时间来到距离东洋老爹被害一年之后，为了追查真凶我们来到了京都，化名【斋藤一】投宿于由登势和阿龙二人经营的客栈【寺田屋】。
离开寺田屋后前往京都的某间道场内，利用踢馆的方式打听使用天念理心流的流派的踪迹。
击败道馆馆主后，我们与情报贩子【乌鸦银二】交流的过程引起了一名红衣武士的注意。
离开道馆后沿着街道向南走，会见到一群浪人正在欺凌一名神官。
救出神官后解锁【德】系统，在京都中完成任务、与其他NPC互动等行为可以得到德，在神社处利用德能够换取各种道具和增益效果。
来到伏见一番大街上的福福屋处会遭遇吃霸王餐的浪人，将其击败后获得老板娘表示感谢赠与的1两钱。
在寺田屋东侧的小路上可以见到拳法道馆的师傅，一番交谈后可以在此处学习解锁新的拳法技能。
当在街上闲逛出现下图所示的红色文字框时，代表我们已经被流氓盯上，如果不赶快离开就会被拖入战斗。
前往伏见一番大街北侧。
来到此处后我们见到了一年前在土佐见到过的岛田弥平，由于他见到我们过于激动，引起了京都中被称为“壬生狼”，专门负责对抗勤王志士的幕府打手【新选组】成员的注意。
随后我们必须尽快逃离新选组成员的追捕，当屏幕周围散发出红光代表我们处于敌人的视线范围内。在右下角的小地图上可以看到敌人的位置，需要尽可能的敌人。
按下左摇杆键可以快速奔跑，但长时间快速奔跑会导致体力不支无法行动，因此建议在快速奔跑时听到6-7声喘息后切换回慢跑恢复体力。
利用路边的木桶等也可以躲避新选组的追捕。
在抵达目标小巷后成功逃出新选组的追捕，随后会见到之前在道馆中听到我们打听天念理心流的红衣武士。
通过自我介绍得知他是来自长州藩的勤王志士【新堀松辅】，为了展示合作的诚意他告诉我们可以在澡堂【赛之河原】中打听到有关天念理心流的情报o
先回到寺田屋休息到晚上。
时间来到夜晚，在澡堂中通过赛之澡堂得知所谓天念理心流传人正是【新选组】中的干部。
正在交谈期间一名魁梧的男子突然闯入，随后和其进行战斗。
正所谓不打不相识，打完之后的二人一同前去喝酒。此时我们得知这名魁梧男子的真实身份是萨摩藩军赋役【西乡吉之助】，而他前往赛之澡堂的目的正是为了调查新选组局长近藤勇。
在离开酒馆准备返回寺田屋时，发现岛田弥平惨死路边。而一名带斗笠的男人表示自己只是为了保守秘密，并让我们前往骸街和他见面。
回到寺田屋后拜托船夫将我们带往骸街。
来到骸街后发现刚刚的斗笠男原来是冈田以藏，将其击败后得知武市也已经来到京都，现在正位于骸街的最深处。
在骸街的最深处见到武市后，得知他正在和土佐政权合作企图颠覆德川幕府。
武市认为相比于东洋老爹的死，建立新的政权才是当下最重要的事情，同时试图拉拢我们再次加入勤王志士阵营。但此时我们仍执着于找出真凶，因此拒绝了武市的提议并表示自己将要加入新选组。
