在因为掌握资料不完全的情况下采取了逆向工程复制技术导致制造出来的Red Marker是一个失败的工程复制品并且将其藏匿封锁于Aegis System（天鹅座伊吉斯星系）的Aegis VII星球上。
统一教得知Aegis VII上的Red Marker派遣USG Ishimura（石村号，名字起源于殉道者逃跑的石村秀夫博士-行星裂解技术先行者 罗马音Hideki Ishimura发音挺像秀喜的→_→）前往Aegis VII进行所谓的采矿作业，实则是回收Red Marker。
由于神印的发现并被开采出土，使统一教的教徒前往围观。在神印强大的精神控制力场的作用下，导致Aegis Colony（伊吉斯殖民地）从暴力冲突不断演变并且升级到杀人事件，石村号保安队总长爱丽莎 文森特（Anice Vincent）曾警告过石村号舰长马修斯（Matthews）这些暴力冲突、杀人事件一定与那个挖出来的“废物”有关系。但何曾想到舰长也是统一教的信徒。
红色神印与殖民地的尸体产生聚合导致主要感染源出现并且血洗殖民地，文森特请求派队到殖民地了解情况并且救援的提议被舰长否决。与此同时，殖民地的一个感染源生物进入了某地理工程学家的飞艇并且强行降落到石村号。
由于感染源的进入导致石村号沦陷，仅仅数小时石村号便灾祸连生。在凯恩博士（Dr.Kyne）的认真思考下知道事件的真相。由于于舰长在争执的情况下使用注射器刺入眼睛导致舰长死亡。之后便去主控电脑机房关闭石村号动力系统不允许其返回地球。
安保队总长和其搭档在营救完幸存者后只身阻止凯恩博士，队友死亡。虽然稳定了系统但是由于舰桥指挥部的陷落所以录制下摧毁石村号和神印的留言求救信标自杀，投身于无尽的宇宙深处。CEC（Concordance Extraction Corporation）收到其求救信标后派遣USG Kellion（凯利昂号，即艾萨克所乘坐的维修飞船）