在近期发布的幕后纪录片中，Double Fine工作室透露目前并未投入《脑航员3》或类似大型项目的开发。工作室目前正专注于一些规模较小的作品。创始人及《脑航员》总监Tim Schafer提到：“自《脑航员2》发布以来的两年间，我们已经推出了一些新游戏，这些游戏全都是全新的尝试，我们希望探索那些发行商通常不会接受的游戏类型。”
尽管如此，开发团队并未完全排除制作《脑航员3》的可能性。资深视觉特效艺术家Tazio Coolidge表示，他乐于再次踏入这个迷幻的世界，因为团队从中学到了许多经验，尽管这一过程将会非常艰辛。另一位开发人员也提到，“未来或许会制作第三部”，而另一位则低声表示“不……”。
对于Double Fine的员工而言，《脑航员2》的开发过程极其艰苦。正如纪录片中所描述，这一项目让团队成员们感到“精疲力竭”。