在原本虛無的Cytus系統中，忽然有了一段輸入： “who...I......am?”
輸入者稍稍猶豫，又將這段文字刪除，並再次輸入： “New song released”(新歌發表） 選擇並上傳這條帖子後，來自Cytus大型互聯交流系統的大量訊息朝玩家湧來。Cytus 2，開始了……
遙遠的未來，在CYTUS 2時間線的很久以前，終焉病毒蔓延整個世界，許多人因此喪命。僅存的人類為了生存下去，建造了Shelter，並在其中進入休眠。這期間，人類也利用高超的科技力製造了人工智能機器人。此舉動的目的就是在人類休眠期間等待終焉病毒變得稀薄，同時讓機器人為人類建造隔絕病毒的居所(node)。而人們在精神網絡空間cyTus裡生活。但是一位傳奇DJ Æsir的一場音樂祭而導致的數以千萬計人精神聯網出現問題，進而失去記憶為故事開篇，展開了一段不斷反轉的懸疑故事。
雷亞對劇情和人物的打磨細緻且精彩，由於發售時不是完整劇情，可以說玩家的留存率都是想追完這部群像劇。(後面略有劇透，但不多)
而cytus2中的第一把刀子，虛擬歌手paff。
aroma自小與姐姐相依為命，而年長的姐姐則含辛茹苦養活aroma。在689年聖誕節，aroma在姐姐工作的酒吧唱歌，展現出了音樂天賦。之後，姐姐結婚帶著aroma一起住進研究局的姐夫noch家。
aroma並參加歌曲選秀節目，一時間聲名鵲起。姐姐作為aroma的經紀人，與單聲公司談判並加入單聲公司。生活的一切似乎都在步入正規，直到在aroma以虛擬偶像PAFF的身份在演出的途中，發生了車禍。雖然經歷了失憶但是後面似乎恢復了。可姐姐與姐夫似乎在瞞著PAFF什麼事情。直到PAFF在一次暈倒住院之後，與決定出走。
paff之後故事可為跌宕起伏。aroma實則卻是被人販子販賣的女孩，並且被植入了paff的記憶，其在失憶的情況下與尋找多年她青梅竹馬Hayato擦肩而過的橋段也讓許多玩家大哭虐心。
把人的記憶轉移到另一個人身上，而另一個人將不復存在。外在環境可以被抹殺，而內心的潛意識可以被怎會被輕易代替，這是生命與生活在靈魂深處刻下的烙印。此時，PAFF身上卻有三個“核心”：Aroma、被販賣的女孩和重組後如新生兒一樣接觸這個嶄新世界的PAFF。顯然當PAFF身上的三個“核心”都覺醒的時候，她該如何自處，該如何認識自己究竟是誰，又要如何才能將她從生死的罪孽中拯救？就像那首PAFF的專曲《Who Am I》一樣，讓玩家對PAFF的故事記憶猶存。
音遊除了打分，也能講好故事，用故事也能激勵玩家打譜。sytus2初始的五個角色分別對應流行樂、二次元、電音、朋克搖滾和古典樂五種曲風。以及後面版本更新聯動了羅德島的阿米驢，二次元元老初音未來，以及後後續推出了許多角色。
NEKO
ROBO_Head
Xenon
ConneR
回到本文開頭講述的，cytus2是一個刀片廠，給個提示cocytus是cytus的詞源。出色的劇情內容和劇本展示出的遊戲世界也是向玩家們打造出了一個又一個鮮活的人物，當然角色們最後都在一個特殊的地方大團圓(狗頭.jpg)