最出名的應該是DT星球的系列故事了。
DT星球的故事算是遊戲王卡牌講出大型世界觀故事的開端。並且在這個故事裡面，參與的卡牌系列極多，即便是到了今天其體量也應該是所有遊戲王卡牌故事裡面的之最。將宏大的史詩以卡牌的形式，碎片化的敘事方式講述出來，K社的這一手不得不說是妙手。玩家在打牌的同時，還能根據卡牌上的種種信息，窺探見那恢弘世界的一角。這宛如解密般的體驗，不輸於一場劇本殺。
然後就是深淵的故事了。
作為最近完結的11期數字包主打的故事，深淵故事想必大家應該是熟悉的。畢竟現在環境中，無論是烙印還是相劍，都還是處於活躍之中。劇情主要講述的是阿不思的落裔與聖女艾克莉西婭相遇相知的故事。大背景則是教導龍國的大神祇官意圖使用深淵的力量控制全世界。少年和少女在時代的動盪中顛沛流離，又為了守護彼此而奮起反抗，最終結合各方勢力挫敗了大神祇官的野望。個人的情感與時代的背景交融之後，二人的愛戀便更顯得熠熠生輝。
別名為“星遺孀”的星遺物聖盃物語。
在遊戲王卡牌的故事裡面算是比較短小精悍的一個，但是故事的慘烈程度卻是top級的。主角團是非常經典的三角組合。勇者奧拉姆與聖女夏娃是青梅竹馬，聖女夏娃與戰士吉爾蘇是親兄妹，吉爾蘇則是奧拉姆的前輩與摯友。之後便發生了夏娃為救奧拉姆選擇自裁，吉爾蘇為復活夏娃與奧拉姆反目等一系列血流成河的情節。並且最後主角團也沒能拯救世界，而只是妥協性的將世界重置，以此避免了世界毀滅的最壞結果。總之，就是一個字，慘！
龍劍士的魔王城與勇者冒險奇談。
龍劍士的故事基本上屬於是復刻了遊戲王A5的劇本。主角龍劍士是靈擺怪獸，然後世界觀上通過不同的召喚方式劃分了不同的部族，主角通過與不同部族（點火騎士、霧動機龍、威風妖怪）的聯合，獲得了其他召喚方式（同調、融合、超量）的力量，增強力量後的主角攻入魔王城與掌握儀式力量的龍魔王決戰，結果因為敵我同源的緣故，導致了更強大的敵人真龍皇的覺醒。以上就是龍劍士一期故事的大致劇情，真的是跟A5簡直一模一樣。
龍劍士的二期故事比較混亂，但是主線依然是龍劍士聯合三個全新的部族打敗三位真龍皇的故事。三個新部族分別是煉裝勇士（融合+連接）、水晶機巧（同調）、十二獸（超量），三位真龍皇則還有一個終極的三合一形態：法·王·獸。
總的來說就是故事比較簡單，涉及的卡牌系列也不多，算是遊戲王大型世界觀故事裡面的一個小短篇。
世界的破壞者維薩斯的奇妙異界穿越之旅。
世壞的故事應該是K社在深淵世界完結之後，準備著力打造的新的卡牌故事。
穿越世界的旅行+世界破壞者的設定，跟隔壁的某位品紅騎士微妙的一致。不過遊戲王與特攝的關係一直以來就相當親密，比如元素英雄致敬美漫大超級英雄，新宇俠致敬奧特曼，假面英雄致敬假面騎士等等。這波聯動算是遊戲王傳統藝能的雙廚狂喜。
目前維薩斯已經穿越了包括肆世壞（爪牙恐嚇族）、壹世壞（珠淚哀歌族）、六世壞（俱舍怒威族）、伍世壞（末那愚子族）四個世界，並在整合世界之後進入到了第五個世界：新世壞。但是這顯然不是故事的結尾，而是一個新的開始。所以維薩斯的故事還將繼續。
從卡名上可以看出世壞系列的設計靈感應該是來源於印度教的神話傳說。有關於世壞故事的具體劇情以及相關設定，我之後會再開帖子進行講述。