1. 《刺客教條：奧德賽》（公元前485年，古希臘）
- 主角：卡珊德拉
阿利克西歐斯
- 故事：作為斯巴達僱傭兵，主角因家族悲劇踏上冒險，揭露秩序神教的陰謀，並探索伊述文明的秘密。遊戲融合了希臘神話與歷史事件，如伯羅奔尼撒戰爭。
2. 《刺客教條：起源》（公元前49年，古埃及）
- 主角：巴耶克
- 故事：古埃及守護者巴耶克因兒子被殺，與妻子艾雅共同復仇，最終推動刺客兄弟會的誕生。遊戲展現了托勒密王朝末期的動盪，以及埃及豔后克利奧帕特拉與凱撒的政治糾葛。
3. 《刺客教條1》（1191年，第三次十字軍東征）
- 主角：阿泰爾·伊本-拉阿哈德
- 故事：阿泰爾因任務失敗被降級，後通過刺殺聖殿騎士高層逐漸成長為刺客大師。遊戲以中東的馬斯亞夫城堡為中心，探索刺客與聖殿騎士的早期對抗。
4. 《刺客教條2》三部曲（1476-1511年，文藝復興意大利
- 主角：埃齊奧·奧迪託雷
- 故事：埃齊奧目睹家族被聖殿騎士陷害後繼承刺客身份，從佛羅倫薩到羅馬、君士坦丁堡，逐步成長為刺客導師，並揭開伊甸聖器的秘密（涵蓋《刺客教條2》《兄弟會》《啟示錄》）。
5. 《刺客教條4：黑旗》（1715年，加勒比海盜黃金時代）
- 主角：愛德華·肯威
- 故事：威爾士海盜愛德華為追求財富捲入刺客與聖殿騎士的鬥爭，最終成為刺客盟友。他是《刺客教條3》海爾森·肯威的父親、康納的祖父。
6. 《刺客教條：自由吶喊》（黑旗DLC，1735-1737年的加勒比海）
- 主角：阿德瓦勒
- 故事：阿德瓦勒脫離愛德華後，加入刺客組織，策劃解放法屬聖多明戈（今海地）的奴隸。他摧毀奴隸船、對抗聖殿騎士控制的種植園主，最終成為刺客導師。
7. 《刺客教條：叛變》（1752-1760年的七年戰爭時期）
- 主角：謝伊·帕特里克·科馬克
- 故事：謝伊因刺客組織濫用先行者遺蹟（如引發里斯本大地震）導致無辜傷亡，轉而加入聖殿騎士。他獵殺前同僚，協助海爾森·肯威（康納之父）重建北美聖殿騎士勢力，並與《刺客教條3》的反派（如查爾斯·李）合作。結局中，謝伊還刺殺了《大革命》主角亞諾的父親，串聯多部作品。
8. 《刺客教條3》（1754-1783年，美國獨立戰爭）
- 主角：康納（拉通哈給頓）
- 故事：康納作為莫霍克原住民，因部落被毀加入刺客組織，協助華盛頓對抗英國殖民者與聖殿騎士。其父海爾森是聖殿騎士首領，兩人最終對立。
9. 《刺客教條：解放》（1765-1777年的新奧爾良）
- 主角：艾芙琳·德·格朗普雷
- 故事：艾芙琳揭露聖殿騎士利用奴隸貿易控制新奧爾良的陰謀，對抗包括西班牙總督在內的敵人。劇情涉及真實歷史事件，如路易斯安那易主（法國→西班牙），並探索刺客組織在殖民地的滲透。
10. 《刺客教條：大革命》（1789年，法國大革命）
- 主角：亞諾·多里安
- 故事：亞諾因養父（聖殿騎士）被殺，加入刺客組織調查真相，並與戀人艾莉絲捲入巴黎革命的動盪旋渦。
11. 《刺客教條：梟雄》（1847年，工業革命倫敦）
- 主角：伊薇·弗萊
雅各布·弗萊
- 故事：姐弟二人以不同風格（伊薇潛行、雅各布正面戰鬥）爭奪倫敦控制權，對抗聖殿騎士首領克勞福德·斯塔瑞克，並奪取伊甸碎片。
12. 《刺客教條：英靈殿》（9世紀，維京時代）
- 主角：艾沃爾
- 故事：維京戰士艾沃爾帶領族人從挪威遷徙至英格蘭，與阿爾弗雷德大帝對抗，並逐漸捲入刺客與聖殿騎士（上古維序者）的千年紛爭。
13. 《刺客教條：幻景》（9世紀，巴格達）
- 主角：巴辛姆·伊本·伊沙克
- 故事：巴辛姆從街頭小偷成長為無形者（刺客組織前身成員），揭露巴格達聖殿騎士的陰謀，並與其未來身份（洛基轉世）產生關聯。
14. 《刺客教條：影》（1579年日本戰國時代）
- 主角：彌助
奈緒江
- 故事：雙主角分別以武士與忍者視角展開，對抗織田信長勢力及聖殿騎士。遊戲首次引入季節變化與光影對潛行的影響。
