在因為掌握資料不完全的情況下采取了逆向工程複製技術導致製造出來的Red Marker是一個失敗的工程複製品並且將其藏匿封鎖於Aegis System（天鵝座伊吉斯星系）的Aegis VII星球上。
統一教得知Aegis VII上的Red Marker派遣USG Ishimura（石村號，名字起源於殉道者逃跑的石村秀夫博士-行星裂解技術先行者 羅馬音Hideki Ishimura發音挺像秀喜的→_→）前往Aegis VII進行所謂的採礦作業，實則是回收Red Marker。
由於神印的發現並被開採出土，使統一教的教徒前往圍觀。在神印強大的精神控制力場的作用下，導致Aegis Colony（伊吉斯殖民地）從暴力衝突不斷演變並且升級到殺人事件，石村號保安隊總長愛麗莎 文森特（Anice Vincent）曾警告過石村號艦長馬修斯（Matthews）這些暴力衝突、殺人事件一定與那個挖出來的“廢物”有關係。但何曾想到艦長也是統一教的信徒。
紅色神印與殖民地的屍體產生聚合導致主要感染源出現並且血洗殖民地，文森特請求派隊到殖民地瞭解情況並且救援的提議被艦長否決。與此同時，殖民地的一個感染源生物進入了某地理工程學家的飛艇並且強行降落到石村號。
由於感染源的進入導致石村號淪陷，僅僅數小時石村號便災禍連生。在凱恩博士（Dr.Kyne）的認真思考下知道事件的真相。由於於艦長在爭執的情況下使用注射器刺入眼睛導致艦長死亡。之後便去主控電腦機房關閉石村號動力系統不允許其返回地球。
安保隊總長和其搭檔在營救完倖存者後隻身阻止凱恩博士，隊友死亡。雖然穩定了系統但是由於艦橋指揮部的陷落所以錄製下摧毀石村號和神印的留言求救信標自殺，投身於無盡的宇宙深處。CEC（Concordance Extraction Corporation）收到其求救信標後派遣USG Kellion（凱利昂號，即艾薩克所乘坐的維修飛船）