集齐钥匙
苏丹亲军也行动起来了，他们在金角湾拉起铁链，阻止船只出港。尤瑟夫塞给艾吉奥一枚特制炸弹，又到导师大显身手的时候了，临走之前艾吉奥嘱咐尤瑟夫一定要照顾好索菲亚。
刺客们开始聚集，伴随着高塔下的一声轰鸣，铁链崩断，在守卫们冲上来之前，艾吉奥猛地丢下烟雾弹。就这样，他不断与守卫周旋，将那些碍事的锁链全部解决。
尤瑟夫带人及时赶到，同越来越多的士兵战作一团。艾吉奥站在瞭望塔之上，凭借滑索来到一座喷火器旁。火舌喷吐，奥斯曼战舰成了待宰的羔羊，厮杀声中，码头被肃清。艾吉奥终于来到了皮里船长身边，帆船驶出金角湾，一路向南。
海上的这段两个星期还算安稳，抵达目的地后，皮里承诺会等待艾吉奥两个月时间。又是两周，艾吉奥骑着马翻山越岭，来到了曼纽尔驻地附近一座叫做达利姆的小村庄。村里的广场空无一人，这气氛很不寻常，艾吉奥敏锐地感知到阴影中有人藏身，却没想到那是个女子。证明自己身份后，艾吉奥成功和这位间谍头子迪拉拉接头。
从迪拉拉口中，艾吉奥搞清了村民们和其他间谍的去向，他们被拜占庭人关进了地窖，现在艾吉奥需要将这些人解救出来。沿着迪拉拉指出的道路，艾吉奥潜入地下城，穿越复杂的巷道，走入一个宽敞的大厅。
曼纽尔正在和手下夏库鲁交谈，这个夏库鲁十分残暴，同时极度憎恨奥斯曼人，很多俘虏死在他的手中。即便是面对手下，夏库鲁也很难控制自己的脾气，艾吉奥正好目睹了这个凶徒对手下破口大骂，不过这也帮他知道了大门钥匙的所在。
幸运的是钥匙所在地离目前的位置并不算远，艾吉奥从那群沉迷酒精的士兵身上摸走了钥匙，打开大门放迪拉拉进入。地下城内堆积如山的尸体令这个强悍的女子也痛苦不已，她发誓要弄死夏库鲁为这些可怜人报仇。
没等艾吉奥反应过来，迪拉拉就已经向地下城深处跑去，一番周折之后他终于在一处广场附近将其找到。广场上正在行刑，一个个奥斯曼人被绑上绞刑架，夏库鲁则满脸狞笑地站在一旁，他甚至不愿给这些囚犯一个痛快，哪怕这种时候还要殴打他们。
迪拉拉心急如焚，她请求艾吉奥的援助。在观察过场内形式后，艾吉奥提出由自己用烟雾弹吸引注意力，迪拉拉则趁乱救人，至于夏库鲁也交给艾吉奥处理。
计划进行的很顺利，夏库鲁完全没反应过来是什么情况，但冰冷的袖剑已经从他盔甲的缝隙插进其咽喉之中，这个沉迷杀戮之人不配得到对手的尊敬。
看到囚犯们陆续被解救，艾吉奥要求迪拉拉带着大伙儿找个地方藏身，因为他计划炸毁整座地下城，只有这样才能毁掉曼纽尔搞来的枪支。
库房的警备非常松懈，艾吉奥很轻易就找到了那成堆的火药，他悄悄在存放火药的木桶上钻孔，从而串联起整整三个大厅的火药贮藏。等到工人收工之后，艾吉奥站在高台上向着最近的火药桶开枪。
这是一场惊天动地的大爆炸，整座地下城仿佛都在摇晃，巨大的石块崩落，四处都是浓烟，艾吉奥能做到的就是撒腿就跑。好巧不巧的是，曼纽尔也在一队士兵的掩护之下逃往和艾吉奥相同的方向。
两人在地下二层的庭院内相遇，艾吉奥连忙藏身，他发现曼纽尔还带来了一个惊喜，因为他手中就是马斯亚夫的最后一把钥匙。人群渐渐聚拢，曼纽尔仍在努力发号施令，可惜现在没有几个人会给他回应了。至于艾吉奥，他正潜藏在人群当中，向着猎物悄悄靠近。
曼纽尔终于注意到了近在咫尺的威胁，可惜侍卫们根本无法拦住艾吉奥的突然袭击。肥硕的曼纽尔在这种时候爆发出惊人的行动力，他仓皇逃窜，居然连艾吉奥一时间都无法追上，但这也使得这个拜占庭的王成了孤家寡人。
艾吉奥将曼纽尔逼近死角，这个圣殿骑士还试图用他所信奉的教义说服面前的刺客，可艾吉奥怎么听得进这一套，他一把夺过了曼纽尔的背囊，然后，丧失了全部希望的曼纽尔只能迎接死亡。
背囊里就装着需要的最后一把钥匙，看来旅途的终点就在前方，艾吉奥这样想着，慢慢踏上归途。可是就在艾吉奥准备沿着地下暗河离开时，一个意料之外的身影出现在他眼前。
对抗艾哈迈德
艾哈迈德，他才是真正的幕后黑手，也正是他向曼纽尔下令发起对马斯亚夫的探索。这家伙自称厌倦了王位传承引发的种种仇恨，希望利用阿泰尔遗留的秘密实现大一统。解释完自己的目的之后，艾哈迈德下令干掉艾吉奥，而他则要带人去找索菲亚，从而将那几把钥匙全部抢走。
敌人太多了，艾吉奥被一步步逼到了河边，面前是来势汹汹的火枪手们。千钧一发之际，艾吉奥突然卧倒在地，紧接着是一阵猛烈的箭雨，还好年龄没有降低自己的反应力，艾吉奥暗自庆幸。
是迪拉拉带人解围，艾吉奥向她简要解释了现状，然后在当地人的帮助下弄到了马匹，当务之急是赶紧返回船上赶往君士坦丁堡。
趁着开船前的准备时间，艾吉奥对这最后一把钥匙也进行了研究，当中记录着阿泰尔最后一次出现在众人面前的模样，艾吉奥看着这个老者和波罗兄弟告别，看着他将五张石盘交到尼科洛手中。
航行的部分依旧枯燥乏味，艾吉奥始终惦记着索菲亚的安危，终于在十五天后，君士坦丁堡的轮廓跃出了地平线。码头上的人群熙熙攘攘，有个信使正在大声宣读某项命令，艾吉奥定睛观瞧，却发现是自己的通缉令。
为了避开可能的眼目，艾吉奥特意绕了远路来到索菲亚的书店，那里已经围满了人，他知道出事了。尤瑟夫手下的几个刺客正在维持秩序，艾吉奥冲进书店，却看到尤瑟夫倒在长椅之上，一把匕首深深刺进他的肩胛骨之间。
年轻的刺客卡西姆将一张沾血的字条交到艾吉奥手中，那原本是缠在匕首上的。艾吉奥先送别了这个陪伴他不少日子的好战友尤瑟夫，然后打开了字条。艾哈迈德得意洋洋的口吻令导师怒火中烧，他将所有刺客召集起来，准备让胆敢招惹兄弟会的人付出应有的代价。
军火库门口，一场短暂而凌厉的杀戮迅速展开，所有忠于艾哈迈德的士兵都逃不掉，这个愚蠢的家伙低估了尤瑟夫花费多年训练的精兵强将，现在他要为自己的行为买单。
艾吉奥一把将艾哈迈德扔在地上，袖剑停留在对方头顶，这个人尚且不能死，毕竟索菲亚还在他手上。艾吉奥努力压制自己的愤怒，试图逼问出索菲亚的去向，自知筹码在手的艾哈迈德毫无惧色，他冷笑着，等待艾吉奥将自己放开。
即便这种时候，艾哈迈德依旧在申明自己的信仰，艾吉奥都怀疑眼前的家伙洗脑了他自己。又是一次小小的争吵，两人不欢而散，艾哈迈德要求艾吉奥将剩下的钥匙带到加拉太塔楼以换取索菲亚，接着他大步离开。
艾吉奥开始思索对策，苏莱曼王子却在这时来到他身边，表示自己听到了两人的完整对话。就连年轻的苏莱曼都明白，艾哈迈德的追求不过是空中楼阁，不过他依旧希望艾吉奥能够宽恕自己的叔叔。
艾吉奥以最快的速度赶到了刺客总部，他将所有钥匙带在身上，紧接着全副武装，因为艾吉奥即将奔向最后的战场。但在那之前，还有尤瑟夫的葬礼需要参加，刺客们向曾经的领袖献上崇高的敬意，未来他们也会在新一代领导者的带领下继续奋斗。
葬礼结束后，艾吉奥要求所有人暗中包围加拉太塔楼，等待他的命令。艾哈迈德早已在塔楼下等待多时，看着独自前来的艾吉奥，他下令让六个圣殿骑士将其包围。好在艾吉奥早有准备，刺客们转眼工夫就实现了反围剿，艾哈迈德冷笑着，向空中指去。
顺着他手指的方向，艾吉奥看到一个绿衣女子正被人胁迫着站在塔楼顶上，脑袋被麻袋套住，手脚也被紧紧束缚。艾哈迈德如愿以偿拿到了钥匙，他带着手下乘上马车飞速离去。
艾吉奥才无心顾及这个阴险小人，他攀上塔楼救下那名女子，却发现这只是个无辜的女刺客，向下俯瞰，原来索菲亚被囚禁在不远处的庭院内，而且马上就要被施以绞刑。
简单估计了一下距离，艾吉奥从高塔顶端一跃而下，凭借着降落伞的助力，从半空中将绞索斩断，并在落地的同时将索菲亚拥入怀中。索菲亚还没搞清状况，但当下的形式来不及让艾吉奥进行解释，他拉着索菲亚登上一架抢来的马车，一路向北追赶艾哈迈德。
两架马车在君士坦丁堡的郊外展开激烈的对抗，在碰撞过程中艾吉奥被甩到了地上，他紧紧抓住行李带，试图回到座位上。但这次不像在马斯亚夫那次那么顺利了，因为马车实在太快，根本无法让艾吉奥找到攀爬的机会。于是他咬紧牙关，在松手的瞬间打开了背后的降落伞，气流将艾吉奥送到了半空中，然后刺客一把斩断缆绳，终于重新回到索菲亚身边。
索菲亚紧抓缰绳，艾吉奥负责处理身后的敌人，他们和艾哈迈德的距离越来越近。艾吉奥瞅准机会高高跃起，和艾哈迈德在马车人上展开搏斗，最后两人一同跌落悬崖。
还好降落伞依旧有剩余，两人缓缓落地，艾吉奥一把拿过掉在地上的那个装着钥匙的包裹。就在这时，苏莱曼的父亲塞利姆带着士兵赶来，艾哈迈德试图说服那些士兵为他而战，但塞利姆告诉自己的兄弟，老苏丹已经选择了他成为新的苏丹。艾吉奥信守诺言，留下了艾哈迈德的命，但这跟塞利姆无关，他扼住艾哈迈德的咽喉，将其丢下悬崖。
马斯亚夫
塞利姆看在苏莱曼的面子上没有杀死艾吉奥，但他要求刺客离开君士坦丁堡。好在现在艾吉奥已经拥有了一切：五把钥匙以及索菲亚，是时候重返马斯亚夫了。
一个月之后，艾吉奥在索菲亚的陪伴下站在了马斯亚夫城堡的门前。这段时间他真是经历了不少事情，而这座堡垒也随着奥斯曼帝国的到来被彻底抛弃，成了杳无人烟的废墟。
两人在残垣断壁中穿行，这段时间里艾吉奥已经将有关刺客的一切向索菲亚和盘托出，他也趁这个机会思考了陪伴自己一生的信条，还有过去三十多年中无比艰难的道路，也该放下一切了。
黄昏时分他们抵达了主塔楼，艾吉奥仔细研究了那五把钥匙，发现阿泰尔使用占星学为其加密，靠着自己还有索菲亚的天文学知识，他们顺利打开了那道尘封已久的大门。艾吉奥刚一踏进去，大门便再次关闭，将索菲亚留在了外面。
沿着阶梯一路向下，在四个巨大的书架中央，艾吉奥终于见到了那个等待百年的身影。昔日的大导师静静安坐扶手椅上，尽管他早已化成白骨。兄弟会的两代领袖得以相见，艾吉奥从阿泰尔手中拿起了最后一张石盘。
公元1257年，大导师阿泰尔和儿子达利姆告别，在蒙古人到来之前必须让所有人撤离马斯亚夫。巨大的铁门缓缓下落，阿泰尔一个人留在了堡垒之下的密室里，他将金苹果安放在这座图书馆内，然后熄灭了所有照明，就这样等待未来的那个时机，他坐在扶手椅上，这个奔波一生年近百岁的老人慢慢停止了呼吸。
艾吉奥将石盘收起，按照自己所见找到了被阿泰尔隐藏的另一枚金苹果，又一次，他将那些来自远古的记录传递给名为戴斯蒙的后人。
艾吉奥明白自己只是个信使，他卸下自己的武器，因为他身为刺客的职责已然完成，向阿泰尔告别之后，他向密室外走去。
回家吧。
雄鹰垂暮
刺客兄弟会在苏莱曼的默许下重新建立了基地，那些圣殿骑士的残余开始被大规模清缴，新王继位，一切步入正轨。
1512年的仲夏夜，艾吉奥和索菲亚一起度过了自己的53岁生日，索菲亚为他准备了一顿丰盛的晚餐，但他们知道，分别的时刻可能就近在眼前。那天晚上，艾吉奥向索菲亚求婚了
婚礼在威尼斯举行，友人们都来捧场。之后这对夫妻在威尼斯逗留数月，艾吉奥却难以下定决心重新接管兄弟会的事务。1513年2月，终于安排好一切的艾吉奥带着索菲亚回到了罗马，见到了分别已久的妹妹克劳迪娅。
老教皇已经逝世，新任教皇是洛伦佐的儿子乔瓦尼·洛伦佐·德·美第奇，兄弟会有了强有力的盟友。艾吉奥也能够放心选择继承人了，海勒姆·斯托达德和卢奎西亚的儿子乔瓦尼·波吉亚成了他的学徒。1515年，艾吉奥还曾派他们阻止圣殿骑士在罗马的阴谋。
等到一切安排妥当，艾吉奥在佛罗伦萨郊区的山上购置了房产，并将其改造成了一座葡萄酒庄。他和索菲亚有两个孩子，女儿芙拉维亚和儿子马尔切洛。克劳迪娅和尼科洛·马基雅维利时常来庄园探望他，时间就这样来到了1518年。
年关将至，艾吉奥的回忆录写作遇到了瓶颈，他的身体状况也不容乐观。尼科洛给他带来了达·芬奇的近况，这个老朋友也走到了人生的尽头，他希望在最后时刻再看大伙儿一眼。
4月末艾吉奥和尼科洛来到了达·芬奇在法国的居所，这个天才现在已经快要无法起身，但朋友的到来还是给了他一些力量。三人各自聊起了当年分开后自己的故事，达·芬奇的生活终于多了一些欢乐。接下来的日子里，艾吉奥和尼科洛一直逗留在法国，他们多次拜访达·芬奇，当5月2日深夜达·芬奇离世时，两人也陪在他身边。
最后的传承
自达·芬奇离世后又过了四年，艾吉奥一直忙于照看葡萄园，回忆录也有了不小的进展，他也从没放松身体锻炼，但这并不能延缓疾病的到来。
某天下午，艾吉奥站在窗台远眺，见到三个异国人士乘着马车赶往佛罗伦萨，此时他并没有将这件事放在心上。就在他回到房间内准备继续写作时，索菲亚敲门入内，表示自己要带儿子进城去，希望艾吉奥能照顾好女儿。被写作折磨得不轻的艾吉奥走入花园，他也确实觉得自己需要些新鲜空气。在和芙拉维亚打闹时，一个奇装异服之人引起了艾吉奥的注意，但很快对方就消失不见。
艾吉奥开始打理葡萄架，突然他觉得心神不宁，抬头看去，却发现那个奇装异服的家伙正和芙拉维亚搭话。艾吉奥焦急上前，挡在女儿和陌生人中间，他发现那是个年轻的中国女孩，在她脖子上挂着一个艾吉奥再熟悉不过的记号——刺客兄弟会的标记。
女孩叫邵云，她希望得到艾吉奥的帮助从而重建组织额，但早已决定抽身的艾吉奥拒绝了。回到家的索菲亚邀请邵云留下共进晚餐以及过夜，艾吉奥闷闷不乐地走入葡萄园。
晚上艾吉奥注意到邵云爬上了屋顶，但索菲亚让他别放在心上。第二天，让艾吉奥更加生气的事情发生了，邵云闯入了他的书房，甚至翻阅了他的手稿。艾吉奥要求邵云离开，没想到对方背诵起他曾写在信件中的语句。同为刺客的经历还是让艾吉奥心软了，他答应教导邵云。
之后在佛罗伦萨采购时，艾吉奥和邵云遇到了袭击，在返回公馆的路上，邵云向艾吉奥讲述了自己的故事，一个有关暴君和压迫的故事。艾吉奥知道，危险就要来了，一回到家他便匆忙安排索菲亚以及孩子们转移。
不出意料，袭击者趁着夜色来到了公馆，还好二人早有准备，不过这场战斗使得艾吉奥精疲力尽，在邵云的搀扶下他才得以回到室内。已经没有时间留给邵云了，第二天她就收拾好了行囊，走之前艾吉奥将一个古旧的木盒交到她手中，嘱咐她只有迷失方向时才能打开。
送走这最后一个学徒，艾吉奥重新投身于日常工作之中。他花了几周完成了收割工作，陪伴儿子马尔切洛过完九岁生日。最近艾吉奥灵感十足，无奈胸口的疼痛打断了他的创作，索菲亚邀请他明天一起去逛集市，艾吉奥欣然接受。
第二天是个好天气，一家人在城里好好逛了逛。艾吉奥的身体却开始不堪重负，他本想坚持，但实在是无法前进。索菲亚把他扶到一旁的长椅上让他歇息，艾吉奥目送妻儿走开，又看着往来的人群。
一个年轻的意大利小伙突然坐在了艾吉奥身边，嘴里止不住地抱怨，却始终不曾留意身旁的老人。艾吉奥实在听不下去年轻人对佛罗伦萨的诋毁，出言反驳，正当他想进一步说明，难以忍受的剧痛突然袭来，小伙子被吓了一跳。
艾吉奥在年轻人的安抚下渐渐平静下来，对方叮嘱他好好休息然后就离开了。目光在人群中寻觅，艾吉奥看到了索菲亚，妻子正在挑选蔬菜，孩子们在一旁玩耍，多么温馨的场面啊。
艾吉奥知道，自己真的该休息一下，他望向家人们，露出了微笑。索菲亚回过头，立刻意识到发生了什么，还有几个路人也注意到这个老者的异状，但绝大多数人都没有为此停下脚步，生活还在继续，只是有人得停一停。
书房的桌案上，艾吉奥的著述整齐码放。
“在我年轻时，我曾拥有自由，却未睹未视；我曾拥有时间，却未知未觉；我曾拥有爱，却未感未识。若干年后，我才明白这些东西的价值。如今，我已垂暮，这种领悟使我满足。爱情、自由、时间，它们曾受我驱使，实则激励我前进。尤其是爱啊，我的至亲至爱们。无论是你还是我们的子女，亦或是我们的兄弟姐妹，以及这个赐予你我生命的多彩世界和那令人捉摸不透的奇妙人生。
致我亲爱的索菲亚，
永远爱你的，
艾吉奥·奥迪托雷”
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