“如果你不尝试着拯救一条生命，那你将拯救不了任何人。”
——里昂·S·肯尼迪（生化危机；恶化）
在非洲的神秘土地上，有一个古老的部落，名为迪拜亚。这个部落有一个奇特的传统：每当新首领诞生，他必须生吃一种名为“太阳阶梯”的剧毒植物。这种植物生长在部落的圣坛上，花瓣金黄，仿佛能触及太阳。传说中，只有最勇敢、最强大的人才能在剧毒中存活下来，成为部落的领袖。
19世纪，一位名叫亨利·特拉维斯的欧洲探险家来到了这片土地。他对迪拜亚部落的习俗充满了好奇，尤其是那种神秘的“太阳阶梯”植物。亨利决定深入研究，他记录下了部落的仪式和“太阳阶梯”的特性，并将这些记录写入了他的勘探总集《自然历史调查》中。然而，这本书在欧洲学术界并未受到重视，反而被视为“冒险小说”。亨利的长兄购回了大部分书籍，但仍有部分流传在外。
时间流逝，到了20世纪60年代，一位名叫奥斯维尔·E·斯宾塞的贵族偶然间翻阅到了《自然历史调查》。他对书中描述的“太阳阶梯”产生了浓厚的兴趣，尤其是那种能让人生还并获得超乎常人力量的传说。斯宾塞决定深入研究，他联系了两位好友：爱德华·阿什福德和詹姆斯·马库斯博士。马库斯是一位杰出的病毒学家，他对“太阳阶梯”中的潜在病毒充满了好奇。
三人决定前往非洲，寻找“太阳阶梯”的秘密。在武装雇佣兵的帮助下，他们找到了迪拜亚部落的圣坛，并成功采集了“太阳阶梯”的样本。回到欧洲后，马库斯和阿什福德开始了紧张的研究。他们发现，“太阳阶梯”中含有一种神秘的RNA病毒，能够引发生物体的剧烈变异。然而，他们遇到了一个难题：从非洲带回的“太阳阶梯”花朵在欧洲的土壤中失去了特性，无法继续提炼病毒。
就在研究陷入僵局时，阿什福德在采回的土壤附近发现了一只死去的古代女王蚁。他从这只蚂蚁的细胞中发现了病毒的痕迹，这为他们的研究带来了新的希望。经过进一步的实验，他们终于成功提炼出了这种病毒，并将其命名为“始祖病毒”。
始祖病毒的发现让斯宾塞、阿什福德和马库斯看到了无限的可能性。他们决定成立一家公司，专门研究这种病毒的潜力。1968年，安布雷拉联合制药公司成立了。表面上，这是一家普通的制药公司，但实际上，它成为了始祖病毒及其衍生病毒的研究基地。
在斯宾塞的带领下，马库斯回到了西非，并在斯宾塞的武装雇佣兵的帮助下重新控制了“太阳阶梯”祭坛。马库斯在提炼出始祖病毒的几个样本之后回到了欧洲，而布兰登则负责在这里建立非洲研究中心。这个研究所由马库斯的学生布兰登负责管理，是安布雷拉公司第一个始祖病毒研究机构。
1976年，马库斯出任浣熊地区阿克雷研究所以及新建干部培训所的负责人，开始秘密研究新病毒。1977年，他和威廉·柏金、阿尔伯特·威斯克等人一起，在干部养成所进行了大量的病毒实验。马库斯在实验中创造出了新的菌株，并决定将其与始祖病毒结合，形成了T病毒。
詹姆斯.马库斯（水蛭女王）
然而，马库斯的研究也引起了斯宾塞的警惕。1978年，斯宾塞派人监视马库斯的一举一动，并发现了他在干部养成所进行的人体实验。同年，马库斯在实验中遭遇了重大突破，但也被斯宾塞等人发现。在董事会议上，斯宾塞揭露了马库斯滥用职权的事实，导致他被取消了在阿克雷研究所的研究主任职务。
尽管马库斯拒绝公司的调任，但斯宾塞仍然决定关闭干部养成所。在关闭前夜，马库斯在实验室中被U.S.S.特种部队开枪击毙，但他的尸体被威斯克和威廉扔进了蓄水池。在长达十年的时间里，马库斯体内的水蛭病毒使他处于生命体征微弱的假死状态，并逐渐恢复。
1998年，浣熊市发生了严重的T病毒泄露事件。这场灾难的起因可以追溯到安布雷拉公司在阿克雷研究所的秘密实验。5月11日，在詹姆斯·马库斯的破坏下，阿克雷研究所、干部养成所以及地下研究所等地相继发生病毒泄漏事故，工作人员和实验生物相继被感染。
7月22日，合众国海军特种部队少尉比利·科恩因被指控在一次非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由阿克雷山区押送至Lexson基地执行。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利·科恩下落不明。为了避免机密外泄，安布雷拉公司隐藏了情报，企图私下解决此一事件。
比利.科恩（合众国海军特种部队少尉）
7月23日，詹姆斯·马库斯的复仇计划开始。当日20点，詹姆斯·马库斯指挥水蛭袭击了安布雷拉途经阿克雷山区的列车。2小时后，浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S.的布拉瓦小队，乘坐直升机出动前往阿克雷山区进行调查。
S.T.A.R.S.（特别战术和救援服务小组）
7月24日，S.T.A.R.S.的布拉瓦小队失去联络已达24小时，阿尔伯特·威斯克以支援布拉瓦小队为由，率领阿尔法小队进入阿克雷山区，计划通过阿尔法小队的实战收集各种B.O.W数据。
9月29日，以优异成绩毕业的警官里昂和为了寻找哥哥的克莱尔（克里斯的妹妹）来到浣熊市。吉尔此时正被追踪者（暴君-203型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉的生化危机特别应变部队的卡洛斯队长，幸存人员还有米克鲁（45岁的俄罗斯人，Umbrella的对策部队D小队队长）和烈哥拉（35岁，U.B.C.S.士兵，俄罗斯人，Umbrella的对策部队D小队B分队的佣兵）。
10月初，被污染地区包围的浣熊市已无任何挽救的希望，病毒借助下水管道感染了其中的生物并借此进入城市。灾变很快以污染源所在的城区为中心向全城蔓延。市内紧急部署的军力在很短的时间内就逐渐瓦解。美国军方很快封锁了该片区域并投入大规模的军队控制事态进一步恶化。
几天后进入浣熊市的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五只暴君之后匆忙撤退，国家高层紧急通过了“灭菌”作战方案，数小时后，军方投放了一枚核弹，浣熊市于凌晨从地球上彻底抹去，超过10万人在此次灾变中死亡。
核爆浣熊市