《塞尔达传说 王国之泪》的主线相较前作变得更加复杂，数条线相互交织影响，并在最后汇聚成同一条线迈向结局，这其中还包括几个对主线寻找线索时至关重要的支线内容。事实上，玩家依旧可以在开场获得四个能力离开初始空岛后，直接奔向最终 Boss 的所在地，快速击破观赏结局（如果技术高超的话）。当然，第一次体验游戏的时候，我们还是强烈建议把能做的主线任务全都完成，这其中可能玩家会因为某些原因提前获得重要道具，导致某些任务出现即完成，没关系，这都是《塞尔达传说 王国之泪》的魅力之一。
本文将大致介绍游戏全部主线任务的触发和完成形式，不会具体提到各个任务的解谜过程，只是给大家大致指明一下路线。
来到初始空岛，解锁贯穿整个游戏的重要主线任务「寻找塞尔达」，探索空岛攻克四座神庙打开时之神殿大门，完成主线任务「禁闭之门」，进入时之神殿最深处放置大师剑后，解锁主线任务「前往海拉鲁大地」。
来到监视堡垒和普尔亚对话，完成「前往海拉鲁大地」，并解锁重要主线任务「海拉鲁城堡的异变」。
前往海拉鲁城堡和搜索队队长霍司塔对话，然后回到监视堡垒和普尔亚对话，接着前往监视堡垒的鸟望台解锁滑翔伞。和普尔亚对话解锁重要主线任务「调查四区域的异变」，开启四贤者线，乔舒亚会先提到利特村，所以可以先去那里。和普尔亚对话后，下楼找洛贝利和乔舒亚对话，解锁主线任务「地底人拍照」，开启地底探索线，可以优先完成解锁平板功能「相机」。
接下来建议按照乔舒亚的提议从监视堡垒朝西北方向前往利特村，途中经过新玛丽塔驿站时，附近可以找到英帕，解锁主线任务「英帕与地上图画」，组装气球后调查第一个龙之泪后完成「英帕与地上图画」，并解锁主线任务「龙之泪」，寻找 11 个龙之泪，找齐所有龙之泪之后会寻找最后一个龙之泪，并得知白龙的身份。
四贤者线中，任务比较多的是卓拉领地，需要找到大王、来到天空的鱼型岛屿射带有鳞片的箭穿过水滴、找到一件卓拉盔甲后才能继续推进，其他三个线的路径都比较清晰简单。
完成任意一个贤者的任务后，回到监视堡垒和乔舒亚对话可以触发新的主线任务「沉睡于地底神殿的谜团」，前往中央大废矿击败 Boss 解锁平板技能「蓝图」，解锁支线任务「依盖队队长 —— 可盖大人的阴谋！」，可以先不用特别着急推进。
获得蓝图后，回到监视堡垒和洛贝利对话修复热气球，来到哈特诺村的研究所击败敌人，再和洛贝利对话，就能在研究所触发三个与平板功能相关的支线，其中支线「重大发明！图鉴感应器！」与后续主线相关，所以要完成。
完成全部四个贤者任务后，回到监视堡垒和普尔亚对话，完成「调查四区域的异变」，前往海拉鲁城堡跟随塞尔达一路探索，击败 Boss 后回到监视堡垒开启主线任务「寻找第五位贤者」。
来到卡卡利特村，和帕雅对话，开启主线任务「环卡遗迹的秘密」得以前往环卡遗迹，用通天术进入浮在空中的遗迹中，将石板拍下来给塔乌洛看，得知下一个目的地是「费罗尼的左纳乌遗迹群」。
游戏没有给出遗迹群具体位置，其实就在东南方向，具体如图。
找到遗迹中的塔乌洛，对话后得知线索，把箱子打开获得「雷光服」，还需要头盔和下装，将平板的感应切换为图鉴感应，感应目标选择宝箱（先给宝箱拍照记录到图鉴后再感应），然后沿着卡兹溜河找到另外两个宝箱。
穿上雷光三件套，在下图位置的祭坛中放一个左纳乌能源，发现全新的空岛。
回监视堡垒和普尔亚对话，然后前往新的空岛，最后跳到龙头岛，注意这里的大门需要有十颗心心才能打开，找到发出绿光的头部后完成「环卡遗迹的秘密」，解锁主线任务「来自太古的指引」。
带着头部前往绿光所指的位置，一路前行进入比托谷的深穴来到地底的魔像制造房，将头部放置后还需要找到四肢，分别从四个给定的位置把四肢的箱子拿到制造房就能安装上，最后要寻找魂之秘石。
一路来到图标所指的目的地，进入魂之神殿，进行 Boss 战，随后拿到秘石，完成「来自太古的指引」，开启主线任务「大师之剑的线索」，回到监视堡垒和普尔亚对话，接下来我们需要找到大师之剑的具体位置。
前往克洛格森林东侧的深穴，一路朝着克洛格森林的位置走，最后可以从一个通天柱子直接通天术来到森林中间，从树长老肚子位置的深穴跳下去击败 Boss，再和树长老对话即可开启主线任务「丢失的勇者之剑」，得知大师之剑在白龙身上，同时得知载着大师之间的白龙在什么位置。
在有两圈精力（即升级一圈精力）的情况下来到白龙头部，将大师之剑拔出来，完成「丢失的勇者之剑」。
和第五位贤者对话完成「大师之剑的线索」，回到监视堡垒和普尔亚对话完成「寻找第五位贤者」「海拉鲁城堡的异变」，开启主线任务「讨伐加侬多夫」。
现在我们的目标是找到加侬多夫的位置，普尔亚会提到乔舒亚在调查地下，和乔舒亚对话，她会提到让林克继续在地下探索，其实就是追踪逃掉的可盖大人前往另外几个废矿，其中最后一个废矿需要在利特村中央神庙附近的平台找到深穴跳进去（周围有个观望的海利亚 NPC），全部完成之后可以知道加侬多夫的位置，虽然这是一条支线，但却对主线有至关重要的影响。
现在我们获得了大师之剑，也知道了加侬多夫的位置，直接前往海拉鲁城堡地底，一路砍怪杀敌击败加侬多夫完成「讨伐加侬多夫」，来到结局，完成「寻找塞尔达」。