原地球政府由於月球資源爭奪戰後被地球“反叛軍”所推翻。更名為“主權殖民地聯盟（Sovereign Colony）”
並且殖民疑似Marker故鄉的冰凍星球“塔弗蘭提斯（Tau Volantis）” 進行一系列關於Marker的研究。
前景提要：泰坦空間站事件之後，艾薩克由於在Marker的影響下倍受煎熬。最終選擇了忘記和放棄，而艾莉希望從根本上來結束這一切與艾薩克的意見不符而分手。
雅各布·丹尼克（Jacob Danik）藉口地球政府研究玷汙Marker，發動了推翻地球政府的第一戰——新月殖民空間站（New Horizons Lunar Colony）屠殺事件由此開始。
艾薩克（Isaac）還在自己的公寓放眼侵略的的時候殊不知此次侵略事件的目的和自己有關。當艾薩克還在看自己已經破碎感情的同時，隸屬於地球政府軍的約翰·卡沃爾（John Cavour）和作戰指揮官羅伯特·諾頓（Robert Norton）已經進入的他的公寓。在向艾薩克道明事由後艾薩克決定與地球政府合作。
當他們到達了冰凍星球“塔弗蘭提斯”後瞭解到這顆星球疑似Marker故鄉，於是深入研究考察才得知當時的主權殖民地已經瞭解這一切的一切都是假的，外星人也是Marker的受害者之一。
由於羅伯特·諾頓太在意自己的新女友，答應了和丹尼克”合作“並且讓他們的飛船通過沖擊點隧道跟隨艾薩克一行人來到了冰凍星球。之後羅伯特行蹤暴露被艾薩克槍殺。
到達了羅賽塔Rosetta後，事情的真相逐漸浮出水面。羅伯特其實是對的，Marker是通過聚合來激活聯通他們的信息網，並且由於完全聚合的原因“塔弗蘭提斯”星球的Marker和它聚合的Nec.合為一體。剩餘倖存的外星人為了防止被激活的Marker連入整個兄弟網絡採取了犧牲整個種族的方法來冰凍封印了整個星球。被冰封的巨大Nec.猶如一個衛星一樣圍繞著這顆星球。
“法典”建造完成後，丹尼克的人攻佔了整個研究所。“法典”被奪走，然而艾莉被困在滿是賭氣的研究所。艾薩克抱著必死之心奪回神印並且希望藉此一句擊潰整個星球的Nec.在艾利通過通風管道出來的同時被丹尼克的抓住。無奈之下艾薩克只有前往外星遺蹟頂部與丹尼克做出了交換。
遠古機槍被激活，被冰封的屍變體衛星復甦。艾薩克成功關閉了機器，和卡沃爾一起掉落入冰凍星球。艾莉獨自一人返回到了滿目瘡痍的地球......