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《對馬之魂》的地圖中隱藏著一些神秘神龕，這些神龕旁邊都會有一個鞠躬的牌子，操縱鏡井仁在這些神龕前鞠躬，會出現大量的動物。在遊戲中參拜十個隱藏神龕可以拿到獎盃，並拿到染料「超然戰鬼」，以下是目前我們找到的十個隱藏神龕位置：
嚴原
紅蜻蜓神龕
堅根森林東北方向狐狸巢穴的東面有一個蒙古人營地，高臺上能發現紅蜻蜓神龕。
螃蟹神龕
金田小灣北面榮譽之柱為螃蟹神龕。
蝴蝶神龕
代市路口邊上有一片墓地，鳥居過去能找到一個蝴蝶神龕。
花神龕
方連牧場北面「忠賴安息之所」能找到花神龕，在完成傳說任務時會到達此地。
鳥神龕
小松的鐵匠鋪傳送點東邊走 70 米就能發現。
豐玉
青蛙神龕
翠山神社門口能找到一處青蛙神龕。
螃蟹神龕
金田城西北方向的海灘上面朝大海能發現螃蟹神龕。
魚神龕
青海村青海湖，境井家楓葉決鬥場湖邊有魚神龕。
蜻蜓神龕
舊金澤沼澤西南方向的榮譽之柱為蜻蜓神龕。
青蛙神龕
雲山神社通過「狂濤海浪的決鬥」地點後，會有青蛙神龕。
