集齊鑰匙
蘇丹親軍也行動起來了，他們在金角灣拉起鐵鏈，阻止船隻出港。尤瑟夫塞給艾吉奧一枚特製炸彈，又到導師大顯身手的時候了，臨走之前艾吉奧囑咐尤瑟夫一定要照顧好索菲亞。
刺客們開始聚集，伴隨著高塔下的一聲轟鳴，鐵鏈崩斷，在守衛們衝上來之前，艾吉奧猛地丟下煙霧彈。就這樣，他不斷與守衛周旋，將那些礙事的鎖鏈全部解決。
尤瑟夫帶人及時趕到，同越來越多的士兵戰作一團。艾吉奧站在瞭望塔之上，憑藉滑索來到一座噴火器旁。火舌噴吐，奧斯曼戰艦成了待宰的羔羊，廝殺聲中，碼頭被肅清。艾吉奧終於來到了皮裡船長身邊，帆船駛出金角灣，一路向南。
海上的這段兩個星期還算安穩，抵達目的地後，皮裡承諾會等待艾吉奧兩個月時間。又是兩週，艾吉奧騎著馬翻山越嶺，來到了曼紐爾駐地附近一座叫做達利姆的小村莊。村裡的廣場空無一人，這氣氛很不尋常，艾吉奧敏銳地感知到陰影中有人藏身，卻沒想到那是個女子。證明自己身份後，艾吉奧成功和這位間諜頭子迪拉拉接頭。
從迪拉拉口中，艾吉奧搞清了村民們和其他間諜的去向，他們被拜占庭人關進了地窖，現在艾吉奧需要將這些人解救出來。沿著迪拉拉指出的道路，艾吉奧潛入地下城，穿越複雜的巷道，走入一個寬敞的大廳。
曼紐爾正在和手下夏庫魯交談，這個夏庫魯十分殘暴，同時極度憎恨奧斯曼人，很多俘虜死在他的手中。即便是面對手下，夏庫魯也很難控制自己的脾氣，艾吉奧正好目睹了這個兇徒對手下破口大罵，不過這也幫他知道了大門鑰匙的所在。
幸運的是鑰匙所在地離目前的位置並不算遠，艾吉奧從那群沉迷酒精的士兵身上摸走了鑰匙，打開大門放迪拉拉進入。地下城內堆積如山的屍體令這個強悍的女子也痛苦不已，她發誓要弄死夏庫魯為這些可憐人報仇。
沒等艾吉奧反應過來，迪拉拉就已經向地下城深處跑去，一番周折之後他終於在一處廣場附近將其找到。廣場上正在行刑，一個個奧斯曼人被綁上絞刑架，夏庫魯則滿臉獰笑地站在一旁，他甚至不願給這些囚犯一個痛快，哪怕這種時候還要毆打他們。
迪拉拉心急如焚，她請求艾吉奧的援助。在觀察過場內形式後，艾吉奧提出由自己用煙霧彈吸引注意力，迪拉拉則趁亂救人，至於夏庫魯也交給艾吉奧處理。
計劃進行的很順利，夏庫魯完全沒反應過來是什麼情況，但冰冷的袖劍已經從他盔甲的縫隙插進其咽喉之中，這個沉迷殺戮之人不配得到對手的尊敬。
看到囚犯們陸續被解救，艾吉奧要求迪拉拉帶著大夥兒找個地方藏身，因為他計劃炸燬整座地下城，只有這樣才能毀掉曼紐爾搞來的槍支。
庫房的警備非常鬆懈，艾吉奧很輕易就找到了那成堆的火藥，他悄悄在存放火藥的木桶上鑽孔，從而串聯起整整三個大廳的火藥貯藏。等到工人收工之後，艾吉奧站在高臺上向著最近的火藥桶開槍。
這是一場驚天動地的大爆炸，整座地下城彷彿都在搖晃，巨大的石塊崩落，四處都是濃煙，艾吉奧能做到的就是撒腿就跑。好巧不巧的是，曼紐爾也在一隊士兵的掩護之下逃往和艾吉奧相同的方向。
兩人在地下二層的庭院內相遇，艾吉奧連忙藏身，他發現曼紐爾還帶來了一個驚喜，因為他手中就是馬斯亞夫的最後一把鑰匙。人群漸漸聚攏，曼紐爾仍在努力發號施令，可惜現在沒有幾個人會給他回應了。至於艾吉奧，他正潛藏在人群當中，向著獵物悄悄靠近。
曼紐爾終於注意到了近在咫尺的威脅，可惜侍衛們根本無法攔住艾吉奧的突然襲擊。肥碩的曼紐爾在這種時候爆發出驚人的行動力，他倉皇逃竄，居然連艾吉奧一時間都無法追上，但這也使得這個拜占庭的王成了孤家寡人。
艾吉奧將曼紐爾逼近死角，這個聖殿騎士還試圖用他所信奉的教義說服面前的刺客，可艾吉奧怎麼聽得進這一套，他一把奪過了曼紐爾的背囊，然後，喪失了全部希望的曼紐爾只能迎接死亡。
背囊裡就裝著需要的最後一把鑰匙，看來旅途的終點就在前方，艾吉奧這樣想著，慢慢踏上歸途。可是就在艾吉奧準備沿著地下暗河離開時，一個意料之外的身影出現在他眼前。
對抗艾哈邁德
艾哈邁德，他才是真正的幕後黑手，也正是他向曼紐爾下令發起對馬斯亞夫的探索。這傢伙自稱厭倦了王位傳承引發的種種仇恨，希望利用阿泰爾遺留的秘密實現大一統。解釋完自己的目的之後，艾哈邁德下令幹掉艾吉奧，而他則要帶人去找索菲亞，從而將那幾把鑰匙全部搶走。
敵人太多了，艾吉奧被一步步逼到了河邊，面前是來勢洶洶的火槍手們。千鈞一髮之際，艾吉奧突然臥倒在地，緊接著是一陣猛烈的箭雨，還好年齡沒有降低自己的反應力，艾吉奧暗自慶幸。
是迪拉拉帶人解圍，艾吉奧向她簡要解釋了現狀，然後在當地人的幫助下弄到了馬匹，當務之急是趕緊返回船上趕往君士坦丁堡。
趁著開船前的準備時間，艾吉奧對這最後一把鑰匙也進行了研究，當中記錄著阿泰爾最後一次出現在眾人面前的模樣，艾吉奧看著這個老者和波羅兄弟告別，看著他將五張石盤交到尼科洛手中。
航行的部分依舊枯燥乏味，艾吉奧始終惦記著索菲亞的安危，終於在十五天後，君士坦丁堡的輪廓躍出了地平線。碼頭上的人群熙熙攘攘，有個信使正在大聲宣讀某項命令，艾吉奧定睛觀瞧，卻發現是自己的通緝令。
為了避開可能的眼目，艾吉奧特意繞了遠路來到索菲亞的書店，那裡已經圍滿了人，他知道出事了。尤瑟夫手下的幾個刺客正在維持秩序，艾吉奧衝進書店，卻看到尤瑟夫倒在長椅之上，一把匕首深深刺進他的肩胛骨之間。
年輕的刺客卡西姆將一張沾血的字條交到艾吉奧手中，那原本是纏在匕首上的。艾吉奧先送別了這個陪伴他不少日子的好戰友尤瑟夫，然後打開了字條。艾哈邁德得意洋洋的口吻令導師怒火中燒，他將所有刺客召集起來，準備讓膽敢招惹兄弟會的人付出應有的代價。
軍火庫門口，一場短暫而凌厲的殺戮迅速展開，所有忠於艾哈邁德的士兵都逃不掉，這個愚蠢的傢伙低估了尤瑟夫花費多年訓練的精兵強將，現在他要為自己的行為買單。
艾吉奧一把將艾哈邁德扔在地上，袖劍停留在對方頭頂，這個人尚且不能死，畢竟索菲亞還在他手上。艾吉奧努力壓制自己的憤怒，試圖逼問出索菲亞的去向，自知籌碼在手的艾哈邁德毫無懼色，他冷笑著，等待艾吉奧將自己放開。
即便這種時候，艾哈邁德依舊在申明自己的信仰，艾吉奧都懷疑眼前的傢伙洗腦了他自己。又是一次小小的爭吵，兩人不歡而散，艾哈邁德要求艾吉奧將剩下的鑰匙帶到加拉太塔樓以換取索菲亞，接著他大步離開。
艾吉奧開始思索對策，蘇萊曼王子卻在這時來到他身邊，表示自己聽到了兩人的完整對話。就連年輕的蘇萊曼都明白，艾哈邁德的追求不過是空中樓閣，不過他依舊希望艾吉奧能夠寬恕自己的叔叔。
艾吉奧以最快的速度趕到了刺客總部，他將所有鑰匙帶在身上，緊接著全副武裝，因為艾吉奧即將奔向最後的戰場。但在那之前，還有尤瑟夫的葬禮需要參加，刺客們向曾經的領袖獻上崇高的敬意，未來他們也會在新一代領導者的帶領下繼續奮鬥。
葬禮結束後，艾吉奧要求所有人暗中包圍加拉太塔樓，等待他的命令。艾哈邁德早已在塔樓下等待多時，看著獨自前來的艾吉奧，他下令讓六個聖殿騎士將其包圍。好在艾吉奧早有準備，刺客們轉眼工夫就實現了反圍剿，艾哈邁德冷笑著，向空中指去。
順著他手指的方向，艾吉奧看到一個綠衣女子正被人脅迫著站在塔樓頂上，腦袋被麻袋套住，手腳也被緊緊束縛。艾哈邁德如願以償拿到了鑰匙，他帶著手下乘上馬車飛速離去。
艾吉奧才無心顧及這個陰險小人，他攀上塔樓救下那名女子，卻發現這只是個無辜的女刺客，向下俯瞰，原來索菲亞被囚禁在不遠處的庭院內，而且馬上就要被施以絞刑。
簡單估計了一下距離，艾吉奧從高塔頂端一躍而下，憑藉著降落傘的助力，從半空中將絞索斬斷，並在落地的同時將索菲亞擁入懷中。索菲亞還沒搞清狀況，但當下的形式來不及讓艾吉奧進行解釋，他拉著索菲亞登上一架搶來的馬車，一路向北追趕艾哈邁德。
兩架馬車在君士坦丁堡的郊外展開激烈的對抗，在碰撞過程中艾吉奧被甩到了地上，他緊緊抓住行李帶，試圖回到座位上。但這次不像在馬斯亞夫那次那麼順利了，因為馬車實在太快，根本無法讓艾吉奧找到攀爬的機會。於是他咬緊牙關，在鬆手的瞬間打開了背後的降落傘，氣流將艾吉奧送到了半空中，然後刺客一把斬斷纜繩，終於重新回到索菲亞身邊。
索菲亞緊抓韁繩，艾吉奧負責處理身後的敵人，他們和艾哈邁德的距離越來越近。艾吉奧瞅準機會高高躍起，和艾哈邁德在馬車人上展開搏鬥，最後兩人一同跌落懸崖。
還好降落傘依舊有剩餘，兩人緩緩落地，艾吉奧一把拿過掉在地上的那個裝著鑰匙的包裹。就在這時，蘇萊曼的父親塞利姆帶著士兵趕來，艾哈邁德試圖說服那些士兵為他而戰，但塞利姆告訴自己的兄弟，老蘇丹已經選擇了他成為新的蘇丹。艾吉奧信守諾言，留下了艾哈邁德的命，但這跟塞利姆無關，他扼住艾哈邁德的咽喉，將其丟下懸崖。
馬斯亞夫
塞利姆看在蘇萊曼的面子上沒有殺死艾吉奧，但他要求刺客離開君士坦丁堡。好在現在艾吉奧已經擁有了一切：五把鑰匙以及索菲亞，是時候重返馬斯亞夫了。
一個月之後，艾吉奧在索菲亞的陪伴下站在了馬斯亞夫城堡的門前。這段時間他真是經歷了不少事情，而這座堡壘也隨著奧斯曼帝國的到來被徹底拋棄，成了杳無人煙的廢墟。
兩人在殘垣斷壁中穿行，這段時間裡艾吉奧已經將有關刺客的一切向索菲亞和盤托出，他也趁這個機會思考了陪伴自己一生的信條，還有過去三十多年中無比艱難的道路，也該放下一切了。
黃昏時分他們抵達了主塔樓，艾吉奧仔細研究了那五把鑰匙，發現阿泰爾使用占星學為其加密，靠著自己還有索菲亞的天文學知識，他們順利打開了那道塵封已久的大門。艾吉奧剛一踏進去，大門便再次關閉，將索菲亞留在了外面。
沿著階梯一路向下，在四個巨大的書架中央，艾吉奧終於見到了那個等待百年的身影。昔日的大導師靜靜安坐扶手椅上，儘管他早已化成白骨。兄弟會的兩代領袖得以相見，艾吉奧從阿泰爾手中拿起了最後一張石盤。
公元1257年，大導師阿泰爾和兒子達利姆告別，在蒙古人到來之前必須讓所有人撤離馬斯亞夫。巨大的鐵門緩緩下落，阿泰爾一個人留在了堡壘之下的密室裡，他將金蘋果安放在這座圖書館內，然後熄滅了所有照明，就這樣等待未來的那個時機，他坐在扶手椅上，這個奔波一生年近百歲的老人慢慢停止了呼吸。
艾吉奧將石盤收起，按照自己所見找到了被阿泰爾隱藏的另一枚金蘋果，又一次，他將那些來自遠古的記錄傳遞給名為戴斯蒙的後人。
艾吉奧明白自己只是個信使，他卸下自己的武器，因為他身為刺客的職責已然完成，向阿泰爾告別之後，他向密室外走去。
回家吧。
雄鷹垂暮
刺客兄弟會在蘇萊曼的默許下重新建立了基地，那些聖殿騎士的殘餘開始被大規模清繳，新王繼位，一切步入正軌。
1512年的仲夏夜，艾吉奧和索菲亞一起度過了自己的53歲生日，索菲亞為他準備了一頓豐盛的晚餐，但他們知道，分別的時刻可能就近在眼前。那天晚上，艾吉奧向索菲亞求婚了
婚禮在威尼斯舉行，友人們都來捧場。之後這對夫妻在威尼斯逗留數月，艾吉奧卻難以下定決心重新接管兄弟會的事務。1513年2月，終於安排好一切的艾吉奧帶著索菲亞回到了羅馬，見到了分別已久的妹妹克勞迪婭。
老教皇已經逝世，新任教皇是洛倫佐的兒子喬瓦尼·洛倫佐·德·美第奇，兄弟會有了強有力的盟友。艾吉奧也能夠放心選擇繼承人了，海勒姆·斯托達德和盧奎西亞的兒子喬瓦尼·波吉亞成了他的學徒。1515年，艾吉奧還曾派他們阻止聖殿騎士在羅馬的陰謀。
等到一切安排妥當，艾吉奧在佛羅倫薩郊區的山上購置了房產，並將其改造成了一座葡萄酒莊。他和索菲亞有兩個孩子，女兒芙拉維亞和兒子馬爾切洛。克勞迪婭和尼科洛·馬基雅維利時常來莊園探望他，時間就這樣來到了1518年。
年關將至，艾吉奧的回憶錄寫作遇到了瓶頸，他的身體狀況也不容樂觀。尼科洛給他帶來了達·芬奇的近況，這個老朋友也走到了人生的盡頭，他希望在最後時刻再看大夥兒一眼。
4月末艾吉奧和尼科洛來到了達·芬奇在法國的居所，這個天才現在已經快要無法起身，但朋友的到來還是給了他一些力量。三人各自聊起了當年分開後自己的故事，達·芬奇的生活終於多了一些歡樂。接下來的日子裡，艾吉奧和尼科洛一直逗留在法國，他們多次拜訪達·芬奇，當5月2日深夜達·芬奇離世時，兩人也陪在他身邊。
最後的傳承
自達·芬奇離世後又過了四年，艾吉奧一直忙於照看葡萄園，回憶錄也有了不小的進展，他也從沒放鬆身體鍛鍊，但這並不能延緩疾病的到來。
某天下午，艾吉奧站在窗臺遠眺，見到三個異國人士乘著馬車趕往佛羅倫薩，此時他並沒有將這件事放在心上。就在他回到房間內準備繼續寫作時，索菲亞敲門入內，表示自己要帶兒子進城去，希望艾吉奧能照顧好女兒。被寫作折磨得不輕的艾吉奧走入花園，他也確實覺得自己需要些新鮮空氣。在和芙拉維亞打鬧時，一個奇裝異服之人引起了艾吉奧的注意，但很快對方就消失不見。
艾吉奧開始打理葡萄架，突然他覺得心神不寧，抬頭看去，卻發現那個奇裝異服的傢伙正和芙拉維亞搭話。艾吉奧焦急上前，擋在女兒和陌生人中間，他發現那是個年輕的中國女孩，在她脖子上掛著一個艾吉奧再熟悉不過的記號——刺客兄弟會的標記。
女孩叫邵雲，她希望得到艾吉奧的幫助從而重建組織額，但早已決定抽身的艾吉奧拒絕了。回到家的索菲亞邀請邵雲留下共進晚餐以及過夜，艾吉奧悶悶不樂地走入葡萄園。
晚上艾吉奧注意到邵雲爬上了屋頂，但索菲亞讓他別放在心上。第二天，讓艾吉奧更加生氣的事情發生了，邵雲闖入了他的書房，甚至翻閱了他的手稿。艾吉奧要求邵雲離開，沒想到對方背誦起他曾寫在信件中的語句。同為刺客的經歷還是讓艾吉奧心軟了，他答應教導邵雲。
之後在佛羅倫薩採購時，艾吉奧和邵雲遇到了襲擊，在返回公館的路上，邵雲向艾吉奧講述了自己的故事，一個有關暴君和壓迫的故事。艾吉奧知道，危險就要來了，一回到家他便匆忙安排索菲亞以及孩子們轉移。
不出意料，襲擊者趁著夜色來到了公館，還好二人早有準備，不過這場戰鬥使得艾吉奧精疲力盡，在邵雲的攙扶下他才得以回到室內。已經沒有時間留給邵雲了，第二天她就收拾好了行囊，走之前艾吉奧將一個古舊的木盒交到她手中，囑咐她只有迷失方向時才能打開。
送走這最後一個學徒，艾吉奧重新投身於日常工作之中。他花了幾周完成了收割工作，陪伴兒子馬爾切洛過完九歲生日。最近艾吉奧靈感十足，無奈胸口的疼痛打斷了他的創作，索菲亞邀請他明天一起去逛集市，艾吉奧欣然接受。
第二天是個好天氣，一家人在城裡好好逛了逛。艾吉奧的身體卻開始不堪重負，他本想堅持，但實在是無法前進。索菲亞把他扶到一旁的長椅上讓他歇息，艾吉奧目送妻兒走開，又看著往來的人群。
一個年輕的意大利小夥突然坐在了艾吉奧身邊，嘴裡止不住地抱怨，卻始終不曾留意身旁的老人。艾吉奧實在聽不下去年輕人對佛羅倫薩的詆譭，出言反駁，正當他想進一步說明，難以忍受的劇痛突然襲來，小夥子被嚇了一跳。
艾吉奧在年輕人的安撫下漸漸平靜下來，對方叮囑他好好休息然後就離開了。目光在人群中尋覓，艾吉奧看到了索菲亞，妻子正在挑選蔬菜，孩子們在一旁玩耍，多麼溫馨的場面啊。
艾吉奧知道，自己真的該休息一下，他望向家人們，露出了微笑。索菲亞回過頭，立刻意識到發生了什麼，還有幾個路人也注意到這個老者的異狀，但絕大多數人都沒有為此停下腳步，生活還在繼續，只是有人得停一停。
書房的桌案上，艾吉奧的著述整齊碼放。
“在我年輕時，我曾擁有自由，卻未睹未視；我曾擁有時間，卻未知未覺；我曾擁有愛，卻未感未識。若干年後，我才明白這些東西的價值。如今，我已垂暮，這種領悟使我滿足。愛情、自由、時間，它們曾受我驅使，實則激勵我前進。尤其是愛啊，我的至親至愛們。無論是你還是我們的子女，亦或是我們的兄弟姐妹，以及這個賜予你我生命的多彩世界和那令人捉摸不透的奇妙人生。
致我親愛的索菲亞，
永遠愛你的，
艾吉奧·奧迪託雷”
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