時間來到距離東洋老爹被害一年之後，為了追查真兇我們來到了京都，化名【齋藤一】投宿於由登勢和阿龍二人經營的客棧【寺田屋】。
離開寺田屋後前往京都的某間道場內，利用踢館的方式打聽使用天念理心流的流派的蹤跡。
擊敗道館館主後，我們與情報販子【烏鴉銀二】交流的過程引起了一名紅衣武士的注意。
離開道館後沿著街道向南走，會見到一群浪人正在欺凌一名神官。
救出神官後解鎖【德】系統，在京都中完成任務、與其他NPC互動等行為可以得到德，在神社處利用德能夠換取各種道具和增益效果。
來到伏見一番大街上的福福屋處會遭遇吃霸王餐的浪人，將其擊敗後獲得老闆娘表示感謝贈與的1兩錢。
在寺田屋東側的小路上可以見到拳法道館的師傅，一番交談後可以在此處學習解鎖新的拳法技能。
當在街上閒逛出現下圖所示的紅色文字框時，代表我們已經被流氓盯上，如果不趕快離開就會被拖入戰鬥。
前往伏見一番大街北側。
來到此處後我們見到了一年前在土佐見到過的島田彌平，由於他見到我們過於激動，引起了京都中被稱為“壬生狼”，專門負責對抗勤王志士的幕府打手【新選組】成員的注意。
隨後我們必須儘快逃離新選組成員的追捕，當屏幕周圍散發出紅光代表我們處於敵人的視線範圍內。在右下角的小地圖上可以看到敵人的位置，需要儘可能的敵人。
按下左搖桿鍵可以快速奔跑，但長時間快速奔跑會導致體力不支無法行動，因此建議在快速奔跑時聽到6-7聲喘息後切換回慢跑恢復體力。
利用路邊的木桶等也可以躲避新選組的追捕。
在抵達目標小巷後成功逃出新選組的追捕，隨後會見到之前在道館中聽到我們打聽天念理心流的紅衣武士。
通過自我介紹得知他是來自長州藩的勤王志士【新堀松輔】，為了展示合作的誠意他告訴我們可以在澡堂【賽之河原】中打聽到有關天念理心流的情報o
先回到寺田屋休息到晚上。
時間來到夜晚，在澡堂中通過賽之澡堂得知所謂天念理心流傳人正是【新選組】中的幹部。
正在交談期間一名魁梧的男子突然闖入，隨後和其進行戰鬥。
正所謂不打不相識，打完之後的二人一同前去喝酒。此時我們得知這名魁梧男子的真實身份是薩摩藩軍賦役【西鄉吉之助】，而他前往賽之澡堂的目的正是為了調查新選組局長近藤勇。
在離開酒館準備返回寺田屋時，發現島田彌平慘死路邊。而一名帶斗笠的男人表示自己只是為了保守秘密，並讓我們前往骸街和他見面。
回到寺田屋後拜託船伕將我們帶往骸街。
來到骸街後發現剛剛的斗笠男原來是岡田以藏，將其擊敗後得知武市也已經來到京都，現在正位於骸街的最深處。
在骸街的最深處見到武市後，得知他正在和土佐政權合作企圖顛覆德川幕府。
武市認為相比於東洋老爹的死，建立新的政權才是當下最重要的事情，同時試圖拉攏我們再次加入勤王志士陣營。但此時我們仍執著於找出真兇，因此拒絕了武市的提議並表示自己將要加入新選組。
