在收到坍塌安保总长文森特的求生信息后，艾萨克一行人开始前往石村号
凯利昂号登陆石村号，奉命检查并排除石村号的故障，工程师艾萨克（Isaac Clarke）反复查看身处石村号女友妮可发来的录像，录像中，妮可显得非常恐慌，无助，她告诉艾萨克，她很爱他。其实艾萨克的到来既是为了执行修理石村号的命令，同时就是为了寻找自己在石村号上当护士的女友妮可。（血统版本也可以看到剪辑录像）
当这些人刚登上了石村号，就发现这里已经变成了“鬼城”没有任何人。不久之后，主角艾萨克一行就受到了变异体的攻击，而艾萨克自己被迫和其他组员分开，独自求生，两个下士欲袭身亡。而他的队友也只剩下哈蒙德和坎德拉（Kendra）。
艾萨克在不断受到变异体袭击的同时，穿梭于石村号的不同区域进行各种修理任务，并成功联系到了另一艘飞船USM Valor（瓦洛尔号，有因其标准上有3个天字又叫做天天天号。军事战舰，本意前往回收神印并且摧毁石村号）。同时遇到了变得快发狂的博士，发狂的博士已经创造出了可怕的生物：再生怪。为了消灭再生怪，艾萨克将其封闭在冷冻仓里。
USG Valor刚好赶到，接收了哈蒙德发射的满是怪物的逃生舱。船上的人员在不知情的情况下，打开了逃生舱，导致Valor上的人员在毫无防备的状态下被屠杀殆尽，并且撞上了石村号的货物舱。
艾萨克在凯恩博士等人的帮助下，成功拿到了USM Valor的能源核心，用来为石村号上一艘已经损坏的穿梭艇提供能源，但是哈蒙德却不幸地在夺取能源核心的过程中被X。凯恩博士经过研究认为只有信标送回到神盾七号行星上并且消灭巨大生物“The Hive Mind”（心灵蜂巢？）才可以终结这一切，艾萨克同意了，并计划用修好的穿梭艇把信标送回去。
谁知一切准备就绪的时候，坎德拉突然叛变，抢了载有信标的穿梭艇，独自跑了。坎德拉的身份是电脑工程师，其真实身份其实是地球政府的特工。通过联络Valor号来达到地球政府回收神印的目的，就在她要走的时候透露说，其实这个Marker是几百年前地球上被发现的原版Marker的复制品，原来的那个Marker被认为是外星生物之源，而在神盾七号行星上发生的一切都是一次实验而已。
在这个时候，既惊又怒的艾萨克得到了他的女友妮可的帮助，成功地利用石村号上的设备召回了穿梭艇，而肯德拉在艇被召回之前，坐逃生艇出逃了。
之后，艾萨克成功地把Marker送回到了它出土的地方。但肯德拉又再次出现，并向Isaac播放了妮可自杀的片段。Isaac这才恍然大悟，自己心爱的女友早就死了，在石村号上一次次帮助他的只是自己幻想出的妮可而已，而这幻想正是在Marker影响下的产物，是Marker让他把Marker送回来，Make us whole again!（让我们再次合为一体！）
但最后，肯德拉也难逃恶人有恶报的命运，死在最终Boss-Hive Mind手下。Isaac则拼了性命，终于打倒了Hive Mind，也顾不得Marker了，逃上了穿梭艇，立刻起飞逃出了这个噩梦，但他真的能逃走吗?当在艇上的Isaac稍稍送了一口气的时候，妮可幻象出现，击晕了艾萨克……