在近期發佈的幕後紀錄片中，Double Fine工作室透露目前並未投入《腦航員3》或類似大型項目的開發。工作室目前正專注於一些規模較小的作品。創始人及《腦航員》總監Tim Schafer提到：“自《腦航員2》發佈以來的兩年間，我們已經推出了一些新遊戲，這些遊戲全都是全新的嘗試，我們希望探索那些發行商通常不會接受的遊戲類型。”
儘管如此，開發團隊並未完全排除製作《腦航員3》的可能性。資深視覺特效藝術家Tazio Coolidge表示，他樂於再次踏入這個迷幻的世界，因為團隊從中學到了許多經驗，儘管這一過程將會非常艱辛。另一位開發人員也提到，“未來或許會製作第三部”，而另一位則低聲表示“不……”。
對於Double Fine的員工而言，《腦航員2》的開發過程極其艱苦。正如紀錄片中所描述，這一項目讓團隊成員們感到“精疲力竭”。