一、故事背景
1、主权殖民地联盟
21世纪初随着地球环境逐渐恶化、化石能源进一步短缺，各国开始因抢夺资源大打出手，其中美俄两国之间爆发了“第二次冷战”，进而引起了“白令海战争”，白令海战争是第二次世界大战之后规模最大的冲突战争。又因为美国一艘装满物资的货轮闯入俄罗斯的领海喀拉海峡时被非法扣押，俄罗斯扣押了船上的全部人员和物资，国际社会上对此表示出极大的愤怒，随后美国再次出兵白令海峡，发动了“第二次白令海战争”。连年的战争让底层民众流离失所，不得不背井离乡开始寻找新家园。
美俄争霸
与此同时，全球变暖导致的海平面上升，淹没了纽约、悉尼、威尼斯等大量沿海城市，数以亿计的难民开始向内陆城市迁移，使得生存资源和空间进一步地压缩，此时国与国之间的传统关系无法再正常维持，人类迫切地需要一个新的政权来结束这一切。不久之后，由斯堪的纳维亚地区、北美地区、中美地区、南美地区、北亚地区、泛亚地区、泛欧洲区、非洲地区在内的八个地区的政府首脑联合组建了一个新的政府——主权殖民地联盟（旧地球政府，下文以联盟代称）。为了解决人类的能源问题，联盟开始向太空深处探索。
电影《后天》
主权殖民地联盟的蓝色标志
联盟政府在任期间采取独裁政策，任何不利于政府的言论都会受到严格的管控，并且联盟政府通过强制征税来太空作业提供资金，欺骗民众太空生活的“好处”用来招募前往太空的工作人员。长期以往使得民众怨声载道，于是一些有志之士准备发动政变，准备发动一场名为“分裂战争”的武装运动。
2、分裂战争
由于联盟政府的极端统治，最终导致了分裂战争的爆发。2289年，分裂分子占领了联盟政府位于火星上的殖民地，标志着联盟政府和分裂分子全面开战。往后的5年间，联盟政府一面在与分裂分子的战争中节节败退，另一方面又在秘密复制黑色神印，企图利用神印的无限资源作为战争的翻盘点，终于在2290年通过逆向仿制技术成功做出了红色神印（Maker 1A），随后又复制出了Marker 2A和Marker 3A总共三个神印，并且分别将它们投放到阿斯佩拉星、克里蒙星和神盾7号三颗星球上。
黑色神印和三个复制神印
位于神盾7号的红色神印Maker 3A
研究人员通过对死亡的表皮细胞实验发现，在红色神印的影响下，这些原本已经死亡的细胞开始融合分裂，以惊人的速度进行成长。并且在神印的周围有一圈类似于力场的作用范围，它可以有效地阻止细胞的分裂速度，并使其进入休眠状态，研究人员将这个范围称之为“死亡空间”。然而联盟政府复制的神印全部都是失败品，其中红色神印1A只能把尸体转化为尸变体。
艾萨克绘制的神印草图
2311年，联盟政府通过托勒密阵列发现了冰冻星球塔弗兰提斯的黑色神印信号源，希望此地可以找到黑色神印无限能量的来源，这点将会帮助联盟政府在分裂战争中扭转颓势，于是联盟政府孤注一掷，派出了以新星号为首的远征舰队前往冰冻星球“塔弗兰提斯”。在塔弗兰提斯星上，塞拉诺博士发现了整颗星球的真相。在3年后，为了研究资料不被叛乱分子夺取以及防止神印的影响扩散到地球，联盟陆军少将斯宾塞·马哈德启动了“5号预案”，将列兵缇姆杀死后销毁掉了“译码器”和全部的相关资料，随后他对着联盟政府的标志敬礼后吞强自杀，马哈德将军这一伟大的举动成功地使地球延续了两百多年的时间。跟随马哈德将军生命一同消失的还有联盟政府。2314年，联盟政府宣告正式垮台，取而代之的是新政府——殖民地联合地球政府（新地球政府，下文以地球政府代称）。
新星号
斯宾塞·马哈德将军
3、资源战争、石村号
地球政府上台后，除了日常的行政、治安、贸易管控以外，还组建了一支名为“地球防卫军”（EDF）的军队，负责地球和其殖民地的防御工作和交通管制工作。新政府旨在消除区域冲突、帮助人类寻找新的能源代替品，并且提出了“好事正在发生”的口号。
地球政府
然而资源短缺的问题依然在影响着人类的生存，太空的探索并没有让人类的处境有所好转，相反由于资源消耗的速度远超过开采的速度，从而进一步加剧了资源战争的爆发。2446年，由地球上最大的能源公司——协和采矿公司（CEC）研发并投入使用的第一艘“行星级裂解舰”——石村号，其工作原理是将船上的重力锁投放到事先安置好对接装置的行星上，再利用扭曲重力场的原理将这一区域直接从星球上连根拔起，最后送回裂解空间站进行分解。由于石村号出色的裂解效率使得资源战争很快走向了结束。
石村号裂解星球
4、黑色神印、迈克尔·阿尔特曼
6500万年之前，黑色神印撞向地球的尤卡坦半岛，造成了恐龙及绝大部分动植物的灭绝，形成了著名的“希克苏鲁伯陨石坑”，而哺乳类动物与鸟类则存活下来，在黑色神印辐射的影响下，人类成为了由猿猴演化而来的优势物种。
黑色神印
2214年，由于女友艾达被调派到希克苏鲁伯陨石坑附近工作，迈克尔·阿尔特曼辞去了研究所内的工作跟随女友来到陨石坑附近展开研究工作。在此前的研究过程中研究人员发现黑色神印可以向外发射电磁波，并且拥有无限的能量，这对于资源匮乏的地球来说无疑是巨大的诱惑，联盟政府决定派出一艘潜艇前往该地进行探查，不料潜艇自出发后再无音讯，此项目被联盟政府列为最高机密项目，并派军队驻守此地。
希克苏鲁伯陨石坑
在陨石坑附近工作的日子里，阿尔特曼经常受到噩梦的干扰，导致他的身体长时间处于疲劳的状态。某天阿尔特曼在工作中发现陨石坑的信号侦测器出现了异常数据，侦测器显示陨石坑的地下存在着巨大的能量波动并且存在重力异常的现象，同时他发现附近的海域上经常有打捞船经过，并且附近还有一台巨型打捞机在工作。在好奇心的驱使下，不等同事将异常状态汇报给矿业公司总部，他便自行展开了研究。与此同时，在收到异常消息的矿业公司第一时间赶到现场，遣散了包括阿尔特曼在内的所有职员。不甘心自己的研究成果被他人夺去，阿尔特曼偷偷截获了矿业公司的内部通讯记录，发现在通讯中有一段诡异的视频录像，里面记录的是一个浑身赤裸的男人在房间里喃喃自语，周身画满了奇怪的符号，这时阿尔特曼意识到事情可能不止表面上那么简单，为了解开心中的谜团，他把这段神秘录像公布到了网上，想看看矿业公司的反应。矿业公司在得知此事后，首先说明该男子有严重的精神疾病，然后将之前潜艇失踪事件的责任全部推卸到了该男子的身上，往后矿业公司便可以用打捞潜艇的理由来进行陨石坑的开采及探查工作。
迈克尔·阿尔特曼
随着录像的发出，阿尔特曼将自己的研究发现写成报告尽可能多的发给各大机构，想要通过此举引起官方部门对于矿业公司的注意，可惜联盟政府和矿业公司是穿一条裤子的人。很快在某天的清晨，阿尔特曼被几个闯入家门的神秘人带走，神秘人将他带到了迪迦矿业公司（DredgerCorp），原来是那份报告引起了迪迦矿业公司的兴趣，把阿尔特曼抓来胁迫他进行相关工作。迪迦矿业公司在海边建立了一个巨型的海上研究基地，用于陨石坑的挖掘及探查工作。通过此前潜艇事件的分析，迪迦矿业公司认为当潜艇下潜到一定深度的时候，就会受到神秘物质的干扰从而中断通讯，为了防止此类事故再次发生，迪迦矿业公司每次探查都会派出三艘潜艇，三艘潜艇水平位置相同，垂直方向上高达几百米，利用潜艇内部的通讯装置来传递信息。
深海潜艇
某次阿尔特曼被选为潜艇驾驶员下潜到深海后，发现与自己一同前来的同事全部出现了精神错乱的症状，眼前出现幻象并喃喃自语，浑身因头痛不受控制地发抖，这一症状也传染到了研究基地里，严重者开始攻击他人并伴有强烈的自杀倾向。阿尔特曼也受到了神印幻象的攻击，只不过他的精神力远超于常人，神印把他的幻想对象设定为他已故的母亲，母亲告诉他，他们正在挖掘的东西是——黑色神印（Black Marker）。经过多次地下海探测后众人发现，每次跟随阿尔特曼下海的人都无一例外的疯掉了，只有阿尔特曼看上去跟没事一样，众人认为是神印选择阿尔特曼，于是将他奉为神印的“代理人”，阿尔特曼本人对此丝毫不感兴趣。
神印标志
经过不懈的努力，失事潜艇终于被打捞上岸，阿尔特曼趁机从潜艇表面上刮下来一块红色物质带回去研究，研究后发现该物质在电流的刺激下可以快速生长，迅速成长为有机体。另一方面，黑色神印终于被迪迦矿业公司打捞了上来，存放在研究基地的最底层，由于受到神印的影响，让研究基地里再次爆发攻击和自杀事件，死去的人在神印的作用下开始变异，手掌和小臂以一个匪夷所思的角度弯曲着，背部生长出两个类似于镰刀的肢体，眼睛凹陷并且面部器官开始退化，浑身佝偻着向前行走。见此情景，阿尔特曼决定逃离此地，他在角落里捡到了艾萨克同款等离子切割枪，一路杀出了研究基地。
回到家中后阿尔特曼发布了一段揭露黑色神印的视频，他在视频中说道现在地球上已经发现了外星人存在的痕迹，开发神印功能权和使用权应该交给全人类来决定，而不是让政府和军方拿去生产更高级的武器来对付我们底层民众。想到自己的女友被杀害，越想越气的阿尔特曼再次杀回到海上研究基地里准备利用自毁装置摧毁掉整个基地，在摧毁之前他先来到了存放黑色神印的最底层，决定销毁掉所有相关数据。
黑色神印
当阿尔特曼把手放到神印的一瞬间，脑海里突然被神印传输了大量的信息，他已经和神印建立起了精神上的联系，根据神印传来的信息阿尔特曼了解到，神印上的神秘字符正是其DNA序列，也是开启和关闭神印的关键所在，同时神印也向阿尔伯特传递了一个重要的信息，复制他。阿尔特曼在记录下这些字符后，准备前往自毁装置时被两名迪迦矿业公司的回收人员抓到，二人将他带到了公司的审讯室里，公司高层对其严刑拷打逼问有关神印的研究成果。在目睹了研究基地人员尸变化的恐怖事件后，阿尔伯特认为黑色神印太过危险，为了全人类的生存和发展应该被彻底销毁，即使不能销毁也要深埋于地下。公司高层在神印的影响下精神已经开始不正常，癫狂地认为神印能为人类带来源源不断的能源，利用能源就可以控制住政府和底层百姓。在了解到神印给他传递的信息后准备开始复制神印，同时阿尔伯特被残忍地杀害。
阿尔伯特在与神印交流的壁画
5、统一教
阿尔伯特死后，迪迦矿业公司利用他的人脉和声望建立一个名为“统一教”的宗教组织，并将他任命为统一教的创始人。在资源匮乏的年代里，宗教往往拥有比政府阶级更可怕的统治力量，在迪迦矿业公司的海上研究基地里，已经有一批研究人员和公司的中高层被神印同化成了他的信徒。统一教通过宣扬人在死后可以获得“永生的力量”吸引来了一大批不明真相的信徒，每天都有越来越多的人加入到统一教的队伍当中，死亡正是统一教的核心思想。统一教禁止使用火化的方式处理遗体，而是将尸体封存起来发射到太空轨道中，有些疯狂的教徒为了提早地获得永生的力量而举办自杀集会。教义中的“统一、会聚”是指人类的肉体和灵魂都不再作为单一的存在，而是全部融合形成一个整体，等待到合适的时机后利用神印的力量将其复活。
统一教海报
统一教要求所有入会的成员必须全身心地投入到统一教的事业当中，包括个人全部的财产也需要交予教会进行保管，教会内拥有严格的等级制度，下级必须严格执行上级的命令和指示。同时统一教也在暗中秘密建造“陵墓飞船”，用于将尸体运到位于太空轨道上的“永生殿”里。
统一教壁画
6、神盾7号星球
时间来到2508年，随着教会的势力逐渐壮大，在某次星际探险时意外地发现了神盾7号这颗偏僻的星球，经过探查后神盾7号拥有丰富的矿物资源，并且人们还在神盾7号上面发现了红色神印Marker 3A，得知这一消息的教会决定私自裂解神盾7号，提取矿物并保护红色神印。红色神印正是联盟政府时期复制的神印，在神印的影响下神盾7号的人们开始出现幻觉，陆陆续续地有人开始了自杀行为，此时基地里已经有尸变体（Necromorphs）在活动了。当有人把消息通知给CEC（和谐采矿公司）后，CEC派出石村号前往该地进行救援和行星裂解。
神盾7号全景
CEC（和谐采矿公司）
到达神盾7号后，时任石村号舰长的本杰明·马修斯在接收了一部分尸体后，秘密决定不再接受新的尸体，等裂解完成后直接返航，并且不顾众人的反对，执意要将Marker 3A运送到石村号上。留在神盾7号上的工作人员被尸变体群攻至死，一些人则趁机坐上逃生飞船准备逃离此地，有的在起飞阶段被尸变体攻击坠毁，有的在飞往石村号的途中被石村号上的武器击落。最终只有一架飞船成功地逃进了石村号的下层甲板上，此时驾驶飞船的工程师被藏在暗处里的蝙蝠怪偷袭转化成了尸变体，由此石村号变成了一座人间炼狱。
在神盾7号执行裂解任务的石村号
7、塔弗兰提斯星球、血月
一颗表面被海洋包裹的星球，塔弗兰提斯星球上环境恶劣，时常遭受暴风雪的袭击。在200多万年以前，当地的原住民意外的发现了埋藏在此地的黑色神印，神印通过无限能源的诱惑使得原住民复制了大量的神印，并将它供奉为“神迹”。然而神印的副作用也在此刻展示出来，和地球上的人类一样，大部分的外星人在死后变成了尸变体聚集在神印的周围，随着尸变体的数量逐渐增多，血月的雏形便渐渐地形成了。为了宇宙中其他文明的生存，当时还未被异化的外星人决定制造一个机器阻止血月的继续融合，最终他们以种族灭绝作为代价，将血月永远地冰冻在塔弗兰提斯上。同时他们将自己的事迹以壁画的形式刻在了地下洞穴里，期望有后来者能发现他们为宇宙和平做出的牺牲。
冰冻的塔弗兰提斯星球
观察黑色神印的外星人
当神印到达一个新的星球后，它会先进入休眠状态，在该星球上的科技能达到一定的水平后激活自身，对外发出电磁信号，利用无限资源作为诱饵让星球上的生物对它进行复制。当神印产生的尸变体达到一定规模后，所有的尸变体都会被吸入到平流层，在那里融合成一个类似月亮的巨大尸变体。血月的诞生代表着这个星球已经被消耗殆尽，血月以星球为食，在发现新的有生命痕迹的星球后，它可以通过某种方式联系到宇宙中的其他血月，吃完之后它们会继续在宇宙中飘荡寻找其他的星球。
血月
二、主线剧情
1、《死亡空间》
在收到石村号发出的求救信息后，CEC派出了小型搜救飞船凯利昂号（USG Kellion）前往救援。救援小队共有五人组成：CEC工程师——艾萨克·克拉克、美国国防部高级安全官——扎克·哈蒙德、计算机专家（地球政府特工）——肯德拉·丹尼尔斯、飞船驾驶员——陈·艾登、飞船领航员——海利·约翰斯顿。由于石村号上的飞船对接系统早已损坏，陈只能将凯利昂号迫降在石村号上，迫降过程导致凯利昂号左翼发动机完全损毁，一行人通过步行进入到石村号内部。
石村号
当他们进入到休息室内突然遭遇到了尸变体的袭击，约翰斯顿和陈在袭击中不幸身亡，艾萨克则被迫与丹尼尔斯和哈蒙德分开。在被尸变体追逐的途中，艾萨克乘坐电梯逃离了尸变体的追捕。随后他在房间内找到了等离子切割枪，通过RIG和二人取得联系后，哈蒙德派遣他去维修凯利昂号的发动机系统，并承诺帮他找到女友妮可·布伦南。当艾萨克返回到迫降地点时，发现凯利昂号在尸变体的攻击下发生了爆炸，无奈他只能前往休息室内开始修复电车的工作。
妮可·布伦南
由于石村号的操作权限只能由舰长解除，艾萨克来到医疗区正好看见了马修斯舰长的尸体被异化成尸变体，经过一番战斗后击败了尸变体的马修斯舰长，在他身上拿到了ID卡。这时哈蒙德告诉艾萨克需要重启石村号上的防御系统，避免陨石块击中石村号，处理好防御系统后肯德拉又告诉艾萨克石村号上的氧气不多了，应该是水培区的供氧系统遭到了污染，艾萨克来到水培区击败了盘踞在这里的怪物后恢复了供氧系统。
变成尸变体的马修斯舰长
在石村号上东奔西跑的艾萨克突然接到了查尔斯·默瑟医生传来的录像，他认为艾萨克现在做的一切都是在违背“上帝的旨意”，并且让艾萨克赶紧去死，同时放出了自己研究的新型变异体——狩猎者，这种怪物很难用武器直接杀死，艾萨克将一个狩猎怪冰冻住封存在冷冻仓里，另一个利用穿梭机启动的尾焰活活烧死。默瑟医生是一名狂热的统一教教徒，他认为尸变体是人类死后生命的继续延续，这一切都是上帝的旨意，同时他还试图劝说石村号上的其他船员集体自杀，以达到融合的目的。
查尔斯·默瑟
在艾萨克装好救援定位器后，被附近的政府军瓦洛尓号截获到，由于石村号上的通讯系统已经损坏，在瓦洛尓号接到装有尸变体的逃生舱后未能及时阻止，导致瓦洛尓号也被尸变体感染沦陷，失去控制的瓦洛尓号撞上了石村号。哈蒙德从瓦洛尓号上的重型军用武器中发现，其实瓦洛尓号的真正目的是来杀死他们并摧毁石村号，让神盾7号上的秘密永远也没人知晓。
为了逃离石村号，他们找到了一搜穿梭机，但是此时穿梭机的引擎早已被损坏，艾萨克在瓦洛尓号上找到驱动引擎回到石村号后，泰伦斯·凯恩博士与他取得了联系。凯恩博士博士告诉他这一切的罪魁祸首都是石村号上的神印Marker 3A，通过研究得知神盾7号上的尸变体是由一个名为“首脑”的群巢之主控制着，想要遏制住首脑唯一的办法就是将神印放回神盾7号的挖掘处。艾萨克将神印放到穿梭机上准备前往神盾7号时，肯德拉从背后偷袭杀死了凯恩博士，原来她是地球政府派来的特工，此行的唯一目的就是回收神印，将其带回到地球上。眼看穿梭机越来越远，这时妮可过来提醒艾萨克利用石村号的牵引装置将穿梭机重新召回到石村号上，肯德拉无奈只能通过逃生舱逃离。
艾萨克和妮可
艾萨克将神印放回神盾7号后，此时肯德拉从背后出现给艾萨克看了一段录像，录像里显示女友妮可已经自杀身亡，而现在看到的妮可只不过是神印制造出来的幻想，引导艾萨克将神印重新归还给神盾7号。肯德拉将神印从基座上移除开再次放到了穿梭机里，愤怒的首脑从地下钻出来，一巴掌拍死了准备逃跑的肯德拉，经过一番苦战后成功击败首脑。最终艾萨克乘坐穿梭机逃离了神盾7号，神盾7号也因为陨石的撞击而破裂，在返航的途中，艾萨克看到了尸变体模样的妮可，随后陷入了晕迷中。
首脑
2、《死亡空间2》
在太空中漂浮的艾萨克被地球政府巡逻艇发现，将其安置在静滞舱内并带回泰坦空间站，回到泰坦空间站的艾萨克被关在泰坦纪念医疗中心的精神病区，被诊断出患有痴呆和创伤后应激障碍。地球政府为了提取他脑海中的神印信息，利用记忆抑制剂来控制他，以至于艾萨克无法记起当初他是如何逃离出石村号的。
饱受幻象折磨的艾萨克
2446年，地球政府为了研究土星上的地震波动，决定在土卫六上建设太空站用于研究和开采矿物，土卫六是环绕土星运行的一颗卫星，是土星卫星中最大的一个，因土卫六又被称为泰坦星，所以空间站被命名为泰坦空间站。随着行星破裂变得越来越普及，泰坦空间站由此进入了高速发展的阶段，到了26世纪初泰坦空间站人口已经突破了一百万，并且是一座拥有学校、商场、摩天大楼和统一教教堂的超级大都市。在行星裂解的过程中，它既是一个重要的研究前哨，也是深空采矿作业的中途站。
泰坦空间站
2508年，泰坦空间站泰德曼政府和地球政府合作，秘密开展一项名为“端粒工程”的研究项目，将艾萨克和斯特罗斯大脑中的神印信息提取出来，制造了死亡空间世界观中最大的神印——12号神印（Marker Site 12）。由于2511年泰坦空间站爆发尸变体感染，为了防止神印的研究资料被统一教截获，泰德曼下令销毁一切有关于神印的研究成果，并派出CPD小队追杀艾萨克等人。
12号神印
此时还在医疗中心的艾萨克在戴安娜的帮助下成功逃了出来，在此期间还遇到了5号病人诺兰·斯特罗斯，通过交谈得知原来这一切灾难的源头都是由神印引起的，想要阻止这一切只有消灭掉政府区里的神印才行。二人历经千辛万苦终于与戴安娜汇合后却被她的手下抓了起来。原来戴安娜也是统一教的教徒，想要利用艾萨克和斯特罗斯大脑中的神印信息制造神印，当二人被押往穿梭机上时，CPD突然杀了出来将戴安娜和她的手下通通击毙，艾萨克和斯特罗斯侥幸逃过一劫。
泰坦空间站
在前往政府区的路上艾萨克遇到了一位名叫艾莉女性，她告诉艾萨克自己是CEC的重型设备驾驶员，在利用太阳能阵列重启了电车的电源后，三人乘着轨道电车前往政府区。为了阻止艾萨克三人消灭神印，泰德曼切断了前往政府区的道路，随后艾萨克回到石村号上启动了重力索，通过乘坐逃生舱到达到政府区的电车车站后发现，斯特罗斯在受到神印长期的影响下，精神已经开始出现不正常的现象，他认为与神印沟通需要艾莉眼球里的信息，在挖掉了艾莉的一只眼球后被赶来阻止的艾萨克杀死。他和艾莉通过利用挖掘机强行突破了地下矿区来到了政府区。
DS2经典怪物：婴儿怪
在妮可幻觉的指引下，艾萨克遇到了一台机器，这台机器可以解开他大脑中被标记感染的部分，并且能和神印直接沟通，这就是著名的“眼球手术”（图片过于血腥就不放了），此时妮可的幻象开始疯狂地阻止艾萨克摧毁神印，在面对妮可的质问中，艾萨克承认自己还她，但是为了自己和人类必须和她做个了断。经过漫长的战斗，艾萨克摧毁了妮可的幻象，并且在脑中的清除了神印对他的精神控制，还摧毁掉了神印。
杀死泰德曼
神印被被摧毁后，泰坦空间站的核动力发生装置失衡，随即发生爆炸。正当艾萨克坐在地上等待死亡的时候，艾莉驾驶穿梭机前来营救艾萨克，最终二人成功逃出了泰坦空间站。当他看向副驾座的时候，这次他看到的不再是妮可的幻象，而是活生生的艾莉。
艾萨克和艾莉
3、《死亡空间3》
从泰坦站逃出来的艾萨克和艾莉二人来到了位于月球上的新月殖民地，在这里二人确认了关系，艾萨克还给自己安装了一个义眼。虽然在泰坦空间站里清除了神印对他的精神控制，但是他的大脑中仍然有神印的信息，使得他只能选择逃避来暂时忘记这一切。艾莉觉得解决这件事情最好的办法就是去摧毁神印，但是艾萨克此时不愿意陪艾莉一起对抗神印，二人在该问题上产生分歧遂分手。
新月殖民地
2514年的新月殖民地，突然遭到了由统一教雅各布·丹尼克所率领的部队围攻，丹尼克怀疑地球政府利用神印进行非法研究从而发动叛乱，企图推翻地球政府的统治。与此同时，还在公寓里为分手而感到伤心的艾萨克突然被一支部队带走，领头的人叫约翰·卡沃尔和罗伯特·诺顿，诺顿告诉艾萨克他们是隶属于地球政府的部队，此次带走艾萨克就是希望他能帮助地球政府共同对抗统一教。
在收到来自塔弗兰提斯星球上艾莉的求救信号后，一行人通过星际跃迁来到了塔弗兰提斯的轨道上。通过探查，他们发现艾莉的求救信号就是在这附近发出的，终于他们找到了艾莉所在飞船成功地救出了她。艾莉告诉艾萨克船长在他的房间里留下了许多看不懂的文字，艾萨克查看后发现，原来此前船长在此地发现了一个可以操控神印的“远古机器”，在神印的影响下他的脑子里一直在重复“关闭它”这三个字，艾萨克误以为可以通过这个机器的关闭指令来封印住神印。
神秘文字
抵达塔弗兰提斯后，诺顿开始质疑起此次任务的合理性，认为此次任务生还概率极小，此时艾萨克还不知道艾莉和他分手后接着和诺顿确认了关系，诺顿开始对艾萨克充满敌意，指责正是因为他才害的他们落得这般境地，情绪激动的诺顿朝艾萨克开枪试图杀死他，不料被艾萨克一枪在脑袋上开了个大洞。进过此次事件后众人继续前进，在一个被冰冻了万年的巨兽体内找到了“远古机器”的位置，而后又得知远古机器需要译码器来破解上面的外星文字，这一切都需要一个名叫罗塞塔的外星人来完成。当他们探索实验室时，发现了已经被切成数片的罗塞塔，艾萨克前往各处寻找罗塞塔的碎片用于提取她脑中关于译码器和远古机器的信息。
塔弗兰提斯星
当所有的罗塞塔碎片组合到一起后，艾萨克才发现了这一切事件背后的真相，原来远古机器的正确使用方法是打开它，利用远古机器可以封印住血月和其尸变体。随即他们来到了远古机器的所在地，在那里找到了塞拉诺博士曾经工作过的实验室，不料此时丹尼克带着统一教的部队赶来抢走了译码器，并把艾莉关在了充满毒气的房间里。艾莉在毒气室里流着泪让艾萨克快跑，艾萨克顿时大为光火，和卡沃尔砍瓜切菜一般收拾掉了统一教剩余的士兵来到了丹尼克的面前抢走了译码器。
远古机器
在艾莉独自逃出毒气室的途中不幸被统一教的士兵发现，丹尼克把她抓来作为人质要求交换艾萨克手里的译码器，在译码器被扔向丹尼克的空中，丹尼克松开了艾莉一把抢过译码器并关闭了它。终于，位于塔弗兰提斯上的血月摆脱了远古机器的控制，开始向星球上空缓缓升起。看到任务完成的丹尼克欣喜若狂时被一块碎片砸中当场死亡，艾萨克让艾莉乘坐穿梭机赶紧逃离此地，而他和卡沃尔二人找到了之前被丢在地上的译码器，打开了远古机器成功阻止血月继续升空并摧毁了它，在血月砸向地面的同时，二人选择与血月同归于尽。
丹尼克劫持艾莉
艾萨克和卡沃尔
看到血月坠落后的艾莉以为艾萨克已经死亡，她设定好前往地球的路线并离开了塔弗兰提斯的轨道。在血月砸向地面后，艾萨克和卡沃尔二人从地底城市中醒来，他们找到了先前联盟政府时期留在这里的新星号，修好了跃迁系统后开始朝地球出发，当他们抵达地球后才发现，此时的地球已经被数个巨大的血月所包围，而新星号也与血月相撞，最终二人生死不明。
血月攻击地球
END.