水晶頭骨
1519年，為了尋找隱藏在阿茲特克城市中的伊甸碎片，喬瓦尼登上了西班牙人埃爾南·科爾特斯的船前往墨西哥。
為了隱藏身份，喬瓦尼承擔了記錄員的職責。尋找目標的過程中，為了確認方位，對地圖、星象等研究必不可少，喬瓦尼也因此被船員們誤認為是一名占星師。在這段航程中，喬瓦尼將自己的所見所聞都用暗語記錄於航海日誌當中，給其他刺客提供參考信息。
登錄墨西哥後，喬瓦尼目睹了西班牙人和當地土著的交往過程，他懷疑西班牙人準備利用這些土著征服阿茲特克。喬瓦尼並不想被捲入其中，但在發現神器前，他不得不確保西班牙人的安全。
就這樣，喬瓦尼和西班牙人一起見到了阿茲特克首都特諾奇蒂特蘭城的領導人蒙特祖瑪。先一步抵達墨西哥的西班牙人貢薩洛·格雷羅建議大家偽裝成所謂的神明，希望能夠唬住阿茲特克人。
那天是阿茲特克的乾涸節，需要舉行獻祭儀式，儘管蒙特祖瑪似乎沒有相信這些外來者的話，他還是邀請喬瓦尼等人去神殿做客。喬瓦尼注意到了阿茲特克人奇怪的儀式，他將這些都寫在自己的日記當中。
所有人的注意力都放在慶典和儀式上，這給了喬瓦尼搜索的時間。城內所有的雕塑、寶石、冠冕等等都在他關注的範圍內，但喬瓦尼還是一無所獲。沒辦法，喬瓦尼只好直接向當地人詢問，想知道是否有東西能同他們對話，可惜沒有獲得有價值的答案。
時間一點點流逝，慶典也來到了最後階段，隨著一個人被抬上祭壇，整場儀式的高潮——活祭開始了。西班牙人們躁動起來，武器緊握在手中，喬瓦尼試圖勸大家冷靜但是無濟於事。
就在這時，祭壇上的祭司取出了一個水晶頭骨，熟悉的感覺讓喬瓦尼明白，那就是他的目標。西班牙人開始對阿茲特克人發動屠殺，喬瓦尼無暇顧及他們，他徑直跑向臺上的祭司，後者正因眼前的慘狀呆在原地。
阿茲特克人實在是不明白，為什麼自己的神明會發起攻擊，但暴行喚醒了其中一小部分人的理智，他們開始反擊。雖然作用十分有限，但還是分散了西班牙人們的注意力。藉此機會，喬瓦尼殺死祭司，迅速搶走水晶頭骨藏入懷中。
整座城市的人都向這裡湧來，西班牙人在帶路土著的掩護下選擇撤退。蒙特祖瑪成了俘虜，還不停為自己人民的所作所為道歉，這令喬瓦尼感到羞恥。
走投無路的西班牙人被憤怒的群眾包圍在蒙特祖瑪的宮殿，埃爾南讓蒙特祖瑪和他的人民講話。蒙特祖瑪將西班牙人的話語一五一十地翻譯給底下的群眾，但那些拙略的謊言騙不了任何人，他們開始向臺上投擲石塊。一枚石頭砸中了蒙特祖瑪的頭，他倒地抽搐，幾天後就死去了。
民眾們開始散去，因為他們知道西班牙人插翅難逃。現在只能背水一戰了，許多西班牙人開始往衣服裡塞黃金，喬瓦尼當然沒這麼不理智，他只帶了水晶頭骨，還希望這玩意兒能在之後提供幫助。
西班牙人修了一座小橋，所有人趁著夜色溜出城去，他們自以為聰明，直到領頭人的眼睛被一箭射穿。付出代價之後，殘餘人員在埃爾南的帶領下成功逃走。
研究
回到歐洲之後，喬瓦尼立刻投入到對水晶頭骨的研究當中。1527年，他帶著水晶頭骨拜訪了瑞士自然哲學家菲利普斯·奧里歐勒斯·德奧弗拉斯特·博姆巴斯茨·馮·霍恩海姆。
這個自稱“帕拉塞爾蘇斯”的學者是刺客組織的盟友，對伊甸碎片有著很深的瞭解。在帕拉塞爾蘇斯家中，喬瓦尼看到了一個精神失常的男子，學者堅稱對方是看到了不該看的東西才變得瘋魔。
見到水晶頭骨後，帕拉塞爾蘇斯開始用各種方法進行測試，最後他拿出了一本又大又重的書，他建議喬瓦尼不要看這本書，除非也想變成瘋子。
在帕拉塞爾蘇斯研究的過程中，喬瓦尼還是忍不住瞄了一眼書頁，上面一片空白，但各種符號霎時間充斥喬瓦尼腦海。在喬瓦尼的堅持下，帕拉塞爾蘇斯找來紙筆供其書寫，喬瓦尼寫下的是他見所未見的配方。根據那則配方，帕拉塞爾蘇斯成功製造了傳說中的點金石——賢者之石。
可喬瓦尼想知道的是有關水晶頭骨的信息，起初帕拉塞爾蘇斯還想隱瞞，但被喬瓦尼威脅後，他只好承認對方尋找的東西隱藏在那本書的另一半里。之後，喬瓦尼和帕拉塞爾蘇斯的助手瑪麗亞·埃米爾一起開始尋找遺失的那半本書。
兩人在大學的圖書館找了整整一週，最後是喬瓦尼發現賢者之石配方的事情給了瑪利亞啟發，他們開始查閱一切有關鍊金術的書籍。從尼可·勒梅到亞伯拉罕，喬瓦尼尋找的秘密就藏在亞伯拉罕之書第二部分《神聖科學》當中。
喬瓦尼和瑪利亞即刻前往巴黎，途中喬瓦尼分享了自己在墨西哥的經歷，兩人還交流了許多有關科學的看法。抵達巴黎後，兩人分開行動，瑪利亞對這座城市更感興趣，喬瓦尼則專心於目標。很快，喬瓦尼就獲准進入盧浮宮內的王家圖書館，並最終發現了一名尼可·勒梅後裔的下落。
某天離開圖書館後，喬瓦尼同瑪利亞來到塞納河畔散步，兩人手牽著手，氣氛和諧。突然，一夥兒強盜從陰影中跳出，還沒等瑪利亞做什麼，喬瓦尼便衝了上去，他伶俐的身手令強盜們措手不及，沒過幾招便被打得落花流水。
次日，二人找到了勒梅的後人，起初那個老者拒絕開口，但喬瓦尼用人格魅力打動了對方，問出了“魔法書”的下落。可惜之後的發現並不盡如人意，他們找到的書稿是經過刪減翻譯的。為了找到《神聖之書》的原稿，喬瓦尼甚至帶著瑪利亞撬開了尼可·勒梅及其妻子的棺材，不過依舊一無所獲。喬瓦尼決定前往特魯瓦尋找更多線索。
越靠近特魯瓦，喬瓦尼就顯得越陰沉，他將這座城市稱為“毒蛇之穴”。瑪利亞注意到自己的旅伴有些沉默寡言，她想知道究竟是什麼困擾著對方。
特魯瓦這座城市曾遭大火焚燬，現在仍有不少建築還在重建。喬瓦尼帶著瑪利亞到市場閒逛，一個佩戴紅十字的陌生人突然攔住瑪利亞，他問了許多奇怪的問題。在他們談話時，喬瓦尼出現在陌生人身後，表情凝重。突然，陌生人的聲音止住了，他凝視著瑪利亞，隨後倒地死去。
瑪利亞愣在原地，任由喬瓦尼拽著她穿過一條條街道。好不容易停下了，喬瓦尼依舊沒有鬆手，他十分憤怒，表情猙獰。正當瑪利亞懷疑那個男人的死是否和喬瓦尼有關時，她被後者按在牆上，細細的劍刃抵在她的咽喉。
喬瓦尼冷冷地注視著眼前之人，他質問瑪利亞為什麼要和“毒蛇”密謀，那冰冷的目光使女孩不自覺流下淚來。這種狀態保持了很長一段時間，喬瓦尼的怒氣漸漸消退，但他依舊沒鬆開抓著瑪利亞的手，兩人開始激吻。
現在，瑪利亞將自己全部的感情都放在這個男人身上，她答應了喬瓦尼迅速出城的要求，當然，喬瓦尼不是沒事找事，他告訴瑪利亞那個陌生人是敵人，他還展示了一封信，內容是二人的全部信息。或許是帕拉塞爾蘇斯出賣了他們，除此之外瑪利亞想不到任何可能。
歷經種種危險之後，瑪利亞帶喬瓦尼躲進了一個同事家裡。見到兩人的時候，那個同事伊凡驚訝異常，他結結巴巴地告訴瑪利亞，帕拉塞爾蘇斯瘋了。
當喬瓦尼他們找到瘋學者時，這個衣衫不整的傢伙正在燒書。喬瓦尼將帕拉塞爾蘇斯拖進小巷，但他沒辦法讓瘋子停止大喊大叫。二人只好拜託伊凡照顧帕拉塞爾蘇斯，卻不曾想對方找機會逃走了。在離開前，喬瓦尼進入帕拉塞爾蘇斯曾經的實驗室，拿走了之前看過的上半本書。
墓穴
多年之後，喬瓦尼已和瑪利亞成婚。某天，喬瓦尼向瑪利亞展示了一張指向畢達哥拉斯神廟的地圖，艾吉奧等刺客前輩都曾去過那裡。喬瓦尼告訴瑪利亞，某種神秘的直覺要求他前往那座神廟，他一定能在那裡有所發現。
儘管前往羅馬的旅途並不算順利，夫妻二人還是來到了那座塵封已久的墓穴之前。陰暗潮溼的洞窟令人心慌，人骨築成的牆壁更是駭人聽聞。最終，喬瓦尼帶著瑪利亞走到了一堵看上去平平無奇的牆壁之前。
瑪利亞看著喬瓦尼推開磚塊開啟暗門，又跟著他走進了一座巨大的房間。奇異的符號排列在牆壁之上，喬瓦尼熟門熟路地將其重新排列，很快又打開了一扇門。
這就是最後一個房間了，也是最奇怪的一個房間，耀眼的光芒組成各種圖案、數字和符號，就這樣充斥在岩石的縫隙間。喬瓦尼突然陷入昏迷，瑪利亞驚訝地看到愛人的臉逐漸老化，陌生的聲音自其口中響起：
“吾乃博學之神康蘇斯”，那個聲音如是說道。
後續
畢達哥拉斯神廟之行沒有給喬瓦尼帶來新的發現，他只好繼續研究水晶頭骨。瑪利亞時常抱怨丈夫在頭骨上花費了太多時間，兄弟會的其他刺客也不相信那是伊甸碎片，甚至因此對喬瓦尼的能力產生懷疑。
這樣的情況持續到了1542年，那一天水晶頭骨突然放射出炫目的光芒。無法理解的外國語言在喬瓦尼腦中響起，隨之產生的還有一些朦朧的影像。喬瓦尼努力辨認，那模模糊糊的人影是一箇中國人的模樣。
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