《薩爾達傳說 王國之淚》的主線相較前作變得更加複雜，數條線相互交織影響，並在最後匯聚成同一條線邁向結局，這其中還包括幾個對主線尋找線索時至關重要的支線內容。事實上，玩家依舊可以在開場獲得四個能力離開初始空島後，直接奔向最終 Boss 的所在地，快速擊破觀賞結局（如果技術高超的話）。當然，第一次體驗遊戲的時候，我們還是強烈建議把能做的主線任務全都完成，這其中可能玩家會因為某些原因提前獲得重要道具，導致某些任務出現即完成，沒關係，這都是《薩爾達傳說 王國之淚》的魅力之一。
本文將大致介紹遊戲全部主線任務的觸發和完成形式，不會具體提到各個任務的解謎過程，只是給大家大致指明一下路線。
來到初始空島，解鎖貫穿整個遊戲的重要主線任務「尋找塞爾達」，探索空島攻克四座神廟打開時之神殿大門，完成主線任務「禁閉之門」，進入時之神殿最深處放置大師劍後，解鎖主線任務「前往海拉魯大地」。
來到監視堡壘和普爾亞對話，完成「前往海拉魯大地」，並解鎖重要主線任務「海拉魯城堡的異變」。
前往海拉魯城堡和搜索隊隊長霍司塔對話，然後回到監視堡壘和普爾亞對話，接著前往監視堡壘的鳥望臺解鎖滑翔傘。和普爾亞對話解鎖重要主線任務「調查四區域的異變」，開啟四賢者線，喬舒亞會先提到利特村，所以可以先去那裡。和普爾亞對話後，下樓找洛貝利和喬舒亞對話，解鎖主線任務「地底人拍照」，開啟地底探索線，可以優先完成解鎖平板功能「相機」。
接下來建議按照喬舒亞的提議從監視堡壘朝西北方向前往利特村，途中經過新瑪麗塔驛站時，附近可以找到英帕，解鎖主線任務「英帕與地上圖畫」，組裝氣球后調查第一個龍之淚後完成「英帕與地上圖畫」，並解鎖主線任務「龍之淚」，尋找 11 個龍之淚，找齊所有龍之淚之後會尋找最後一個龍之淚，並得知白龍的身份。
四賢者線中，任務比較多的是卓拉領地，需要找到大王、來到天空的魚型島嶼射帶有鱗片的箭穿過水滴、找到一件卓拉盔甲後才能繼續推進，其他三個線的路徑都比較清晰簡單。
完成任意一個賢者的任務後，回到監視堡壘和喬舒亞對話可以觸發新的主線任務「沉睡於地底神殿的謎團」，前往中央大廢礦擊敗 Boss 解鎖平板技能「藍圖」，解鎖支線任務「依蓋隊隊長 —— 可蓋大人的陰謀！」，可以先不用特別著急推進。
獲得藍圖後，回到監視堡壘和洛貝利對話修復熱氣球，來到哈特諾村的研究所擊敗敵人，再和洛貝利對話，就能在研究所觸發三個與平板功能相關的支線，其中支線「重大發明！圖鑑感應器！」與後續主線相關，所以要完成。
完成全部四個賢者任務後，回到監視堡壘和普爾亞對話，完成「調查四區域的異變」，前往海拉魯城堡跟隨塞爾達一路探索，擊敗 Boss 後回到監視堡壘開啟主線任務「尋找第五位賢者」。
來到卡卡利特村，和帕雅對話，開啟主線任務「環卡遺蹟的秘密」得以前往環卡遺蹟，用通天術進入浮在空中的遺蹟中，將石板拍下來給塔烏洛看，得知下一個目的地是「費羅尼的左納烏遺蹟群」。
遊戲沒有給出遺蹟群具體位置，其實就在東南方向，具體如圖。
找到遺蹟中的塔烏洛，對話後得知線索，把箱子打開獲得「雷光服」，還需要頭盔和下裝，將平板的感應切換為圖鑑感應，感應目標選擇寶箱（先給寶箱拍照記錄到圖鑑後再感應），然後沿著卡茲溜河找到另外兩個寶箱。
穿上雷光三件套，在下圖位置的祭壇中放一個左納烏能源，發現全新的空島。
回監視堡壘和普爾亞對話，然後前往新的空島，最後跳到龍頭島，注意這裡的大門需要有十顆心心才能打開，找到發出綠光的頭部後完成「環卡遺蹟的秘密」，解鎖主線任務「來自太古的指引」。
帶著頭部前往綠光所指的位置，一路前行進入比託谷的深穴來到地底的魔像製造房，將頭部放置後還需要找到四肢，分別從四個給定的位置把四肢的箱子拿到製造房就能安裝上，最後要尋找魂之秘石。
一路來到圖標所指的目的地，進入魂之神殿，進行 Boss 戰，隨後拿到秘石，完成「來自太古的指引」，開啟主線任務「大師之劍的線索」，回到監視堡壘和普爾亞對話，接下來我們需要找到大師之劍的具體位置。
前往克洛格森林東側的深穴，一路朝著克洛格森林的位置走，最後可以從一個通天柱子直接通天術來到森林中間，從樹長老肚子位置的深穴跳下去擊敗 Boss，再和樹長老對話即可開啟主線任務「丟失的勇者之劍」，得知大師之劍在白龍身上，同時得知載著大師之間的白龍在什麼位置。
在有兩圈精力（即升級一圈精力）的情況下來到白龍頭部，將大師之劍拔出來，完成「丟失的勇者之劍」。
和第五位賢者對話完成「大師之劍的線索」，回到監視堡壘和普爾亞對話完成「尋找第五位賢者」「海拉魯城堡的異變」，開啟主線任務「討伐加儂多夫」。
現在我們的目標是找到加儂多夫的位置，普爾亞會提到喬舒亞在調查地下，和喬舒亞對話，她會提到讓林克繼續在地下探索，其實就是追蹤逃掉的可蓋大人前往另外幾個廢礦，其中最後一個廢礦需要在利特村中央神廟附近的平臺找到深穴跳進去（周圍有個觀望的海利亞 NPC），全部完成之後可以知道加儂多夫的位置，雖然這是一條支線，但卻對主線有至關重要的影響。
現在我們獲得了大師之劍，也知道了加儂多夫的位置，直接前往海拉魯城堡地底，一路砍怪殺敵擊敗加儂多夫完成「討伐加儂多夫」，來到結局，完成「尋找塞爾達」。