《黑神话:悟空》的故事设定在西天取经之后，讲述了孙悟空辞去斗战胜佛的佛位，回到花果山逍遥自在的生活，但天庭一直屠杀他的猴子猴孙，于是天庭派出二郎神率领天兵天将攻打花果山，悟空与二郎神再次斗法，最终悟空落败，其六根中的五根被分给五位妖王，而“意”则化为奇石落在花果山巅。玩家扮演的主角“天命人”是猴子猴孙中的一员，踏上寻找“六根”复活悟空的旅程。
在游戏中，玩家需要挑战各种妖怪和难关，收集“六根”，并了解诸仙众神的缘分和故事。这些故事或续接、或呼应《西游记》原著剧情，如黄眉怪与金蝉子的对赌、牛魔王的中年危机、天蓬元帅的未了前情等。最终，“天命人”携“五根”进入孙悟空生前记忆，战胜悟空残存意念和身躯，清除悟空不净“六根”，戴上金刚紧箍，收紧心猿意马，承接“孙悟空”名号、装备和法术，成为下一个“孙悟空”。
此外，游戏中还融入了当代流行文化、网络文学对经典《西游记》的再造和延伸，呈现出丰富的故事内容和多样的游戏体验！！！