道教内丹学虽然兴起于隋唐时期并成熟于宋元时期，但它的渊源可以追溯到先秦的诸子百家，甚至更早的仙道方术或更远古的时代。从各种文献记载及各方面的研究来看，如果我们广义地把内丹放在养生康复的层面来探究，那么我们可以追溯内丹思想到七八千年前，而其发展的酝酿期可能更加古远。当然，我们首先要把内丹的定义清楚厘定。就是说，我们认为内丹的发展不仅仅局限于道教的成仙说。因为一个文化的出现和发展，必然有其根源。内丹源于古代民间的炼气养生术，其中结合了初民的巫文化。随着文化发展的日趋成熟，炼气便从一种朴素而实用的工夫，渗入了天人合一的宇宙观和本体论，再经过道教的神仙观念洗礼，才出现了今天别具特色的修炼系统。这些修炼方法因时代、环境、历史及文化思想的改变而转变，每个时代的修炼方法都能反映该时代的文化特征。对于内丹修炼，我们已不能用一种单纯的修炼方术来看待它。相反，它是一门学问、一套哲学、一种根深蒂固的文化。它既具备中国传统文化的修行方法特色，也能为修炼者提供安身立命之所。
中国人的神仙观念源远流长，早于道教出现之前。有人类就有宗教，远古时代便出现对天地造化的崇敬与膜拜。《山海经》记载了神仙的形态：“钟山之神，名叫烛阴，他睁开眼睛就是白天，闭上眼睛就是黑夜，吹一口气就是冬天，呼一口气就是夏天，不喝水、不吃饭、不呼吸，呼吸就刮风，身子有一千里长。在无启国的东面。他的样子是人脸，蛇的身子，红色的，住在钟山下。”我们的老祖宗伏羲，是人首蛇身。女娲也是人面蛇身。远古的先民，在神话传说中有很多都是人面蛇身的；而且，他们的寿命都很高，八百岁也被列为“不寿”。被庄子形容的彭祖活了八百岁，作为长寿的例子，但远古的先民却认为这是短命。可想而知，远古人类比今人长寿得多。《黄帝内经》指出，今人不及上古之人长寿，不能享尽天年，主要是今人“把酒当水浆，把反常当作正常，醉酒后行房事，因纵欲而耗尽了精气，因耗散而失去了真气，不知道保持精气的盈满，不善于统驭精神，只图一时的快心，违背了人生的真正乐趣，起居作息毫无规律。”古人之所以能安享天年，是因为他们“懂得道理”，并且“效法阴阳，调和于术数，饮食有节制，起居有规律，不过度劳累。”相对于二千年前《黄帝内经》的写作年代，所谓的今人，比起今天已经是很古的古人了。所谓的上古之人，应该是指新石器时代或更前的老祖宗。不过，《黄帝内经》的作者对“天年”的界定仅一百岁，而《山海经》中的短寿年龄却以八百岁为下限。在古代，依据《山海经》所提供的资料来看，神仙不仅长寿，而且还有不饮、不食、不息的情况出现。这些不饮、不食、不息，在后来的庄子所谓“不吃五谷，吸风饮露”的神人仙子身上，固然是一脉相承；有趣的是，不饮、不食、不息而又与人首蛇身的形态相配合，令人想到蛇的冬眠习性。蛇的冬眠就是息。蛇能够把作息之间的幅度拉长，就像朝夕早晚之于日月盈亏，把作息的频率放缓。其间的不呼不吸、不饮不食，的确是奇特的习性。这些都使先民感觉神奇，有人仿效，或从中得到启发，创造出类似的炼气养生工夫，希望延长寿命。可能由于蛇具备了这些与人类不同的工夫，古人就对蛇产生了崇敬与膜拜之情，诉之于宗教情感，通过神话表达出类似的神仙形象。考古发掘了一些新石器时代的人首蛇身陶器壶盖，佐证了以蛇为化身的神人的形态和样貌。这都反映了古人对蛇的崇拜，结合了对生命长寿的看法。这些炼气长生的原始观念，当中自有一种深厚的历史背景。
炼气作为一种养生或治病的手段，历史非常悠久。运动是人体的自然需求，生理结构本就该如此运作。就像流水不会腐臭，门轴不会朽烂，气血畅通的身体才是健康的身体。当身体因为工作而感到疲劳时，我们自然会舒展筋骨来帮助乳酸排除；如果因为天气寒湿而感到身体凝滞，就会有意识地活动身体来通利关节。古代有一种叫做“大舞”的运动，就是用来通利关节的。古文献上有这样的记载：
在阴康氏的时代，水道不通畅，江河不能顺畅流淌，气候阴冷凝滞，人们容易感到郁闷。由于身体内部气血郁积，肌肤腠理滞涩，很多人患上了重腿病。为了通利关节，人们就创制了舞蹈，教导大家跳舞来引导气血，这就是所谓的“大舞”。
这段文字记录了古人因为关节病而活动筋骨的情况。孟俯在《帝王统录》中引用《教坊记》说：“在阴康氏的时代，紧接着葛天氏之后，元气初分，灾害疾病还没有消除，很多人患上了重腿病。为了通利关节，人们就开始创制舞蹈。”《吕氏春秋》也记载：“在陶唐氏开始的时候，阴气多而滞留积聚，水道壅塞不畅，人们的气血郁闷滞涩，筋骨萎缩不畅。为了宣导气血，人们就改变了舞蹈的形式。”阴康氏远在伏羲之前，而陶唐氏是尧的称号，在伏羲之后。阴康氏和陶唐氏的人们都患有同样的风湿关节病，这可能是因为古时人类逐水土而居，经常遭遇江河泛滥的情况，后来才有大禹治水的历史背景。居住在环境潮湿的河边，加上劳动繁重，骨关节病是常见的疾病。通过舞蹈来引导气血，就是古时的导引术。东汉时期，人们认为导引术是“娱神遣老、永年之术”。可以说，导引术起源于人类的生活文化，自古以来就有，就像饿了就要吃饭、渴了就要喝水一样自然——这似乎是一个无可辩驳的命题。
后来，经过多方面的体验和对大自然的观察，古人把有效的动作和呼吸方法有系统地组织起来。马王堆汉墓就出土了一套“导引图”。庄子记载这种导引术是当时一般闲暇人士喜爱的运动。这些导引术其实非常普遍，也被证实是古人长寿者所喜欢修炼的工夫：
这是江海之士、避世之人、闲暇者所喜爱的运动。他们通过呼吸吐纳、模仿熊鸟的动作来养生长寿。这是导引之士、养形之人、追求长寿者所喜爱的运动。
熊经鸟申的动作后来被列入“五禽戏”之中。《后汉书·华佗传》中引用了华佗对其弟子吴普说的一段话：“人的身体需要劳动，但不应该过度劳累。适当的活动可以使食物消化、气血流通，从而不生病。这就像门轴一样，经常转动就不会朽烂。”这里指出适当运动可以帮助食物消化、气血流通的道理就像门轴不朽一样。我们要做运动就可以模仿动物的屈伸舒展动作。气血得以疏导后关节就会处于良好的状态：“因此古代的仙人做导引之事模仿熊经鸟顾的动作来摇动腰体、活动各个关节以求得长寿。”华佗于是提出了一套自创的心得为后世沿用：“我有一种方法叫做五禽戏：一是虎二是鹿三是熊四是猿五是鸟。这种方法也可以用来治病同时对身体也有好处。如果遇到身体不适可以选择一两个动作来自疗：“如果身体感到不舒服，就起来做一套五禽戏中的动作，直到出汗，然后擦上粉，身体就会感到轻便，而且想吃东西。”这套方法在葛洪的《抱朴子内篇》中也有引述，并称这是药术中最容易做到的。但修炼者又不可轻视它，因为它已经让吴普活了一百多岁。
神仙观念的演变和发展构成了中国的一大特色宗教，神仙传说和中国文化的发展之间存在着相互依存的关系。宗教起源于巫术，而巫师和古代的术士就是最早的神。这一点在道教的各种仪式中屡见不鲜。当道士召唤神灵时，他就成为了神，人们也会把他当作神来看待。“禹步”就是一个很好的例子。禹步本来是大禹治水时，为了修治水利，不辞劳苦地跋涉于山川之间，因此造成了脚病，走路时有些跛行，人们就把这种走路方式叫做禹步。汉代扬雄说：“从前姒氏治理水土时，巫师们跳舞时多模仿禹的步伐。”姒氏就是禹，当时的巫舞仍然流传。由于大禹治水的伟大功德，后人尊禹为圣贤，所以禹步就成为了巫师作法时习以为常的步行姿态，也是巫步的特征。后来，神灵观念无限扩张，禹步被改造为召唤神灵的步法。禹步在道教的经典上是这样形成的：
禹步，大概是大禹所创的一种步行方式，用来召唤和役使神灵。它被视为各种法术的根源和玄机的要旨。从前大禹治水时，无法预测水的高低深浅，所以他设立了黑色的矩尺来测量，以此来规划治水的工作。如果遇到隐藏的泉水或巨大的石头，眼睛看不到的地方，他一定会召唤海神、河神、山神、地神来询问并快速解决。大禹曾经到达南海之滨，看到一种鸟通过禁咒能让大石头翻动。这种鸟在施展禁咒时常常做出一种特定的步伐，大禹就模仿这种步伐，并将其融入到自己的法术之中。从此以后，他使用的法术都非常灵验。因为这种步伐是大禹创制的，所以就被称为禹步。
后人借大禹治水的事迹，加上了天降神灵的曲折过程，将其变成了神话。这里要重点提出的是，大禹观察到神鸟通过禁咒能让大石头翻动的神奇景象后，才模仿并创制了神鸟的步法而成禹步。然而，神鸟通过禁咒能让大石头翻动代表着天神的降临和启示。如果不是这个有道德意志的神灵降示，人间的灾祸是很难避免的。这里的神灵观念是非常明显的。即使神灵观念沿着理性的道路发展，它仍然是如影随形的。因为禹步再结合天文学的知识，纳入了卦象和术数的内容，出现了所谓的“三步九迹”的说法。这样一来，理性与非理性就融合在了一起。这并不会减弱神仙降临的真实性，反而会增加降临的威力。理性的部分增强了非理性的可靠性，使得神灵观念更加扎实。另一方面，禹步增加了复杂的术数内容后，更显得不是普通人所能做到的。这使得这种仪式增添了更多层的神秘色彩。
自从汉代淮南王刘安以后，就有了王子年撰写和沙门惠宗修订的各种关于禹步的文献。这些文献触类旁通、种类繁多，达到了九十余种。每种禹步的举足方式都不同，咒颂的内容也各异。详细考察并验证这些禹步后，发现没有比先举左足、三步九迹这种方式更好的了。禹步的足迹形成离坎卦的形状，这是因为天上的北斗有九颗星，禹步就是模仿这个原理而创制的。从此以后，再也没有出现比这种方式更有效的禹步了。
中国的占星术有其理性的根据，天文历法也有高度的效验。禹步本来只是一种极普通的步行姿态，但通过神灵观念的注入以及理性的天文知识的融入，它成为了内含深远意识的文化遗产。在今天道教的仪式中，禹步仍然是重要的召唤神灵的手段。步罡踏斗的道士仍然被人们当作神来看待。韦伯的观点非常独到。不过不论神秘的宗教如何演绎、神灵观念如何发展，神仙作为中国式宗教的重要主角，最后在道教的内丹文化中得到了合理的安排。这方面的内容容后再论。中国人的信仰经历了对祖先崇拜、自然崇拜、图腾与巫术的熏陶后，对个体生命的存在，逐渐由一个由天神主宰的角色，变成了一个有能力自我超越、绝地通天的神仙。在古代这些能力最初仅见于那些司职巫术的“巫史”身上。后来人们认为自己掌握了宇宙造化的玄机，并感觉自身的存在也可以有绝地通天的能力。这种转变涵盖了宗教和哲学的内容，并必须通过历史文化的演变尤其是对天地宇宙的理解才能获得宗教哲学的内涵。
《山海经》中描绘的人首蛇身的神仙，庄子所提到的不吃五谷、只吸风饮露的神人仙子，以及韦伯所形容的“神人同形”的巫师，都共同反映了中国人的神灵观念。中国的神仙观念在原始的神灵观念的发展过程中是有迹可循的。原始人往往无法区分有生命的事物和无生命的事物，也无法区分主动物体和被动物体，因此他们将自己的生命力泛化为一种普遍特性，并改造那些与他们生活相关的一切自然事物。他们相信自己身边的一切自然事物都是栩栩如生的活物，具有神秘的灵力。由于这种泛化了的生命力超越了其自然局限，所以它本身便成为违反自然法则的神秘力量，具有超自然的特性。这种灵力是自然力量的神秘化形式，也是神灵观念的开端。那些泛化了的神秘力量，在自然现象中不断扩散，最后发展出了“精灵观”。精灵观演化成为一种人格化的超自然力，人们认为它是与自然事物的形体相区别地存在，甚至不会随形体的死亡而死亡。它的特性是具备了物质性，是一种特殊的物质实体。它不能脱离自然形体而独立存在，但却可以在不同的自然形体之间易位和转化。人们因此而畏惧它、依赖它、崇敬它，甚至将其神圣化为膜拜的对象。远古的人，由于氏族社会的血缘关系，祖先崇拜与神灵观念结合，一些有功于民和垂德于世的部落领袖，如前面提到的伏羲、女娲等，就因此而变成了神灵。
世界上任何一种民族都会对死亡和灾祸感到恐惧，而对幸福和长寿充满渴求。上古的人把这些恐惧和渴求寄托于神仙世界之上。由远古的神灵观发展到上古的精灵观，也就是神仙观念的演变过程。古时，这个精灵观曾经被广泛地应用，及至今天的文明社会仍可见到这种精灵观的影子。例如，今日不少练气功的人，面向大树做站桩，认为这样可以驱邪祛病。从古人对玉石的崇拜中也能看到同样的行为意识，当然今人也是如此。“精”的观念远在新石器时代就已存在，它是一种非常古老的思想。古人认为万物皆有精，这就是精灵观的一种表现。
考古发现表明，玉在远古时期就已经被人们所喜爱。古人佩戴玉石，这反映了他们对“精”的看法，认为玉是积聚了最多“精”的物质。因此，古人祈求佩戴玉石能为他们带来趋吉避凶的能力。他们深信玉石里的精灵是善良的，能够为自己抵挡神灵世界中恶魔的侵袭。相对于善良的神灵，疾病和灾祸则被认为是由邪恶的神灵所带来的，又或者是由那个能够赏善罚恶、具有道德意志的天通过疾病和灾祸来惩罚我们。巫祝能够祭神、医病和驱鬼去灾。巫祝的祭神活动属于神灵的事务，但在祭神过程中驱赶附着于物体上的邪恶力量则属于精灵观念的问题；因此，精灵观和神灵观往往同时存在。这种祈求驱病遣灾的情况在民间发生得最多，并逐渐发展成了“巫鬼道”。在“巫鬼道”中，巫与医是合二为一的。巫师为人们驱除病魔，同时自己也是一切气功导引功法的集大成者。《黄帝内经》中说：“古代治病，只要通过移精变气，就可以通过祝由术来治愈。”至于上层社会的士人、贵族和帝王，他们则为了永保自身的富贵和幸福，企图寻找长生不死的方法。可以说，“方仙道”就是魏晋时期神仙道教的先驱，而“巫鬼道”则是汉魏时期民间道教的前身。只是，从巫祝方士到道教的形成，人们从未停止过追求长生不死之道和免除灾病的渴望。其实，这都是人性的表现，每个时代都存在。它有时会成为热潮，这是由社会风气使其突显，或者是由帝王的喜好所引领。它有时则较为收敛，这是由不同的文化背景所引致的，譬如现代人从科学知识的角度认知金丹，会很容易发现通过外丹来达到长生不死是无知的。不过，若从信仰的角度来看，神秘的力量永远不会被理性和科学所过滤掉。
巫文化一直从上古时期延伸至战国时期。战国时期，文化、学术和政治的发展都呈现出了百家争鸣的局面。神仙作为一个观念，相信就是在这个时候产生的。它在这个时候正式从巫文化中脱胎出来。这个时期的神仙家所鼓吹的神仙，已经不同于以往的鬼神观念。它既不是生活在幽冥之中的神灵，也不是寄寓在形物之上的精灵，而是现实生活中作为个体生命的人，通过生命的无限延伸和直接升华而来。这个时期的神仙观念仍然保留着朴素而实用的价值观，它表现出了几个特征。例如，神仙必须像常人一样，能够长生不死，永远保持着现世的快乐。另外，神仙逍遥自在，神通广大，游于四海之外，可以入水不溺、入火不焚，具备超越常人的能力。更重要的是，他们相信世间存在着长生不死的仙药，只要求得仙药，便能成为超凡脱俗的神仙，实现永世不死的人类欲求。于是，战国时期的神仙观念非常兴旺，尤其是燕齐与荆楚一带，从帝王到平民百姓，都热衷于追求不死之药。他们外服金丹以求成仙，在方士们的极力鼓吹下，金丹烧炼大行其道。这里又分两期，首先是战国到秦朝，帝王在方士的推荐下，追求在大自然中生长的仙药。后来，西汉的帝王索性在宫廷内起炉作灶，追求烧炼金丹大药的梦想。司马迁的《史记》就记载了汉武帝身边有炼丹家李少君、栾大等人为他制药。
方仙道在战国时代相当流行，这可能是因为秦地的人大多信奉神仙，楚地和越地则多信奉巫鬼，而齐地的人则喜欢怪诞迂阔之事。史籍中记载有安期生、石生、卢生、侯生、徐市、韩终、聚谷等人，他们都在上层社会活动。这些方士把一切能够帮助达到长生的方法都组织了起来，以满足那些追求长生不死的人的需求。方士们的努力，间接地提升了养生术的社会地位，也造就了不同类型的养生功法。在皇室贵族方面，由于封建王朝为帝王将相提供了无忧无虑、穷奢极侈的生活条件，因此渴求长生不老甚至长生不死变成了普遍现象。从帝王到百姓，那种追求在世繁华富贵的心态，必然造就了许多方士各种谋生的伎俩。《汉书·郊祀志》中记载了有关秦始皇派遣方士出外求仙药的事情：“秦始皇刚统一天下时，就沉迷于神仙之道，派遣徐福、韩终等人携带众多童男童女入海求仙采药”；又记载“汉朝兴起时，新垣平、齐地的少翁、公孙卿、栾大等人，都以仙人黄冶祭司的身份侍奉鬼神驱使物怪，入海求神，采药而得到皇帝的宠信，赏赐累计千金”；还记载“元鼎、元封年间，燕齐之间的方士们摩拳擦掌，说有神仙祭祀能带来福气的术法的人数以万计”，由此可见对方士的需求之大。基于帝王与百姓的狂热追求，方士们在寻求满足成仙的渴求过程中，炼丹术和黄白术便应运而生。而另一方面，但凡对炼气、服食、导引、按摩、房中术以及存思等可以直接或间接达到长生或不死的工夫，都被方士们所吸纳。这间接地造就了多姿多彩的炼养术的诞生。
早期炼气的方法，从外在呼吸的控制到内在心性的凝定，都已经发展到了非常成熟的阶段。《行气玉佩铭》就是其中之一，也是目前出土文献中记载古人炼气方法的最早文献。这篇铭文大约出现在公元前470年左右。同类型的修炼方法，比如吐纳、导引、食气、胎息等，都频繁地出现在古代典籍中。先秦方仙道的修炼方法，大概包括行气、服食、房中这三大类，直接谈论内丹修炼的，还没有出现。但这些修炼方术已经包含了不少内丹的理论与实践方法，可以说是内丹发展的酝酿期。当时的修炼术，分两个层面发展。其一是，修炼与信仰相结合，修炼只是追求成仙的手段。其二是，士人在天人关系上有所觉悟，通过修炼来明白大道。从不同的层面存在不同的修炼模式来看，炼气思想已经包含了某种程度的神仙观念。所以说，神仙观念大约出现在这个时期。这些庞杂的思想与修炼方术，虽然没有形成完整的体系，但已经为后期内丹道的确立提供了宝贵的资源。
《行气玉佩铭》之所以成为铭文，相信是因为古人认为这套炼气方法确实有效。在古代，大凡在铜器上刻铭、或在玉石上刻字，都不是随便的事；只有具有流传价值或珍贵的事物才会用铭文来记载。而且，《行气玉佩铭》确实反映了当时人们的炼气工夫已经达到了内丹的初级阶段。在这里，我们不得不停下脚步，仔细看看这个行气方式是怎样的。《行气玉佩铭》只有四十五个字。原铭文为：
行气：深则蓄，蓄则伸，伸则下，下则定，定则固，固则萌，萌则长，长则退，退则天。天机春在上，地机春在下。顺则生，逆则死。
这明显是古代气功的一种。全部内容分成五段。（一）“蓄”：把气深深地从外吸到体内。（二）“伸”：把气向下延伸。（三）“定”：让气定在小腹。保持住这个状态，就是“固”。（四）“萌”：那是物极必反，静极而动的结果。这时是内气萌生的现象。内气就是“真气”，定后自然有真气出现。真气逐渐壮大，所以说“长”。（五）“退”：指真气慢慢沿着背正中线的督脉上引至头顶，整个工夫就完成了。
这个功夫的重点在于“固则萌”。萌是指“真气”开始产生，为什么会这样呢？首先，我们必须明白，我们日常所呼吸的气，是有形之气。有形的气经过身体的转化可以变成无形之气。另外，通过锻炼也可以促进无形之气的产生。所谓“真气”或内气，就是“无形之气”。人体中所存养而备用的气，不是有形的，而是无形的。我们在日常生活中所耗损的也不是有形之气，而是无形之气。当有形之气储备充足，身体便能发生质变，通过“气多能生液，液多能生气”的体内转化，无形之气即真气便会开始产生。这句“固则萌”的意思也在这里。我们可以想象，这个功夫的做法是很简单的：双脚与肩同宽站立，双手轻轻贴在小腹上，眼睛微微闭上，精神内收，深深吸气，引导气息至小腹，气息定住，心中默数三至五秒。自然会感觉到小腹充实，腰肾之间出现一股暖流，徐徐往上升。然后呼气。后期内丹讲求无形之真气，神仙境界必须通过阴尽阳全的修为才能达到。而所谓阳气，又必须从无形的真气开始。《行气玉佩铭》提到了“固则萌”的概念，反映了气观念已经由外而内，由有形进入无形的阶段，这是其一。由定而固而萌的造作集中在小腹之间，由小腹气足至真气萌生，再让气循任督二脉输布下去。这个小腹的作用，就相当于后世所称之丹田的作用。虽然没有丹田这个称呼，但实际上已经用上了内丹功法，这是其二。其中“天机春在上，地机春在下”，是天覆地载，阳到天而不能升，阴到地而不能降的循环之理，蕴藏着大小宇宙同途的天人合一思想，这是其三。所以，它基本上有着内丹炼气的要求。还有值得注意的是，《行气玉佩铭》已经不是肢体动作的功夫，不是像马王堆出土的“导引图”一类的导引术；它是一种追求内气的功夫。《行气玉佩铭》是战国初年的文物，它与老子的年代相距不到一百年，老子思想中的“致虚极守静笃”、“道之为物，惟恍惟惚……其中有精”等修炼上的启示，对此铭文不无影响。春秋战国时期，气功修炼是很普遍的。齐国稷下道家的养生术发展，以及当时人们追求外丹以达到长生不死的思想，也是当时气功活动遍及朝野的原因。
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