暂歇
随着米涅瓦的消失，四周的石柱缓缓降入地面。艾吉奥虽然一头雾水，但也只能先就此离开。等他回到大厅，罗德里戈早已不知所踪，直接留下那支教皇权杖，艾吉奥试图拔出，但他只来得及取下金苹果，权杖便沉入了地面。
由于担心艾吉奥，马里奥也来到了密室内，他宽慰侄子自然是比人类更好的保管者。艾吉奥想要告诉叔叔自己见到的一切，但对方让他先活下来再说。一头雾水的艾吉奥跟着马里奥走出密室，愤怒的教徒们开始指责他们，而室外，波吉亚家族手下的士兵已将此地包围。从士兵的攻击下逃离的艾吉奥在叔叔的带领下爬上一座塔楼，马里奥让他自行选择要不要将金苹果丢进河里，艾吉奥选择将其保留。
1500年1月，艾吉奥和马里奥回到了蒙特里久尼，途中他向马里奥转述了自己听闻的一切。不过那些事情并不需要他们担心，或许刺客们的工作可以告一段落了。马里奥向艾吉奥展示了城里新安装的大炮，蒙特里久尼的防御进一步加强，居民们还有家人们则向艾吉奥表示欢迎，甚至连卡特琳娜都特地赶来。
艾吉奥让克劳迪娅通知所有人今晚在书房见面，他得把自己看到的告诉大伙儿。在大厅，卡特琳娜正在等待，教皇的军队逼近佛利，她需要盟友。夜幕降临，艾吉奥将自己在梵蒂冈密室的见闻以及罗德里戈仍活着的消息告诉众人，尼科洛警告艾吉奥大家会因他的仁慈付出代价，为此他将即刻前往罗马。
蒙特里久尼之变
简短的会议结束，艾吉奥进入卧室，脱下所有装备，在沐浴后同卡特琳娜共度春宵。一夜缠绵后，两人躺在床上说着悄悄话，却被窗外的炮响打断，艾吉奥本以为是士兵正在练习，但宅邸却被一发炮弹击中。意识到情况不对的艾吉奥来不及穿戴装备，从墙壁的破洞离开寻找马里奥，卡特琳娜则去联系她带来的人手。此时，城内已是一片混乱。
马里奥告诉艾吉奥，波吉亚的军队趁夜色摸到了城邦附近，他们需要阻拦来敌以掩护居民撤退，至于金苹果已经被他藏好。两人再度分开，马里奥带人正面阻击，艾吉奥则登上城墙靠大炮进行火力掩护。波吉亚的军队来势汹汹，部分士兵爬上城墙，城门也被攻破。波吉亚家族的领导人切萨雷·波吉亚走入城内，身边是他的伙伴和被胁迫的达·芬奇，脚下踩着被打倒的马里奥，手中拿着他夺得的金苹果。
切萨雷高声呼喊想让艾吉奥出现，艾吉奥跳下城墙，在他抵达城门前一刻，嘴里讲着和平宣言的切萨雷用达·芬奇制造的新式手铳冲着马里奥开火了。艾吉奥目睹了一切，突如其来的晕眩使他从房顶摔落。士兵将他拖到宅邸附近，但敌人也已赶来，苏醒过来的艾吉奥带人一路杀入宅邸。他救下正在被攻击的克劳迪娅，跟着妹妹在宅邸内的地道口和母亲见面，几人一起逃出蒙特里久尼。
逃出生天后，艾吉奥向母亲和妹妹告知了马里奥的死讯，他让克劳迪娅带母亲去佛罗伦萨，自己则只身前往罗马，但体力不支的艾吉奥在半途昏迷，倒在了路上。
在罗马
待艾吉奥醒来，一位女子正在照料他，他的伤口已经得到包扎。女子告诉他，有人将他安置在此，还带来了一套刺客装备，醒来的艾吉奥得去奥古斯都大帝陵寝和尼科洛碰面。
虽然罗德里戈遭到重创，但此时的罗马依旧处在波吉亚家族的统治之下。艾吉奥忍着伤痛赶往会面地，见到尼科洛后，对方告诉他当务之急是避免波吉亚家族知道他生还的消息。
尼科洛本以为艾吉奥会返回佛罗伦萨，没想到他决定留在罗马推翻波吉亚的统治，于是尼科洛详细地向艾吉奥介绍了他将面对的敌人们，杀害马里奥的凶手切萨雷更是重中之重。目前波吉亚家族对罗马的统治力随着切萨雷在外不断增加的战果水涨船高，艾吉奥认为不能任由事态如此发展，为此他点燃了一座波吉亚塔楼，宣告其统治即将面临挑战。
尼科洛认为只要杀死罗德里戈就能改变现状，但艾吉奥表示反对，他觉得波吉亚的统治已经向下渗透，只有毁其根基方能有效，所以他们需要来自人民的帮助。话音未落，一个小偷便偷走了他的钱包，尼科洛嘲笑艾吉奥这便是他所谓的“人民”，留下艾吉奥独自追赶小偷，尼科洛先行前往康比托利欧山。
之后，艾吉奥和尼科洛一起去大竞技场见他的手下，却得知一封本应截获的信仍在波吉亚的密使手中，艾吉奥抓住密使拿到了那封信，然后带着信来到图拉真浴场遗迹找尼科洛，但那里空无一人 。突然，一阵狼嚎声响起，一群身披毛皮的人一拥而上发起了攻击。费了一番功夫艾吉奥才解决了这群野人，紧接着他发现了一条密道。
顺着密道来到地下，艾吉奥找到了那群野人的藏身地——一座古代遗迹。
离开遗迹后，尼科洛正在外面等待，他告诉艾吉奥这群自称罗穆卢斯教的异教徒有波吉亚家族在背后撑腰，艾吉奥将那封信给他，奈何内容经过加密难以破解。两人只好先去找在罗马的一位联络人——巴托洛米奥的表弟法比欧·奥西尼，他为刺客组织提供了临时基地，但他本人不得不响应切萨雷的号召前往前线。
准备工作
在破译那封信后，刺客们得知波吉亚家族准备利用罗穆卢斯教扩大其统治，尼科洛认为刺客们需要开始准备应对来自波吉亚的威胁，但艾吉奥告知他卡特琳娜已经被抓，金苹果也被夺走，这些事情是尼科洛闻所未闻的。艾吉奥向他打听了城内各势力的情况，决定先拉拢一些盟友。
来到城外的盗贼公会，艾吉奥意外遇见“狐狸”，现在他管理着罗马的盗贼。但“狐狸”视尼科洛为叛徒，因此拒绝合作，询问后艾吉奥得知尼科洛曾作为波吉亚的贵宾活动，但他仍选择相信对方。正巧，“狐狸”的手下带来了尼科洛正和波吉亚士兵见面的消息，于是两人决定一起过去看看。
尼科洛在给波吉亚士兵一些东西后离开，紧接着盗贼们出现并和士兵爆发冲突，艾吉奥介入其中救下一名年轻的盗贼，在避开士兵的追寻后和“狐狸”碰头。艾吉奥的行为换来了“狐狸”的信任，他决定接受艾吉奥对尼科洛的担保，盗贼公会开始四处探听金苹果的消息。
随后在达文亚诺军营，艾吉奥找到了巴托洛米奥和他妻子。先前巴托洛米奥在带兵同法军作战，但被波吉亚军夹击，为了减轻朋友的压力，艾吉奥刺杀了波吉亚军的队长，使得巴托洛米奥可以专心于同法军的战斗，随后他和他手下的佣兵加入了对抗波吉亚的队伍。
为了获得妓女们的信任，艾吉奥试图解救盛开玫瑰妓院被绑架的老板，但无功而返，却在妓院碰到了前来找他的母亲和妹妹。克劳迪娅接下了继续经营妓院的活计，她一面维持盛开玫瑰，一面帮助艾吉奥寻找卡特琳娜的下落。
盟友们各自根据地的建设花费了数月，在此期间，艾吉奥遇到了一位正在向百姓发表演说的学者，路人告诉他这是尼古拉·哥白尼。没过多久，一队波吉亚士兵袭击了哥白尼，艾吉奥替他解决了麻烦。两人互相亮明身份，艾吉奥这才得知眼前的学者曾是名圣殿骑士，因为叛离组织才遭到追杀，圣殿骑士要求哥白尼隐瞒他的学术发现，以免动摇他们对百姓的控制。
意识到追杀可能仍会继续，艾吉奥将哥白尼带到了城外一个藏身处，但学者担心自己的同僚亦有危险，虽然不能完全信任对方，艾吉奥还是同意帮他给那些学者送口信。任务完成后，哥白尼吐露了追杀他的主使——一名红衣主教。艾吉奥跟踪了这位主教，从其谈话中验证了哥白尼的说法，他解救了处于危险中的学者们，杀死了主教的手下。
搞定这一切后，艾吉奥找到哥白尼，提醒他注意安全，但学者不以为意，坚持在当天夜里外出进行天文研究，因为那天晚上有可遇不可求的月食。为了保护哥白尼，艾吉奥去城内刺杀了那名主教，并及时返回，救下了遭袭的哥白尼。一切尘埃落定，望着天上的圆月，哥白尼详细阐述了自己的学术观点，寂静的城郊，月光同知识的光辉交相辉映。随后哥白尼感谢了艾吉奥的帮助，两人就此分别。
战斗打响
同盟友们建立联系后，艾吉奥回到台伯岛的基地。尼科洛已从线人那里得到了有关圣殿骑士的情报，当然，那名线人就是先前同他见面的士兵。盟友们也带来了好消息：他们发现切萨雷和罗德里戈目前身处圣天使堡，金苹果已被交由某人进行研究，卡特琳娜则会在一周后被移入圣天使堡的监狱。
艾吉奥想要等待适当的时机再进行刺杀，可尼科洛认为他太过优柔寡断，其他人也同意行动即刻开始。没办法，艾吉奥只好赶往圣天使堡，蹲守一段时间后，切萨雷的妹妹卢奎西亚押送卡特琳娜至此，她当众羞辱了昔日的女领主，艾吉奥为此愤怒不已，但尼科洛提醒说他是为了切萨雷以及罗德里戈而来。艾吉奥坚持要救出卡特琳娜，尼科洛也不愿退半步，艾吉奥不得不先潜入执行刺杀那两人的任务。
在圣天使堡，艾吉奥发现切萨雷计划架空罗德里戈，还撞破了其和卢奎西亚的不伦之恋。随后切萨雷离开圣天使堡，艾吉奥马上改变计划，开始寻找卡特琳娜的下落。
牢房内，卢奎西亚把被切萨雷冷落带来的怒火发泄在卡特琳娜身上。艾吉奥等到那个恶毒的女人离开监牢后潜入进去，但卡特琳娜告诉他钥匙被卢奎西亚随身携带。艾吉奥绕到天井，发现卢奎西亚正在花园和一个男子调情。
当艾吉奥到达时，卢奎西亚发现了不对劲。那男子借故离开，卢奎西亚则让士兵将这个消息传到切萨雷耳中，她想让对方也尝尝被带绿帽子的滋味。当花园只剩她一人时，艾吉奥现身，俘虏了卢奎西亚。
前往监牢的过程中，卢奎西亚一直大声谩骂，试图引来守卫，但这都是在做无用功。卡特琳娜拿到了钥匙并将卢奎西亚打晕，两人的身份就此对调。接着，艾吉奥带着受伤的卡特琳娜潜入马厩，保护对方逃离圣天使堡。
圣天使堡对岸，一同前来的尼科洛不见踪影，艾吉奥只好留下断后，让卡特琳娜独自骑马离开。当他返回台伯岛，发现“狐狸”已经先行接应卡特琳娜抵达，随后，尼科洛才姗姗来迟，他给出的理由是自己在到处寻找艾吉奥二人。
艾吉奥告知众人切萨雷已经离开，而罗德里戈根本不见人影。艾吉奥提出刺客组织应当趁切萨雷离开的时间削弱波吉亚的影响力，并建立自己的势力。尼科洛本想反对，但卡特琳娜告诉他切萨雷目前身处前线，根本无从下手。随后，艾吉奥带着尼科洛来到室外，阐述了自己的计划，即招募被压迫的人民加入他们都行列。尼科洛对此嗤之以鼻，不过很快，艾吉奥就带回了两名志愿对抗波吉亚的新人，在事实面前尼科洛只好妥协。
在扩大影响力的过程中，艾吉奥带着刺客们击杀了台伯岛地区的一名针对妓女的连环杀手马法托，还解救了被西尔维斯特罗·萨巴提尼囚禁的罗马百姓。
工作如火如荼地开展着。某天，在台伯岛附近，艾吉奥遇到了特地来寻找他的达·芬奇。昔日的老友向艾吉奥表达了歉意，这些年他不得不替波吉亚制造新式装备，直到最近有人闯入圣天使堡的消息传开，他才敢偷偷前来联系刺客组织。达·芬奇带来了他所打造的波吉亚新式装备的情报，还告知艾吉奥金苹果已被罗德里戈带走，这些宝贵的消息使得两人冰释前嫌。除此以外，达·芬奇还帮艾吉奥重新制作了在蒙特里久尼被毁的那些装备。
#游戏剧情#
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