暫歇
隨著米涅瓦的消失，四周的石柱緩緩降入地面。艾吉奧雖然一頭霧水，但也只能先就此離開。等他回到大廳，羅德里戈早已不知所蹤，直接留下那支教皇權杖，艾吉奧試圖拔出，但他只來得及取下金蘋果，權杖便沉入了地面。
由於擔心艾吉奧，馬里奧也來到了密室內，他寬慰侄子自然是比人類更好的保管者。艾吉奧想要告訴叔叔自己見到的一切，但對方讓他先活下來再說。一頭霧水的艾吉奧跟著馬里奧走出密室，憤怒的教徒們開始指責他們，而室外，波吉亞家族手下的士兵已將此地包圍。從士兵的攻擊下逃離的艾吉奧在叔叔的帶領下爬上一座塔樓，馬里奧讓他自行選擇要不要將金蘋果丟進河裡，艾吉奧選擇將其保留。
1500年1月，艾吉奧和馬里奧回到了蒙特裡久尼，途中他向馬里奧轉述了自己聽聞的一切。不過那些事情並不需要他們擔心，或許刺客們的工作可以告一段落了。馬里奧向艾吉奧展示了城裡新安裝的大炮，蒙特裡久尼的防禦進一步加強，居民們還有家人們則向艾吉奧表示歡迎，甚至連卡特琳娜都特地趕來。
艾吉奧讓克勞迪婭通知所有人今晚在書房見面，他得把自己看到的告訴大夥兒。在大廳，卡特琳娜正在等待，教皇的軍隊逼近佛利，她需要盟友。夜幕降臨，艾吉奧將自己在梵蒂岡密室的見聞以及羅德里戈仍活著的消息告訴眾人，尼科洛警告艾吉奧大家會因他的仁慈付出代價，為此他將即刻前往羅馬。
蒙特裡久尼之變
簡短的會議結束，艾吉奧進入臥室，脫下所有裝備，在沐浴後同卡特琳娜共度春宵。一夜纏綿後，兩人躺在床上說著悄悄話，卻被窗外的炮響打斷，艾吉奧本以為是士兵正在練習，但宅邸卻被一發炮彈擊中。意識到情況不對的艾吉奧來不及穿戴裝備，從牆壁的破洞離開尋找馬里奧，卡特琳娜則去聯繫她帶來的人手。此時，城內已是一片混亂。
馬里奧告訴艾吉奧，波吉亞的軍隊趁夜色摸到了城邦附近，他們需要阻攔來敵以掩護居民撤退，至於金蘋果已經被他藏好。兩人再度分開，馬里奧帶人正面阻擊，艾吉奧則登上城牆靠大炮進行火力掩護。波吉亞的軍隊來勢洶洶，部分士兵爬上城牆，城門也被攻破。波吉亞家族的領導人切薩雷·波吉亞走入城內，身邊是他的夥伴和被脅迫的達·芬奇，腳下踩著被打倒的馬里奧，手中拿著他奪得的金蘋果。
切薩雷高聲呼喊想讓艾吉奧出現，艾吉奧跳下城牆，在他抵達城門前一刻，嘴裡講著和平宣言的切薩雷用達·芬奇製造的新式手銃衝著馬里奧開火了。艾吉奧目睹了一切，突如其來的暈眩使他從房頂摔落。士兵將他拖到宅邸附近，但敵人也已趕來，甦醒過來的艾吉奧帶人一路殺入宅邸。他救下正在被攻擊的克勞迪婭，跟著妹妹在宅邸內的地道口和母親見面，幾人一起逃出蒙特裡久尼。
逃出生天後，艾吉奧向母親和妹妹告知了馬里奧的死訊，他讓克勞迪婭帶母親去佛羅倫薩，自己則隻身前往羅馬，但體力不支的艾吉奧在半途昏迷，倒在了路上。
在羅馬
待艾吉奧醒來，一位女子正在照料他，他的傷口已經得到包紮。女子告訴他，有人將他安置在此，還帶來了一套刺客裝備，醒來的艾吉奧得去奧古斯都大帝陵寢和尼科洛碰面。
雖然羅德里戈遭到重創，但此時的羅馬依舊處在波吉亞家族的統治之下。艾吉奧忍著傷痛趕往會面地，見到尼科洛後，對方告訴他當務之急是避免波吉亞家族知道他生還的消息。
尼科洛本以為艾吉奧會返回佛羅倫薩，沒想到他決定留在羅馬推翻波吉亞的統治，於是尼科洛詳細地向艾吉奧介紹了他將面對的敵人們，殺害馬里奧的兇手切薩雷更是重中之重。目前波吉亞家族對羅馬的統治力隨著切薩雷在外不斷增加的戰果水漲船高，艾吉奧認為不能任由事態如此發展，為此他點燃了一座波吉亞塔樓，宣告其統治即將面臨挑戰。
尼科洛認為只要殺死羅德里戈就能改變現狀，但艾吉奧表示反對，他覺得波吉亞的統治已經向下滲透，只有毀其根基方能有效，所以他們需要來自人民的幫助。話音未落，一個小偷便偷走了他的錢包，尼科洛嘲笑艾吉奧這便是他所謂的“人民”，留下艾吉奧獨自追趕小偷，尼科洛先行前往康比託利歐山。
之後，艾吉奧和尼科洛一起去大競技場見他的手下，卻得知一封本應截獲的信仍在波吉亞的密使手中，艾吉奧抓住密使拿到了那封信，然後帶著信來到圖拉真浴場遺蹟找尼科洛，但那裡空無一人 。突然，一陣狼嚎聲響起，一群身披毛皮的人一擁而上發起了攻擊。費了一番功夫艾吉奧才解決了這群野人，緊接著他發現了一條密道。
順著密道來到地下，艾吉奧找到了那群野人的藏身地——一座古代遺蹟。
離開遺蹟後，尼科洛正在外面等待，他告訴艾吉奧這群自稱羅穆盧斯教的異教徒有波吉亞家族在背後撐腰，艾吉奧將那封信給他，奈何內容經過加密難以破解。兩人只好先去找在羅馬的一位聯絡人——巴託洛米奧的表弟法比歐·奧西尼，他為刺客組織提供了臨時基地，但他本人不得不響應切薩雷的號召前往前線。
準備工作
在破譯那封信後，刺客們得知波吉亞家族準備利用羅穆盧斯教擴大其統治，尼科洛認為刺客們需要開始準備應對來自波吉亞的威脅，但艾吉奧告知他卡特琳娜已經被抓，金蘋果也被奪走，這些事情是尼科洛聞所未聞的。艾吉奧向他打聽了城內各勢力的情況，決定先拉攏一些盟友。
來到城外的盜賊公會，艾吉奧意外遇見“狐狸”，現在他管理著羅馬的盜賊。但“狐狸”視尼科洛為叛徒，因此拒絕合作，詢問後艾吉奧得知尼科洛曾作為波吉亞的貴賓活動，但他仍選擇相信對方。正巧，“狐狸”的手下帶來了尼科洛正和波吉亞士兵見面的消息，於是兩人決定一起過去看看。
尼科洛在給波吉亞士兵一些東西后離開，緊接著盜賊們出現並和士兵爆發衝突，艾吉奧介入其中救下一名年輕的盜賊，在避開士兵的追尋後和“狐狸”碰頭。艾吉奧的行為換來了“狐狸”的信任，他決定接受艾吉奧對尼科洛的擔保，盜賊公會開始四處探聽金蘋果的消息。
隨後在達文亞諾軍營，艾吉奧找到了巴託洛米奧和他妻子。先前巴託洛米奧在帶兵同法軍作戰，但被波吉亞軍夾擊，為了減輕朋友的壓力，艾吉奧刺殺了波吉亞軍的隊長，使得巴託洛米奧可以專心於同法軍的戰鬥，隨後他和他手下的傭兵加入了對抗波吉亞的隊伍。
為了獲得妓女們的信任，艾吉奧試圖解救盛開玫瑰妓院被綁架的老闆，但無功而返，卻在妓院碰到了前來找他的母親和妹妹。克勞迪婭接下了繼續經營妓院的活計，她一面維持盛開玫瑰，一面幫助艾吉奧尋找卡特琳娜的下落。
盟友們各自根據地的建設花費了數月，在此期間，艾吉奧遇到了一位正在向百姓發表演說的學者，路人告訴他這是尼古拉·哥白尼。沒過多久，一隊波吉亞士兵襲擊了哥白尼，艾吉奧替他解決了麻煩。兩人互相亮明身份，艾吉奧這才得知眼前的學者曾是名聖殿騎士，因為叛離組織才遭到追殺，聖殿騎士要求哥白尼隱瞞他的學術發現，以免動搖他們對百姓的控制。
意識到追殺可能仍會繼續，艾吉奧將哥白尼帶到了城外一個藏身處，但學者擔心自己的同僚亦有危險，雖然不能完全信任對方，艾吉奧還是同意幫他給那些學者送口信。任務完成後，哥白尼吐露了追殺他的主使——一名紅衣主教。艾吉奧跟蹤了這位主教，從其談話中驗證了哥白尼的說法，他解救了處於危險中的學者們，殺死了主教的手下。
搞定這一切後，艾吉奧找到哥白尼，提醒他注意安全，但學者不以為意，堅持在當天夜裡外出進行天文研究，因為那天晚上有可遇不可求的月食。為了保護哥白尼，艾吉奧去城內刺殺了那名主教，並及時返回，救下了遭襲的哥白尼。一切塵埃落定，望著天上的圓月，哥白尼詳細闡述了自己的學術觀點，寂靜的城郊，月光同知識的光輝交相輝映。隨後哥白尼感謝了艾吉奧的幫助，兩人就此分別。
戰鬥打響
同盟友們建立聯繫後，艾吉奧回到臺伯島的基地。尼科洛已從線人那裡得到了有關聖殿騎士的情報，當然，那名線人就是先前同他見面的士兵。盟友們也帶來了好消息：他們發現切薩雷和羅德里戈目前身處聖天使堡，金蘋果已被交由某人進行研究，卡特琳娜則會在一週後被移入聖天使堡的監獄。
艾吉奧想要等待適當的時機再進行刺殺，可尼科洛認為他太過優柔寡斷，其他人也同意行動即刻開始。沒辦法，艾吉奧只好趕往聖天使堡，蹲守一段時間後，切薩雷的妹妹盧奎西亞押送卡特琳娜至此，她當眾羞辱了昔日的女領主，艾吉奧為此憤怒不已，但尼科洛提醒說他是為了切薩雷以及羅德里戈而來。艾吉奧堅持要救出卡特琳娜，尼科洛也不願退半步，艾吉奧不得不先潛入執行刺殺那兩人的任務。
在聖天使堡，艾吉奧發現切薩雷計劃架空羅德里戈，還撞破了其和盧奎西亞的不倫之戀。隨後切薩雷離開聖天使堡，艾吉奧馬上改變計劃，開始尋找卡特琳娜的下落。
牢房內，盧奎西亞把被切薩雷冷落帶來的怒火發洩在卡特琳娜身上。艾吉奧等到那個惡毒的女人離開監牢後潛入進去，但卡特琳娜告訴他鑰匙被盧奎西亞隨身攜帶。艾吉奧繞到天井，發現盧奎西亞正在花園和一個男子調情。
當艾吉奧到達時，盧奎西亞發現了不對勁。那男子藉故離開，盧奎西亞則讓士兵將這個消息傳到切薩雷耳中，她想讓對方也嚐嚐被帶綠帽子的滋味。當花園只剩她一人時，艾吉奧現身，俘虜了盧奎西亞。
前往監牢的過程中，盧奎西亞一直大聲謾罵，試圖引來守衛，但這都是在做無用功。卡特琳娜拿到了鑰匙並將盧奎西亞打暈，兩人的身份就此對調。接著，艾吉奧帶著受傷的卡特琳娜潛入馬廄，保護對方逃離聖天使堡。
聖天使堡對岸，一同前來的尼科洛不見蹤影，艾吉奧只好留下斷後，讓卡特琳娜獨自騎馬離開。當他返回臺伯島，發現“狐狸”已經先行接應卡特琳娜抵達，隨後，尼科洛才姍姍來遲，他給出的理由是自己在到處尋找艾吉奧二人。
艾吉奧告知眾人切薩雷已經離開，而羅德里戈根本不見人影。艾吉奧提出刺客組織應當趁切薩雷離開的時間削弱波吉亞的影響力，並建立自己的勢力。尼科洛本想反對，但卡特琳娜告訴他切薩雷目前身處前線，根本無從下手。隨後，艾吉奧帶著尼科洛來到室外，闡述了自己的計劃，即招募被壓迫的人民加入他們都行列。尼科洛對此嗤之以鼻，不過很快，艾吉奧就帶回了兩名志願對抗波吉亞的新人，在事實面前尼科洛只好妥協。
在擴大影響力的過程中，艾吉奧帶著刺客們擊殺了臺伯島地區的一名針對妓女的連環殺手馬法託，還解救了被西爾維斯特羅·薩巴提尼囚禁的羅馬百姓。
工作如火如荼地開展著。某天，在臺伯島附近，艾吉奧遇到了特地來尋找他的達·芬奇。昔日的老友向艾吉奧表達了歉意，這些年他不得不替波吉亞製造新式裝備，直到最近有人闖入聖天使堡的消息傳開，他才敢偷偷前來聯繫刺客組織。達·芬奇帶來了他所打造的波吉亞新式裝備的情報，還告知艾吉奧金蘋果已被羅德里戈帶走，這些寶貴的消息使得兩人冰釋前嫌。除此以外，達·芬奇還幫艾吉奧重新制作了在蒙特裡久尼被毀的那些裝備。
#遊戲劇情#
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