1. 背景與起因：
- 在《正當防衛3》的故事之後，主人公里科經歷了一系列事件。索利斯的本地居民米拉·莫拉萊斯找到里科，告訴他他的父親米格爾·羅德里格茲曾經參與了“尤拉帕項目”，這是一個天氣武器，由奧斯卡·埃斯皮諾薩用來控制索利斯的人民。
- 里科為了推翻埃斯皮諾薩政權，與米拉一起組建了自己的軍隊，名為“混亂之軍”，旨在摧毀尤拉帕項目並終結埃斯皮諾薩的統治。
2. 主要任務與挑戰：
- 摧毀天氣核心：里科的首要目標是摧毀索利斯中正在測試的四個原型天氣核心。在這個過程中，他遇到了蘭薩·莫拉萊斯（米拉的叔叔，曾參與尤拉帕項目的科學家）、塞薩爾·佩德龍（一位曾經的飛行員，現在成為陰謀論者）以及湯姆·謝爾頓（里科在機構中的老上司）等人物。
- 對抗黑手組織：黑手組織是埃斯皮諾薩的私人軍隊，他們在索利斯為非作歹，給里科的行動帶來了重重阻礙。黑手組織中有各種難纏的敵人，如可以隱形、速度很快、使用狙擊槍且能承受大量傷害的士兵，爆炸範圍非常廣、擅長防守的護衛兵等。
3. 劇情轉折與真相揭露：
- 項目的真相：多年前，米格爾與蘭薩以及奧斯卡·埃斯皮諾薩的父親萊昂·埃斯皮諾薩共同致力於控制天氣以造福人民。然而，萊昂突然去世，奧斯卡在父親去世後接管了項目，他認為父親在這個項目上浪費了家族的錢，於是打算將尤拉帕的技術和研究武器化，以高價賣給最高出價者。米格爾對這個想法感到厭惡，離開了項目，但奧斯卡利用他對梅迪奇的塞巴斯蒂安·奧迪拉韋洛的控制權以及與機構的聯繫，殺害了米格爾，然後監禁蘭薩，迫使他繼續工作。
- 黑手組織首領的轉變：在里科成功摧毀了四個天氣核心之後，混亂之軍接管了奧斯卡·埃斯皮諾薩的主要基地。此時，黑手組織首領加布裡埃拉在意識到埃斯皮諾薩為了自己的利益而犧牲她的軍隊後，轉而反對埃斯皮諾薩。
4. 結局：
- 奧斯卡·埃斯皮諾薩從一架私人飛機上打電話給里科，透露他已經創造了一個完美的天氣核心，結合了四個天氣核心的所有功能，並打算以數萬億美元的價格賣給機構。由於新的天氣核心即將襲擊混亂之軍和黑手組織，里科在加布裡埃拉的幫助下控制了核心，並將其直接駕駛到埃斯皮諾薩的飛機上，殺死了他，結束了他的統治。