水晶头骨
1519年，为了寻找隐藏在阿兹特克城市中的伊甸碎片，乔瓦尼登上了西班牙人埃尔南·科尔特斯的船前往墨西哥。
为了隐藏身份，乔瓦尼承担了记录员的职责。寻找目标的过程中，为了确认方位，对地图、星象等研究必不可少，乔瓦尼也因此被船员们误认为是一名占星师。在这段航程中，乔瓦尼将自己的所见所闻都用暗语记录于航海日志当中，给其他刺客提供参考信息。
登录墨西哥后，乔瓦尼目睹了西班牙人和当地土著的交往过程，他怀疑西班牙人准备利用这些土著征服阿兹特克。乔瓦尼并不想被卷入其中，但在发现神器前，他不得不确保西班牙人的安全。
就这样，乔瓦尼和西班牙人一起见到了阿兹特克首都特诺奇蒂特兰城的领导人蒙特祖玛。先一步抵达墨西哥的西班牙人贡萨洛·格雷罗建议大家伪装成所谓的神明，希望能够唬住阿兹特克人。
那天是阿兹特克的干涸节，需要举行献祭仪式，尽管蒙特祖玛似乎没有相信这些外来者的话，他还是邀请乔瓦尼等人去神殿做客。乔瓦尼注意到了阿兹特克人奇怪的仪式，他将这些都写在自己的日记当中。
所有人的注意力都放在庆典和仪式上，这给了乔瓦尼搜索的时间。城内所有的雕塑、宝石、冠冕等等都在他关注的范围内，但乔瓦尼还是一无所获。没办法，乔瓦尼只好直接向当地人询问，想知道是否有东西能同他们对话，可惜没有获得有价值的答案。
时间一点点流逝，庆典也来到了最后阶段，随着一个人被抬上祭坛，整场仪式的高潮——活祭开始了。西班牙人们躁动起来，武器紧握在手中，乔瓦尼试图劝大家冷静但是无济于事。
就在这时，祭坛上的祭司取出了一个水晶头骨，熟悉的感觉让乔瓦尼明白，那就是他的目标。西班牙人开始对阿兹特克人发动屠杀，乔瓦尼无暇顾及他们，他径直跑向台上的祭司，后者正因眼前的惨状呆在原地。
阿兹特克人实在是不明白，为什么自己的神明会发起攻击，但暴行唤醒了其中一小部分人的理智，他们开始反击。虽然作用十分有限，但还是分散了西班牙人们的注意力。借此机会，乔瓦尼杀死祭司，迅速抢走水晶头骨藏入怀中。
整座城市的人都向这里涌来，西班牙人在带路土著的掩护下选择撤退。蒙特祖玛成了俘虏，还不停为自己人民的所作所为道歉，这令乔瓦尼感到羞耻。
走投无路的西班牙人被愤怒的群众包围在蒙特祖玛的宫殿，埃尔南让蒙特祖玛和他的人民讲话。蒙特祖玛将西班牙人的话语一五一十地翻译给底下的群众，但那些拙略的谎言骗不了任何人，他们开始向台上投掷石块。一枚石头砸中了蒙特祖玛的头，他倒地抽搐，几天后就死去了。
民众们开始散去，因为他们知道西班牙人插翅难逃。现在只能背水一战了，许多西班牙人开始往衣服里塞黄金，乔瓦尼当然没这么不理智，他只带了水晶头骨，还希望这玩意儿能在之后提供帮助。
西班牙人修了一座小桥，所有人趁着夜色溜出城去，他们自以为聪明，直到领头人的眼睛被一箭射穿。付出代价之后，残余人员在埃尔南的带领下成功逃走。
研究
回到欧洲之后，乔瓦尼立刻投入到对水晶头骨的研究当中。1527年，他带着水晶头骨拜访了瑞士自然哲学家菲利普斯·奥里欧勒斯·德奥弗拉斯特·博姆巴斯茨·冯·霍恩海姆。
这个自称“帕拉塞尔苏斯”的学者是刺客组织的盟友，对伊甸碎片有着很深的了解。在帕拉塞尔苏斯家中，乔瓦尼看到了一个精神失常的男子，学者坚称对方是看到了不该看的东西才变得疯魔。
见到水晶头骨后，帕拉塞尔苏斯开始用各种方法进行测试，最后他拿出了一本又大又重的书，他建议乔瓦尼不要看这本书，除非也想变成疯子。
在帕拉塞尔苏斯研究的过程中，乔瓦尼还是忍不住瞄了一眼书页，上面一片空白，但各种符号霎时间充斥乔瓦尼脑海。在乔瓦尼的坚持下，帕拉塞尔苏斯找来纸笔供其书写，乔瓦尼写下的是他见所未见的配方。根据那则配方，帕拉塞尔苏斯成功制造了传说中的点金石——贤者之石。
可乔瓦尼想知道的是有关水晶头骨的信息，起初帕拉塞尔苏斯还想隐瞒，但被乔瓦尼威胁后，他只好承认对方寻找的东西隐藏在那本书的另一半里。之后，乔瓦尼和帕拉塞尔苏斯的助手玛丽亚·埃米尔一起开始寻找遗失的那半本书。
两人在大学的图书馆找了整整一周，最后是乔瓦尼发现贤者之石配方的事情给了玛利亚启发，他们开始查阅一切有关炼金术的书籍。从尼可·勒梅到亚伯拉罕，乔瓦尼寻找的秘密就藏在亚伯拉罕之书第二部分《神圣科学》当中。
乔瓦尼和玛利亚即刻前往巴黎，途中乔瓦尼分享了自己在墨西哥的经历，两人还交流了许多有关科学的看法。抵达巴黎后，两人分开行动，玛利亚对这座城市更感兴趣，乔瓦尼则专心于目标。很快，乔瓦尼就获准进入卢浮宫内的王家图书馆，并最终发现了一名尼可·勒梅后裔的下落。
某天离开图书馆后，乔瓦尼同玛利亚来到塞纳河畔散步，两人手牵着手，气氛和谐。突然，一伙儿强盗从阴影中跳出，还没等玛利亚做什么，乔瓦尼便冲了上去，他伶俐的身手令强盗们措手不及，没过几招便被打得落花流水。
次日，二人找到了勒梅的后人，起初那个老者拒绝开口，但乔瓦尼用人格魅力打动了对方，问出了“魔法书”的下落。可惜之后的发现并不尽如人意，他们找到的书稿是经过删减翻译的。为了找到《神圣之书》的原稿，乔瓦尼甚至带着玛利亚撬开了尼可·勒梅及其妻子的棺材，不过依旧一无所获。乔瓦尼决定前往特鲁瓦寻找更多线索。
越靠近特鲁瓦，乔瓦尼就显得越阴沉，他将这座城市称为“毒蛇之穴”。玛利亚注意到自己的旅伴有些沉默寡言，她想知道究竟是什么困扰着对方。
特鲁瓦这座城市曾遭大火焚毁，现在仍有不少建筑还在重建。乔瓦尼带着玛利亚到市场闲逛，一个佩戴红十字的陌生人突然拦住玛利亚，他问了许多奇怪的问题。在他们谈话时，乔瓦尼出现在陌生人身后，表情凝重。突然，陌生人的声音止住了，他凝视着玛利亚，随后倒地死去。
玛利亚愣在原地，任由乔瓦尼拽着她穿过一条条街道。好不容易停下了，乔瓦尼依旧没有松手，他十分愤怒，表情狰狞。正当玛利亚怀疑那个男人的死是否和乔瓦尼有关时，她被后者按在墙上，细细的剑刃抵在她的咽喉。
乔瓦尼冷冷地注视着眼前之人，他质问玛利亚为什么要和“毒蛇”密谋，那冰冷的目光使女孩不自觉流下泪来。这种状态保持了很长一段时间，乔瓦尼的怒气渐渐消退，但他依旧没松开抓着玛利亚的手，两人开始激吻。
现在，玛利亚将自己全部的感情都放在这个男人身上，她答应了乔瓦尼迅速出城的要求，当然，乔瓦尼不是没事找事，他告诉玛利亚那个陌生人是敌人，他还展示了一封信，内容是二人的全部信息。或许是帕拉塞尔苏斯出卖了他们，除此之外玛利亚想不到任何可能。
历经种种危险之后，玛利亚带乔瓦尼躲进了一个同事家里。见到两人的时候，那个同事伊凡惊讶异常，他结结巴巴地告诉玛利亚，帕拉塞尔苏斯疯了。
当乔瓦尼他们找到疯学者时，这个衣衫不整的家伙正在烧书。乔瓦尼将帕拉塞尔苏斯拖进小巷，但他没办法让疯子停止大喊大叫。二人只好拜托伊凡照顾帕拉塞尔苏斯，却不曾想对方找机会逃走了。在离开前，乔瓦尼进入帕拉塞尔苏斯曾经的实验室，拿走了之前看过的上半本书。
墓穴
多年之后，乔瓦尼已和玛利亚成婚。某天，乔瓦尼向玛利亚展示了一张指向毕达哥拉斯神庙的地图，艾吉奥等刺客前辈都曾去过那里。乔瓦尼告诉玛利亚，某种神秘的直觉要求他前往那座神庙，他一定能在那里有所发现。
尽管前往罗马的旅途并不算顺利，夫妻二人还是来到了那座尘封已久的墓穴之前。阴暗潮湿的洞窟令人心慌，人骨筑成的墙壁更是骇人听闻。最终，乔瓦尼带着玛利亚走到了一堵看上去平平无奇的墙壁之前。
玛利亚看着乔瓦尼推开砖块开启暗门，又跟着他走进了一座巨大的房间。奇异的符号排列在墙壁之上，乔瓦尼熟门熟路地将其重新排列，很快又打开了一扇门。
这就是最后一个房间了，也是最奇怪的一个房间，耀眼的光芒组成各种图案、数字和符号，就这样充斥在岩石的缝隙间。乔瓦尼突然陷入昏迷，玛利亚惊讶地看到爱人的脸逐渐老化，陌生的声音自其口中响起：
“吾乃博学之神康苏斯”，那个声音如是说道。
后续
毕达哥拉斯神庙之行没有给乔瓦尼带来新的发现，他只好继续研究水晶头骨。玛利亚时常抱怨丈夫在头骨上花费了太多时间，兄弟会的其他刺客也不相信那是伊甸碎片，甚至因此对乔瓦尼的能力产生怀疑。
这样的情况持续到了1542年，那一天水晶头骨突然放射出炫目的光芒。无法理解的外国语言在乔瓦尼脑中响起，随之产生的还有一些朦胧的影像。乔瓦尼努力辨认，那模模糊糊的人影是一个中国人的模样。
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