最出名的应该是DT星球的系列故事了。
DT星球的故事算是游戏王卡牌讲出大型世界观故事的开端。并且在这个故事里面，参与的卡牌系列极多，即便是到了今天其体量也应该是所有游戏王卡牌故事里面的之最。将宏大的史诗以卡牌的形式，碎片化的叙事方式讲述出来，K社的这一手不得不说是妙手。玩家在打牌的同时，还能根据卡牌上的种种信息，窥探见那恢弘世界的一角。这宛如解密般的体验，不输于一场剧本杀。
然后就是深渊的故事了。
作为最近完结的11期数字包主打的故事，深渊故事想必大家应该是熟悉的。毕竟现在环境中，无论是烙印还是相剑，都还是处于活跃之中。剧情主要讲述的是阿不思的落裔与圣女艾克莉西娅相遇相知的故事。大背景则是教导龙国的大神祇官意图使用深渊的力量控制全世界。少年和少女在时代的动荡中颠沛流离，又为了守护彼此而奋起反抗，最终结合各方势力挫败了大神祇官的野望。个人的情感与时代的背景交融之后，二人的爱恋便更显得熠熠生辉。
别名为“星遗孀”的星遗物圣杯物语。
在游戏王卡牌的故事里面算是比较短小精悍的一个，但是故事的惨烈程度却是top级的。主角团是非常经典的三角组合。勇者奥拉姆与圣女夏娃是青梅竹马，圣女夏娃与战士吉尔苏是亲兄妹，吉尔苏则是奥拉姆的前辈与挚友。之后便发生了夏娃为救奥拉姆选择自裁，吉尔苏为复活夏娃与奥拉姆反目等一系列血流成河的情节。并且最后主角团也没能拯救世界，而只是妥协性的将世界重置，以此避免了世界毁灭的最坏结果。总之，就是一个字，惨！
龙剑士的魔王城与勇者冒险奇谈。
龙剑士的故事基本上属于是复刻了游戏王A5的剧本。主角龙剑士是灵摆怪兽，然后世界观上通过不同的召唤方式划分了不同的部族，主角通过与不同部族（点火骑士、雾动机龙、威风妖怪）的联合，获得了其他召唤方式（同调、融合、超量）的力量，增强力量后的主角攻入魔王城与掌握仪式力量的龙魔王决战，结果因为敌我同源的缘故，导致了更强大的敌人真龙皇的觉醒。以上就是龙剑士一期故事的大致剧情，真的是跟A5简直一模一样。
龙剑士的二期故事比较混乱，但是主线依然是龙剑士联合三个全新的部族打败三位真龙皇的故事。三个新部族分别是炼装勇士（融合+连接）、水晶机巧（同调）、十二兽（超量），三位真龙皇则还有一个终极的三合一形态：法·王·兽。
总的来说就是故事比较简单，涉及的卡牌系列也不多，算是游戏王大型世界观故事里面的一个小短篇。
世界的破坏者维萨斯的奇妙异界穿越之旅。
世坏的故事应该是K社在深渊世界完结之后，准备着力打造的新的卡牌故事。
穿越世界的旅行+世界破坏者的设定，跟隔壁的某位品红骑士微妙的一致。不过游戏王与特摄的关系一直以来就相当亲密，比如元素英雄致敬美漫大超级英雄，新宇侠致敬奥特曼，假面英雄致敬假面骑士等等。这波联动算是游戏王传统艺能的双厨狂喜。
目前维萨斯已经穿越了包括肆世坏（爪牙恐吓族）、壹世坏（珠泪哀歌族）、六世坏（俱舍怒威族）、伍世坏（末那愚子族）四个世界，并在整合世界之后进入到了第五个世界：新世坏。但是这显然不是故事的结尾，而是一个新的开始。所以维萨斯的故事还将继续。
从卡名上可以看出世坏系列的设计灵感应该是来源于印度教的神话传说。有关于世坏故事的具体剧情以及相关设定，我之后会再开帖子进行讲述。