《黑神話:悟空》的故事設定在西天取經之後，講述了孫悟空辭去鬥戰勝佛的佛位，回到花果山逍遙自在的生活，但天庭一直屠殺他的猴子猴孫，於是天庭派出二郎神率領天兵天將攻打花果山，悟空與二郎神再次鬥法，最終悟空落敗，其六根中的五根被分給五位妖王，而“意”則化為奇石落在花果山巔。玩家扮演的主角“天命人”是猴子猴孫中的一員，踏上尋找“六根”復活悟空的旅程。
在遊戲中，玩家需要挑戰各種妖怪和難關，收集“六根”，並瞭解諸仙眾神的緣分和故事。這些故事或續接、或呼應《西遊記》原著劇情，如黃眉怪與金蟬子的對賭、牛魔王的中年危機、天蓬元帥的未了前情等。最終，“天命人”攜“五根”進入孫悟空生前記憶，戰勝悟空殘存意念和身軀，清除悟空不淨“六根”，戴上金剛緊箍，收緊心猿意馬，承接“孫悟空”名號、裝備和法術，成為下一個“孫悟空”。
此外，遊戲中還融入了當代流行文化、網絡文學對經典《西遊記》的再造和延伸，呈現出豐富的故事內容和多樣的遊戲體驗！！！