1. 背景与起因：
- 在《正当防卫3》的故事之后，主人公里科经历了一系列事件。索利斯的本地居民米拉·莫拉莱斯找到里科，告诉他他的父亲米格尔·罗德里格兹曾经参与了“尤拉帕项目”，这是一个天气武器，由奥斯卡·埃斯皮诺萨用来控制索利斯的人民。
- 里科为了推翻埃斯皮诺萨政权，与米拉一起组建了自己的军队，名为“混乱之军”，旨在摧毁尤拉帕项目并终结埃斯皮诺萨的统治。
2. 主要任务与挑战：
- 摧毁天气核心：里科的首要目标是摧毁索利斯中正在测试的四个原型天气核心。在这个过程中，他遇到了兰萨·莫拉莱斯（米拉的叔叔，曾参与尤拉帕项目的科学家）、塞萨尔·佩德龙（一位曾经的飞行员，现在成为阴谋论者）以及汤姆·谢尔顿（里科在机构中的老上司）等人物。
- 对抗黑手组织：黑手组织是埃斯皮诺萨的私人军队，他们在索利斯为非作歹，给里科的行动带来了重重阻碍。黑手组织中有各种难缠的敌人，如可以隐形、速度很快、使用狙击枪且能承受大量伤害的士兵，爆炸范围非常广、擅长防守的护卫兵等。
3. 剧情转折与真相揭露：
- 项目的真相：多年前，米格尔与兰萨以及奥斯卡·埃斯皮诺萨的父亲莱昂·埃斯皮诺萨共同致力于控制天气以造福人民。然而，莱昂突然去世，奥斯卡在父亲去世后接管了项目，他认为父亲在这个项目上浪费了家族的钱，于是打算将尤拉帕的技术和研究武器化，以高价卖给最高出价者。米格尔对这个想法感到厌恶，离开了项目，但奥斯卡利用他对梅迪奇的塞巴斯蒂安·奥迪拉韦洛的控制权以及与机构的联系，杀害了米格尔，然后监禁兰萨，迫使他继续工作。
- 黑手组织首领的转变：在里科成功摧毁了四个天气核心之后，混乱之军接管了奥斯卡·埃斯皮诺萨的主要基地。此时，黑手组织首领加布里埃拉在意识到埃斯皮诺萨为了自己的利益而牺牲她的军队后，转而反对埃斯皮诺萨。
4. 结局：
- 奥斯卡·埃斯皮诺萨从一架私人飞机上打电话给里科，透露他已经创造了一个完美的天气核心，结合了四个天气核心的所有功能，并打算以数万亿美元的价格卖给机构。由于新的天气核心即将袭击混乱之军和黑手组织，里科在加布里埃拉的帮助下控制了核心，并将其直接驾驶到埃斯皮诺萨的飞机上，杀死了他，结束了他的统治。