在收到坍塌安保總長文森特的求生信息後，艾薩克一行人開始前往石村號
凱利昂號登陸石村號，奉命檢查並排除石村號的故障，工程師艾薩克（Isaac Clarke）反覆查看身處石村號女友妮可發來的錄像，錄像中，妮可顯得非常恐慌，無助，她告訴艾薩克，她很愛他。其實艾薩克的到來既是為了執行修理石村號的命令，同時就是為了尋找自己在石村號上當護士的女友妮可。（血統版本也可以看到剪輯錄像）
當這些人剛登上了石村號，就發現這裡已經變成了“鬼城”沒有任何人。不久之後，主角艾薩克一行就受到了變異體的攻擊，而艾薩克自己被迫和其他組員分開，獨自求生，兩個下士欲襲身亡。而他的隊友也只剩下哈蒙德和坎德拉（Kendra）。
艾薩克在不斷受到變異體襲擊的同時，穿梭於石村號的不同區域進行各種修理任務，併成功聯繫到了另一艘飛船USM Valor（瓦洛爾號，有因其標準上有3個天字又叫做天天天號。軍事戰艦，本意前往回收神印並且摧毀石村號）。同時遇到了變得快發狂的博士，發狂的博士已經創造出了可怕的生物：再生怪。為了消滅再生怪，艾薩克將其封閉在冷凍倉裡。
USG Valor剛好趕到，接收了哈蒙德發射的滿是怪物的逃生艙。船上的人員在不知情的情況下，打開了逃生艙，導致Valor上的人員在毫無防備的狀態下被屠殺殆盡，並且撞上了石村號的貨物艙。
艾薩克在凱恩博士等人的幫助下，成功拿到了USM Valor的能源核心，用來為石村號上一艘已經損壞的穿梭艇提供能源，但是哈蒙德卻不幸地在奪取能源核心的過程中被X。凱恩博士經過研究認為只有信標送回到神盾七號行星上並且消滅巨大生物“The Hive Mind”（心靈蜂巢？）才可以終結這一切，艾薩克同意了，並計劃用修好的穿梭艇把信標送回去。
誰知一切準備就緒的時候，坎德拉突然叛變，搶了載有信標的穿梭艇，獨自跑了。坎德拉的身份是電腦工程師，其真實身份其實是地球政府的特工。通過聯絡Valor號來達到地球政府回收神印的目的，就在她要走的時候透露說，其實這個Marker是幾百年前地球上被發現的原版Marker的複製品，原來的那個Marker被認為是外星生物之源，而在神盾七號行星上發生的一切都是一次實驗而已。
在這個時候，既驚又怒的艾薩克得到了他的女友妮可的幫助，成功地利用石村號上的設備召回了穿梭艇，而肯德拉在艇被召回之前，坐逃生艇出逃了。
之後，艾薩克成功地把Marker送回到了它出土的地方。但肯德拉又再次出現，並向Isaac播放了妮可自殺的片段。Isaac這才恍然大悟，自己心愛的女友早就死了，在石村號上一次次幫助他的只是自己幻想出的妮可而已，而這幻想正是在Marker影響下的產物，是Marker讓他把Marker送回來，Make us whole again!（讓我們再次合為一體！）
但最後，肯德拉也難逃惡人有惡報的命運，死在最終Boss-Hive Mind手下。Isaac則拼了性命，終於打倒了Hive Mind，也顧不得Marker了，逃上了穿梭艇，立刻起飛逃出了這個噩夢，但他真的能逃走嗎?當在艇上的Isaac稍稍送了一口氣的時候，妮可幻象出現，擊暈了艾薩克……