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在《對馬之魂》的特定任務或是地點會觸發對決，鏡井仁會和對手進行 1v1 的戰鬥，此時仁不能使用弓箭、苦無等輔助道具，只能使用武士刀。在所有對決戰鬥中獲勝可以獲得獎盃，以下是遊戲中出現的所有對決戰鬥的位置：
主線對決
赫通汗（主線，必敗對決）
龍三（主線）
鐵木哥（主線：遣川戰鬼）
龍三（主線：來自黑暗）
赫通汗（主線：永恆蒼穹）
志村大人（主線：志村大人的故事）
大型據點對決
將領多加爾（嚴原的營地：解放小川道場）
巴爾圖大將（上縣蒙古人的大營地）
道格辛大將（上縣蒙古人的大營地）
對馬島故事中的對決
將領春典（支線：未竟之事）
仁六（支線：榮譽的背後）
實時（支線：無辜盜賊）
阿勒坦（結奈支線）
政子（政子支線）
傳說故事的對決
楓（傳說：忠賴的傳說）
古賀泰平（傳說：天之一刀）
天狗（傳說：內經的詛咒）
別頭丸（傳說：長明之焰）
遣川怨靈（傳說：遣川的復仇怨靈）
康正（問號：深陷泥沼的決鬥）
廣常（問號：在彼岸花中決鬥）
清親（問號：瀑布之下的決鬥）
友次（問號：狂濤海浪的的決鬥）
兼友（問號：秋葉之下的決鬥）
小次郎（傳說：小次郎的六把刀）
