1、寻找“六根”复活悟空
《黑神话：悟空》的故事开始于西游师徒取经任务圆满完成之后。游戏伊始，已经封位“斗战胜佛”的孙悟空决意放弃佛位，回到花果山“退休”。天庭派出二郎神率领天兵天将再临花果山，以屠戮花果山为挟“请”回悟空。两人再次在云端单挑斗法，天地为之震动。
最终悟空落败，其六根中的五根——眼、耳、鼻、舌、身——被作为奖赏，分给五位妖王——黑熊、貂鼠、黄眉、百眼、牛魔。而其“意”则化为一块奇石，落在花果山巅，成为猴子猴孙口耳相传的传奇。世代以来，无数猴子猴孙从花果山出发，历经艰难险阻，挑战妖王，试图寻回并搜集“五根”，进而合而为一，复活孙悟空。
玩家扮演的主角“天命人”就是猴子猴孙中的一员。踏着前面无数失败者的足迹，最终在游戏人气并气人角色猪八戒的陪伴、引导和帮助下，击败五大妖王，寻得“五根”。一路上，玩家通过“天命人”视角，了解诸仙众神的缘分和故事。这些故事或续接、或呼应《西游记》原著剧情，如黄眉怪与金蝉子的对赌、牛魔王的中年危机、天蓬元帅的未了前情，等等。
最终，“天命人”携“五根”进入孙悟空生前记忆，战胜悟空残存意念和身躯，清除悟空不净“六根”，戴上金刚紧箍，收紧心猿意马，承接“孙悟空”名号、装备和法术，成为下一个“孙悟空”。
2、流行文化再造经典
在众多3A大作中，剧情和结局往往是多线、多个的。以上所述可能只是《黑神话：悟空》的剧情和结局之一。但就目前已知的信息中，游戏中不仅有对大量《西游记》原著妖怪、元素想象的呈现和还原，更清晰可见当代流行文化、网络文学对经典《西游记》的再造和延伸。
在前往最后战斗的路上，摆渡老猴逐一细数悟空不净“六根”。其中谈到情心未敛、多情易折时，称悟空虽曾三次亲手打死白骨公主，意在斩断情根，但心里还是没有放下。这番台词与设定直接承继自游戏制作人参与的早期作品《斗战神》，更让人直接联系到周星驰电影《大话西游》中，对孙悟空与白骨精情缘的再创作。
与动画电影《大闹天宫》及86版电视剧《西游记》不同，《大话西游》因其无厘头的风格、喜悲剧的内核，也因其中对孙悟空感情世界进行创作，对西游师徒形象的再造、对时空穿越的创新设定，被当时广大年轻人所津津乐道，引发解构经典的热潮。
上世纪末本世纪初，互联网公共空间兴起，1995年，电影《大话西游》在港铩羽而归，却在各大网络论坛中，受到了内地年轻人追捧，进而催生出众多西游记及孙悟空题材的同人创作，今何在小说《悟空传》就是其中代表。小说以唐僧被孙悟空打死作为开头，先声夺目。这样改编《西游记》，四百多年来几乎是第一次。