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中世紀：薩拉札家族與光明教的糾葛
在中世紀的西班牙，一個名為薩拉查（Salazar，音譯）的家族統治著一座雄偉的城堡。城堡矗立於一片廣袤的土地上，四周環繞著茂密的森林和幽深的峽谷，宛如一座與世隔絕的堡壘。然而，在這片看似寧靜的土地上，卻隱藏著一段不為人知的秘密。
在城堡的附近，一個名為Los Illuminados的教團悄然興起。這個光明教利用一種名為Las Plagas的寄生蟲進行秘密的宗教活動，這些寄生蟲具有奇異的力量和未知的潛能，使得光明教成員在某種程度上獲得了超乎常人的能力。然而，這種力量的代價是巨大的，它帶來了無盡的痛苦和災難。
薩拉札家族的第一代城主，一個充滿智慧和勇氣的領袖，察覺到了光明教的威脅。他決心消滅這個邪惡的存在，以保護他的領地和人民。經過一系列精心策劃的行動，他成功地將那些邪惡的寄生蟲全部深埋在城堡附近的地底，永遠地封印了它們的力量。
與此同時，在歐洲的另一端，一個名為托馬斯·特拉維斯的富商正在崛起。他創立了一個海上貿易集團——特拉維斯貿易公司，通過和東方各國的交易獲得了大筆資金。這些資金為特拉維斯的運輸部門打下了堅實的基礎，使得他的企業逐漸發展壯大。
1800年：特拉維斯貿易的崛起與亨利·特拉維斯
到了1800年，特拉維斯貿易已經成為了一個資金雄厚的貿易企業。當時歐洲正盛行著冒險與勘探的風潮，許多有志於探索世界、一舉成名的年輕人紛紛投入到這個領域當中。特拉維斯家族中的小兒子亨利·特拉維斯（Henry Travis）便是其中之一。
Tricell
亨利將家族中屬於自己的資金全部投入到了冒險領域，他立志成為像大衛·利文斯通一樣的勘探家，並譽滿世界。受到大衛·利文斯通在非洲勘探成果的影響，亨利先後五次前往非洲大陸進行冒險和勘探。他的勘探足跡遍佈非洲的每一個角落，從熱帶雨林到廣袤的草原，從巍峨的山脈到浩瀚的沙漠。
亨利對這些地區的地理、氣候、動物、植物、礦產、人口分佈和民俗等進行了細緻的考察，並形成了詳細的冒險記錄。這些記錄不僅為他日後的研究提供了寶貴的資料，也為特拉維斯貿易公司在非洲的起步奠定了重要的基礎。
在第五次非洲探險中，亨利親身經歷了一次當地部落的首領選拔儀式。這個儀式正是恩迪拜亞部落（Ndipaya）的首領選拔儀式。恩迪拜亞部落是散居在西非地區的當地土著部落，他們有著成熟的房屋建築能力和遺產保護技術。然而，人們所不知道的，是現在恩迪拜亞居住地的地下正是古代恩迪拜亞帝國龐大的遺址。
恩迪拜亞帝國的秘密與“太陽階梯”的傳說
古代的西非地區是由恩迪拜亞帝國統治的。帝國的國王有著無限的權威，並且被他的子民奉為“最接近太陽神”的神祗。恩迪拜亞部落流傳著一個神話，就是他們的國王擁有數百年的壽命，並且勇敢無畏、刀槍不入。然而，成為恩迪拜亞帝國國王並不是一件容易的事情。因為恩迪拜亞帝國的王位傳承並不是依靠血緣關係，而是保持著原始部落傳統的推舉方式。
太陽階梯花朵
推舉出來的領袖必須要通過太陽神的考驗才能成為國王。這個考驗就是“太陽階梯”儀式。在恩迪拜亞帝國地下核心區域，有一片花壇，花壇上種植著恩迪拜亞的聖物——“太陽階梯”花朵。這是一個有著劇毒物質的花朵，只有少數能夠被神所認可的人才能在吃下花朵後存活。想要成為國王，吃下花朵是必然的考驗。而花朵帶給新國王的也將是漫長的壽命和強大的力量。
地下遺蹟
千百年來，恩迪拜亞帝國就是依靠這種方式來選擇自己的首領，並將其視為神所認可的人。然而，這個傳承儀式在亨利·特拉維斯所記錄的那一次之後，卻是恩迪拜亞帝國最後的國王傳承儀式。其後不久，恩迪拜亞帝國毫無徵兆地突然滅亡了。沒有人知道這個王國為什麼會消亡，只知道恩迪拜亞人放棄了地下的生活，開始移居在地上。而且“太陽階梯”也被恩迪拜亞人用機關保護起來，不準外人接近。
再過不久，歐洲殖民主義時代掀起，恩迪拜亞部落不可避免地被捲入到殖民世界的浪潮之中，成為歐洲原始資本積累的受害者。然而，在恩迪拜亞帝國的最後時光裡，卻發生了一場驚心動魄的王位爭奪戰。兩個王位繼承者讓各自的支持者吃下了太陽階梯，結果導致恩迪拜亞的地下世界出現了可怕的怪物。這些怪物有著人的身軀，但卻多了許多觸手，它們撕咬著當地的居民，破碎的屍體遍地都是。而在恩迪拜亞的聖地，兩個巨人一樣的怪物正在太陽階梯的花壇上扭打，這也許就是有記載以來的第一次生化危機。
亨利的歸來與《自然歷史調查》
在第五次非洲冒險結束之後，亨利·特拉維斯自離開祖國34年後首次回到了那裡。他將自己多年來的冒險記錄一一整理，並形成了72冊的勘探總集《自然歷史調查》（又名《博物總覽》）。然而，這本凝聚了亨利多年心血的作品卻並不為歐洲學術界所認同。特別是裡面的民俗部分，被當地學術界看作是“很好的冒險小說”。
亨利遭到了學術界的冷遇，從此一蹶不振，不久便鬱鬱而終。而亨利的長兄，也就是特拉維斯貿易公司的董事長出面收回了全部流傳在外的《自然歷史調查》。於是很多人認為，亨利被學術界排擠和漠視，很有可能是這位長兄在幕後操縱的結果。其目的很可能是為了特拉維斯家族能夠獨享亨利勘探的全部成果。
事情的發展恰如預料一般，亨利·特拉維斯的《自然歷史調查》成為了後來特拉維斯貿易公司在非洲起步的重要參考文獻。特拉維斯貿易也因為在非洲礦業開採、運輸上的成功而壯大成聯合企業公司Tricell（三聯公司）。當年亨利·特拉維斯的勘探總集《自然歷史調查》大部分都被他的長兄購回，自此《自然歷史調查》在世間徹底消失。
奧斯威爾E斯賓塞
然而，亨利的長兄卻不知道，他並沒有全部將書籍收回。出身貴族的斯賓塞家族一直保存著一整套《自然歷史調查》，並將其傳承了下去。
19世紀末至20世紀中期：特拉維斯貿易的轉型與“太陽階梯”的再現
19世紀末，特拉維斯貿易開始根據《自然歷史調查》的第17冊至24冊的這八本非洲礦物勘探記錄開採非洲的礦物資源，並建立了一家分社。在整個大陸上，公司採集特定的金屬和開採石油以及天然氣，不久公司的資金飆升。這些行為就是Tricell自然資源開發部門的前身。
同世紀，一個擁有過人天賦和極其美麗面容的女子——維羅妮卡·阿什福特建立了阿什福特家族的基業，並順理成章地成為第一代家主。她的智慧和才能使得阿什福特家族在短時間內迅速崛起，成為了一個不可忽視的力量。
到了20世紀中期，特拉維斯貿易開始採集植物、動物、昆蟲的標本，亨利的書正是指引著他們的嚮導。那些從非洲動物群採集而來的樣本被用來進行製藥部門的研究，不久就帶來了巨大的商業成功併為後來的Tricell製藥部門奠定基礎。
1960年，特拉維斯貿易的三個部門穩固地建立了起來，他們就是Tricell聯合企業的前身。與此同時，《自然歷史調查》這本書被斯賓塞家族年輕的族長奧斯維爾·E·斯賓塞（Ozwell. E. Spencer）發現了。作為一名當時流行的優生運動的擁躉，斯賓塞恰恰正視了亨利的見聞。而當斯賓塞看到了亨利記述的有關恩迪拜亞部落的傳承儀式之後，立刻對其中所記述的“太陽階梯”花朵產生了濃烈的興趣。
浣熊市的工業化與威斯克的誕生
在同一時期，美國中西部一個名為浣熊市的小鎮上，麻省理工大學畢業的工程師邁克爾·沃倫開始著手電氣化自己的家鄉。他發誓要引領浣熊市從一個農業為主的小鎮走向工業化。在他的帶領下，浣熊市逐漸發展成為一個工業化的城市，吸引了大量的人口和投資。
而在1960年4月，阿爾伯特·威斯克出生。
T病毒的誕生與安布雷拉公司的崛起
在1962年，為了滿足對病毒研究的迫切需求，斯賓塞以度假為幌子，聘請了著名建築師喬治·特雷沃，在美國西部的浣熊市阿克雷山區建造了一座內部結構錯綜複雜、機關重重的洋館，即阿克雷研究所。
阿克雷研究所
四年後的1966年，斯賓塞與貴族好友愛德華·阿什福特以及生物學專家詹姆斯·馬庫斯博士分享了這一計劃。馬庫斯博士提出，非洲的“太陽階梯”花朵可能含有推動人類進化的物質，並渴望前往非洲對其進行成分分析。斯賓塞對此表示贊同，並帶領馬庫斯及其學生布蘭登·貝利一同前往西非。
12月4日，在斯賓塞僱傭的武裝僱傭兵的協助下，他們成功控制了恩迪拜亞的聖地花壇，採摘了“太陽階梯”花朵並進行了深入分析。馬庫斯發現，這些花朵中確實含有病毒樣的遺傳物質，且特性前所未見。這一發現讓斯賓塞和馬庫斯激動不已，他們隨即將這種古代病毒命名為“始祖病毒”，併成功提取了始祖病毒母體樣本。馬庫斯認為，這是解讀生命進化密碼的關鍵，於是帶著部分“太陽階梯”花朵返回歐洲進行深入研究。
然而，當他們回到歐洲後，卻遭遇了挫折。被帶回的“太陽階梯”花朵失去了原有的特性，無法再提煉出始祖病毒。即便在歐洲新培育的花朵也無法產生始祖病毒。馬庫斯嘗試更換土壤和水質，但並未取得成功。沮喪的馬庫斯與他的學生布蘭登發生了激烈的爭執，而愛德華也感到無所適從。此時，斯賓塞提出了共同建立公司的想法，雖然其他人對此毫無頭緒，但在心情低落的情況下，他們還是同意了斯賓塞的提議，任由他全權負責公司的組建工作。
1967年，民間組織S.T.A.R.S.在紐約成立，旨在對抗日益猖獗的恐怖分子。與此同時，阿克雷洋館也正式完工。
為了獨佔洋館的構造和秘密，斯賓塞邀請特雷沃全家前來度假，實則將他們作為始祖病毒的活體實驗對象。特雷沃的妻子傑西卡和15歲的女兒麗莎被分別植入了始祖病毒的變異體type-a型和type-b型。然而，傑西卡因融合失敗而遭到廢棄處理，麗莎雖然成功融合，卻失去了理智，並襲擊了供應飲食的女研究員。
特雷沃在得知妻女失蹤後，開始四處尋找，但始終無果。他最終發現自己被軟禁在洋館內，並在絕望中試圖逃離，但未能成功。在極度脫水的狀態下，他發現了刻有他名字的墓碑，隨後憤然死去。
1968年1月30日，為了掩蓋研究目的，愛德華·阿什福特、奧斯威爾·E·斯賓塞和詹姆斯·馬庫斯共同成立了跨國企業安布雷拉公司。表面上，這是一家制藥公司，但實際上卻秘密進行病毒的研究和開發。其中，馬庫斯也參與了T病毒的一系列研究。然而，隨著愛德華逐漸忽略公司事務，斯賓塞逐漸掌握了安布雷拉的大權，並開始著手準備一項以威斯克命名的秘密計劃。
同年，斯賓塞說服愛德華對浣熊市的公共電車設施進行了投資，從而與邁克爾·沃倫結下了“友誼”。由於找不到穩定病毒的方法，斯賓塞決定武力侵佔非洲原始部落尼恩迪拜亞的領地，以奪取生長有始祖花的地區。他制止了馬庫斯前往非洲的研究計劃，轉而讓他擔任尚未修建完成的幹部養成所的所長。而布蘭登則只得隻身前往非洲，負責提取始祖病毒並寄回給馬庫斯進行後續研究。
隨著時間的推移，安布雷拉公司在斯賓塞的領導下逐漸壯大，並在全球範圍內建立了多個研究所和設施。然而，這一切的背後都隱藏著對始祖病毒和T病毒的深入研究與開發。而這一切的起點，正是那座位於浣熊市阿克雷山區的洋館。
1968年，馬庫斯與研究主任布蘭登在始祖病毒的研究上遭遇了重大瓶頸，由於實驗材料耗盡，他們決定多次前往非洲尋找始祖花。然而，在多次遭遇恩迪拜亞部落的攻擊後，斯賓塞決定採取行動，武力侵佔該部落領地，並在此修建非洲研究所。同時，他制止了馬庫斯前往非洲的計劃，轉而讓他擔任浣熊市郊區幹部養成所的所長。同年，愛德華·亞西福特意外去世，其子亞歷山大繼承了亞西福特家族，成為第六代家主。
1969年，美國政府投資建造了浣熊市的地鐵、小型火車站和飛機場，成為城市發展的轉折點。與此同時，亞歷山大開始籌劃修建南極研究所，併為“代號:維羅妮卡”計劃在地下秘密修建了一個研究中心。同年，安布雷拉公司非洲研究所和南極基地及其地下秘密研究所相繼竣工。
1970年，亞歷山大在得到英美等國的支持下，開始轉向遺傳基因方面的研究。他利用遺傳學技術，發現了人體基因中隱藏的“控制智商的鑰匙”，並製造出了阿爾弗雷德·亞西福特和阿萊克西亞·亞西福特兄妹，這項研究計劃被命名為“代號:維羅妮卡”。
維羅妮卡阿什福德
在接下來的幾年裡，安布雷拉公司在世界各地陸續建造秘密研究所，進行基於始祖病毒和T病毒的各種生化兵器的開發。這些研究所的活體實驗對象大多來自貧民區或監獄的死刑犯。
1976年，馬庫斯出任浣熊地區阿克雷研究所以及新建幹部養成所的負責人，開始秘密研究新病毒。1977年，他和威廉·柏金、阿爾伯特·威斯克等人一起，在幹部養成所進行了大量的病毒實驗。馬庫斯在實驗中創造出了新的菌株，並決定將其與始祖病毒結合，形成了T病毒。
然而，馬庫斯的研究也引起了斯賓塞的警惕。1978年，斯賓塞派人監視馬庫斯的一舉一動，並發現了他在幹部養成所進行的人體實驗。同年，馬庫斯在實驗中遭遇了重大突破，但也被斯賓塞等人發現。在董事會議上，斯賓塞揭露了馬庫斯濫用職權的事實，導致他被取消了在阿克雷研究所的研究主任職務。
儘管馬庫斯拒絕公司的調任，但斯賓塞仍然決定關閉幹部養成所。在關閉前夜，馬庫斯在實驗室中被U.S.S.特種部隊開槍擊斃，但他的屍體被威斯克和威廉扔進了蓄水池。在長達十年的時間裡，馬庫斯體內的水蛭病毒使他處於生命體徵微弱的假死狀態，並逐漸恢復。
與此同時，威廉·柏金和威斯克接管了T病毒的研究。威廉一直致力於研究非洲出現的伊波拉病毒的新變種，並將其與始祖病毒結合，形成了更廣泛的“T病毒計劃”。他們在一個女性實驗體內進行了各種T病毒的實驗，為後續的生化危機埋下了伏筆。
安布雷拉公司的興衰與浣熊市的變遷
1980年，安布雷拉非洲研究所成功培育出了可脫離西非太陽花園遺蹟土壤而存在的始祖病毒個體，這一突破性的成果為後續的病毒研究奠定了基礎。斯賓塞作為公司的管理者，對病毒研究實施了嚴密的管理制度，包括情報加密、人事調動控制等，以確保研究的秘密性和安全性。
同年夏天，年僅10歲的天才少女阿萊克西亞·亞西福特以第一名的成績從名牌大學畢業，並因其對生命的漠視和堅定的社會工具論思想而備受關注。1981年7月27日，阿萊克西亞以主任研究員的身份被分配到南極研究所，這一任命讓同為主任研究員的威廉·柏金倍感壓力。在接下來的幾年裡，T病毒研製完成，能夠感染大部分人成為喪屍，但也有10%的人可以免疫。然而，斯賓塞並不滿足於此，他要求開發一種能夠毀滅所有人的獨立生物武器，這一要求幾乎無人知曉。
1983年，阿萊克西亞通過特殊方法將始祖病毒與蟻后基因相結合，成功製造出“veronica-virus”病毒，並在阿爾弗雷德的幫助下將其植入父親亞力山大的體內。然而，人體實驗宣告失敗，亞歷山大最終變為危險的怪物，被監禁於南極運輸基地的地下單人牢房中。阿萊克西亞為了掌握病毒的潛力，決定將其植入自己體內，並利用冷凍方式延緩病毒變異造成的智力退化，從此進入長達十多年的沉睡。
在阿萊克西亞沉睡期間，威廉·柏金逐漸嶄露頭角，成為安布雷拉病毒研究的權威，並與研究員安妮特結婚，生下了雪莉。與此同時，浣熊市在邁克爾·沃倫的領導下與安布雷拉建立了緊密的關係，城市居民半數為安布雷拉所僱傭，安布雷拉在該市擁有許多銷售門市和主要發言權。
1988年，帶有攻擊意識的戰鬥生物體“tyrant(暴君)”被創造出來，但研究遇到了困難，因為絕大多數人在和病毒融合時腦細胞會迅速衰竭，不能保證有一定的智力。為了解決這個問題，威廉·柏金開始研究G病毒，這一病毒是在一個女性實驗體內分離出來的，具有自發變異的能力。
與此同時，威斯克開始思考研究以外的問題，他對於斯賓塞的想法感到困惑，並開始尋找機會脫離安布雷拉。1991年，威斯克成功進入浣熊市警局臥底，以探知斯賓塞的真正意圖。
1992年，安布雷拉在浣熊市地下建造了巨大的研究所，並開始出資修建市政府大樓和醫院總部等基礎設施。在安布雷拉的經濟援助之下，浣熊市發展迅速，但同時也開始時常出現人口失蹤事件，這些失蹤人口皆為安布雷拉所綁架並用於活體研究。
1993年，阿爾弗雷德出任洛克福特島Rockford軍事訓練所司令和南極研究所所長，並開始了對veronica的研究的終止。同年，浣熊市警察局署長布萊恩·艾隆斯開始收受安布雷拉的大量賄賂，幫助其掩蓋不道德行為。
1996年，由安布雷拉投資的“光明浣熊21世紀”計劃正式開始實行，浣熊市足球隊成立並建造了體育場。同時，一度陷入危機的特殊戰術及救援特勤部隊S.T.A.R.S.在浣熊市開始招募隊員，由威斯克領導。然而，隨著工業汙染的日益嚴重，環保主義者與政府之間的矛盾也愈發激烈。
1997年夏天，浣熊市實際上已成為安布雷拉製藥公司的附庸，城市的大部分屬於安布雷拉的研究設施，經濟完全依靠安布雷拉。然而，在這一切的背後，隱藏著安布雷拉公司對於生物武器的極端追求和對於人類生命的漠視。隨著故事的深入，我們將會看到這些追求和漠視所帶來的後果以及人類對於生命和道德的堅守與反思。
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