原地球政府由于月球资源争夺战后被地球“反叛军”所推翻。更名为“主权殖民地联盟（Sovereign Colony）”
并且殖民疑似Marker故乡的冰冻星球“塔弗兰提斯（Tau Volantis）” 进行一系列关于Marker的研究。
前景提要：泰坦空间站事件之后，艾萨克由于在Marker的影响下倍受煎熬。最终选择了忘记和放弃，而艾莉希望从根本上来结束这一切与艾萨克的意见不符而分手。
雅各布·丹尼克（Jacob Danik）借口地球政府研究玷污Marker，发动了推翻地球政府的第一战——新月殖民空间站（New Horizons Lunar Colony）屠杀事件由此开始。
艾萨克（Isaac）还在自己的公寓放眼侵略的的时候殊不知此次侵略事件的目的和自己有关。当艾萨克还在看自己已经破碎感情的同时，隶属于地球政府军的约翰·卡沃尔（John Cavour）和作战指挥官罗伯特·诺顿（Robert Norton）已经进入的他的公寓。在向艾萨克道明事由后艾萨克决定与地球政府合作。
当他们到达了冰冻星球“塔弗兰提斯”后了解到这颗星球疑似Marker故乡，于是深入研究考察才得知当时的主权殖民地已经了解这一切的一切都是假的，外星人也是Marker的受害者之一。
由于罗伯特·诺顿太在意自己的新女友，答应了和丹尼克”合作“并且让他们的飞船通过冲击点隧道跟随艾萨克一行人来到了冰冻星球。之后罗伯特行踪暴露被艾萨克枪杀。
到达了罗赛塔Rosetta后，事情的真相逐渐浮出水面。罗伯特其实是对的，Marker是通过聚合来激活联通他们的信息网，并且由于完全聚合的原因“塔弗兰提斯”星球的Marker和它聚合的Nec.合为一体。剩余幸存的外星人为了防止被激活的Marker连入整个兄弟网络采取了牺牲整个种族的方法来冰冻封印了整个星球。被冰封的巨大Nec.犹如一个卫星一样围绕着这颗星球。
“法典”建造完成后，丹尼克的人攻占了整个研究所。“法典”被夺走，然而艾莉被困在满是赌气的研究所。艾萨克抱着必死之心夺回神印并且希望借此一句击溃整个星球的Nec.在艾利通过通风管道出来的同时被丹尼克的抓住。无奈之下艾萨克只有前往外星遗迹顶部与丹尼克做出了交换。
远古机枪被激活，被冰封的尸变体卫星复苏。艾萨克成功关闭了机器，和卡沃尔一起掉落入冰冻星球。艾莉独自一人返回到了满目疮痍的地球......