道教內丹學雖然興起於隋唐時期併成熟於宋元時期，但它的淵源可以追溯到先秦的諸子百家，甚至更早的仙道方術或更遠古的時代。從各種文獻記載及各方面的研究來看，如果我們廣義地把內丹放在養生康復的層面來探究，那麼我們可以追溯內丹思想到七八千年前，而其發展的醞釀期可能更加古遠。當然，我們首先要把內丹的定義清楚釐定。就是說，我們認為內丹的發展不僅僅侷限於道教的成仙說。因為一個文化的出現和發展，必然有其根源。內丹源於古代民間的煉氣養生術，其中結合了初民的巫文化。隨著文化發展的日趨成熟，煉氣便從一種樸素而實用的工夫，滲入了天人合一的宇宙觀和本體論，再經過道教的神仙觀念洗禮，才出現了今天別具特色的修煉系統。這些修煉方法因時代、環境、歷史及文化思想的改變而轉變，每個時代的修煉方法都能反映該時代的文化特徵。對於內丹修煉，我們已不能用一種單純的修煉方術來看待它。相反，它是一門學問、一套哲學、一種根深蒂固的文化。它既具備中國傳統文化的修行方法特色，也能為修煉者提供安身立命之所。
中國人的神仙觀念源遠流長，早於道教出現之前。有人類就有宗教，遠古時代便出現對天地造化的崇敬與膜拜。《山海經》記載了神仙的形態：“鐘山之神，名叫燭陰，他睜開眼睛就是白天，閉上眼睛就是黑夜，吹一口氣就是冬天，呼一口氣就是夏天，不喝水、不吃飯、不呼吸，呼吸就颳風，身子有一千里長。在無啟國的東面。他的樣子是人臉，蛇的身子，紅色的，住在鐘山下。”我們的老祖宗伏羲，是人首蛇身。女媧也是人面蛇身。遠古的先民，在神話傳說中有很多都是人面蛇身的；而且，他們的壽命都很高，八百歲也被列為“不壽”。被莊子形容的彭祖活了八百歲，作為長壽的例子，但遠古的先民卻認為這是短命。可想而知，遠古人類比今人長壽得多。《黃帝內經》指出，今人不及上古之人長壽，不能享盡天年，主要是今人“把酒當水漿，把反常當作正常，醉酒後行房事，因縱慾而耗盡了精氣，因耗散而失去了真氣，不知道保持精氣的盈滿，不善於統馭精神，只圖一時的快心，違背了人生的真正樂趣，起居作息毫無規律。”古人之所以能安享天年，是因為他們“懂得道理”，並且“效法陰陽，調和於術數，飲食有節制，起居有規律，不過度勞累。”相對於二千年前《黃帝內經》的寫作年代，所謂的今人，比起今天已經是很古的古人了。所謂的上古之人，應該是指新石器時代或更前的老祖宗。不過，《黃帝內經》的作者對“天年”的界定僅一百歲，而《山海經》中的短壽年齡卻以八百歲為下限。在古代，依據《山海經》所提供的資料來看，神仙不僅長壽，而且還有不飲、不食、不息的情況出現。這些不飲、不食、不息，在後來的莊子所謂“不吃五穀，吸風飲露”的神人仙子身上，固然是一脈相承；有趣的是，不飲、不食、不息而又與人首蛇身的形態相配合，令人想到蛇的冬眠習性。蛇的冬眠就是息。蛇能夠把作息之間的幅度拉長，就像朝夕早晚之於日月盈虧，把作息的頻率放緩。其間的不呼不吸、不飲不食，的確是奇特的習性。這些都使先民感覺神奇，有人仿效，或從中得到啟發，創造出類似的煉氣養生工夫，希望延長壽命。可能由於蛇具備了這些與人類不同的工夫，古人就對蛇產生了崇敬與膜拜之情，訴之於宗教情感，通過神話表達出類似的神仙形象。考古發掘了一些新石器時代的人首蛇身陶器壺蓋，佐證了以蛇為化身的神人的形態和樣貌。這都反映了古人對蛇的崇拜，結合了對生命長壽的看法。這些煉氣長生的原始觀念，當中自有一種深厚的歷史背景。
煉氣作為一種養生或治病的手段，歷史非常悠久。運動是人體的自然需求，生理結構本就該如此運作。就像流水不會腐臭，門軸不會朽爛，氣血暢通的身體才是健康的身體。當身體因為工作而感到疲勞時，我們自然會舒展筋骨來幫助乳酸排除；如果因為天氣寒溼而感到身體凝滯，就會有意識地活動身體來通利關節。古代有一種叫做“大舞”的運動，就是用來通利關節的。古文獻上有這樣的記載：
在陰康氏的時代，水道不通暢，江河不能順暢流淌，氣候陰冷凝滯，人們容易感到鬱悶。由於身體內部氣血鬱積，肌膚腠理滯澀，很多人患上了重腿病。為了通利關節，人們就創制了舞蹈，教導大家跳舞來引導氣血，這就是所謂的“大舞”。
這段文字記錄了古人因為關節病而活動筋骨的情況。孟俯在《帝王統錄》中引用《教坊記》說：“在陰康氏的時代，緊接著葛天氏之後，元氣初分，災害疾病還沒有消除，很多人患上了重腿病。為了通利關節，人們就開始創制舞蹈。”《呂氏春秋》也記載：“在陶唐氏開始的時候，陰氣多而滯留積聚，水道壅塞不暢，人們的氣血鬱悶滯澀，筋骨萎縮不暢。為了宣導氣血，人們就改變了舞蹈的形式。”陰康氏遠在伏羲之前，而陶唐氏是堯的稱號，在伏羲之後。陰康氏和陶唐氏的人們都患有同樣的風溼關節病，這可能是因為古時人類逐水土而居，經常遭遇江河氾濫的情況，後來才有大禹治水的歷史背景。居住在環境潮溼的河邊，加上勞動繁重，骨關節病是常見的疾病。通過舞蹈來引導氣血，就是古時的導引術。東漢時期，人們認為導引術是“娛神遣老、永年之術”。可以說，導引術起源於人類的生活文化，自古以來就有，就像餓了就要吃飯、渴了就要喝水一樣自然——這似乎是一個無可辯駁的命題。
後來，經過多方面的體驗和對大自然的觀察，古人把有效的動作和呼吸方法有系統地組織起來。馬王堆漢墓就出土了一套“導引圖”。莊子記載這種導引術是當時一般閒暇人士喜愛的運動。這些導引術其實非常普遍，也被證實是古人長壽者所喜歡修煉的工夫：
這是江海之士、避世之人、閒暇者所喜愛的運動。他們通過呼吸吐納、模仿熊鳥的動作來養生長壽。這是導引之士、養形之人、追求長壽者所喜愛的運動。
熊經鳥申的動作後來被列入“五禽戲”之中。《後漢書·華佗傳》中引用了華佗對其弟子吳普說的一段話：“人的身體需要勞動，但不應該過度勞累。適當的活動可以使食物消化、氣血流通，從而不生病。這就像門軸一樣，經常轉動就不會朽爛。”這裡指出適當運動可以幫助食物消化、氣血流通的道理就像門軸不朽一樣。我們要做運動就可以模仿動物的屈伸舒展動作。氣血得以疏導後關節就會處於良好的狀態：“因此古代的仙人做導引之事模仿熊經鳥顧的動作來搖動腰體、活動各個關節以求得長壽。”華佗於是提出了一套自創的心得為後世沿用：“我有一種方法叫做五禽戲：一是虎二是鹿三是熊四是猿五是鳥。這種方法也可以用來治病同時對身體也有好處。如果遇到身體不適可以選擇一兩個動作來自療：“如果身體感到不舒服，就起來做一套五禽戲中的動作，直到出汗，然後擦上粉，身體就會感到輕便，而且想吃東西。”這套方法在葛洪的《抱朴子內篇》中也有引述，並稱這是藥術中最容易做到的。但修煉者又不可輕視它，因為它已經讓吳普活了一百多歲。
神仙觀念的演變和發展構成了中國的一大特色宗教，神仙傳說和中國文化的發展之間存在著相互依存的關係。宗教起源於巫術，而巫師和古代的術士就是最早的神。這一點在道教的各種儀式中屢見不鮮。當道士召喚神靈時，他就成為了神，人們也會把他當作神來看待。“禹步”就是一個很好的例子。禹步本來是大禹治水時，為了修治水利，不辭勞苦地跋涉于山川之間，因此造成了腳病，走路時有些跛行，人們就把這種走路方式叫做禹步。漢代揚雄說：“從前姒氏治理水土時，巫師們跳舞時多模仿禹的步伐。”姒氏就是禹，當時的巫舞仍然流傳。由於大禹治水的偉大功德，後人尊禹為聖賢，所以禹步就成為了巫師作法時習以為常的步行姿態，也是巫步的特徵。後來，神靈觀念無限擴張，禹步被改造為召喚神靈的步法。禹步在道教的經典上是這樣形成的：
禹步，大概是大禹所創的一種步行方式，用來召喚和役使神靈。它被視為各種法術的根源和玄機的要旨。從前大禹治水時，無法預測水的高低深淺，所以他設立了黑色的矩尺來測量，以此來規劃治水的工作。如果遇到隱藏的泉水或巨大的石頭，眼睛看不到的地方，他一定會召喚海神、河神、山神、地神來詢問並快速解決。大禹曾經到達南海之濱，看到一種鳥通過禁咒能讓大石頭翻動。這種鳥在施展禁咒時常常做出一種特定的步伐，大禹就模仿這種步伐，並將其融入到自己的法術之中。從此以後，他使用的法術都非常靈驗。因為這種步伐是大禹創制的，所以就被稱為禹步。
後人借大禹治水的事蹟，加上了天降神靈的曲折過程，將其變成了神話。這裡要重點提出的是，大禹觀察到神鳥通過禁咒能讓大石頭翻動的神奇景象後，才模仿並創制了神鳥的步法而成禹步。然而，神鳥通過禁咒能讓大石頭翻動代表著天神的降臨和啟示。如果不是這個有道德意志的神靈降示，人間的災禍是很難避免的。這裡的神靈觀念是非常明顯的。即使神靈觀念沿著理性的道路發展，它仍然是如影隨形的。因為禹步再結合天文學的知識，納入了卦象和術數的內容，出現了所謂的“三步九跡”的說法。這樣一來，理性與非理性就融合在了一起。這並不會減弱神仙降臨的真實性，反而會增加降臨的威力。理性的部分增強了非理性的可靠性，使得神靈觀念更加紮實。另一方面，禹步增加了複雜的術數內容後，更顯得不是普通人所能做到的。這使得這種儀式增添了更多層的神秘色彩。
自從漢代淮南王劉安以後，就有了王子年撰寫和沙門惠宗修訂的各種關於禹步的文獻。這些文獻觸類旁通、種類繁多，達到了九十餘種。每種禹步的舉足方式都不同，咒頌的內容也各異。詳細考察並驗證這些禹步後，發現沒有比先舉左足、三步九跡這種方式更好的了。禹步的足跡形成離坎卦的形狀，這是因為天上的北斗有九顆星，禹步就是模仿這個原理而創制的。從此以後，再也沒有出現比這種方式更有效的禹步了。
中國的占星術有其理性的根據，天文曆法也有高度的效驗。禹步本來只是一種極普通的步行姿態，但通過神靈觀念的注入以及理性的天文知識的融入，它成為了內含深遠意識的文化遺產。在今天道教的儀式中，禹步仍然是重要的召喚神靈的手段。步罡踏斗的道士仍然被人們當作神來看待。韋伯的觀點非常獨到。不過不論神秘的宗教如何演繹、神靈觀念如何發展，神仙作為中國式宗教的重要主角，最後在道教的內丹文化中得到了合理的安排。這方面的內容容後再論。中國人的信仰經歷了對祖先崇拜、自然崇拜、圖騰與巫術的薰陶後，對個體生命的存在，逐漸由一個由天神主宰的角色，變成了一個有能力自我超越、絕地通天的神仙。在古代這些能力最初僅見於那些司職巫術的“巫史”身上。後來人們認為自己掌握了宇宙造化的玄機，並感覺自身的存在也可以有絕地通天的能力。這種轉變涵蓋了宗教和哲學的內容，並必須通過歷史文化的演變尤其是對天地宇宙的理解才能獲得宗教哲學的內涵。
《山海經》中描繪的人首蛇身的神仙，莊子所提到的不吃五穀、只吸風飲露的神人仙子，以及韋伯所形容的“神人同形”的巫師，都共同反映了中國人的神靈觀念。中國的神仙觀念在原始的神靈觀念的發展過程中是有跡可循的。原始人往往無法區分有生命的事物和無生命的事物，也無法區分主動物體和被動物體，因此他們將自己的生命力泛化為一種普遍特性，並改造那些與他們生活相關的一切自然事物。他們相信自己身邊的一切自然事物都是栩栩如生的活物，具有神秘的靈力。由於這種泛化了的生命力超越了其自然侷限，所以它本身便成為違反自然法則的神秘力量，具有超自然的特性。這種靈力是自然力量的神秘化形式，也是神靈觀念的開端。那些泛化了的神秘力量，在自然現象中不斷擴散，最後發展出了“精靈觀”。精靈觀演化成為一種人格化的超自然力，人們認為它是與自然事物的形體相區別地存在，甚至不會隨形體的死亡而死亡。它的特性是具備了物質性，是一種特殊的物質實體。它不能脫離自然形體而獨立存在，但卻可以在不同的自然形體之間易位和轉化。人們因此而畏懼它、依賴它、崇敬它，甚至將其神聖化為膜拜的對象。遠古的人，由於氏族社會的血緣關係，祖先崇拜與神靈觀念結合，一些有功於民和垂德於世的部落領袖，如前面提到的伏羲、女媧等，就因此而變成了神靈。
世界上任何一種民族都會對死亡和災禍感到恐懼，而對幸福和長壽充滿渴求。上古的人把這些恐懼和渴求寄託於神仙世界之上。由遠古的神靈觀發展到上古的精靈觀，也就是神仙觀念的演變過程。古時，這個精靈觀曾經被廣泛地應用，及至今天的文明社會仍可見到這種精靈觀的影子。例如，今日不少練氣功的人，面向大樹做站樁，認為這樣可以驅邪祛病。從古人對玉石的崇拜中也能看到同樣的行為意識，當然今人也是如此。“精”的觀念遠在新石器時代就已存在，它是一種非常古老的思想。古人認為萬物皆有精，這就是精靈觀的一種表現。
考古發現表明，玉在遠古時期就已經被人們所喜愛。古人佩戴玉石，這反映了他們對“精”的看法，認為玉是積聚了最多“精”的物質。因此，古人祈求佩戴玉石能為他們帶來趨吉避凶的能力。他們深信玉石裡的精靈是善良的，能夠為自己抵擋神靈世界中惡魔的侵襲。相對於善良的神靈，疾病和災禍則被認為是由邪惡的神靈所帶來的，又或者是由那個能夠賞善罰惡、具有道德意志的天通過疾病和災禍來懲罰我們。巫祝能夠祭神、醫病和驅鬼去災。巫祝的祭神活動屬於神靈的事務，但在祭神過程中驅趕附著於物體上的邪惡力量則屬於精靈觀念的問題；因此，精靈觀和神靈觀往往同時存在。這種祈求驅病遣災的情況在民間發生得最多，並逐漸發展成了“巫鬼道”。在“巫鬼道”中，巫與醫是合二為一的。巫師為人們驅除病魔，同時自己也是一切氣功導引功法的集大成者。《黃帝內經》中說：“古代治病，只要通過移精變氣，就可以通過祝由術來治癒。”至於上層社會的士人、貴族和帝王，他們則為了永保自身的富貴和幸福，企圖尋找長生不死的方法。可以說，“方仙道”就是魏晉時期神仙道教的先驅，而“巫鬼道”則是漢魏時期民間道教的前身。只是，從巫祝方士到道教的形成，人們從未停止過追求長生不死之道和免除災病的渴望。其實，這都是人性的表現，每個時代都存在。它有時會成為熱潮，這是由社會風氣使其突顯，或者是由帝王的喜好所引領。它有時則較為收斂，這是由不同的文化背景所引致的，譬如現代人從科學知識的角度認知金丹，會很容易發現通過外丹來達到長生不死是無知的。不過，若從信仰的角度來看，神秘的力量永遠不會被理性和科學所過濾掉。
巫文化一直從上古時期延伸至戰國時期。戰國時期，文化、學術和政治的發展都呈現出了百家爭鳴的局面。神仙作為一個觀念，相信就是在這個時候產生的。它在這個時候正式從巫文化中脫胎出來。這個時期的神仙家所鼓吹的神仙，已經不同於以往的鬼神觀念。它既不是生活在幽冥之中的神靈，也不是寄寓在形物之上的精靈，而是現實生活中作為個體生命的人，通過生命的無限延伸和直接昇華而來。這個時期的神仙觀念仍然保留著樸素而實用的價值觀，它表現出了幾個特徵。例如，神仙必須像常人一樣，能夠長生不死，永遠保持著現世的快樂。另外，神仙逍遙自在，神通廣大，遊於四海之外，可以入水不溺、入火不焚，具備超越常人的能力。更重要的是，他們相信世間存在著長生不死的仙藥，只要求得仙藥，便能成為超凡脫俗的神仙，實現永世不死的人類欲求。於是，戰國時期的神仙觀念非常興旺，尤其是燕齊與荊楚一帶，從帝王到平民百姓，都熱衷於追求不死之藥。他們外服金丹以求成仙，在方士們的極力鼓吹下，金丹燒煉大行其道。這裡又分兩期，首先是戰國到秦朝，帝王在方士的推薦下，追求在大自然中生長的仙藥。後來，西漢的帝王索性在宮廷內起爐作灶，追求燒煉金丹大藥的夢想。司馬遷的《史記》就記載了漢武帝身邊有煉丹家李少君、欒大等人為他製藥。
方仙道在戰國時代相當流行，這可能是因為秦地的人大多信奉神仙，楚地和越地則多信奉巫鬼，而齊地的人則喜歡怪誕迂闊之事。史籍中記載有安期生、石生、盧生、侯生、徐市、韓終、聚谷等人，他們都在上層社會活動。這些方士把一切能夠幫助達到長生的方法都組織了起來，以滿足那些追求長生不死的人的需求。方士們的努力，間接地提升了養生術的社會地位，也造就了不同類型的養生功法。在皇室貴族方面，由於封建王朝為帝王將相提供了無憂無慮、窮奢極侈的生活條件，因此渴求長生不老甚至長生不死變成了普遍現象。從帝王到百姓，那種追求在世繁華富貴的心態，必然造就了許多方士各種謀生的伎倆。《漢書·郊祀志》中記載了有關秦始皇派遣方士出外求仙藥的事情：“秦始皇剛統一天下時，就沉迷於神仙之道，派遣徐福、韓終等人攜帶眾多童男童女入海求仙採藥”；又記載“漢朝興起時，新垣平、齊地的少翁、公孫卿、欒大等人，都以仙人黃冶祭司的身份侍奉鬼神驅使物怪，入海求神，採藥而得到皇帝的寵信，賞賜累計千金”；還記載“元鼎、元封年間，燕齊之間的方士們摩拳擦掌，說有神仙祭祀能帶來福氣的術法的人數以萬計”，由此可見對方士的需求之大。基於帝王與百姓的狂熱追求，方士們在尋求滿足成仙的渴求過程中，煉丹術和黃白朮便應運而生。而另一方面，但凡對煉氣、服食、導引、按摩、房中術以及存思等可以直接或間接達到長生或不死的工夫，都被方士們所吸納。這間接地造就了多姿多彩的煉養術的誕生。
早期煉氣的方法，從外在呼吸的控制到內在心性的凝定，都已經發展到了非常成熟的階段。《行氣玉佩銘》就是其中之一，也是目前出土文獻中記載古人煉氣方法的最早文獻。這篇銘文大約出現在公元前470年左右。同類型的修煉方法，比如吐納、導引、食氣、胎息等，都頻繁地出現在古代典籍中。先秦方仙道的修煉方法，大概包括行氣、服食、房中這三大類，直接談論內丹修煉的，還沒有出現。但這些修煉方術已經包含了不少內丹的理論與實踐方法，可以說是內丹發展的醞釀期。當時的修煉術，分兩個層面發展。其一是，修煉與信仰相結合，修煉只是追求成仙的手段。其二是，士人在天人關係上有所覺悟，通過修煉來明白大道。從不同的層面存在不同的修煉模式來看，煉氣思想已經包含了某種程度的神仙觀念。所以說，神仙觀念大約出現在這個時期。這些龐雜的思想與修煉方術，雖然沒有形成完整的體系，但已經為後期內丹道的確立提供了寶貴的資源。
《行氣玉佩銘》之所以成為銘文，相信是因為古人認為這套煉氣方法確實有效。在古代，大凡在銅器上刻銘、或在玉石上刻字，都不是隨便的事；只有具有流傳價值或珍貴的事物才會用銘文來記載。而且，《行氣玉佩銘》確實反映了當時人們的煉氣工夫已經達到了內丹的初級階段。在這裡，我們不得不停下腳步，仔細看看這個行氣方式是怎樣的。《行氣玉佩銘》只有四十五個字。原銘文為：
行氣：深則蓄，蓄則伸，伸則下，下則定，定則固，固則萌，萌則長，長則退，退則天。天機春在上，地機春在下。順則生，逆則死。
這明顯是古代氣功的一種。全部內容分成五段。（一）“蓄”：把氣深深地從外吸到體內。（二）“伸”：把氣向下延伸。（三）“定”：讓氣定在小腹。保持住這個狀態，就是“固”。（四）“萌”：那是物極必反，靜極而動的結果。這時是內氣萌生的現象。內氣就是“真氣”，定後自然有真氣出現。真氣逐漸壯大，所以說“長”。（五）“退”：指真氣慢慢沿著背正中線的督脈上引至頭頂，整個工夫就完成了。
這個功夫的重點在於“固則萌”。萌是指“真氣”開始產生，為什麼會這樣呢？首先，我們必須明白，我們日常所呼吸的氣，是有形之氣。有形的氣經過身體的轉化可以變成無形之氣。另外，通過鍛鍊也可以促進無形之氣的產生。所謂“真氣”或內氣，就是“無形之氣”。人體中所存養而備用的氣，不是有形的，而是無形的。我們在日常生活中所耗損的也不是有形之氣，而是無形之氣。當有形之氣儲備充足，身體便能發生質變，通過“氣多能生液，液多能生氣”的體內轉化，無形之氣即真氣便會開始產生。這句“固則萌”的意思也在這裡。我們可以想象，這個功夫的做法是很簡單的：雙腳與肩同寬站立，雙手輕輕貼在小腹上，眼睛微微閉上，精神內收，深深吸氣，引導氣息至小腹，氣息定住，心中默數三至五秒。自然會感覺到小腹充實，腰腎之間出現一股暖流，徐徐往上升。然後呼氣。後期內丹講求無形之真氣，神仙境界必須通過陰盡陽全的修為才能達到。而所謂陽氣，又必須從無形的真氣開始。《行氣玉佩銘》提到了“固則萌”的概念，反映了氣觀念已經由外而內，由有形進入無形的階段，這是其一。由定而固而萌的造作集中在小腹之間，由小腹氣足至真氣萌生，再讓氣循任督二脈輸佈下去。這個小腹的作用，就相當於後世所稱之丹田的作用。雖然沒有丹田這個稱呼，但實際上已經用上了內丹功法，這是其二。其中“天機春在上，地機春在下”，是天覆地載，陽到天而不能升，陰到地而不能降的循環之理，蘊藏著大小宇宙同途的天人合一思想，這是其三。所以，它基本上有著內丹煉氣的要求。還有值得注意的是，《行氣玉佩銘》已經不是肢體動作的功夫，不是像馬王堆出土的“導引圖”一類的導引術；它是一種追求內氣的功夫。《行氣玉佩銘》是戰國初年的文物，它與老子的年代相距不到一百年，老子思想中的“致虛極守靜篤”、“道之為物，惟恍惟惚……其中有精”等修煉上的啟示，對此銘文不無影響。春秋戰國時期，氣功修煉是很普遍的。齊國稷下道家的養生術發展，以及當時人們追求外丹以達到長生不死的思想，也是當時氣功活動遍及朝野的原因。
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