阿爾法小隊的實戰收集各種B.O.W數據。
9月29日，以優異成績畢業的警官里昂和為了尋找哥哥的克萊爾（克里斯的妹妹）來到浣熊市。吉爾此時正被追蹤者（暴君-203型化學武器）追殺，並遇到安布雷拉的生化危機特別應變部隊的卡洛斯隊長，倖存人員還有米克魯（45歲的俄羅斯人，Umbrella的對策部隊D小隊隊長）和烈哥拉（35歲，U.B.C.S.士兵，俄羅斯人，Umbrella的對策部隊D小隊B分隊的傭兵）。
10月初，被汙染地區包圍的浣熊市已無任何挽救的希望，病毒藉助下水管道感染了其中的生物並藉此進入城市。災變很快以汙染源所在的城區為中心向全城蔓延。市內緊急部署的軍力在很短的時間內就逐漸瓦解。美國軍方很快封鎖了該片區域並投入大規模的軍隊控制事態進一步惡化。
幾天後進入浣熊市的美軍在與生化怪物的戰鬥中遭受嚴重損失，最後在實驗體銷燬工廠消滅五隻暴君之後匆忙撤退，國家高層緊急通過了“滅菌”作戰方案，數小時後，軍方投放了一枚核彈，浣熊市於凌晨從地球上徹底抹去，超過10萬人在此次災變中死亡。
核爆浣熊市